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SLP, 01 de junio 2018
SENASICA DIRECCIÓN GENERAL DE INOCUIDAD
AGROALIMENTARIA, ACUÍCOLA Y PESQUERA
CENTRO NACIONAL DE REFERENCIA DE PLAGUICIDAS Y CONTAMINANTES
SUBDIRECCIÓN DE SECUENCIACIÓN Y BIOINFORMÁTICA
En el marco del desarrollo del Plan Nacional de Resistencia Antimicrobiana, el Centro Nacional de Diagnóstico en Salud Animal (CENASA), adscrito a la Dirección General de Salud Animal (DGSA) y la Subdirección de Secuenciación y Bioinformática del Centro Nacional de Referencia de Plaguicidas y Contaminantes (CNRPyC) del SENASICA, se encuentra realizando la Secuenciación de Genoma Completo (WGS) de cepas de interés agroalimentario. Posteriormente mediante análisis bioinformáticos se lleva a cabo la asignación de serotipo y detección de genes de resistencia antimicrobiana.
1. PLAN NACIONAL DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA (RAM)
PLAN NACIONAL DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA (RAM)
Muestreo en Campo
Rastros TIF
Aislamiento e identificación fenotípica de
las cepas
LDDOP: Recepción y
conservación
Envío de cepas y
Metadatos al CNRPyC
SSB Secuenciación
y análisis bioinformático
Secuenciación de Genoma Completo
(WGS) MiSeq/NextSeq
Illumina
Análisis Bioinformático
Emisión de Reportes de Resultados
Base de Datos
Ensamble de Lecturas MLST y RAM por SRST2 Serotipificación por SeqSero
Flujo de Trabajo
28 Establecimientos TIF 20 Estados de la República
Hasta el momento se han secuenciado 239 muestras de las 395 muestras remitidas por el CENASA al Laboratorio de Diagnóstico para la Detección de Organismos Patógenos (LDDOP), de los géneros Salmonella, Escherichia y Enterococcus.
MUESTRAS PARA SECUENCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO
Género Muestras secuenciadas
Salmonella enterica 17
Escherichia coli 222
Software: SRST2 y ARIBA
IDENTIFICACIÓN DE GENES DE RESISTENCIA A ANTIMICROBIANOS
DB ARG-ANNOT
(Antibiotic Resistance
Gene-ANNOTation)
CARD (Comprehensive
Antibiotic Resistance Database)
CATEGORÍAS DE ANTIMICROBIANOS PARA LOS QUE SE HAN ENCONTRADO GENES DE RAM 10/15
• Acido FusÍdico • Aminoglucósidos • Betalactámicos • Fluoroquinolonas • Fosfomicina • Glicopéptidos • Macrólidos-Lincosamidas-
Estreptograminas • Nitroimidazol • Oxazolidinonas • Fenicoles • Rifampicina
• Sulfonamidas • Tetraciclinas • Trimetoprima • Colistina
DISTRIBUCIÓN DE GENES DE RAM EN AISLADOS DE Salmonella sp.
85 genes totales / 30 distintos
DISTRIBUCIÓN DE GENES DE RAM EN AISLADOS DE Escherichia coli
3466 genes totales /120 distintos
NÚMERO DE GENES DE RAM DISTINTOS IDENTIFICADOS POR GÉNERO BACTERIANO Salmonella sp. 33 genes
Escherichia coli 120 genes
0
5
10
15
20
25
30
35
40N
úmer
o de
gen
es d
istin
tos i
denr
ifica
dos
Clase de Antimicrobiano
E. coli
Salmonella
GENES DE RAM IDENTIFICADOS EN LOS AISLADOS DE Salmonella sp.
GENERACIÓN DE LA BASE DE DATOS DE GENES DE RAM
2. GENÓMICA Y FILOGEOGRAFÍA DE SALMONELLA EN MÉXICO
1557 aislados de Salmonella
secuenciados Año 2018
1783 aislados de Salmonella recibidos
75 SEROTIPOS IDENTIFICADOS
6260 GENES IDENTIFICADOS 594 CEPAS POTENCIALMENTE MULTIRESISTENTES
ANÁLISIS FILOGENÉTICOS. EJ. Salmonella Agona
3. PROYECTO PILOTO “AGUAS RESIDUALES DE MÉXICO”
*Tiempos “Hands-on” calculados para 3 muestras
Tiempo total experimental = 3 días
Tiempo total análisis bioinformático = 15 días
*Tiempos crudos de computo calculados para 12 muestras
Análisis realizado con Servidor Supermicro 512 Gb en RAM y 64 núcleos (15 días)
Vs PC común 4 Gb RAM y 8 núcleos (1920 días)
vs
Aeromonas (A. caviae y A. veroni): • gastroenteritis: ingestión de agua o
alimentos contaminados • infecciones de heridas (con o sin
bacteriemia): exposición al agua contaminada
Bacteroides: puede causar • infecciones severas • bacteremia • Abscesos • lesiones en distintas regiones del
cuerpo (pulmones, abdomen, cerebro)
• peritonitis • endocarditis
BACTERIAS
Alphabaculovirus Betabaculovirus * Betaentomopoxvirus Bracovirus Cafeteriavirus Cardiovirus Chlorovirus Coccolithovirus Cyprinivirus Hepacivirus Ichnovirus Ictalurivirus Leporipoxvirus Macavirus Mimivirus Molluscipoxvirus
Muromegalovirus Orthobunyavirus Orthopoxvirus Parapoxvirus Phaeovirus Potyvirus Prasinovirus Proboscivirus Prymnesiovirus Ranavirus Rhadinovirus Roseolovirus Simplexvirus Varicellovirus Whispovirus
P1: 31 Géneros virales
*Choristoneura occidentalis granulovirus (hospedero defoliador de coníferas) Empleados como insecticidas virales de interés agrícola (Escasa, et al. 2006). Encephalomyocarditis virus Asociado con miocarditis y encefalitis en cerdos domésticos. Varicellovirus Equid herpesvirus. Abortos, enfermedades respiratorias y ocasionalmente mortalidad neonatal en caballos.
P2: 47 géneros P3: 43 géneros
VIRUS
P1 P3
Aminoglucósidos
Aac3_IId
Aminoglucósidos
Aac6_IIa AadA10 Aac6_IIc AadA1 AadA10 AadA2 AadA1 AadA5 AadA2
AadA7 AadA5 AadD AadA7
Aph3_III Ant_ Aph3_Ia Aph3_III
StrA Aph3_Ia StrB Sat4A
Aminoglucósidos- Fluoroquinolonas
Aac6Ib StrA
Betalactámicos
AMPH StrB
AmpC1 Aminoglucósidos-Fluoroquinolonas Aac6Ib
AmpC2
Betalactámicos
ACI1 GES_1 AER1 MOX_6 AMPH OXA_10 AmpC1
OXA_205 AmpC2 OXA_209 FOX_9 OXA_211 GES_1
OXA_2 MOX_2 OXA_58 MOX_6
Penicillin_Binding Nps1 TEM_1 OXA_10 TLA_1 OXA_12 VEB_3 OXA_204 cfxA4 OXA_205 cfxA6 OXA_211
Fluoroquinolonas OqxBgb OXA_2 QnrB19 OXA_30 QnrS2 OXA_58
Macrólidos-Lincosamidas-
Estreptograminas
EreA PER_7 EreB Penicillin_Binding ErmB TEM_116 ErmG TLA_1 LnuC VEB_3 MefA cfxA4 MefB cfxA6 MphA cphA MphE Fluoroquinolonas QnrB19 MsrD QnrS2 MsrE
Macrólidos-Lincosamidas-
Estreptograminas
EreA
Fenicoles CatB3 ErmF CmlA5 ErmG
Rifampicina Arr3 LnuC
Sulfonamidas SulII MefA SulI MefB
Tetraciclinas
TetA MphA TetB MphE TetC MsrD TetE MsrE TetM
Fenicoles CatA2
TetO CatB3 TetQ FloR TetR CmlA5 TetW Sulfonamidas SulII TetX SulI
Tet_39
Tetraciclinas
TetA Tet_40 TetB
Trimetoprima DfrA1 TetC TetE TetG TetO TetQ TetR TetW TetX
Tet_39 Tet_40 Tet_44
TetR
Trimetoprima DfrA12
DfrA15b DfrA1
GENES RAM
P1: 61 genes (9 clases) P3: 75 genes (8 clases)
MÉXICO PRÓSPERO PARA TODOS
GRACIAS POR SU ATENCIÓN senasica.gob.mx