senasica direcciÓn general de inocuidad … · 2018-09-04 · en el marco del desarrollo del ....

SLP, 01 de junio 2018

SENASICA DIRECCIÓN GENERAL DE INOCUIDAD

AGROALIMENTARIA, ACUÍCOLA Y PESQUERA

CENTRO NACIONAL DE REFERENCIA DE PLAGUICIDAS Y CONTAMINANTES

SUBDIRECCIÓN DE SECUENCIACIÓN Y BIOINFORMÁTICA

En el marco del desarrollo del Plan Nacional de Resistencia Antimicrobiana, el Centro Nacional de Diagnóstico en Salud Animal (CENASA), adscrito a la Dirección General de Salud Animal (DGSA) y la Subdirección de Secuenciación y Bioinformática del Centro Nacional de Referencia de Plaguicidas y Contaminantes (CNRPyC) del SENASICA, se encuentra realizando la Secuenciación de Genoma Completo (WGS) de cepas de interés agroalimentario. Posteriormente mediante análisis bioinformáticos se lleva a cabo la asignación de serotipo y detección de genes de resistencia antimicrobiana.

1. PLAN NACIONAL DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA (RAM)

PLAN NACIONAL DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA (RAM)

Muestreo en Campo

Rastros TIF

Aislamiento e identificación fenotípica de

las cepas

LDDOP: Recepción y

conservación

Envío de cepas y

Metadatos al CNRPyC

SSB Secuenciación

y análisis bioinformático

Secuenciación de Genoma Completo

(WGS) MiSeq/NextSeq

Illumina

Análisis Bioinformático

Emisión de Reportes de Resultados

Base de Datos

Ensamble de Lecturas MLST y RAM por SRST2 Serotipificación por SeqSero

Flujo de Trabajo

28 Establecimientos TIF 20 Estados de la República

Hasta el momento se han secuenciado 239 muestras de las 395 muestras remitidas por el CENASA al Laboratorio de Diagnóstico para la Detección de Organismos Patógenos (LDDOP), de los géneros Salmonella, Escherichia y Enterococcus.

MUESTRAS PARA SECUENCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO

Género Muestras secuenciadas

Salmonella enterica 17

Escherichia coli 222

Software: SRST2 y ARIBA

IDENTIFICACIÓN DE GENES DE RESISTENCIA A ANTIMICROBIANOS

DB ARG-ANNOT

(Antibiotic Resistance

Gene-ANNOTation)

CARD (Comprehensive

Antibiotic Resistance Database)

CATEGORÍAS DE ANTIMICROBIANOS PARA LOS QUE SE HAN ENCONTRADO GENES DE RAM 10/15

• Acido FusÍdico • Aminoglucósidos • Betalactámicos • Fluoroquinolonas • Fosfomicina • Glicopéptidos • Macrólidos-Lincosamidas-

Estreptograminas • Nitroimidazol • Oxazolidinonas • Fenicoles • Rifampicina

• Sulfonamidas • Tetraciclinas • Trimetoprima • Colistina

DISTRIBUCIÓN DE GENES DE RAM EN AISLADOS DE Salmonella sp.

85 genes totales / 30 distintos

DISTRIBUCIÓN DE GENES DE RAM EN AISLADOS DE Escherichia coli

3466 genes totales /120 distintos

NÚMERO DE GENES DE RAM DISTINTOS IDENTIFICADOS POR GÉNERO BACTERIANO Salmonella sp. 33 genes

Escherichia coli 120 genes

0

5

10

15

20

25

30

35

40N

úmer

o de

gen

es d

istin

tos i

denr

ifica

dos

Clase de Antimicrobiano

E. coli

Salmonella

GENES DE RAM IDENTIFICADOS EN LOS AISLADOS DE Salmonella sp.

GENERACIÓN DE LA BASE DE DATOS DE GENES DE RAM

2. GENÓMICA Y FILOGEOGRAFÍA DE SALMONELLA EN MÉXICO

1557 aislados de Salmonella

secuenciados Año 2018

1783 aislados de Salmonella recibidos

75 SEROTIPOS IDENTIFICADOS

6260 GENES IDENTIFICADOS 594 CEPAS POTENCIALMENTE MULTIRESISTENTES

ANÁLISIS FILOGENÉTICOS. EJ. Salmonella Agona

3. PROYECTO PILOTO “AGUAS RESIDUALES DE MÉXICO”

*Tiempos “Hands-on” calculados para 3 muestras

Tiempo total experimental = 3 días

Tiempo total análisis bioinformático = 15 días

*Tiempos crudos de computo calculados para 12 muestras

Análisis realizado con Servidor Supermicro 512 Gb en RAM y 64 núcleos (15 días)

Vs PC común 4 Gb RAM y 8 núcleos (1920 días)

vs

Aeromonas (A. caviae y A. veroni): • gastroenteritis: ingestión de agua o

alimentos contaminados • infecciones de heridas (con o sin

bacteriemia): exposición al agua contaminada

Bacteroides: puede causar • infecciones severas • bacteremia • Abscesos • lesiones en distintas regiones del

cuerpo (pulmones, abdomen, cerebro)

• peritonitis • endocarditis

BACTERIAS

Alphabaculovirus Betabaculovirus * Betaentomopoxvirus Bracovirus Cafeteriavirus Cardiovirus Chlorovirus Coccolithovirus Cyprinivirus Hepacivirus Ichnovirus Ictalurivirus Leporipoxvirus Macavirus Mimivirus Molluscipoxvirus

Muromegalovirus Orthobunyavirus Orthopoxvirus Parapoxvirus Phaeovirus Potyvirus Prasinovirus Proboscivirus Prymnesiovirus Ranavirus Rhadinovirus Roseolovirus Simplexvirus Varicellovirus Whispovirus

P1: 31 Géneros virales

*Choristoneura occidentalis granulovirus (hospedero defoliador de coníferas) Empleados como insecticidas virales de interés agrícola (Escasa, et al. 2006). Encephalomyocarditis virus Asociado con miocarditis y encefalitis en cerdos domésticos. Varicellovirus Equid herpesvirus. Abortos, enfermedades respiratorias y ocasionalmente mortalidad neonatal en caballos.

P2: 47 géneros P3: 43 géneros

VIRUS

P1 P3

Aminoglucósidos

Aac3_IId

Aminoglucósidos

Aac6_IIa AadA10 Aac6_IIc AadA1 AadA10 AadA2 AadA1 AadA5 AadA2

AadA7 AadA5 AadD AadA7

Aph3_III Ant_ Aph3_Ia Aph3_III

StrA Aph3_Ia StrB Sat4A

Aminoglucósidos- Fluoroquinolonas

Aac6Ib StrA

Betalactámicos

AMPH StrB

AmpC1 Aminoglucósidos-Fluoroquinolonas Aac6Ib

AmpC2

Betalactámicos

ACI1 GES_1 AER1 MOX_6 AMPH OXA_10 AmpC1

OXA_205 AmpC2 OXA_209 FOX_9 OXA_211 GES_1

OXA_2 MOX_2 OXA_58 MOX_6

Penicillin_Binding Nps1 TEM_1 OXA_10 TLA_1 OXA_12 VEB_3 OXA_204 cfxA4 OXA_205 cfxA6 OXA_211

Fluoroquinolonas OqxBgb OXA_2 QnrB19 OXA_30 QnrS2 OXA_58

Macrólidos-Lincosamidas-

Estreptograminas

EreA PER_7 EreB Penicillin_Binding ErmB TEM_116 ErmG TLA_1 LnuC VEB_3 MefA cfxA4 MefB cfxA6 MphA cphA MphE Fluoroquinolonas QnrB19 MsrD QnrS2 MsrE

Macrólidos-Lincosamidas-

Estreptograminas

EreA

Fenicoles CatB3 ErmF CmlA5 ErmG

Rifampicina Arr3 LnuC

Sulfonamidas SulII MefA SulI MefB

Tetraciclinas

TetA MphA TetB MphE TetC MsrD TetE MsrE TetM

Fenicoles CatA2

TetO CatB3 TetQ FloR TetR CmlA5 TetW Sulfonamidas SulII TetX SulI

Tet_39

Tetraciclinas

TetA Tet_40 TetB

Trimetoprima DfrA1 TetC TetE TetG TetO TetQ TetR TetW TetX

Tet_39 Tet_40 Tet_44

TetR

Trimetoprima DfrA12

DfrA15b DfrA1

GENES RAM

P1: 61 genes (9 clases) P3: 75 genes (8 clases)

MÉXICO PRÓSPERO PARA TODOS

GRACIAS POR SU ATENCIÓN senasica.gob.mx