El virus de encefalitis equina del oeste (VEEO) es un arbovirus del genero Alphavirus, familia Togaviridae, que circula en Norte América entre aves y mosquitos, ocasionalmente es el causante de la enfermedad en humanos y equinos. En décadas recientes, la infección en humanos ha descendido dramáticamente; el último caso documentado en humanos en Norte América ocurrió en 1994, y el virus no ha sido detectado en criaderos de mosquitos desde 2008. Ya que existe información limitada sobre la evolución del VEEO, analizamos las secuencias genómicas de 33 cepas de bajo pasaje de números (low-passage-number) con geografía y distribuciones temporales diversas y realizado el análisis filogenético. Nuestros resultados indicaron que el VEEO es un alphavirus altamente conservado con solo aproximadamente 5% de divergencia en su mayoría de genes variables. Confirmamos la presencia de linajes en los grupos anteriormente determinados A y B además determinamos al grupo B en tres sublinages. El tamaño de la población de VEEO estimado se redujo en los 1990s, solo con el linaje del grupo B3 que se muestrea en los últimos 20 años. El mapeo estructural mostro que la mayoría de sustituciones sobre las glicoproteinas ocurrieron en la interfaz E2-E2. Hipotesizamos que un evento ocurrió en la mitad del siglo 20 que resulto en el incremento de la diversidad genética del VEEO en norte américa, seguido por la constricción genética debido ya sea por el desplazamiento competitivo por el sublinage B3 o por eventos estocásticos resultantes por la disminución de la población.

Importacia: El virus de encefalitis equina del oeste (VEEO) ha causado varias epidemias que resultaron en las muertes de cientos de humanos y cientos de miles de equinos durante el pasado siglo. Durante décadas recientes, la infección humana ha disminuido drásticamente y el virus no ha sido encontrado en criaderos de mosquitos desde el 2008. Debido a la limitada información existente respecto a la evolución del VEEO, analizamos 33 secuencias completas del genoma y realizado análisis filogenéticos. Confirmamos la presencia de dos linajes mayores, una de las cuales diverge en 3 sublinages. Actualmente, solo uno de estos sublinages se encuentra circulando en la naturaleza. Entendiendo la evolución del VEEO sobre el pasado siglo provee una oportunidad única para observar un arbovirus que está en disminución y para su mejor entendimiento que factores pueden causar dicha disminución.