secuenciación masiva en cáncer€¦ · mediana supervivencia (meses) 1 año (%) 2 año (%) 1980s...
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Coordinación científica:Dr. Fernando Rivera HerreroHospital Universitario Marqués de Valdecilla,
Santander
Organizado por: Fundación para el progreso
de la oncología en Cantabria
Secuenciación Masiva en CáncerJavier Freire Salinas
Dr. Biología Molecular
HUMV
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Medianasupervivencia
(meses)
1 año(%)
2 año(%)
1980s 4-6 10 -
2000 8 30-35 10-15
2005 12 50 20
2015 14-15 60 30
2016… Medicina personalizada…?
Cáncer de pulmón
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Clasificación morfológica
Escamoso
34%
otros
11%
Adenocarcinoma
Genotipado del NSCLC
CCnP
Escamoso
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Hematox
p40, TTF1 ALK & EGFR
Hematox
21
2/5
Diagnóstico diferencial y
molecular
9
10
11...
20
Nuevos dianas moleculares
Y después de EGFR and ALK?
Ensayos clínicos ultimas fase y dianas ya aprobadas
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SECUENCIACIÓN DEL GENOMA
7
ACGTGGTAA CGTATACAC TAGGCCATA
GTAATGGCG CACCCTTAG
TGGCGTATA
CATA…
ACGTGGTAATGGCGTATACACCCTTAGGCCATA
Short fragments of DNA
AC..GC
TT..TCCG..CA
AC..GC
TG..GT TC..CC
GA..GCTG..AC
CT..TG
GT..GC AC..GC AC..GC
AT..ATTT..CC
AA..GC
Short DNA sequences
ACGTGACCGGTACTGGTAACGTACA
CCTACGTGACCGGTACTGGTAACGT
ACGCCTACGTGACCGGTACTGGTAA
CGTATACACGTGACCGGTACTGGTA
ACGTACACCTACGTGACCGGTACTG
GTAACGTACGCCTACGTGACCGGTA
CTGGTAACGTATACCTCT...
Sequenced genome
Genome
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SECUENCIACIÓN DEL EXOMA (WE)
Muchas menos bases Mayor cobertura
28X 280X
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Data tsunami
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SECUENCIACIÓN DE PANELES DE GENES
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Y después de EGFR y ALK?
Ensayos clínicos y dianas ya aprobadas
Y ahora TMB!!!! Hematox
Hematox
21
5
/
1
Diagnóstico diferencial y
molecular 6
7
8...
20
NGS
IHC panel: p40, TTF1
ALK & EGFR
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Qué es el TMB?:
Carga mutacional tumoral
Se define como el número de mutaciones
somáticas, de tipo SNP, o pequeñas inserciones
o deleciones, por megabase del genoma
secuenciado
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Porqué es útil para predecir respuesta a inmunoterapia?
Sharabi et al The Oncologist 2017, 22:631–637
Anagnostou et al. Cancer Discov March 1 2017 (7) (3) 264-276
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De
via
tio
n f
rom
ac
tua
l T
MB
(%
)
Snyder A et al. N Engl J Med. 2014;371(23):2189-2199
Datasheet Oncomine™ Tumor Mutation Load Assay
Correlación GENOMA con Paneles pequeños
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15
OTROS MARCADORES NO DEPENDIENTES DE TMB
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Ensayo multigénico para
biomarcadores
& TMB
Ensayo multigénico
expresión de puntos de
control para
inmunoterapia
Decisión clínica con
todos los datos
MUESTRA
NGS Y ONCOLOGÍA
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• Objetivos que hay que alcanzar para NGS generalizada
–Alta cobertura con precio razonable
– Tiempo clínicamente relevante
• Desafíos
– Alto coste de infraestructuras
– Personal con cualificación
– BIG DATA
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The New Yorker
"Here's my sequence”
Tratamiento del cáncer en el futuro…?