silabo del curso iii

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO SILABO DE BIOLOGÍA MOLECULAR I. IDENTIFICACIÓN 1.1. Experiencia Curricular: BIOLOGÍA MOLECULAR 1.2. Facultad: FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS 1.3. Para estudiantes de la carrera: MICROBIOLOGIA Y PARASITOLOGIA 1.3.1. Sede: Trujillo 1.4. Calendario Académico: 2015-II 1.5. Año/Ciclo Académico: 4 1.6. Código de curso: 11564 1.7. Sección: B 1.8. Creditos: 4 1.9. Número de Rotaciones, veces que se desarrolla la experiencia curricular en el año/ciclo académico: 1 1.10. Duración por vez de rotación (Nro. de Semanas/Días): 16 1.11. Extensión horaria: 1.11.1. Total de horas semanales: 6 - Horas Teoría: 2 - Horas Práctica: 4 1.11.2. Total de Horas Año/Semestre: 102 1.12. Organización del tiempo Anual/Semestral: Tipo Total Unidad Semana/Día Actividades Hs I II III Aplazado - Sesiones Teóricas 32 10 10 12 --- - Sesiones Prácticas 52 16 16 20 --- - Sesiones de Evaluación 18 4 4 4 6 Total Horas 102 --- --- --- --- 1.13. Prerrequisitos: - Cursos: - GENÉTICA - BIOQUIMICA - Creditos: No necesarios 1.14. Docente(s): 1.14.1. Coordinador(es): Descripción Nombre Profesión Email Coordinador General Dr. CASTAÑEDA CARRION, IRMA NYDIA Biólogo-Microbiólogo [email protected] II. FUNDAMENTACIÓN Y DESCRIPCIÓN El curso de Biología Molecular está orientado a introducir al estudiante del IV ciclo de Microbiología y Parasitología en el campo de la biología molecular moderna y en su capacitación sobre las herramientas moleculares que son base fundamental en los trabajos de investigación de otras disciplinas relacionadas con el perfil del microbiólogo. El objetivo de este curso es presentar el marco teórico de los principios básicos de la biología molecular moderna y el rol de la bioinformática en el análisis de la información genética de los procariotas. Los mecanismos moleculares de la expresión de genes bacterianos y de su regulación. Los principios básicos y aplicados de la tecnología del ADN recombinante. III. APRENDIZAJES ESPERADOS Al concluir el curso de Biología Molecular, se espera que el alumno sea competente para: a) Usar las herramientas informáticas en el análisis de las secuencias de genomas b) Establecer la principal diferencia entre la organización genómica de procariotas y la de eucariotas. c) Determinar la organización de genomas bacterianos, de plásmidos y de transposones d) Explicar los mecanismos moleculares de replicación y transcripción del ADN bacteriano e) Explicar los mecanismos moleculares de la regulación de la replicación y transcripción. f) Explicar la síntesis in vitro de ácidos nucléicos y sus aplicaciones g) Comprender las técnicas de detección de ácidos nucleicos h) Diferenciar los tipos de plásmidos vectores. i) Comprender el rol de lo transposones en mutagénesis bacteriana j) Determinar el rol de las endonucleasas de restricción en clonación y transformación bacteriana k) Comprender el genotipo de bacterias utilizadas en transformación. IV. PROGRAMACIÓN 4.1. UNIDAD 1 4.1.1. Denominación: Principios básicos de la Biología Molecular Pág. 1

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

SILABO DE BIOLOGÍA MOLECULARI. IDENTIFICACIÓN

1.1. Experiencia Curricular: BIOLOGÍA MOLECULAR1.2. Facultad: FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS1.3. Para estudiantes de la carrera: MICROBIOLOGIA Y PARASITOLOGIA

1.3.1. Sede: Trujillo1.4. Calendario Académico: 2015-II1.5. Año/Ciclo Académico: 41.6. Código de curso: 115641.7. Sección: B1.8. Creditos: 41.9. Número de Rotaciones, veces que se desarrolla la experiencia curricular en el año/ciclo académico: 11.10. Duración por vez de rotación (Nro. de Semanas/Días): 161.11. Extensión horaria:

1.11.1. Total de horas semanales: 6- Horas Teoría: 2- Horas Práctica: 4

1.11.2. Total de Horas Año/Semestre: 1021.12. Organización del tiempo Anual/Semestral:

Tipo Total Unidad Semana/DíaActividades Hs I II III Aplazado

- Sesiones Teóricas 32 10 10 12 ---- Sesiones Prácticas 52 16 16 20 ---- Sesiones de Evaluación 18 4 4 4 6

Total Horas 102 --- --- --- ---

1.13. Prerrequisitos: - Cursos:

- GENÉTICA- BIOQUIMICA

- Creditos: No necesarios1.14. Docente(s):

1.14.1. Coordinador(es):

Descripción Nombre Profesión EmailCoordinador General Dr. CASTAÑEDA CARRION,

IRMA NYDIABiólogo-Microbiólogo [email protected]

II. FUNDAMENTACIÓN Y DESCRIPCIÓNEl curso de Biología Molecular está orientado a introducir al estudiante del IV ciclo de Microbiología yParasitología en el campo de la biología molecular moderna y en su capacitación sobre las herramientasmoleculares que son base fundamental en los trabajos de investigación de otras disciplinas relacionadas conel perfil del microbiólogo.El objetivo de este curso es presentar el marco teórico de los principios básicos de la biología molecularmoderna y el rol de la bioinformática en el análisis de la información genética de los procariotas. Losmecanismos moleculares de la expresión de genes bacterianos y de su regulación. Los principios básicos yaplicados de la tecnología del ADN recombinante.

III. APRENDIZAJES ESPERADOSAl concluir el curso de Biología Molecular, se espera que el alumno sea competente para:a) Usar las herramientas informáticas en el análisis de las secuencias de genomas b) Establecer la principal diferencia entre la organización genómica de procariotas y la de eucariotas. c) Determinar la organización de genomas bacterianos, de plásmidos y de transposonesd) Explicar los mecanismos moleculares de replicación y transcripción del ADN bacterianoe) Explicar los mecanismos moleculares de la regulación de la replicación y transcripción.f) Explicar la síntesis in vitro de ácidos nucléicos y sus aplicacionesg) Comprender las técnicas de detección de ácidos nucleicosh) Diferenciar los tipos de plásmidos vectores.i) Comprender el rol de lo transposones en mutagénesis bacterianaj) Determinar el rol de las endonucleasas de restricción en clonación y transformación bacterianak) Comprender el genotipo de bacterias utilizadas en transformación.

IV. PROGRAMACIÓN

4.1. UNIDAD 1

4.1.1. Denominación: Principios básicos de la Biología Molecular

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

4.1.2. Inicio: 2015-08-24 Termino: 2015-09-24 Número de Semanas/Días: 5

4.1.3. Objetivos de Aprendizaje

Al finalizar esta unidad el alumno será competente para:a) Seleccionar un determinado genoma bacteriano a partir de la principal base de datos (GenBank)b) Utilizar las herramientas informáticas virtuales para analizar la organización y estructura delgenoma bacteriano.c) Explicar los mecanismos moleculares de replicación y transcripción bacterianad) Explicar los mecanismos moleculares en la regulación de replicación y transcripción bacteriana

4.1.4. Desarrollo de la Enseñanza-Aprendizaje:

Semana/Día

Actividades y Contenidos

Semana/Día 1Inicio: 2015-08-24Termino: 2015-08-27

Reunión Inaugural (24-08-15) Exposición del sílabo Sesión Teórica (ST) 01Biología Molecular: Principales aspectos históricos. Importancia en microbiología. Rol de labioinformática. Genomas: ADN como material genético. Genoma de eucariotas. Genoma bacteriano: Tipo, tamaño yorganización. Secuencias repetitivas. Operón ribosómico. Densidad de genes. Pseudogenes. Anotación de genomas. Definición y representación del mapa genético de la información contenidaen un genoma bacteriano.

Sesión Práctica (SP) 01 (26-08-15)a) Acceso a la principal base de datos de material genético GenBank (National Center forBiotechnology Information) b) Interpretación de la terminología utilizada en la anotación de las secuencias de genomasc) Identificación de herramientas bioinformáticas

(SP) 02 (27-08-15)a) Reconocer la principal diferencia en la organización del material genético de un eucariota y unprocariota. b) Identificar las principales características del genoma de la bacteria modelo explicada en clase:Tamaño, topología. c) contenido de guanina/citosina (G+C), densidad de genes. Número y posición de operonesribosomales (rrn).d) Seleccionar la secuencia de un genoma bacteriano, el cual será utilizado como modelo para elestudio de todos los eventos moleculares que se desarrollarán durante el semestre.

Semana/Día 2Inicio: 2015-08-31Termino: 2015-09-03

(ST) 02 (31-08-15) Estructura y propiedades de los ácidos nucléicos ADN y ARN. Ciclo de replicación del ADN:Hipótesis del replicón: iniciador y replicador. Replicación del genoma de Escherichia coli.Secuencias funcionales del oriC (origen de replicación). oriC de diferentes bacterias. Fases de lareplicación. Mecanismos de regulación de la replicación del ADN bacteriano.

(SP) 03 (02-09-15) En la secuencia del genoma de la bacteria seleccionada: a) Identificar las principales características del genoma: Tamaño, topología, contenido deguanina/citosina (G+C) y densidad de genesb) Determinar el número y posición de operones ribosomales (rrn) En la secuencia de la bacteria modelo explicada en clase: a) Determinar la posición y organización de los genes que participan en la replicaciónb) Representar el mapa genético de los genes que participan en la replicaciónc) Predecir el origen de replicación (oriC)

(SP) 04 (03-09-15) En la secuencia del genoma de la bacteria seleccionada: a) Determinar la posición y organización de los genes que participan en la replicaciónb) Representar el mapa genético de los genes que participan en la replicaciónc) Predecir el origen de replicación (oriC)

Semana/Día 3Inicio: 2015-09-07

Pág. 2

(ST) 03 (07-09-15) Transcripción: Gen funcional. Promotores bacterianos. Terminadores intrínsecos de la transcripción.ARN polimerasa de E. coli y rol de cada una de sus subunidades. Fases de la transcripción.

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Termino: 2015-09-10

(SP) 05 (09-09-15) En la secuencia del genoma de la bacteria modelo E. coli: a) Determinar la posición y organización de los genes que codifican las subunidades de la ARNpolimerasa.b) Identificar los marcos abiertos de lectura (ORF) con los codones de inicio y de términoc) Representar el mapa transcripcional d) Identificar las secuencias codificadoras (CDS) y el aminoácido inicial de la traducción.

(SP) 06 (10-09-15) En la secuencia del genoma de la bacteria seleccionada:a) Determinar la posición y organización de los genes que participan en la transcripción.b) Identificar los marcos abiertos de lectura (ORF) con los codones de inicio y de términoc) Representar el mapa transcripcionald) Identificar las secuencias codificadoras (CDS) y el aminoácido inicial de la traducción.

Semana/Día 4Inicio: 2015-09-14Termino: 2015-09-17

(ST) 04 (14-09-15)Regulación de la transcripción. Mecanismos géneticos de regulación de operones inducibles y represibles. Tipos de promotores bacterianos y su estructura. Predicción de promotores, terminadoresy operones.

(SP) 07 (16-09-15)En la secuencia del genoma de la bacteria modelo E. coli: a) Detectar promotores y terminadores de un operon ribosomalb) Detectar el número de ARN de transferencia (tRNA) por cada operón ribosomal. c) Analizar el tipo de tRNA, el anticodón y confirmar su estructura característica.

(SP) 08 (17-09-15) En la secuencia del genoma de la bacteria modelo E. coli: a) Detectar promotores y terminadores de los operones lactosa y triptófano b) Representar el mapa genético y transcripcional de los operones lactosa y triptófano

En la secuencia del genoma de cada bacteria seleccionada: a) Detectar promotores y terminadores de un operon ribosomalb) Detectar el número de ARN de transferencia (tRNA) por cada operón ribosomal. c) Analizar el tipo de tRNA, el anticodón y confirmar su estructura característica.

Semana/Día 5Inicio: 2015-09-21Termino: 2015-09-24

(ST) 05 (21-09-15)Traducción: tipos de ARN bacteriano. Fases de la traducción. Secuencias codificadoras (CDS). Interpretación de la traducción in sílico.

(23-09-15) EXAMEN PRÁCTICO (Bionet)Presentación del cuaderno de laboratorio

(24-09-15) EXAMEN TEÓRICO

4.1.5. Evaluación del Aprendizaje:

Semana/Día

Técnica/Instrumento

Semana/Día 1Inicio: 2015-08-24Termino:2015-08-27

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 2Inicio: 2015-08-31Termino:2015-09-03

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 3

Pág. 3

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

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Inicio: 2015-09-07Termino:2015-09-10Semana/Día 4Inicio: 2015-09-14Termino:2015-09-17

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 5Inicio: 2015-09-21Termino:2015-09-24

(23-09-15) El examen de práctica será tomado en Bionet y estará relacionado con:La aplicación de los aspectos teóricos y el uso de herramientasinformáticas para resolver, analizar e interpretar los problemaspropuestos (Internet, computadora, Formato).

El cuaderno de laboratorio, calificado al final de cada unidad, debecumplir los siguientes criterios: - Contener el registro cronológico y evidencia del desarrollo de lasprácticas de acuerdo a la programación silábica e instructivo específico. - Contener solamente la información del trabajo práctico ejecutadodurante su permanencia en el horario de práctica (Bionet). - Tener la firma de la profesora al final de cada práctica ejecutada(como evidencia del trabajo realizado durante el horario de práctica).

Solamente se calificará las prácticas en las que el alumno registraasistencia

(24-09-15) El examen teórico (Prueba escrita):Incluirá aspectos impartidos en las reuniones teóricas y de práctica.Contendrá preguntas objetivas, de desarrollo y análisis.

4.2. UNIDAD 2

4.2.1. Denominación: Elementos géneticos bacterianos móviles

4.2.2. Inicio: 2015-09-28 Termino: 2015-10-29 Número de Semanas/Días: 5

4.2.3. Objetivos de Aprendizaje

Al finalizar la Unidad II, el alumno será competente para:a) Identificar las características estructurales y organización genética de los plásmidos circulares ytransposonesb) Identificar los elementos estructurales de los sistemas de replicación, movilización y particiónde los plásmidos circularesc) Describir los pasos secuenciales de los mecanismos de replicación, movilización y partición delos plásmidos circularesd) Describir los mecanismos de regulación de la replicación y segregación de los plásmidoscircularese) Predecir los mecanismos de replicación, movilización y partición de los plásmidos circulares decada bacteria seleccionadaf) Describir los pasos secuenciales del mecanismo de transposición y comprender uso de losmini-transposones en la genómica funcional

4.2.4. Desarrollo de la Enseñanza-Aprendizaje:

Semana/Día

Actividades y Contenidos

Semana/Día 6Inicio: 2015-09-28Termino: 2015-10-01

(ST) 06 (28-09-15) Elementos genéticos móviles (MGEs). Genes accesorios de los MGEs. Plásmidos: tamaño, topologíay número de copias. Organización genética de diversos tipos de replicón de plásmidos circulares. Mecanismo de replicación Theta: Orígenes de la replicación con Iterones y replicación dependientedel gen Rep (pPS10). Orígenes de replicación sin iterones y replicación independiente de Rep(ColE1). Regulación de la replicación

(SP) 09 (30-09-15) a) En cada bacteria seleccionada: confirmar el número de plásmidos circulares (pequeños, medianos,

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grandes y mega).b) Se puede elegir otra bacteria alternativa como fuente de plásmidos circulares (SP) 10 (01-10-15) a) En las secuencias de la bacteria seleccionada y sus plásmidos correspondientes: analizar laorganización genómica de plásmidos circulares pequeños y megaplásmidos; comparar su contenidode guanina y citosina en relación a la bacteria huésped.b) Determinar la diferencia genómica estructural entre megaplásmido y genoma bacteriano.

Semana/Día 7Inicio: 2015-10-05Termino: 2015-10-08

(ST) 07 (05-10-15)Replicación por desplazamiento de cadena de ADN (RSF1010): estructura del replicón, locifuncionales del oriV y proteínas RepA, RepB’ y RepC.Replicación por Círculo rodante (pMV158). Origen de replicación de banda temprana (dso) y bandatardía (sso). Mecanismos moleculares de la replicación de banda temprana y tardía. Regulación de lareplicación

(SP) 11 (07-09-15)a) En las secuencias de los plásmidos modelo explicados en clase: determinar la organizacióngenómica del replicón, identificar el origen de replicación y los elementos estructurales queparticipan en la replicación theta, desplazamiento de cadena y círculo rodante.b) En las secuencias de los plásmidos circulares pequeños de cada bacteria seleccionada o de otrabacteria alternativa a elegir: identificar los elementos estructurales que participan en la replicación ypredecir su mecanismo de replicación

(08-10-15) Feriado no laborable (no se considera para la programación de clases)Semana/Día 8Inicio: 2015-10-12Termino: 2015-10-15

(ST) 08 (12-10-15) Movilización de plásmidos: organización de la región de movilización. Origen de transferencia en pMV158 y RSF1010. Relaxosoma, relaxasa y proteínas accesorias. Plásmidos “helper”. Conjugación(pili conjugativo y sistema de secreción tipo IV).Segregación de plásmidos: Difusión al random y partición sistema de partición. Locus de particióntipo I (F1) y tipo II (R1). Eventos moleculares del mecanismo de partición y su regulación.

(SP) 12 (14-10-15) En las secuencias de los plásmidos circulares pequeños de cada bacteria seleccionada o de otrabacteria alternativa a elegir:a) Identificar los elementos estructurales que participan en la replicaciónb) Predecir su mecanismo de replicación

(SP) 13 (15-10-15) a) En la secuencia de los plásmidos RSF1010 y pMV158: Determinar la organización genómica ylos elementos estructurales de los módulos de movilización.b) En la secuencia del plásmido F: Determinar la organización de los elementos estructurales delmódulo de partición.c) En las secuencias de los plásmidos de cada bacteria seleccionada o de otra bacteria alternativa:detectar el módulo de movilización analizando su organización genómica e identificando suselementos estructurales.

Semana/Día 9Inicio: 2015-10-19Termino: 2015-10-22

(ST) 09 (19-10-15) Transposones bacterianos: Características estructurales generales. Organización genética de Tn5,Tn7 y Tn10.Mecanismos moleculares de la transposición. Uso de mini-Tn10 en la genómicafuncional bacteriana.

(SP) 14 (21-10-15) a) En las secuencias de los plásmidos de cada bacteria seleccionada o de otra bacteria alternativa:detectar el módulo de partición analizando su organización genómica e identificando sus elementosestructurales.

(SP) 15 (22-10-15) En las secuencias de los transposones Tn5, Tn7 y Tn10: Determinar la organización genómica y suselementos estructurales

Semana/Día 10Inicio: 2015-10-26

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(ST) 10 (26-10-15) Plásmidos: Incompatibilidad, Rango de hospederos, ventaja selectiva que le confiere a la bacteriahuésped

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Termino: 2015-10-29

(28-10-15)EXAMEN PRÁCTICO (Bionet)Presentación del cuaderno de laboratorio

(29-10-15) EXAMEN TEÓRICO

4.2.5. Evaluación del Aprendizaje:

Semana/Día

Técnica/Instrumento

Semana/Día 6Inicio: 2015-09-28Termino:2015-10-01

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 7Inicio: 2015-10-05Termino:2015-10-08

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 8Inicio: 2015-10-12Termino:2015-10-15

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 9Inicio: 2015-10-19Termino:2015-10-22

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 10Inicio: 2015-10-26Termino:2015-10-29

(28-10-15) El examen de práctica será tomado en Bionet y estará relacionado con:La aplicación de los aspectos teóricos y el uso de herramientasinformáticas para resolver, analizar e interpretar los problemaspropuestos (Internet, computadora, Formato).

El cuaderno de laboratorio, calificado al final de cada unidad, debecumplir los siguientes criterios: - Contener el registro cronológico y evidencia del desarrollo de lasprácticas de acuerdo a la programación silábica e instructivo específico. - Contener solamente la información del trabajo práctico ejecutadodurante su permanencia en el horario de práctica (Bionet). - Tener la firma de la profesora al final de cada práctica ejecutada(como evidencia del trabajo realizado durante el horario de práctica).

Solamente se calificará las prácticas en las que el alumno registraasistencia

(29-10-15) El examen teórico (Prueba escrita):Incluirá aspectos impartidos en las reuniones teóricas y de práctica.Contendrá preguntas objetivas, de desarrollo y análisis.

4.3. UNIDAD 3

4.3.1. Denominación: Tecnología del ADN recombinante y aplicaciones de la reacción en cadena de lapolimerasa (PCR)

4.3.2. Inicio: 2015-11-02 Termino: 2015-12-10 Número de Semanas/Días: 6

4.3.3. Objetivos de Aprendizaje

Al finalizar la Unidad III el alumno será competente para:

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a) Explicar el rol de cada uno de los componentes de una reacción de PCRb) Diseñar oligonucleótidos y programar perfiles térmicos de amplificaciónc) Explicar los diferentes tipos de PCR y su aplicación en clonación, detección y cuantificación deexpresión de genes d) Comprender el rol del mini-Tn10 en la mutagénesis bacterianae) Predecir el efecto de la inserción del mini-Tn10 en los genomas bacterianos f) Determinar el rol de las endonucleasas de restricción en clonacióng) Determinar los mapas de restricción de las bacterias seleccionadas y plásmidos circulares

4.3.4. Desarrollo de la Enseñanza-Aprendizaje:

Semana/Día

Actividades y Contenidos

Semana/Día 11Inicio: 2015-11-02Termino: 2015-11-05

(ST) 11 (02-11-15) Enzimas de restricción (RE) de uso en Biología Molecular. Endonucleasas de restricción tipo II.Nomenclatura de RE. Sitio de restricción o reconocimiento. Secuencias palindrómicas. Patrones decorte. Isoschizomeros, neoschizomeros y enzimas de restricción especiales. Restricción enzimática,fases y mecanismos moleculares. Frecuencia de sitios de restricción. Mapas de restricción. (SP) 16 (04-11-15)a) En la secuencia del genoma de la bacteria seleccionada: Predecir la frecuencia de distribución quetendría un sitio de restricción de 6 bpb) Uso de las bases de datos para encontrar las enzimas de restricción, isoschizomeros yneoschizomeros que cortan la secuencia de un plásmido circular pequeño c) Obtener el perfil de restricción de un plásmido circular pequeño (SP) 17 (05-11-15) En la secuencia de cada operón ribosómico de la bacteria seleccionada: a) Detectar los sitios de restricción para I-Ceu-I en el gen 23S rDNAb) Predecir el mapa de restricción I-Ceu-I de la secuencia de su genomac) Determinar el número de enzimas de restricción que cortan el gen 16S rDNA.

Semana/Día 12Inicio: 2015-11-09Termino: 2015-11-12

(ST) 12 (09-11-15) Reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Componentes de la reacción de PCR. Clases de ADNpolimerasas termoestables y sus actividades enzimáticas. Oligonucleótidos “primers” para PCR:características, tipos y diseño. Fases de una reacción de PCR convencional y parámetros paraprogramar un perfil térmico de amplificación.

(SP) 18 (11-11-15)a) Uso de las principales bases de datos para seleccionar las ADN polimerasasb) Uso de programas estándares para el diseño de “primers” (SP) 19 (12-11-15) De la secuencia del genoma de cada bacteria seleccionada:a) Diseñar “primers” para detección de un determinado gen mediante PCR convencionalb) Comprobar la identidad de la secuencia de los oligonucleótidos diseñados con el templete c) Comprobar la orientación correcta de los oligonucleótidos en el templete

Semana/Día 13Inicio: 2015-11-16Termino: 2015-11-19

(ST) 13 (16-11-15) Tipos de moléculas reporteras fluorescentes que se intercalan en el ADN de doble banda; Sondas dehidrólisis (TaqMan) y de hibridización. Tipos de PCR y sus aplicaciones. Nested-PCR. “Overlap-extension” PCR. PCR arbitrario. PCR entiempo real (RT-PCR). RT-PCR cuantitativo. Gen de referencia y gen problema. Curvas deamplificación y disociación. Trascripción reversa: Transcriptasa reversa y tipos de oligonucleótidos. (SP) 20 (18-11-15) a) De la secuencia del genoma de cada bacteria seleccionada diseñar “primers” para cuantificaciónde un determinado gen mediante PCR en tiempo real

b) De la secuencia de los plásmidos seleccionados elegir dos genes funcionales: Determinar el perfil de restricciónDiseñar “primers” para la amplificación Comprobar la identidad de la secuencia de los oligonucleótidos con el templete Comprobar la orientación correcta de los oligonucleótidos en el templete

(SP) 21 (19-11-15)

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Continuación con el diseño de “primers” de los dos genes funcionalesSemana/Día 14Inicio: 2015-11-23Termino: 2015-11-26

(ST) 14 (23-11-15) Clonación molecular. Plásmidos vectores ADN y sus características estructurales. Genes marcadores(antibióticos y reporteros). Tipos de vectores: clonación, expresión, suicidas para mutagénesis. Adición de sitios de restricción a productos PCR para su clonación. Ligación de ADN en vectores.Tipos de ligasas y mecanismo molecular de la ligación. Mutagénesis por transposones (STM)utilizando mini-Tn10. Análisis de mutantes con inserciones simples de mini-Tn10. Detección de lossitios de inserción y efecto en el fenotipo bacteriano.

(SP) 22 (25-11-15)

Diseñar “primers” para amplificar y fusionar los dos genes funcionales previamente seleccionados.

(SP) 23 (26-11-15) Adicionar sitios de restricción a los “primers” para la amplificación y clonación de los dos genesfuncionales fusionados.

Semana/Día 15Inicio: 2015-11-30Termino: 2015-12-03

(ST) 15 (30-11-15) Transformación bacteriana in vitro. Principales sistemas de restricción y modificación bacteriana.Características genotípicas de cepas de E. coli utilizadas en transformación. Células competentes.Transformación química y electroporación. Alfa complementación. Secuenciación de ácidosnucléicos. Ensamblaje de secuencias. (SP) 24 (02-12-15) a) Programar los perfiles térmicos de amplificación de los genes funcionales fusionados.b) Seleccionar el plásmido vector de clonación c) Seleccionar la E. coli huésped que sería utilizada en un probable evento de transformación “invitro”EXAMEN DE REZAGADO

(SP) 25 (03-12-15) Publicación de inhabilitadosEXAMEN SUSTITUTORIO

Semana/Día 16Inicio: 2015-12-07Termino: 2015-12-10

(ST) 16 (07-12-15) Técnicas de detección de ADN: Electroforesis e hibridización.

(09-12-15) EXAMEN PRÁCTICO (Bionet)Presentación del cuaderno de laboratorio

(10-12-15) EXAMEN TEÓRICO

4.3.5. Evaluación del Aprendizaje:

Semana/Día

Técnica/Instrumento

Semana/Día 11Inicio: 2015-11-02Termino:2015-11-05

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 12Inicio: 2015-11-09Termino:2015-11-12

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 13Inicio: 2015-11-16Termino:

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Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Page 9: Silabo Del Curso III

UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

2015-11-19Semana/Día 14Inicio: 2015-11-23Termino:2015-11-26

Para la práctica dispondrán del instructivo con el procedimiento

Semana/Día 15Inicio: 2015-11-30Termino:2015-12-03

(02-12-15) EXAMEN DE REZAGADO: Prueba escrita (Incluirá aspectosimpartidos en las reuniones teóricas de la unidad correspondiente)

(03-12-15) EXAMEN SUSTITUTORIO: Prueba escrita (Incluirá principalmentepreguntas de análisis o aplicación de los aspectos teórico-prácticodesarrollados a la fecha. La nota obtenida reemplazará a la nota más bajadel examen teórico de la unidad desaprobada (las dos primeras)

Semana/Día 16Inicio: 2015-12-07Termino:2015-12-10

(09-12-15) El examen de práctica será tomado en Bionet y estará relacionado con:La aplicación de los aspectos teóricos y el uso de herramientasinformáticas para resolver, analizar e interpretar los problemaspropuestos (Internet, computadora, Formato).

El cuaderno de laboratorio, calificado al final de cada unidad, debecumplir los siguientes criterios: - Contener el registro cronológico y evidencia del desarrollo de lasprácticas de acuerdo a la programación silábica e instructivo específico. - Contener solamente la información del trabajo práctico ejecutadodurante su permanencia en el horario de práctica (Bionet). - Tener la firma de la profesora al final de cada práctica ejecutada(como evidencia del trabajo realizado durante el horario de práctica).

Solamente se calificará las prácticas en las que el alumno registraasistencia

(10-12-15) El examen teórico (Prueba escrita):Incluirá aspectos impartidos en las reuniones teóricas y de práctica.Contendrá preguntas objetivas, de desarrollo y análisis.

4.4. APLAZADO

Semana/Día Técnica/Instrumento Semana/Día 17 Examen de Aplazado, evaluaciones pertimentes

del curso.

V. NORMAS DE EVALUACIÓNBase Legal: Reglamento de Normas Generales de Evaluación del Aprendizaje de los Estudiantes dePregrado de la Universidad Nacional de Trujillo.1. LA NOTA FINAL DEL CURSO se obtendrá del promedio aritmético de las notas de las tres unidades(Art. 20). Se considera aprobado si la nota obtenida por el estudiante es igual o mayor a 10.5

La evaluación de cada unidad incluye: EXAMEN TEÓRICO (ET) EXAMEN PRÁCTICO (EP) DESEMPEÑO EN EL ASPECTO PRÁCTICO (DP). Promedio aritmético de la calificación del Cuadernode laboratorio y la Asistencia La nota de unidad se obtendrá del promedio aritmético de las calificaciones de ET, EP y DP, con lasponderaciones de 2, 1 y 1 respectivamente

2. El alumno que acumule más del 30 % de inasistencia será considerado INHABILITADO.

3. Art.22º.El estudiante que hubiese rezagado una evaluación parcial, deberá rendirla antes de la evaluaciónde la última parte, unidad. Si en esta oportunidad tampoco se presentase, el profesor le asignará la nota

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CERO.

4. Art. 24º El examen de aplazado será tomado en la fecha fijada en el sílabo y abarcará la totalidad de loscontenidos desarrollados

5. Art. 37º (e). Solicitar la revisión de los instrumentos de evaluación y de los criterios de evaluaciónutilizados o de los puntajes obtenidos, al profesor del curso y a la correspondiente autoridad académica,dentro del plazo máximo de 48 horas de haber sido informados de los resultados.

6. Art.38º Sólo tendrán derecho a ser evaluados, los estudiantes que hayan registrado matrícula en laasignatura. El estudiante que no acredite matrícula no podrá exigir bajo ningún motivo registro de asistenciay derecho a ser evaluado.

7. Art.16°. La comunicación de los resultados de las evaluaciones se dará a conocer en el salón de clase

8. Normas específicas en la Experiencia Curricular:a) Los alumnos que necesiten rezagar el examen teórico de las unidades 1 y 2, deberán comunicar porescrito a la coordinación, mínimo con 48 horas de anticipación. Los estudiantes que no cumplan esta normaserán calificados con la nota CERO. En caso de alguna emergencia de salud, la justificación debidamentedocumentada debe ser presentada en un plazo máximo de 48 horas después de la fecha de dicha evaluación.

b) El examen práctico no se rezaga. Los estudiantes que no cumplan esta norma serán calificados con lanota de CERO.

c) El cuaderno de laboratorio debe estar disponible en todas las sesiones de práctica consignadas en elsílabo. El registro del trabajo se realizará directamente en el cuaderno de laboratorio durante el período depráctica. (No se acepta el uso de papel adicional)

d) El cuaderno de laboratorio será firmado por la profesora al finalizar cada sesión de práctica. Se calificarásólo el trabajo registrado durante la práctica.

e) Se concederá puntos adicionales a la nota de examen teórico o práctico a los estudiantes que respondancorrectamente y en forma voluntaria (durante teoría o práctica) a preguntas de razonamiento y análisis.

f) El examen teórico puede incluir preguntas extra créditos, las cuales serán resueltas opcionalmente. Sinembargo, se asignará el calificativo correspondiente sólo cuando la respuesta es correcta.

g) Como actividad remediable opcional se propone la alternativa de rendir un sólo examen teóricosustitutorio para los alumnos que demuestren el 100% de asistencia a la teoría.

VI. CONSEJERÍA/ORIENTACIÓN1. Propósito. Lograr que los estudiantes del curso de Biología Molecular tengan una asesoría adicional parareforzar u optimizar el aprendizaje en el desarrollo de sus trabajos prácticos individuales.2. Estrategias de prestación del servicio. Se brindará el servicio de consejería en aspectos relacionados conel manejo de las herramientas informáticas y el análisis de la información genética. Reservar su cita por víaelectrónica con un día de anticipación.3. Lugar y horario semanal: Oficina. Martes 3-5 pm.

VII. BIBLIOGRAFÍA1. Allison, L.A. 2011. Fundamental Molecular Biology. 2nd ed. John Wiley & Sons. USA.672 p.2. Brown, T.A. 2010. Gene cloning and DNA analysis. 6th ed. Wiley-Blackwell. 320 p.3. Casali, N. and A. Preston. 2003. E. coli Plasmid Vectors: Methods and Applications. Humana Press. 316p.4. Castañeda-Carrión I.N., M. Whiteley and L.R. Krumholz. 2009. Characterization of pNC1, a small andmobilizable plasmid for use in genetic manipulation of Desulfovibrio africanus. J Microbiol Methods.79:23–315. Castañeda-Carrión I.N., C. Sheik and L.R. Krumholz. 2010. Desulfovibrio africanus sbsp. uniflagellumsubsp. nov., a sulfate-reducing bacterium from a uranium contaminated subsurface aquifer. Int Syst EvolMicrobiol. 60: 880–8866. Dale, J.W. and S. Park. 2004. Molecular Genetics of Bacteria. 4th ed. John Wiley & Sons, Ltd. U.K. 337p7. Funnell B.E. and G.J. Phillips. 2004. Plasmid Biology. ASM Press. USA. 614 p.8. Glick B.R., J.J. Pasternak and Ch.L. Patten. 2010. Molecular Biotechnology: Principles and applicationsof recombinant DNA. 4th ed. ASM Press. USA. 1000 p.

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9. Rashidi H.H. and L.K. Buehler. 2005.Bioinformatics Basics.Applications in Biological Science andMedicine. 2nd ed.CRC Press.360 p.10. Saunders N.A. and A.L. Martin. 2013. Real-Time PCR: Advanced Technologies and Applications.Horizonpress.UK. 300 p.11. Stephenson F.H. 2010. Calculations for Molecular Biology and Biotechnology. A Guide to Mathematicsin the Laboratory. 2nd ed. Academic Press. 458 p.12. Tropp B. E. 2012. Molecular Biology: Genes to Proteins. 4th ed. Jones & Bartlett Publishers.1098 p.

El presente Silabo de la Experiencia Curricular "BIOLOGÍA MOLECULAR", ha sido Visado por elDirector de la ESCUELA ACADEMICO PROFESIONAL DE MICROBIOLOGIA Y PARASITOLOGIA,quien da conformidad al silabo registrado por el docente CASTAÑEDA CARRION, IRMA NYDIA que fuedesignado por el jefe del DEPARTAMENTO ACADEMICO DE MICROBIOLOGIA Y PARASITOLOGIA.

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