dbGaPのTopページからdbGap Data Browserへ移動する。

dbGaPにLog inする

Log in 後の最初に表示される画面まずは自分のProjectとdata accessが許可されているかどうか確認するため“My Projects” タブへ移動する。

Projectのタイトル所属施設のS.O.の先生の名前 My Projectタブから右下の ”get dbGaP repository key”をclickするとprj_25768.ngc というrepository keyが記載されたbinary fileが得られる

Project number (左端のカラムに表示されている)

ProjectのタイトルData accessの申請が許可されている場合は、Statusのカラムに ”Approved” と表示される。

右端のカラムの “Request Files” をclickする。

今回は RNA sequencing のbam fileをdownload するため“SRA data” のタブを click する。

“SRA RUN selector” をclick します。

Download したい sampleをkeyword で絞り込む

Dataをdownloadする際に各sampleのSRR番号を指定する必要がある。

複数samplesをまとめてdownloadする場合は左端のチェックボックスに☑すると、上の段の“Cart file” ボタンが有効になるのでclickする。

これにより “cart_DAR*****_*****.krt”という名前のbinary fileが得られる。