Concepción Campos Asensio Bibliotecaria-Documentalista Hospital Universitario de Getafe ccampos.hugf@salud.madrid.org Twitter @biblioGETAFE BiblioGETAFE http://ccamposhugf.wordpress.com/

17 de diciembre de 2014

PubMed

Nivel principiantes Nivel avanzado

Qué es PubMed

Historia

Acceso

Búsqueda sencilla

Visualización de los resultados

Manejo de los resultados

Búsqueda

avanzada Personalización

Pantalla de búsqueda

avanzada

Búsqueda booleana

con etiquetas de campos

Búsqueda con

MeSH

Configuración de una

cuenta personal

Definición de filtros

para los resultados

Salvar los resultados

de mis búsquedas

Salvar estrategias y

Creación de alertas

Ventana de búsqueda básica

Pantalla Advanced Search

5 5 5

Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos:

- Clinical Study Category - Systematic Reviews - Medical Genetics

HERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA / PubMed Tools

Single Citation Matcher: Busca referencias partiendo de los datos conocidos.

Muy útil para localizar referencias

incompletas, verificar datos...

OTROS RECURSOS / More Resources

MESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base de datos ha asignado a los referencias.

Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por: título, abreviatura, ISSN, especialidades…

• Cada campo de un registro bibliográfico, se identifica mediante una etiqueta de dos o más letras (calificadores de campo), que podemos añadir a continuación de cada término entre corchetes: ej.: mycobacterium bovis[mh].

• Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no importa si se escriben en mayúscula o minúscula ni el espacio. Ej.:

cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]

• Campos estructurados y no estructurados

Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de tuberculosis y publicado en 1999:

Artículos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis pulmonar:

Artículos de revisiones en inglés que traten sobre la terapéutica del asma en niños preescolares:

Pero debes saber que….

La búsqueda con etiquetas desactiva el Automatic Term Mapping (ATM)

[ti] puede utilizarse para buscar palabras o frases en el

campo de título pero NO para el título completo

• MedPost: identifica nuevas frases desde los

campos de título y abstract de PubMed

• La frase se añade si: • se produce al menos 3 veces en la base de datos

• contiene al menos 1 carácter alfabético

• tiene como máximo 6 palabras

• Las frases se añaden a los índices de PubMed

dos veces al mes

Smith L, Rindflesch T, Wilbur WJ. MedPost: a part-of-speech tagger for bioMedical text. Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2320-1. Epub 2004 Apr 8. PubMed PMID: 15073016. Disponible en: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/20/14/2320.long

12 12 12

• Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)‏

• Vocabulario controlado de términos biomédicos que describen

el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de

datos Medline

• Es una característica distintiva de MEDLINE

• Aproximadamente 27.000 términos médicos

• Revisados anualmente

• Organizados de manera polijerárquica

• 1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro

MeSH Browser disponible en:

http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23.

Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.

MeSH Vocabulary Type Examples

Headings Body Weight, Kidney, Dental Cavity Preparation, Self Medication, Brain Edema, Oseltamivir

Subheadings adverse effects, genetics, contraindications, ultrastructure

Publication Types Letter, Review, Practice Guideline, Twin Study

Supplementary Concept Records

cordycepin, albuterol-ipratopium, carbon monoxyde dehydrogenase, nocturnin

Entry Terms:

•Neoplasms, Pulmonary

•Neoplasm, Pulmonary

•Pulmonary Neoplasm

•Neoplasms, Lung

•Lung Neoplasm

•Neoplasm, Lung

•Pulmonary Neoplasms

•Lung Cancer

•Cancer, Lung

•Cancers, Lung

•Lung Cancers

•Cancer of Lung

•Pulmonary Cancer

•Cancer, Pulmonary

•Cancers, Pulmonary

•Pulmonary Cancers

•Cancer of the Lung

Lung Neoplasms

Tumors or cancer of the LUNG.

Si en un artículo se discute de más de 3 conceptos principales

relacionados, se indizará con el encabezamiento MeSH más general bajo

el cual están todos jerarquizados.

• Los encabezamientos específicos también pueden ser indexados pero

no como Major Topics.

Ejemplo:

Si el artículo discute sobre las infecciones por Helicobacter pylori,

Clostridium difficile, peptostreptococci y vancomycin-resistant enterococci

será indizado como BACTERIAL INFECTIONS

(Ejemplo PMID 9360057 y 22763792)

• Algunos encabezamientos son considerados para cada artículo (“check‏tags”)

• Incluye:

• Species (incluidos Humans)

• Sex

• Age groups (para humans)

• También periodos históricos de tiempo y embarazo

• Generalmente son indizados aunque solo sean meramente mencionados, a diferencia de otros MeSH headings

•Describen un aspecto (cualificadores) particular de un encabezamiento MeSH

•Hay 83 subheadings organizados por categorías:

Administration & dosage Adverse effects Complications Diagnosis Drug therapy Epidemiology Organization & administration Pharmacokinetics Prévention & control Surgery Therapeutic use

•Ejemplo: Lung Neoplasms/diagnosis

Disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/2012/introduction/subhierarchy.html

con enlaces a las definiciones

adverse effects

poisoning

toxicity

physiology

genetics

growth & development

immunology

metabolism

biosynthesis

blood

cerebrospinal fluid

deficiency

enzymology

pharmacokinetics

urine

physiopathology

secretion

therapy

diet therapy

drug therapy

nursing

prevention & control

radiotherapy

rehabilitation

surgery

transplantation

Estructura jerárquica completa y definiciones están disponibles en:

http://www.nlm.nih.gov/mesh/2012/introduction/subhierarchy.html

Review

Editorial

Letter

Interactive Tutorial

Clinical Trial, Phase III

Twin Study

Lista completa de tipos y enlaces a las definiciones está disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/pubtypes.html

Revised 2014/03

MeSH Headings

Disposición jerárquica

Subheadings

Actualización anual

Entry Terms

Sin jerarquía:

• no búsqueda ampliada

No subheadings

Actualización semanal

Entry Terms

Mapeo de Heading

Puede convertirse en MeSH Heading

Search Results (# records)

Xanthophylls [nm] 2000

Xanthophylls [mh] 2923

Xanthophylls 3166

OTROS RECURSOS / More Resources Seleccionamos MeSH dentro del menú More Resources de la página de inicio de PubMed

Una vez en la pantalla de MeSH Database, escribimos Eye y pulsamos Search

En el resultado encontrado, pinchamos en Eye

Subheadings o subencabezamientos

MeSH Major Topic y Do Not Explode

Nos aparece el registro completo para Eye

Este término está situado en dos ramas

Posición del término en la estructura jerárquica

Términos relacionados de posible interés

31 31 31

...

Término que escribo: Probiotics

Pulsar‏sobre‏“Search”...

En niños con diarrea ¿la administración

de probióticos produce una disminución

de la Intensidad y/o de la duración

de la diarrhea?

Introducimos “probiotics” en la ventana de Mesh Database

32 32 32

Término Mesh “Probiotics”: leer la definición y escoger uno o varios subdescriptores

Definición

Subencabezamientos: escoger

el o los que tengan relación con

nuestra pregunta

...Así que marcaremos la casilla

“therapeutic‏use”

Del término “Probiotics” nos interesa su utilidad terapéutica...

33 33 33

Para ello en‏la‏ventana‏“PubMed search builder”,‏pulsamos sobre el botón “Add to search builder”,‏y‏el término, con su subencabezamiento, aparece en la ventana

34 34 34

Introducimos el nuevo término y hacemos clic‏sobre‏“Search”...

... Así que marcamos aquellos subdescriptores que se refieran a tratamiento: “diet therapy”,‏“drug therapy”‏y‏“therapy”

35 35 35

...y lo hacemos seleccionando:

1): el operador booleano AND

2): haciendo clic posteriormente sobre botón de

“Add to search builder”

Para lanzar nuestra búsqueda y ver los resultados

recuperados con esta estrategia hacemos clic en el botón de‏“Search PubMed”

36 36 36

Limitamos el resultado marcaremos, por ejemplo,‏“Meta-Analysis”‏

(tipo de artículo),‏“All‏Child”‏(Edad)

Desde 1996 en MEDLINE para cada MeSH de una sustancia

química y fármaco hay asignado uno o más encabezamientos

que‏describen‏su‏acción‏farmacológica‏(“Pharmacological‏

Action”‏o‏PA)

1. Cuando buscamos por la acción específica de un

medicamento, la etiqueta del término de la acción es [mh]

Medicamento AND Pharmacological Action [mh]

Ej.:

recupera artículos sobre el litio como antidepresivo

2. Cuando buscamos por un grupo de medicamentos con una

misma acción farmacológica con una enfermedad la etiqueta

es [pa]

Enfermedad AND Pharmacological Action[pa]

Ej.:

recupera artículos sobre cualquier medicamento antidepresivo

y desorden de pánico

• MeSH es el vocabulario controlado para la indización temática y búsqueda en

MEDLINE/PubMed

• Hay cuatro tipos de MeSH:

• Headings

• Subheadings

• Publication Types

• Supplementary Concept Records

• MeSH‏utiliza‏sinónimos‏conocidos‏como‏“Entry‏terms”

• MeSH tiene una organización jerárquica o arbórea

• Los indizadores designan los temas principales de los artículos como MeSH

Major Topics

• Para encontrar los término MeSH hay que usar la MeSH Database

• Utilizar My NCBI Site Preferences para personalizar la visualización de

PubMed (más adelante)

•Realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed

•Las búsquedas son más precisas pero menos sensibles

•Debemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE

Medline Indexing Online Training Course disponible en:

http://www.nlm.nih.gov/bsd/indexing/training/USE_010.htm

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Es una herramienta que permite guardar/recuperar en un servidor remoto (accesible en cualquier momento con solo conectarse a Internet) estrategias de búsqueda, crear alertas, guardar referencias bibliográficas e incluso personalizar, mediante la elección de filtros, el uso de PubMed.

Es necesario un registro previo

Artículos que sean ECC o RS: (randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])) OR systematic[sb]

Temática Atención Primaria:‏("primary‏care"‏OR‏“Primary‏Healthcare”‏OR‏"family‏practice"‏OR‏"family‏physician"‏OR‏"family‏physicians"‏OR‏“Primary‏Care‏Physician”‏OR‏“Primary‏Care‏Physicians”‏OR‏"general‏practice"‏OR‏"general‏practitioners"‏OR‏"general‏practitioner"‏OR‏“family‏medicine”‏OR‏"Primary‏Health‏Care"[Mesh] OR "Physicians, Primary Care"[Mesh] OR "Primary Care Nursing"[Mesh])

Ancianos: (geriatr* OR elder* OR older OR "senior citizen" OR "senior citizens" OR retired OR retirement OR Retiree* OR "social security" OR "nursing home" OR "assisted living" OR "nursing home" OR "nursing homes" OR pension* OR senil* OR dementia OR grandparent* OR grandmother* OR grandfather* OR grandma* OR grandpa* OR septuagenarian* OR octagenarian* OR sexagenarian* OR nonagenarian* OR centenarian* OR supercentenarian*) AND (aged[mesh]OR elderly[TI] OR AGED[TI] OR SENIOR[TI] OR "aged, 80 and over")

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