busqueda de literatura en tres base de datos vf
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BUSQUEDA DE LITERATURA ACERCA DEL ENVEJECIMIENTO EN
BACTERIAS EN LAS BASE DE DATOS:
WEB OF SCIENCE, PUBMED Y SCOPUS
Meztli Gaytán E-investigación bibliográfica en Ciencias Biomédicas Licenciatura en Investigación Biomédica Básica Semestre 2010-2 Profesoras: Layla Michán Lyssania Macias
INTRODUCCIÓN:
Se ha argumentado que el envejecimiento es solamente aplicable a organismos con un soma
distinto a la línea germinal (1), con esta definición, las bacterias quedan excluidas de los
organismos que envejecen, sin embargo, no son inmortales. Cuando las bacterias entran a un
estado no proliferativo (fase estacionaria) debido a la carencia de nutrientes, pierden gradualmente
su habilidad de dividirse. Estas células se mantienen intactas por un tiempo pero eventualmente
pierden la integridad de sus membranas y la actividad biológica que les permite seguir vivas decae
(2). A este proceso se le ha denominado “senescencia condicional” y se crees que es provocado
por el arresto en el crecimiento (3).
Estudios recientes acerca de la senescencia condicional han revelado similitudes con el proceso
de envejecimiento en organismos superiores.
Los genes que se inducen (tempranamente) al momento del arresto del crecimiento de las
bacterias son los más importantes en la lucha contra la senescencia inducida por éste (4-6).
Muchos de estos genes codifican para proteínas involucradas en la protección de las células contra
el estrés provocado por el medio (calor, oxidantes y altas presiones osmóticas). Las células que se
encuentran en este estado son muy resistentes a gran variedad de estreses (4) (protección
cruzada inducida por la fase estacionaria); Esta protección cruzada depende, en su gran mayoría,
del factor sigma S (σs) , en condiciones de inanición y estrés éste factor de transcripción une y
dirige a la RNA polimerasa a más de 50 genes específicos (5). Lo que llevó a pensar a los
investigadores que en las bacterias también se lleva a cabo el proceso del envejecimiento es el
hecho de que la casada de regulación que comienza en la fase estacionaria promovida por el
factor σs, es similar a la de los genes regulados por daf-16 en Caenorhabditis elegans (7-9). La
sobreexpresión de daf-16 aumenta la esperanza de vida en nematodos adultos, mientras que la
inactivación acelera el envejecimiento; este mismo fenotipo se ha observado para mutantes de
Escherichia coli en σs (5).
METODOLOGÌA
Búsqueda en la base de datos: Web of Science
Topic: Ingresamos a la pagina www. isiknowledge.com; una vez ahí se seleccionó la pestaña “Web
of Science”, en el campo “Search for” se escribió la palabra aging, y se seleccionó que realizara
la búsqueda en “Topic”.
Límites de la búsqueda: se seleccionaron todos los años, pero la base de datos en la cual se
realizó la búsqueda se delimitó a: Science Citation Index Expanded (SCI-EXPANDED)--1899-
present.
La búsqueda arrojó más de 100 000 resultados, sin embargo se refinó al área de Microbiología y
los resultados se redujeron a 212. Para realizar el análisis se seleccionó el icono de la parte
superior derecha que dice: Analyze results, y los registros de la búsqueda que se analizaron
fueron: Autor, Titulo de la revista, Institución de afiliación y Año; las primeras tres se delimitaron a
25 resultados para poder graficar (todos los registros representan más del 33% del total de datos
extraídos), para año se tomaron los 26 registros de arroja que van de 1983 a la fecha.
Title: Ingresamos a la pagina www. isiknowledge.com; una vez ahí se seleccionó la pestaña “Web
of Science”, en el campo “Search for” se escribió la palabra aging, y se seleccionó que realizara
la búsqueda en “Title”.
Límites de la búsqueda: se seleccionaron todos los años, pero la base de datos en la cual se
realizó la búsqueda se delimitó a: Science Citation Index Expanded (SCI-EXPANDED)--1899-
present.
La búsqueda arrojó 50 715 resultados, sin embargo se refinó la búsqueda al área de Microbiología
y los resultados se redujeron a 121. Para realizar el análisis se seleccionó el icono de la parte
superior derecha que dice: Analyze results, y los registros de la búsqueda que se analizaron
fueron: Autor, Titulo de la revista, Institución y Año; las primeras tres se delimitaron a 25 resultados
para poder graficar.
Búsqueda en la base de datos: Pubmed
El análisis se hizo mediante la aplicación PubMed PubReMiner que realiza una búsqueda dentro
de PubMed y presenta los datos de manera que se puede hacer meta-análisis.
El término de búsqueda fue: Aging AND Bacteriology, la búsqueda se realizó en todos los campos
y no se delimito ni la fecha ni el tipo de publicación. Se obtuvieron 3095 registros de los cuales se
extrajeron los siguientes datos: Año, Autor y Revista. Se graficaron el número de artículos por cada
Año, Autor y Revista, esta vez no se delimito a un número especifico de registros, se busco que la
mayoría representara más del 33% del total.
Búsqueda en la base de datos: Scopus
El término de búsqueda fue: Aging AND Bacteriology, la búsqueda se realizó en todos los campos
y no se delimito ni la fecha ni el tipo de publicación, sin embargo solo se busco en las siguientes
áreas: ciencias de la vida y la salud.
Se obtuvieron 15487 registros de los cuales se extrajeron los siguientes datos: Año, Autor,
Institución y Revista. Se graficaron el número de artículos por cada registro seleccionado, se
delimito al número de registros que representara más del 33% del total.
Base de datos
Query de búsqueda
Límites de la búsqueda
Número de registros
Tipo de registros extraídos
% que representan del total.
Web of Science
Aging
• Campos de búsqueda: topic
• Área: microbiología
• Años de publicación: todos
• Base de dato de citación: Science citation index expanded
282
Año
100%
Autor
33%
Institución de Afiliación.
45.4%
Revista 68.8%
Aging
• Campos de búsqueda : titulo
• Área: microbiología
• Años de publicación:
121
Año
100%
Autor
52%
Institución de 57.9%
todos • Base de dato de citación: Science citation index expanded
Afiliación. Revista
85.9%
PubMed
Aging AND Bacteriology
• Campos de búsqueda: todos
• Años de publicación: todos
• Tipo de publicación: todos
3095
Año
93.8%
Autor
44.1%
Revista
45%
Scopus
Aging AND Bacteriology
• Campos de búsqueda: todos
• Años de publicación: todos
• Tipo de publicación: todos
• Áreas: Ciencias de la vida y la salud
15487
Año 90.9% Autor
10.7% *
Institución de Afiliación
46.4%
Revista
46.9%
* No se pudieron extraer más datos para tener como mínimo el 33%.
RESULTADOS:
Web of Science (Búsqueda por: Topic).
Fig.1 Se graficó el nombre del Autor vs el número de publicaciones (record count) encontradas en
la búsqueda antes descrita.
Fig. 2. Gráfica del número de publicaciones por Revista (resultado de la búsqueda realizada en la
base de datos Web of Science).
TITULO DE LA REVISTA TITULO DE LA REVISTA
ABREVIADO (ISO)
CLINICAL INFECTIOUS DISEASES Clin. Infect. Dis.
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Appl. Environ. Microbiol.
JOURNAL OF BACTERIOLOGY J. Bacteriol.
YEAST Yeast
FEMS YEAST RESEARCH FEMS Yeast Res.
APPLIED BIOCHEMISTRY AND MICROBIOLOGY Appl. Biochem. Microbiol.
CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY Curr. Opin. Microbiol.
INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY Int. J. Food Microbiol.
CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY Can. J. Microbiol.
FEMS MICROBIOLOGY LETTERS FEMS Microbiol. Lett.
JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY J. Microbiol. Biotechnol.
CURRENT MICROBIOLOGY Curr. Microbiol.
EUROPEAN JOURNAL OF PROTISTOLOGY Eur. J. Protistol.
FOLIA MICROBIOLOGICA Folia Microbiol.
MICROBIOLOGY Microbiology
ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY Antimicrob. Agents Chemother.
CLINICAL AND DIAGNOSTIC LABORATORY
IMMUNOLOGY
Clin. Vaccine Immunol.
CURRENT TOPICS IN MICROBIOLOGY AND
IMMUNOLOGY
Curr.Top.Microbiol.Immunol.
EUKARYOTIC CELL Eukaryot. Cell
HELICOBACTER Helicobacter
JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY J. Eukaryot. Microbiol.
MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS Microbiol. Mol. Biol. Rev.
ORAL MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY Oral Microbiol. Immunol.
ZEITSCHRIFT FUR MIKROSKOPISCH-ANATOMISCHE
FORSCHUNG
Z Mikrosk Anat Forsch
ANNUAL REVIEW OF MICROBIOLOGY Annu. Rev. Microbiol.
Tabla 1. Titulo abreviado (ISO) de las revistas.
Fig. 3. Número de publicaciones acerca del envejecimiento (delimitado a Microbiología) por
Institución.
Fig. 4. Número de publicaciones por año en el tema Envejecimiento, delimitado al área de
Microbiología.
Web of Science (Búsqueda por: Title)
Fig.5. Gráfica de las publicaciones por autor de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada
al área de Microbiología en la base de datos Web of Science.
Fig.6. Gráfica de las publicaciones por revista de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada
al área de Microbiología en la base de datos Web of Science.
TITULO DE LA REVISTA TITULO DE LA REVISTA
ABREVIADO (ISO)
JOURNAL OF BACTERIOLOGY J. Bacteriol.
CLINICAL INFECTIOUS DISEASES Clin. Infect. Dis.
YEAST Yeast
CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY Can. J. Microbiol.
ARCHIVES OF MICROBIOLOGY Arch. Microbiol.
CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY Curr. Opin. Microbiol.
FOLIA MICROBIOLOGICA Folia Microbiol.
ZEITSCHRIFT FUR MIKROSKOPISCH-ANATOMISCHE
FORSCHUNG
Z Mikrosk Anat Forsch
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Appl. Environ. Microbiol.
BOLLETTINO DELL ISTITUTO SIEROTERAPICO MILANESE Boll Ist Sieroter Milan
PATHOLOGIA ET MICROBIOLOGIA Pathol Microbiol
ZEITSCHRIFT FUR ZELLFORSCHUNG UND
MIKROSKOPISCHE ANATOMIE
Z Zellforsch Mikrosk Anat
FEMS YEAST RESEARCH FEMS Yeast Res.
ANNUAL REVIEW OF MICROBIOLOGY Annu. Rev. Microbiol.
ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY Antimicrob. Agents
Chemother.
ASM NEWS ASM News
CELL HOST & MICROBE Cell Host Microbe
INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS Int. J. Antimicrob. Agents
JOURNAL OF APPLIED BACTERIOLOGY J. Appl. Bacteriol.
MICROBIOS Microbios
ACTA MICROBIOLOGICA ACADEMIAE SCIENTIARUM
HUNGARICAE
Acta Microbiol Acad Sci
Hung
ACTA PATHOLOGICA ET MICROBIOLOGICA SCANDINAVICA Acta Pathol Microbiol Scand
ANNALS OF MICROBIOLOGY Ann. Microbiol.
ANTIBIOTIKI I MEDITSINSKAYA BIOTEKHNOLOGIYA Antibiotiki i Meditsinskaya
Biotekhnologiya
ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL
OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY
Antonie Van Leeuwenhoek
Tabla 2. Titulo abreviado (ISO) de las revistas.
Fig.7. Gráfica de las publicaciones por institución de la búsqueda de Envejecimiento (Título)
delimitada al área de Microbiología en la base de datos Web of Science.
Fig.8. Gráfica de las publicaciones por año de la búsqueda de Envejecimiento (Título) delimitada al
área de Microbiología en la base de datos Web of Science.
Pubmed
Fig.9 Se graficó el nombre del Autor contra el número de publicaciones encontradas en la
búsqueda antes descrita.
Fig. 10. Gráfica del número de publicaciones por Revista.
-
Fig.11. Gráfica de las publicaciones por año.
Scopus
Fig.12 Se graficó el nombre del Autor contra el número de publicaciones.
Fig.13 Gráfica del número de publicaciones por revista.
Fig.14 Número de publicaciones por Institución.
Fig.15 Gráfica del número de publicaciones por año.
DISCUSIÓN Y CONCLUCIONES:
Web of Science:
Topic: En cuanto al autor, pocas publicaciones se asocian a un mismo autor, el máximo fue 9
publicaciones para Nystrom T, el tiempo que lleva la investigación acerca del envejecimiento en el
campo de la microbiología es poco, solo 27 años (fig. 4), quizá esa sea una de las razones por las
cuales aun no se ven grupos definidos (con alto número de publicaciones por autor) dedicados a la
investigación en este campo.
De las revistas en las que más se publica está “Clinical Infectious Diseases” (fig. 2) ya que la
mayoría de las publicaciones hacen referencia a las enfermedades infecciosas asociadas a la
edad. Lo que llama la atención es que aparecen también revistas como Yeast, FEMS Yeast
Research y otras que refieren a microorganismos eucariontes (ya que aunque la búsqueda se
delimitó al área de microbiología, esta engloba hongos, arqueas, bacterias, entre otros), al incluir
dichas revistas esperaría que el número de publicaciones encontradas en la búsqueda (212)
hubiese sido más grande ya que la investigación en ese campo es mucho más amplia sin embargo
no fue así.
Las instituciones en las cuales se realiza investigación acerca del tema son variadas (fig. 3),
Russian Academy of Science es la que más publicaciones tiene, no concuerda la nacionalidad del
autor con más publicaciones (Nystrom T) con la Institución, sin embargo a lo largo de su carrera los
Autores cambian de Instituciones por lo que intentar relacionarlo de esta manera no es tan efectivo,
aun así, la universidad (GOTHENBURG) en la que se encuentra el autor aparece dentro de la
búsqueda.
Por último en la figura 4 se puede apreciar que la investigación en el campo (envejecimiento en
microorganismos) va en aumento.
Title: En la figura 5 se puede observar que la relación entre el autor y el número de publicaciones
es aún menor que al realizar la búsqueda con la palabra aging en Topic, ya que en este caso nos
indica las veces que un autor ha publicado artículos con la palabra aging en el título, esto va
depender de varios factores (si al autor no le gusta ser repetitivo en los títulos, si su investigación
se enfoca al algún aspecto especifico del envejecimiento, etc), no solo del tema de investigación de
cada autor.
Las revistas también son muy variadas (fig. 6), y además de las que aparecen en la primera
búsqueda, al realizarla de ésta manera se registran revistas con nombre en idiomas diferentes al
ingles (revistas locales), ya que la búsqueda es más específica, los resultados también lo son.
Las instituciones corresponden más o menos a las revistas pues en la figura 7 se puede observar
que se registran universidades fuera del continente Americano, sin embargo la mayoría de las
publicaciones se asocian a universidades de EUA.
En cuanto al tiempo, hay registros desde hace 71 años que relacionan la palabra aging con los
microorganismos, la investigación al respecto comenzó de manera lenta (fig.8) y ha tenido picos
como en 2001, sin embargo no es constante, no va siempre para arriba ni en decaimiento, al
parecer aun no es un campo de investigación muy estable.
Pubmed
En la parte de autor, se requirieron más registros (más de 200) para esta base datos comparada
con web of science para tener como mínimo el 33% representado. El autor Nystrom T que aparece
en primer lugar en la gráfica de Web of Science (con 9 artículos) en este caso ocupa el noveno
lugar con 16 artículos (Fig. 9), el de mayor número de publicaciones acerca del tema fue Riley LR
con 28 artículos publicados, dicho autor no aparece en la búsqueda realizada en Web of Science o
Scopus. Quizá todo esto se debe tanto a la cobertura temporal como a los criterios utilizados para
indexar artículos utilizados por cada base de datos.
Lo que resulta sorprenden es el número de registros por año, la cobertura comienza en 1981 con
29 artículos publicados durante ese año (Fig. 11), generalmente yo esperaría un número menor
puesto que se supone son los inicios de la investigación en dicho campo (envejecimiento en
bacterias), sin embargo quizá no estamos viendo los años anteriores a este a pesar de que
Pubmed tiene una cobertura desde 1950 a la fecha. De manera general se ve que la investigación
en este campo va en aumento.
El último registro que se analizo corresponde a las revistas: Journal of Immunology resultó ser la
revista a la que se asocian más registros, 105 (Fig. 10), sin embargo, comparando este resultado
con el número total de registros obtenidos, 3095, se puede observar que no representa ni el 10%
del total, lo cual sugiere (y se puede comprobar con la gráfica) que son muy variadas las revistas
en las cuales se publica y debido a que cada una tiene ciertos criterios para aceptar un articulo
podríamos decir también que la investigación es multidisciplinaria ya que no solo aparecen
representadas revistas especializadas en el campo de la microbiología sino también de otras
áreas.
Scopus
Scopus fue la base de datos que más registros arrojó, 15 487. En esta base de datos el autor
Nystrom T vuelve a aparecer en primer lugar (Fig. 12), asociado con 27 registros, este número se
acerca más al que se encontró en Pubmed (16), quizá en esta base de datos hay más revistas
indexadas en las que se hayan publicado trabajos de dicho autor, estos resultados nos demuestran
la importancia de hacer búsquedas en distintas bases de datos ya que ciertos temas, revistas,
años o demás podrían estar mejor representados en una base de datos que en otra.
Scopus tiene registros desde 1823, como su cobertura temporal es mayor que la de las otras dos
bases de datos analizadas se encontraron registros desde 1950 (Fig. 15), y al analizar ese periodo
(1950-1980), que no se pudo analizar en las otras bases (Web of science y Pubmed), se observa
que la investigación en este campo tuvo cierto auge entre 1960-1970, posteriormente decayó pero
de 1980 en adelante, en general ha ido en aumento.
En esta base de datos también encontramos gran diversidad entre las revistas en las cuales se
publica (Fig. 13), esta tendencia se ha encontrado en las tres bases de datos analizadas, en este
caso la revista con mayor número de registros fue Journal of Bacteriology, una revista
especializada en el área de la bacteriología, así que si lo que se busca más que relación con otras
disciplinas es aprender todo lo que se sepa solo en este campo (bacteriología), quizá Scopus sea
la base de datos más adecuada en dicho caso.
Por último las instituciones de afiliación de los autores también son muy variadas e internacionales
entre los primeros lugar se encuentran universidades rusas, americanas y francesas (Fig. 14).
REFERENCIAS
1. Williams G.C: Pleiotropy, natural selection, and the evolution of senescence. Evolution
1957, 11:398-411.
2. Ericsson M, Hanstorp D, Hagberg P, Enger J, Nyström T: Sorting out bacterial viability with
optical tweezers. J Bacteriol 2000, 182:5551-5555.
3. Nyström T: Starvation, cessation of growth and bacterial aging. Curr Opin Microbiol 1999,
2:214-219.
4. Matin A: The molecular basis of carbon-starvation-induced general resistance in
Escherichia coli. Mol Microbiol 1991, 5:3-10.
5. Hengge-Aronis R: The general stress response in Escherichia coli. In Bacterial Stress
Responses. Edited by Storz G, Hengge-Aronis R. Washington DC: American Society of
Microbiology Press; 2000:161-179.
6. Nyström T: Not quite dead enough. Arch Microbiol 2001, 176:159-164.
7. Larsen PL: Aging and resistance to oxidative damage in Caenorhabditis elegans. Proc Natl
Acad Sci USA 1993, 90:8905-8909.
8. Johnson TE, Cypser J, de Castro E, de Castro S, Henderson S, Murakami S, Rikke B, Tedesco
P, Link C: Gerontogenes mediate health and longevity in nematodes through increasing
resistance to environmental toxins and stressors. Exp Gerontol 2000, 35:687-694.
9. Yasuda K, Adachi H, Fujiwara Y, Ishii N: Protein carbonyl accumulation in aging dauer
formation-defective (daf) mutants of Caenorhabditis elegans. J Gerontol 1999, 54:47-51.