06 proteomica
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Proteómica
¿Cómo abordamos el estudio y comprensión de
un sistema biológico?
Genoma: representación estatica de una sistema biológico.
Transcriptoma: representación de la expresión génica en estado fisiológico determinado.
Proteoma: Visión integrada de las proteínas en un proceso biológico.
1. Si y cuándo un RNA se traduce.
2. La concentración relativa de productos génicos.
3. Modificaciones postraduccionales.
4. Represiones y sobreexpresiones génicas.
5. Fenotipos resultantes de la actuación de múltiples
genes.
A partir de la secuencia del DNA no se puede predecir:
•Sistemático: estudio global de la expresión proteica, es decir, identificación de todas las proteínas en referencia a un estado fisiológico determinado.
•Pragmático: propone comparar la expresión proteíca de dos situaciones fisiológicas y establecer mapas bidimensionales.
La proteómica plantea objetivos complementarios:
1. Sistemático. Analizar:
• Modificaciones postraduccionales.• Localización subcelular.• Interacción con otras moléculas.• Estado fisiológico de la toma de muestra.
2. Pragmático. Estudios de expresión diferencial de proteínas en diferentes estados fisiológicos:
• Medicina.• Toxicología.• Farmacología.
Aplicación
1. SEPARAR LAS PROTEÍNAS• Preparar la muestra.• Tecnicas de separación:
Cromatografía. Electroforesis 2D.
2. MEDIR ALGUNA PROPIEDAD INTRINSECA: • Masa, espectrometría de masas.
3. COMPARACIÓN CON BASES DE DATOS.• PMF = Peptide Mass Fingerprinting.
¿Cómo se caracteriza una mezcla proteica?
Isoelectroenfoque
Una solucion de anfolitos es incorporada en un gel
Se genera un gradiente estable de pH tras la aplicación de un campo eléctrico
Se añade una solución con proteínas y se reaplica un campo eléctrico
Tras la tinción, las proteínas aparecen distribuidas a lo largo del gradiente de pH de acuerdo con su valores de pI
Electroforesis bidimensional
Primera dimensión:Isoelectroenfoque
Segunda dimensión:Electroforesis en gel de poliacrilamida/SDS
El gel de isoelectroenfoque se situa en un gel de de poliacrilamida/SDS
Mas de 1000 proteínas de E. coli
Geles bidimensionales
Espectrómetro de masas
ICAT
Identificación y caracterización de
proteínas por espectrometría de
masas
Identificación y caracterización de
proteínas por espectrometría de
masas