Esta actividad debe ser realizada dentro de cada grupo de investigación.

Tarea propuesta: Realizar un árbol filogenético del reino cetácea.

Antecedentes:El orden de los cetáceos contiene unas ochenta especies, casi todas marinas, excepto 5 especies de delfines de agua dulce. Los cetáceos vivientes se subdividen en dos subórdenes, el de los misticetos y el de los odontocetos. Un tercer suborden, los de los arqueocetos, solo contiene especies extintas.

Entre los misticetos están los animales vulgarmente llamados ballenas, los más grandes del mundo; en concreto, la ballena azul es el animal más grande que jamás haya existido en la Tierra, incluso mayor que los célebres dinosaurios. En cambio, entre los odontocetos están los delfines y las orcas, a menudo criados y adiestrados en delfinarios.

Longevidad: La mayor parte de los cetáceos puede vivir unos 20-30 años, pero algunos superan de largo esa edad. Un rorcual común alcanzó la edad de 116 años, mientras que un estudio de 1999 describe como varios ejemplares de ballena de Groenlandia alcanzan y superan los 100 años, y se llegó en al menos un caso a 216.

Nombre científico Nombre comúnBalaenoptera acutorostrata Balaenoptera acutorostrata overviewLipotes vexillifer Yangtze river dolphinOrcinus orca killer whalePhyseter catodon sperm whaleBalaenoptera bonaerensis Balaenoptera bonaerensis overviewTursiops truncatus bottlenosed dolphin

Tabla 1. Cetáceos cuyo genoma completo está disponible en genebank.

Además en http://www.bowhead-whale.org/ se encuentra disponible el genoma completo de bowhead whale (Balaena mysticetus).

Proceso a seguir:

1. Por ahora no nos interesa la gran longevidad de Balaena mysticetus. Lo que se quiere es construir el árbol filogenético de los cetáceos, incluyendo Balaena mysticetus.

Primero deben escoger un gen que se sepa es ortólogo en todas las especies y que tenga una frecuencia de evolución lenta. Por cuenta propia busquen en la literatura la secuencia de que gen se podría usar para este fin. Por favor olvídense de los genes con los que han venido trabajando, esos genes los escogieron por estar posiblemente involucrados en la mayor longevidad de Balaena mysticetus.

2. Una vez tengan definido el gen que van a usar, busquen la secuencia de este en las bases de datos y construyan el árbol filogenético de los cetáceos cuyas secuencias genómicas están disponibles (Tabla 1 y http://www.bowhead-whale.org/ ). Además de las secuencias de los cetáceos usen la secuencia del ortólogo del gen escogido en Hipopótamo.

Sigan las indicaciones de las páginas 383 a 387 del documento leído para la clase anterior (MultipleAligment.pdf) que explica el proceso para construir un árbol filogenético usando ClustalW.

3. ¿Por qué creen que les pedí que construyeran el árbol filogenético usando secuencia de hipopótamo?

4. Para la clase del 23 de Noviembre deben llevar en un archivo en Word el alineamiento y el árbol filogenético y estar preparados para explicar a sus compañeros todo el proceso seguido. Desde la selección del gen que usaron hasta la interpretación del alineamiento y del árbol filogenético.