informe de vigilancia basada en laboratorio · este informe presenta el análisis de los datos de...
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Informe de vigilancia basada en laboratorio
Resultados sobre la confirmación diagnóstica de baciloscopías,
aislamientos de micobacterias y resistencia a drogas
antituberculosas. Costa Rica, 2016
Carlos Trabado Alpízar
Tres Ríos, La Unión, Cartago, Costa Rica
Junio de 2017
Contenido 1. Introducción ....................................................................................................................................... 2
2. Situación de la tuberculosis en Costa Rica y en la región ......................................................... 2
3. Baciloscopías para confirmación diagnóstica de la Tuberculosis, como indicador .............. 4
4. Otras micobacterias .......................................................................................................................... 6
5. Aislamientos por tipo de muestra ................................................................................................. 10
6. Situación de la resistencia a drogas antituberculosas ............................................................. 13
7. Carencia de datos en las boletas de solicitud ........................................................................... 16
8. Observaciones y recomendaciones ............................................................................................. 18
Centro Nacional de Referencia de
Micobacteriología CNRM
2
1. Introducción
La tuberculosis es una enfermedad de declaración obligatoria en Costa Rica. El
Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, CNRM, es el encargado de
garantizar la calidad del diagnóstico de laboratorio de la tuberculosis en el ámbito
nacional, así como de llevar a cabo la vigilancia epidemiológica, apoyando la
prevención y control de esta enfermedad.
Desde 1997, el CNRM ejecuta funciones de diagnóstico de laboratorio
especializado en micobacterias, confirmación y tipificación, así como de gestión
y aseguramiento de la calidad del diagnóstico realizado por la red nacional de
laboratorios, proceso que incluye el mejoramiento continuo de su recurso
humano.
El diagnóstico especializado realizado por el CNRM consiste en la identificación
mediante métodos moleculares de Mycobacterium tuberculosis (MTB) y otras
micobacterias, además, de la determinación de resistencia a drogas de primera
y segunda líneas, esto último, con base en pruebas bioquímicas y biología
molecular.
Este informe presenta el análisis de los datos de la vigilancia basada en el
laboratorio de la tuberculosis del año 2016, sin embargo, se incluyen datos de
años previos para mostrar el comportamiento de algunas variables.
2. Situación de la tuberculosis en Costa Rica y en la región
Luego de una escalada en el año 2004, la incidencia de tuberculosis (gráfico 1)
comienza una reducción importante y sostenida; la tasa de 21 casos por 100 000
habitantes en aquel año, decrece hasta alcanzar una incidencia de 11 casos en
2015. En el 2016, preliminarmente se reporta una tasa menor, con un valor
cercano a 10 casos por 100 000 habitantes, que sin embargo, debemos confirmar
cuando se validen los datos, en el segundo semestre de 2017.
Costa Rica tiene la tasa de disminución en la incidencia de TB más alta de la
región, de 4% anual (gráfico 2), sin embargo, para cumplir con la meta del milenio
(0,1/100 000 habitantes), debe alcanzarse cuanto antes, al menos el 9% anual.
Esto exige importantes cambios en la estrategia de control e inversión de
recursos extraordinarios, con los que por lo general, no se cuenta.
El gráfico 3, muestra la situación de los países de la región en el año 2015; incluye,
aquellos de los que Costa Rica recibe más migrantes. La situación de la
tuberculosis en esos países encierra un riesgo para el alcance de las metas
nacionales de eliminación, de ahí, la importancia de implementar en fronteras, en
asentamientos humanos, en salas de emergencias, en privados de libertad y en
general, poner al alcance de las poblaciones de riesgo, métodos diagnósticos
sensibles y rápidos.
3
Gráfico 1. Incidencia de tuberculosis. Tasa por 100 000 habitantes
Costa Rica, 2000-2015
_____________________________________________________ Fuente: Banco Mundial.
Gráfico 2. Reducción anual en la incidencia necesaria para alcanzar la Meta de
Eliminación de TB en 2050, Costa Rica.
_____________________________________________________ Fuente: Organización Panamericana de la Salud.
4
Se debe contar, en sitios estratégicos, con sistemas digitales de rayos X, así
como con equipos Xpert MTB/Rif® y GeneXpert® Omni, para pruebas
moleculares completamente automatizadas, que simultáneamente detectan a
Mycobacterium tuberculosis y resistencia a rifampicina. El GeneXpert® Omni, es
portátil.
El beneficio de estos equipos supera el costo de cada análisis, ya que brinda un
diagnóstico precoz que permite un tratamiento adecuado, cortando la cadena de
trasmisión, disminuyendo el riesgo de muerte y brindando equidad en el
diagnóstico.
Gráfico 3. Incidencia de tuberculosis. Tasa por 100 000 habitantes en países de
la región, 2015
_____________________________________________________ Fuente: Banco Mundial.
3. Baciloscopías para confirmación diagnóstica de la Tuberculosis, como indicador
Conforme con la norma nacional, cada laboratorio debe enviar mensualmente al
CNRM, el 100% de las baciloscopías reportadas positivas.
En Costa Rica, la primera herramienta empleada para el diagnóstico de
laboratorio de la tuberculosis por la mayoría de los centros de salud, sigue siendo
25
31
50
11
51
43
43
25
0 10 20 30 40 50 60
Belice
Colombia
Panamá
Costa Rica
Nicaragua
Honduras
El Salvador
Guatemala
5
la baciloscopía. Es por ello que el número de baciloscopías positivas puede
emplearse como un indicador que al ser actualizado mes a mes, brinda una idea
aproximada de la incidencia de país.
El Gráfico 4 muestra el número de baciloscopías positivas desde 2003. En el año
2003 se comenzó a cristalizar la gestión de la red nacional para confirmación
diagnóstica de baciloscopías y el envío de muestras al INCIENSA. Luego de tres
años de gestión, se logró un incremento en la participación de los laboratorios
que se vio reflejado con los envíos y como consecuencia de esto, un incremento
en la confirmación de muestras positivas de 21 a 256 baciloscopías.
Gráfico 4. Baciloscopías confirmadas positivas para el diagnóstico de
tuberculosis según año. Costa Rica, 2003-2016
____________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
El promedio mensual de laboratorios participantes, desde 2009, se aprecia en el
gráfico 5.
6
Gráfico 5. Promedio mensual de laboratorios participantes de Confirmación
Diagnóstica, según año. Costa Rica, 2009-2016
____________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
En tanto el promedio mensual de laboratorios participantes de la confirmación
diagnóstica conserve un promedio mayor a 90 y las baciloscopías sigan siendo
la herramienta más empleada en el país, el indicador será útil y con la ventaja de
que se actualiza mensualmente, cosa que no es posible con otros indicadores.
4. Otras micobacterias
La razón de los aislamientos entre Mycobacterium tuberculosis y otras
micobacterias fue durante años, de siete a uno. Entre el 85 y el 93% de las
identificaciones correspondían a M. tuberculosis, sin embargo, en los últimos dos
31
41
62
74
87 8689
93
0
10
20
30
40
50
60
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90
100
2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
7
años, el porcentaje de aislamientos de otras micobacterias casi se duplicó. En
2016 representaron el 31%.
Gráfico 6. Porcentaje de aislamientos entre otras micobacterias y
Mycobacterium tuberculosis. Costa Rica, 2014-2016
____________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
Durante el proceso de construcción del laboratorio de contención de nivel 3
(LBS3), el CNRM solamente se dedicó a la identificación de M. tuberculosis. Es
por ello que entre el 2011 y el 2013 las otras micobacterias fueron reportadas
como Mycobacterium sp. A partir de 2014 se retomó la identificación de otras
micobacterias, empleando biología molecular (Gráfico 7).
84
7069
16
3031
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
2014 2015 2016
Mycobacterium tuberculosis Otras
8
Gráfico 7. Aislamientos de otras micobacterias. Costa Rica, 2008-2016
___________________________________________
Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
3 2 26
11166
51 4
2 1
42
4
1
00
01
1
1
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1
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4
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7
23
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10
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1
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1
2
2
5
2
2
3
1
2
2
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1
2 0 0 8 2 0 0 9 2 0 1 0 2 0 1 4 2 0 1 5 2 0 1 6
NÚ
MER
O D
E A
ISLA
MIE
NTO
SMycobacterium abscessus Mycobacterium abscessus / immunogenum
Mycobacterium africanum Mycobacterium avium
Mycobacterium avium-intracellulare Mycobacterium bovis BCG
Mycobacterium chelonae Mycobacterium chelonae / immunogenum
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium gordonae
Mycobacterium intracellulare Mycobacterium kansasii
Mycobacterium lentiflavum Mycobacterium marinun
Mycobacterium mucogenicum Mycobacterium simiae
Mycobacterium szulgai Mycobacterium terrae
9
Antes de 2014, las identificaciones de las otras micobacterias se realizaron por
métodos bioquímicos y por sus limitaciones, el porcentaje de reportes hasta
género fue muy elevado.
La diferencia entre la sensibilidad y especificidad de ambos métodos, bioquímico
y biología molecular, se puede apreciar fácilmente en el gráfico 7. Los métodos
bioquímicos se dejaron de utilizar en el CNRM en 2010.
En el gráfico 8, puede apreciarse como 36,4 por ciento de la micobacterias
ambientales aisladas durante 2016, fueron Mycobacterium fortuitum.
Mycobacterium fortuitum fue descrito en las ranas, por lo que al ser reconocida
como especie en 1923 se le dio el nombre de Mycobacterium ranae. La
denominación de M. fortuitum le fue dada por Da Costa Cruz en 1938, cuando lo
aisló de abscesos subcutáneos producidos por inyecciones de vitaminas, pero
hasta 1972 se aceptó el nuevo nombrei.
Gráfico 8. Micobacterias ambientas más frecuentemente aisladas (porcentaje).
Costa Rica, 2016
___________________________________________
Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
M. fortuitum se encuentra distribuido en la naturaleza y ha sido aislado de
diferentes hábitats acuáticos y del suelo, lo cual constituye una de las principales
fuentes de contagio en las infecciones adquiridas en la comunidad. En el CNRM
el 83,3% de M. fortuitum se aislaron de muestras de esputo (gráfico 9).
i Ruiz V, Lonca J. Mycobacterium fortuitum y otras micobacterias no pigmentadas de crecimiento rápido. Boletín de Control de Calidad. Madrid: SEIMC, 2000. Págs 41-47
36,4
13,0
12,3
9,7
7,8
0,0 5,0 10,0 15,0 20,0 25,0 30,0 35,0 40,0
MYCOBACTERIUM FORTUITUM
MYCOBACTERIUM INTRACELLULARE
MYCOBACTERIUM ABSCESSUS
MYCOBACTERIUM CHELONAE
MYCOBACTERIUM GORDONAE
10
Gráfico 9. Porcentaje de aislamientos de M. fortuitum, por tipo de muestra.
Costa Rica, 2016
___________________________________________
Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
5. Aislamientos por tipo de muestra
El CNRM clasifica las muestras recibidas en tres grupos: cepas, biopsias y
enteras. Las cepas son los cultivos líquidos o sólidos con algún crecimiento
identificado por los laboratorios de la red. Las muestras enteras corresponden a
las que no son cepas ni biopsias; principalmente se trata de esputos y muestras
bronquiales (lavados o aspirados), líquidos cefalorraquídeos, peritoneales,
pleurales, orina, entre otras (gráficos 10 y 11).
Más del 65% de las muestras recibidas hasta 2016, fueron muestras enteras
(gráfico 10), sin embargo, solo el 39,5% de éstas, resultaron positivas. El
porcentaje de positividad de las biopsias, también fue bajo (gráfico 11).
A partir de 2017 y en cumplimiento con lo dispuesto en la Norma Nacional, el
CNRM, recibe y procesa de rutina: cepas, líquidos estériles (líquido
cefalorraquídeo, líquido pleural, líquido pericárdico, líquido peritoneal, líquido
ascítico y cualquier otro líquido biológico estéril), orina y jugo gástrico. No
procesa de rutina y solo recibe mediante una solicitud expresa y en casos
especiales, de las autoridades de salud: biopsias y muestras respiratorias tales
como esputos, lavados bronquiales y aspirados.
83
,3
4,2
2,1
2,1
2,1
2,1 4
,2
E S P U T O L A V . B R O N Q U I A L
L Í Q U I D O P L E U R A L
P I E L S E C . B R O N Q U I A L
S E C R E C I Ó N T E J I D O
11
De esa manera, se concentran los recursos del Centro en el cumplimiento de sus
funciones sustantivas, mientras que la red nacional, asume los análisis que está
en capacidad de realizar.
Gráfico 10. Porcentaje de muestras recibidas para análisis, según tipo. Costa
Rica, 2011-2016
______________________________________________________________
Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
Gráfico 11. Porcentaje de aislamientos de micobacterias por tipo de muestra.
Costa Rica, 2014-2016
______________________________________________________________
Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
2,9 7,4 7,5 9,7 10,6 7,9
17,3
21,226,7 20,2 19,6 26,2
79,871,4
65,8 70,1 69,8 65,9
0,0
10,0
20,0
30,0
40,0
50,0
60,0
70,0
80,0
90,0
100,0
2.011 2.012 2.013 2.014 2.015 2.016
Biopsia Cepa Entera
20,3 22,912,0
57,962,1
48,5
21,8 15,0
39,5
2 0 1 4 2 0 1 5 2 0 1 6
Biopsia Cepa Entera
12
Gráfico 12. Mycobacterium tuberculosis, porcentaje de identificaciones según
región de salud. Costa Rica, 2013 a 2016
____________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
El gráfico 12 muestra los porcentajes de aislamientos de M. tuberculosis, según
región, con excepción de los Hospitales Nacionales (gráfico 13).
En los últimos cuatro años, las regiones que han tenido más aislamientos de M. tuberculosis, son en orden descendente, los Hospitales Nacionales, la región
Huetar Atlántica y las regiones Centrales sur y norte. La región con menor
porcentaje de aislamientos es Pacífico Central.
En Hospitales Nacionales y las regiones norte y sur, se concentra la mayor
población, por lo que son resultados de esperar, sin embargo, la región Huetar
Atlántica, ocupa un segundo lugar.
La región Huetar Atlántica requiere de una especial atención; mejorar la calidad y
oportunidad del diagnóstico y el acceso a los servicios de salud.
2,6
17,4
11,9
3,9 5,42,6
12,73,7
14,9
13,5
3,9 1,32,4
15,3
4,1
9,4
11,2
4,9
1,4 3,7
12,0
10,8
10,2
9,2
4,6
2,13,3
13,3
C H O R O T E G A C E N T R A L S U R C E N T R A L N O R T E
B R U N C A P A C Í F I C O C E N T R A L
H U E T A R N O R T E
H U E T A R A T L Á N T I C A
2.013 2.014 2.015 2.016
13
Gráfico 13. Mycobacterium tuberculosis, porcentaje de identificaciones en
Hospitales Nacionales. Costa Rica, 2013 a 2016
____________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
6. Situación de la resistencia a drogas antituberculosas
Para la OMS, la resistencia a los medicamentos antituberculosos aparece como
consecuencia del uso indebido de los antibióticos durante el tratamiento de las
personas afectadas de tuberculosis. El uso incorrecto se da por la administración
de regímenes terapéuticos inadecuados por parte de los agentes de salud y éstos
no se aseguren de que el paciente siga el tratamiento hasta el final.
Entonces, la resistencia a fármacos surge principalmente en zonas donde los
programas de lucha antituberculosa son deficientes. El último informe mundial,
destaca, que la resistencia a las drogas de primera línea empleadas por décadas
ha aumentado de manera sostenida. Se han notificado casos de TB
ultrarresistente (TB-XR) en más de 80 países y la proporción de casos de TB-XR
entre los pacientes con TB-multirresistente (TB-MDR) es cercana al 10% (OMS)ii.
Esto no sucede en Costa Rica.
Debido la efectividad de la implementación del tratamiento estrictamente
supervisado y a su adecuada sostenibilidad, los factores indicados por la OMS
no han representado un problema para el país. Los pocos casos de TB-MDR se
han dado por situaciones muy particulares y puntuales.
iihttp://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs104/es/
43,5 45,0
53,4
46,5
0,0
10,0
20,0
30,0
40,0
50,0
60,0
2.013 2.014 2.015 2.016
14
El Gráfico 14 muestra los resultados de las investigaciones realizadas en el CNRM
en 2013 y 2014, sobre la resistencia a fármacos de primera línea. En 2013, la
resistencia a isoniacida fue de 11%; la resistencia al etambutol fue la menos
frecuente, del 7%. Ese año, en números absolutos, nueve pacientes presentaron
resistencias, de los cuales tres fueron MDR.
En 2014, la resistencia a isoniacida y a rifampicina, se redujo a un 5,3%. No se
detectó resistencia al etambutol y la estreptomicina se redujo en un 7%. En total,
cuatro pacientes y un nuevo caso MDR.
Gráfico 14. Porcentajes de resistencia (fenotíficas) del Mycobacterium tuberculosis a los antibióticos de primera línea. Costa Rica, 2013-2014
___________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
9,59
6,85
10,969,59
2,56
0
5,13
5,13
E S T R E P T O M I C I N A E T A M B U T O L I S O N I A C I D A R I F A M P I C I N A
2.013 2.014
15
Gráfico 15. Mutaciones de resistencia (porcentajes) del Mycobacterium tuberculosis detectadas (isoniacida y rifampicina). Costa Rica, 2015-2016
___________________________________________________ Fuente: Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, Inciensa
El gráfico 15, muestra las mutaciones detectadas en 2015 y 2016. La resistencia
a isoniacida relacionada con el gen katG, detecta las mutaciones S3151
(AGC»ATC), S315N (AGC»AAC), S315T (AGC»ACC) y S315T (AGC»ACA),
mientras que la relacionada con el gen inhA, detecta las mutaciones en -15 (C»T),
-8 (T»A) y -8 (T»C). Como puede observarse en el gráfico 16, el 56% de las
mutaciones se detectaron en inhA.
El gen relacionado con la resistencia a rifampicina, es rpoB e incluye 17
mutaciones y una deleción. Se detectó alguna mutación en muestras de 10
pacientes, cuatro a rifampicina, nueve a isoniacida, tres pacientes MDR. No se
detectaron mutaciones a fluoroquinolonas ni a drogas inyectables.
En el CNRM se detectan, para las fluoroquinolonas, siete mutaciones en el gen
gyrA, mientras que para las drogas inyectables, tres mutaciones para el gen rrs y
tres para el eis.
Teniendo en consideración el repunte de la enfermedad en el ámbito mundial,
estos resultados son satisfactorios y un referente del Programa Nacional de la
Tuberculosis.
7,148,53
3,25
4,58
2 . 0 1 5 2 . 0 1 6
Isoniacida Rifampicina
16
Gráfico 16. Porcentaje de hallazgos de mutaciones de resistencia en los genes
inhA y katG (isoniacida). Costa Rica, 2016
7. Carencia de datos en las boletas de solicitud
El llenado incompleto de las boletas de solicitud afecta el análisis de datos y la
emisión de informes a las autoridades.
En el gráfico 17 se compara los datos faltantes en 2016, según se trate de boletas
de solicitud para diagnóstico o para confirmación diagnóstica. La falta de datos
en las boletas de diagnóstico tienen impacto en los informes epidemiológicos.
Los datos de residencia de los pacientes, cédula de identidad u otra
identificación, así como de toma de la muestra son muy importantes desde el
punto de vista epidemiológico, por lo que se debe prestar especial atención al
llenado completo de las boletas.
44%
56%
katG inhA
17
Gráfico 17. Datos faltantes en boletas de solicitud. CNRM, 2016
________________________________________ Fuente: Sistema de Información Institucional, Inciensa
Una boleta puede acompañar una o más muestras. Se debe llenar una boleta
para diagnóstico por paciente, sin embargo, una boleta para confirmación
diagnóstica de baciloscopías, puede contener información de muchas muestras
y de diferentes pacientes. Es necesario concientizar a las personas encargadas
de llenar las boletas sobre la importancia de incluir los datos solicitados.
2,43
0
0,37
0
0,74
3,1
3,67
5,31
2,85
12,54
0,01
0,83
0,04
6,77
16,39
18,32
29,66
0,29
0 5 10 15 20 25 30 35
Cédula
Primer apellido
Segundo apellido
Nombre
Fecha de nacimiento
Provincia
Cantón
Distrito
Fecha de toma de muestra
Boleta Confirmación diagnóstica Boleta de diagnóstico
18
8. Observaciones y recomendaciones
El Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, con el apoyo de las
autoridades de Inciensa y el aporte de la Junta de Protección Social, han
cumplido con el compromiso de incluir tecnología de punta para el diagnóstico
de la tuberculosis y de las nuevas formas de resistencia a drogas antifimicas. Los
diagnósticos están disponibles en un tiempo menor, con el consecuente impacto
sobre las metas de eliminación. Se recomienda a las autoridades de la Caja
Costarricese de Seguro Social incluir esta tecnología en los laboratorios de
segundo y primer nivel, con el fin de aumentar la sensibilidad y especificidad
diagnóstica.
El trabajo conjunto CCSS/INCIENSA/Ministerio de Salud, ha permitido contribuir
con el Plan Mundial para Detener la Tuberculosis y lograr los Objetivos de
Desarrollo del Milenio hasta 2015, sin embargo, se deben invertir recursos
adicioanles, para alcanzar un tasa de reducción anual de al menos 9%, a fin de
eliminar esta enfermedad.