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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

• Partimos de un archivo de datos que contiene 5secuencias de mRNA asociado a la CFTRhttp://madma.usc.es/cursoverano/materiales

• Abrimos el ClustalX en la carpeta “C:\ClustalX”de tu PC.

• Hay la opción de usar el Clustal via web

• Cargamos el archivo de datos en la aplicaciónClustalX.


• La mandamos alinear sin perfil previo.

• Si aparecen gaps hay que eliminar esascolumnas.

• Por último recortamos para quedarnos consecuencias de longitud 250.

Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias

• Usaremos el paquete webPhylip en ladirecciónhttp://biocore.unl.edu/WEBPHYLIP/

• Usaremos el programa DNAdist

• Hay varias opciones( Kimura, J. Cantor,etc..)

• El resultado es una matriz que sirve deentrada para el siguiente paso.

Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias

Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA

• Partimos de una matriz de distancias paracalcular el árbol.

• Hay dos métodos, Fitch-Margoliash,Neighbor-Joining

• El resultado es una tabla con los tamañosde las ramas, un árbol elaborado concaracteres ASCII en un archivo de texto yun código para dibujarlo.

Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA

Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol

• Se puede hacer directamente en elpaquete. El resultado sale en un archivops.

• Sólo hay que darle a la opción adecuadaen la salida de la práctica anterior.

• Hay otros programas para dibujar árboles,la entrada es el código del que yahablamos anteriormente.


• Usaremos el treeview para dibujar y editarel árbol.

• El archivo de entrada contiene lacodificación del árbol que nos da elpaquete Phylip.

Práctica 5: Máximaverosimilitud


•Usaremos los como entrada de datos unacolección de secuencias alineadas sin huecos.•El resultado será un árbol, el más verosimil.•La entrada tiene varias opciones queexaminaremos en detalle.

Práctica 6: Máximaparsimonia

Práctica 6: Máximaparsimonia

•Existen dos programas para hacer máxima parsimonia.•La diferencia básicamente consiste en el algoritmo de búsquedade la solución optima en el espacio de árboles•El procedimiento es similar a los anteriores métodos•Lo haremos directamente sobre el programa

Práctica 7: Un poco deexperimentación


Esta práctica es un resumen de todo lo visto hasta ahora.Se trata de hacer un árbol de filogénia para las 14 especiescitadas en el artículo



Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.



Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.Paso 2: Traerlas y grabarlas en formato FastaPaso 3: Alinearlas con Clustal y recortarlasPaso 4: grabarlas en formato PhyllipPaso 5: usar el paquete Phylip para hacer los distintos tipos deárboles y compararlos.

Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá

En esta práctica se trata de comprobar la potencia de losdistintos métodos de reconstrucción a partir de una matriz dedistancias.Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:Paso 2: Calcular la matriz de distancias.Paso 3: Usar esa matriz para calcular los árboles por losdistintos métodos y compararlos con el de partida.


Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:

A

BC

D

E

F

1

12

32

2.52.5

1

11.5

Matriz de distancias

ABCDEF

A B C D E F0 2 6 10 10 10 0 6 10 10 10 0 10 10 10 0 5 5 0 2 0

Práctica 9: otra simulaciónPráctica 9: otra simulación

Paso 1: Partir de una secuencia de ADN de longitud 20Paso 2: Sobre el árbol de la práctica anterior, ir haciendomutaciones aleatorias (en un número proporcional a la longitudde la rama).Paso 3 Grabar las seis secuencias obtenidas.Paso 4 Aplicar los diversos métodos para reconstruir el árbol defilogenia.

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