Tipos de PCR

PCR anidadaEn esta variante de PCR, el producto de una amplificación es utilizado como molde para realizar una segunda amplificación con iniciadores que se ubican dentro de la primera secuencia amplificada. Este tipo de PCR es altamente específica.

PCR in situ Es una PCR que se realiza en preparaciones fijadas sobre un portaobjeto. Consiste en una reacción de PCR en secciones histológicas o células, donde los productos generados pueden visualizarse en el sitio de amplificación. Se realiza para ello una primera amplificación del ADN blanco y luego detección mediante hibridación in situ convencional con sondas de ADN/ARN. De esta manera puede detectarse cantidades pequeñísimas del material genético.

PCR multiplexEs una PCR en la cual se amplifica más de una secuencia en una misma reacción. Emplea dos o más pares de iniciadores en un único tubo de reacción con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de ADN. Consiste en combinar en una única reacción todos los pares de iniciadores de los sistemas que queremos amplificar simultáneamente, junto con el resto de los reactivos de la reacción en cantidades suficientes. La ventaja de esta PCR es que se obtiene la información de varios loci en una sola reacción, utilizando menor cantidad de molde para el análisis y menor cantidad de reactivos. Se puede generar rápidamente la construcción de una base de datos.

PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR)Este tipo de PCR utiliza como molde inicial el ARN y se requiere de una transcriptasa inversa, para realizar la conversión del ARN a un tipo de ADN llamado ADNc (ADN complementario).

PCR tiempo realEs una reacción de PRC cuya principal característica es que permite cuantificar la cantidad de ADN o ARN presente en la muestra original. Se puede dividir en:

a) Técnica basada en fluorocromos no específicos.

b)Técnica basada en sondas específicas.

En las técnicas basadas en fluorocromos no específicos, el ADN se une al fluorocromo (por lo general SYBR Green) produciendo fluorescencia que es medida por un termociclador apto para PCR en tiempo real. Permite cuantificar sólo una secuencia por reacción, pero tiene la ventaja de utilizar iniciadores normales para su realización. Es mucho más económica que la PCR que utiliza sondas específicas. Las técnicas basadas en sondas específicas utilizan una sonda unida a dos fluorocromos que hibrida en la zona intermedia entre el iniciador directo (forward) y el inverso (reverse). Cuando la sonda esta intacta, presentan una transferencia energética de fluorescencia por resonancia (FRET). Dicha fluorescencia no se produce cuando las onda esta dañada y los dos fluorocromos

están distantes, producto de la actividad 5’ a 3`exonucleasa de la ADN polimerasa. Esto permite monitorizar el cambio de patrón de fluorescencia y deducir el nivel de amplificación del gen.

Random Primer PCREsta variante de la técnica es muy sensible y especifica, es muy útil en el estudio y diagnóstico de organismos de una misma especie con variaciones genéticas especificas. Su aplicación permite la amplificación de moléculas de ADN y genomas que varían entre400 pares de bases hasta 40 Mega bases. La técnica utiliza primesque consisten en un pool de secuencias de los extremos 3’ del ADN y una región 5’ constante para la detección del primer incorporado.

Bibliografía

http://www2.ine.gob.mx/publicaciones/libros/530/cap17.pdfhttp://antoniorondonlugo.com/blog/wp-content/uploads/2010/05/85-Reacción-en-cadena-de-la-polimerasa.pdf