biotecnología avanzada - biología sintética
DESCRIPTION
Presentación del diplomado de Biotecnología Avanzada en el tema de Biología Sintética. La Biología Sintética como una rama emergente de la Biotecnología dedicada al diseño y la construcción de organismos genéticamente modificados para realizar funciones y procesos a la medida de las necesidades del ser humano. Fundamentos de la Biología Sintética: Estandarización, Abstracción, Modularidad y Modelado Matemático/Cuantificación. ¿Para qué nos sirve la Biología Sintética? 1.- Regulación genética 2.- Mecanismos de Bioseguridad 3.- Simplificar metodologías y acercamientos 4.- Predicción y análisis de resultados 5.- Múltiples aplicacionesTRANSCRIPT
Biología Sintética Biotecnología Avanzada
Biología Sintética
Modificar o imitar sistemas biológicos, con el objetivo final de ingenieriar (engineer) organismos vivos para cumplir con un determinado propósito o función.
(Drubin et al. 2007)
Biología SintéticaUna amalgama entre la Biología y la Ingeniería.
(Drubin et al. 2007)
(Kaznessis 2007)
Biología SintéticaRama emergente de las ciencias biológicas basada en la cuantificación.
Biología SintéticaDiseño y la construcción de nuevas funciones y sistemas biológicos que no existen en la naturaleza.
(Sleight et al. 2010)
Biología SintéticaDisciplina que busca la aplicación de los principios ingenieriles de abstracción y caracterización para el diseño de sistemas biológicos.
(Ellis et al. 2010; EASAC 2011)
Diseño y construcción de sistemas biológicos novedosos, con un enfoque en sistemas completos, compuestos de múltiples genes y productos génicos. La adición y/o modificación de funciones biológicas en organismos existentes, creando nuevos sistemas biológicos con propiedades hechas a la medida.
(Peisajovich 2007).
Biología Sintética
SintéticaBiología
Funciones, no características
Ideas novedosas
Hecho a la medida
Principios de ingeniería
Cuantificación
Sistemas biológicos completos
Principios fundamentalesde Biología Sintética
Estandarización Abstracción
Modularidad Modelado y cuantificación
quéParaes importante
#SynBiopara
Regulacióngénica
Regulacióngénica
El RepressilatorElowits & Liebler 2000
Imitar un sistema biológico natural
pSC101 origin
TetR
TetRλ cI
ampR
λ cI-lite
lacI-lite
tetR-lite
PLtet01
PLlac01
λPR
El RepressilatorElowits & Liebler 2000
Oscilación resultante con GFP
Regulacióngénica
ElSwitches genéticos
Gardner et al. 2000
Toggle Switch
ElGardner et al. 2000
Toggle Switch
λ cIPtrc
PL
LacI traA
RecADaño en el DNA
Formación de biofilm
ElGardner et al. 2000
Toggle Switch
Regular funciones biológicas
Regulación
Puertas lógicasTamsir et al. 2011
génica
Puertas lógicasTamsir et al. 2011
AND-gate
Puertas lógicasTamsir et al. 2011
Regulacióngénica
Multicellular computingTamsir et al. 2011
#SynBiopara
tecnologías
másseguras
tecnologías seguras
de salvaguardaWright et al. 2013Moe-Behrens et al. 2013
Dispositivos genéticos
pConstTeTR
pTetToxina
aTcInducción por el investigador
Muerte celular
pLacAntitoxina
pConstToxina
IPTG
Inducción consante por el investigador
Muerte celular
pLacTetR
pTetToxina
IPTG
Inducción consante por el investigador
Muerte celular
tecnologías seguras
genéticoWright et al. 2013; Moe-Behrens et al. 2013
Barreras de flujo
Lenguajes genéticos artificiales,Ácidos nucleicos que no son DNA ni RNA,Bases artificiales,tRNAs artificiales,Codones de cuatro bases en lugar de tres,Ribosomas artificiales.
tecnologías seguras
Cortafuegos genético
Wright et al. 2013; Moe-Behrens et al. 2013
Sistemas de incompatibilidad
#SynBiopara
Simplificar
Simplificar
Piezas genéticas estandarizadas
Prefijo BioBrick compuesto por dos sitios estándar para enzimas de restricción.
Sufijo BioBrick compuesto por dos sitios estándar para enzimas de restricción.
Pieza BioBrick
Piezas genéticas estandarizadas
Metodologías de
ensamblaje estandarizadas
Registro de Partes Biológicas Estándar
Herramientas
Herramientas Wiki
Manejo de piezas
Comunidad
Catálogo
Partes
Dispositivos
Chasis
Estándares
RepositorioDistribuciones de cada
año
EnsamblajesEstándares de
ensamblaje
Protocolos
Metodologías para ensamblaje
Técnicas de laboratorio
Aprendizaje
Acerca de
Ayuda
Registro de Partes Biológicas Estándar
Herramientas
Herramientas Wiki
Manejo de piezas
Comunidad
Catálogo
Partes
Dispositivos
Chasis
Estándares
RepositorioDistribuciones de cada
año
EnsamblajesEstándares de
ensamblaje
Protocolos
Metodologías para ensamblaje
Técnicas de laboratorio
Aprendizaje
Acerca de
Ayuda
Catálogo del Registro de Partes Partes
PromotoresRBS
Dominios de proteínas
CDS de proteínas
Unidades traductoras
Terminadores
DNA
Plásmidos
Esqueletos de plásmido
PrimersPartes compuestas
Dispositivos
Por tipo
Por función
Bioseguridad
Biosíntesis
Comunicación internelular y quorum
sensing
Muerte celular
Coliroid
Conjugación
Movilidad y quimiotaxis
Producción de olores y
sensado
Recombinación de DNA
Vectores virales
Generadores de
proteínas
Reporteros
Inversores
Receptores y emisores
Dispositivos de medición
Partes y dispositivos por estándar
Estándar 10
Estándar 23
Estándar 25
Estándar 21
Estándar 28
Estándar 15
Estándar 65
Partes y dispositivos por
contribución
iGEM 2012
iGEM 2011
iGEM 2010
iGEM 2009
iGEM 2008
iGEM 2007
iGEM 2006
iGEM 2005
Laboratorios
Cursos
Chasis
Escherichia coli
Catálogos proveídos por
usuarios
Mesoplasma florum
Integración genómica
Magnetotaxis
LevadurasCélulas de mamífero
Bacillus subtilis
Chasis libre de células
Simplificar
abstracción
Simplificar
Parte A Parte B Parte C
Parte B Parte C
Corte con AarI
Ligación de extremos complemenatarios
Parte AParte A
Parte B Parte CParte AParte A
Vector receptor
Vector receptor
Sitio de reconocimiento
Sitio de corte
Metodologías de construcción
BioBricks++Uso de enzimas de restricción tipo IIs
Parte A Parte B Parte C
Parte B Parte C
Corte con AarI
Ligación de extremos complemenatarios
Parte AParte A
Parte B Parte CParte AParte A
Vector receptor
Vector receptor
BioBricks++
El usuario diseña los extremos compatibles
Pieza A
Pieza B
Exonucleasa T5
Hibrización de extremos homólogos
DNA polimerasa
Piezas originales
Pieza D
Pieza C
DNA ligasa
SimplificarMetodologías de construcción
Ensamblaje Golden
#SynBioparaPredecir
matemáticasPredicciones
AhorrarTIEMPO GASTOSy
Se modela:Expresión del mRNA
Traducción a proteínaInteracciones en el promotor
Interacciones entre proteínas
Reacciones enzimáticas
Estructuras tridimensionales
Evolución molecular
INPUT
[High]
[Low]
[None]
Arabinose
iGEM-CIDEB2013
High
Low
Stan
d-‐by
0 2 ·∙ 10 16 1 ·∙ 10 17 Graphical Representation
7x10-5
700
700
350
700
700
3000
1.8
7
[reporters]
time (ms)
High
Low
0 2 ·∙ 10 16 1 ·∙ 10 17 Graphical RepresentationSt
and-‐by
7x10-5
700
700
350
700
700
3000
1.8
7
[reporters]
time (ms)
High
0 2 ·∙ 10 16 1 ·∙ 10 17 Graphical Representation
Low
Stan
d-‐by
7x10-5
700
700
350
700
700
3000
1.8
7
[reporters]
time (ms)
0 2 ·∙ 10 16 1 ·∙ 10 17 Graphical Representation
High
Low
Stan
d-‐by
7x10-5
700
700
350
700
700
3000
1.8
7
[reporters]
time (ms)
0 [Arabinose]
Res
pons
e
Expected behaviorGraphic representation
0 [Arabinose]
Res
pons
e
Expected behaviorGraphic representation
[Arabinose]
Res
pons
e
Expected behaviorGraphic representation
After math
(nanomolecules)
0 [Arabinose]
Res
pons
e
Expected behaviorGraphic representation
After math
∼1x1016 ∼6x1016(nanomolecules)
#SynBiopara
aplicacionesmúltiples
aplicacionesmúltiples
Modularidad
Prefijo BioBrick compuesto por dos sitios estándar para enzimas de restricción.
Sufijo BioBrick compuesto por dos sitios estándar para enzimas de restricción.
Pieza BioBrick
Estandarización
aplicacionesmúltiples
Dispositivos de regulación
aplicacionesmúltiples
Síntesis de compuestos
aplicacionesmúltiples
Ingeniería de proteínasmodular*Sensores biológicos
#SynBioPARA
Regulación Bioseguridad
Simplificar Predecir
Aplicaciones