vigilancia genÓmica de la covid-19 en bolivia

VICEMINISTERIO DE PROMOCIÓN, VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA Y MEDICINA TRADICIONAL PERIODO MARZO DE 2020 A MARZO DE 2021

VIGILANCIA GENÓMICA DE LA COVID-19 EN BOLIVIA

La Red Nacional de Vigilancia Genómica de la COVID-19 tiene como objetivos: el

fortalecer la capacidad de secuenciación de los laboratorios de referencia nacional, e implementar la vigilancia genómica de rutina, como estrategia para incrementar

la cantidad de datos de secuenciación disponibles a nivel nacional y regional.


La vigilancia mundial de las secuencias genéticas del SARS-CoV-2 y de los metadatos conexos sirve de apoyo a la respuesta ante el brote de la COVID-19.

En el ultimo decenio, los datos de las secuencias genéticas de los patógenos han adquirido un papel crucial en la detección y manejo de los brotes de enfermedades infecciosas, contribuyendo al desa-rrollo de pruebas diagnósticas, medicamentos, vacunas y orientan-do la respuesta sanitaria. La irrupción del nuevo coronavirus, que más tarde paso a denominarse coronavirus del síndrome respira-torio agudo grave de tipo 2 (SARS-CoV-2), ha venido a subrayar la importancia de los datos de secuencias genéticas. En el curso de un año desde la primera identificación del SARS-CoV-2, se han re-gistrado a la fecha alrededor de 1.000.000 de secuencias genómicas completas en bases de datos de acceso público. La inmediatez del análisis de los datos ha repercutido en gran medida en las respues-tas de salud publica a nivel mundial.

• El genoma del SARS-CoV-2 consta de una única cadena de ARN positivo de aproximadamente 29,9 kb de largo. El genoma pre-senta 14 marcos de lectura abierto (ORF, del inglés open reading frames) que codifi-can diferentes pro-teínas:

• Proteínas estructu-rales: gen Spike (S), gen de Envoltura (E), gen de Membrana (M) y gen de Nucleo-capside (N),

• Proteínas no estruc-turales: complejo de replicación (ORF1a y ORF1b), y varias ORF no estructurales no identificadas.

GENOMA

El genoma es el conjunto de genes contenidos en los cromosomas, lo que puede interpretarse como la totalidad del material genético que posee un organismo o una especie particular.

ANTECEDENTESLa vigilancia mundial de las secuencias genéticas del SARS-CoV-2 y de los metadatos conexos sirve de apoyo a la respuesta ante el brote de la COVID-19.

Viceministra: Lic. Maria Renee Castro Cusicanqui, Elaboración: M.Sc. Alex J. Cornejo Pinto, Diagramación: Unidad de Comunicación, Colaboraciones Nacionales: Centro Nacional de Enfermedades Tropicales CENETROP, Instituto Nacional de Laboratorios en Salud INLASA, Coordinación Nacional de Laboratorios CONALAB, Programas Nacionales de Vigilancia de Influenza y Centro Nacional de Enlace, Colaboraciones Regionales: Organización Panamericana de la Salud OPS/OMS, Fundación Oswaldo Cruz FIOCRUZ (Brasil), Administración de Nacional de Laboratorios e Institutos en Salud ANLIS (Argentina).

¿QUÉ ES EL GENOMA VÍRICO?

Un virus se compone de un genoma de ADN o ARN en el interior de una cubierta de proteína llamada cápside.

PERIODO MARZO DE 2020 A MARZO DE 2021

MUTACIÓN GENÉTICA

En genética se denomina mutación genética, mutación molecular o mutación puntual a los cambios que alteran la secuencia de nucleótidos del ADN. Estas mutaciones en la secuencia de ADN o ARN pueden llevar a sustitución de aminoácidos en las proteínas resultantes .

La proteína de la espicula (S, del ingles, spike) cubre la superficie del SARS-CoV-2 y se une al receptor de células hospederas convertasa 2 de la angio-tensina (ACE2), facilitando la entrada del virus en la célula mediante la fu-sión de membranas virales y de las células huésped.

La proteína S del SARS-CoV-2 es el blanco de la mayoría de las vacunas actualmente aprobadas o en desarro-llo. Por lo tanto, las mutaciones en la proteína S deben ser estrechamente mo-nitoreadas.

NOMENCLATURA En los últimos meses se le ha dado importancia a determinadas mutaciones en la proteína spike (S) o de la espícula del virus aso-ciadas por distintos estudios a varios cambios de importancia epidemiológica como aumento de la transmisibilidad o dismi-nución de la unión a anticuerpos de plasma de pacientes con-valecientes o individuos vacunados, que surgieron en diferentes linajes circulantes del SARS-CoV-2. Actualmente coexisten dis-tintas nomenclaturas para describir y organizar la diversidad a nivel genómico.

La nomenclatura propuesta por Nextstrain agrupa a las secuen-cias en clados. El nombre del clado esta dado por el año en el que emergió y una letra. A la fecha se tiene definido 14 clados. TASA DE SUSTITUCIÓN

DE NUCLEÓTIDOS

Se asume para el SARS-CoV-2 una tasa de sustitución de nucleótidos de 8 × 10 ^ -4 subs por sitio por año.


La nomenclatura dinámica propuesta por Rambaut agrupa a las secuencias en linajes con una resolución mayor. El grupo de Ram-baut desarrollo a su vez una herramienta denominada Pangolin para analizar secuencias de SARS-CoV-2 y asignarles un linaje PAN-GO. Estos linajes se caracterizan por poseer un conjunto o conste-lación de mutaciones de interés epidemiológico en la proteína de la espícula.

TRANSMISIBILIDAD

La transmisibilidad o capacidad del agente para propagarse de un huésped a otro causando enfermedad. Depende de la inefectividad y de la patogenicidad, ademas de la frecuencia de contactos que el huésped inefectivo mantenga con sujetos susceptibles.

Esta filogenia muestra las relaciones evolutivas de los distintos lina-jes PANGO del virus del SARS-CoV-2 de la pandemia de COVID-19 en curso.

En este mapa se observa los patrones de distribución geográfica a nivel mundial de los distintos linajes PANGO del virus SARS-CoV-2 .

¿QUÉ ES FILOGENIA?

Filogenia es una rama de la biología que se encarga de estudiar el origen y evolución de los seres vivos. La Filogenia sirve para establecer relaciones entre los organismos a partir de su ADN, ARN, anatomía, embriología, morfología y otros datos biológicos de interés.


¿QUÉ ES UN CLADO ?

Un clado es como se denomina en cladística a cada una de las ramificaciones que se obtiene después de hacer un único corte en el árbol filogenético.

Se recomienda el uso de dos categorías para referirse a tipos es-peciales de SARS-CoV-2:

• Variante de Interés ó VOI (por sus siglas en inglés - Variant of Interest) y

• Variante de preocupación ó VOC (por sus siglas en inglés - Va-riant of Concern).

Variante de interésUna variante del SARS-CoV-2:• Con cambios genéticos que se predice o se sabe que afectan

las característicxas del virus, como la transmisibilidad, grave-dad de la enfermedad, escape inmunológico, escape diag-nóstico o terapéutico; y

• Identificado para causar una transmisión comunitaria signifi-cativa o múltiples clústeres de COVID-19, en múltiples países con una prevalencia relativa creciente junto con un número creciente de casos a lo largo del tiempo, u otros impactos epi-demiológicos aparentes que sugieran un riesgo emergente para la salud pública mundial.

Variante de preocupaciónUna variante del SARS-CoV-2 que cumple con la definición de un VOI (ver más abajo) y, a través de una evaluación comparativa, se ha demostrado que está asociada con uno o más de los siguien-tes cambios en un grado de importancia para la salud pública mundial:

• Aumento de la transmisibilidad o cambio perjudicial en la epi-demiología de COVID-19; ó

• Aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad; ó

• Disminución de la eficacia de las medidas sociales y de salud pública o de los diagnósticos, vacunas, terapias.

Con el fin de contribuir a los debates públicos sobre las variantes, la OMS con-vocó a algunos científicos del Grupo de trabajo de la OMS y les encargó que bus-caran denominaciones para los VOI y los VOC que fueran fáciles de pronunciar y no generasen estigmas. Este grupo de expertos ha recomendado el uso de denominaciones basadas en las letras del alfabeto griego, es decir, Alfa, Beta, Gamma, que serán más fáciles de usar y más prácticas para los debates del pú-blico no científico.

¿QUÉ ES UN LINAJE ?

Un linaje evolutivo es una secuencia de especies que forman una línea directa de descendencia, siendo cada nueva especie el resultado directo de la evolución desde una especie ancestral inmediata.

DEFINICIONES DE VARIANTES DE INTERÉS (VOI) Y VARIANTES DE PREOCUPACIÓN


El Viceministerio de Promoción, Vigilancia Epidemiológica y Medicina Tradicional dependiente del Ministerio de Salud y Deportes coordino a través del Centro Nacional de Enfermedades Tropica-les (CENETROP) el envió de muestras de pacientes positivos para el virus SARS-CoV-2 correspon-diente a los periodos marzo-noviembre 2020, diciembre-febrero 2020-2021 y marzo-mayo 2021 al Laboratorio de Referencia para COVID-19 de la OMS dependiente de la Fundación Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) en Brasil. Así mismo se coordino a través del Instituto Nacional de Laboratorios en Salud (INLASA) el envió de muestras de pacientes positivos para el virus SARS-CoV-2 correspondiente a los marzo-mayo 2021 al Laboratorio de Referencia para COVID-19 de la OMS dependiente de la Ad-ministración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (ANLIS) en Argentina.

VIGILANCIA GENÓMICA EN BOLIVIA


• Los resultados de la secuenciación correspondientes al periodo marzo-noviembre del 2020 denotan que se obtuvieron 27 secuencias genómicas completas, las cuales correspondes a los linajes B.1.5 (26%), B.1.177 (22%), B.1.1 (19%), B.1 (15%), B.1.1.33 (7%), A.5 (4%), B.1.1.129 (4%) y B.1.103 (4%).

• Los resultados de la secuenciación correspondientes al periodo diciembre-febrero del 2020-2021 denotan que se obtuvieron 31 secuencias genómicas completas, las cuales correspon-des a los linajes B.1.1.348 (35%), B.1.1.274 (29%), B.1.1 (19%), B.1 (6%), B.1.2 (3%), B.1.1.7 (3%) y C.37 (3%). Se destaca en este periodo la aparición de la variante de preocupación (VOC) Alfa B.1.1.7 procedente de Reino Unido y la variante de investigación (VOI) Lambda C.37 procedente de Perú.

• Los resultados de la secuenciación correspondientes al periodo marzo-mayo del 2021 de-notan que se obtuvieron 37 secuencias genómicas completas, las cuales correspondes a los linajes P.1 (62%), B.1.1.348 (14%), B.1.1.274 (5%), B.1.1 (5%), C.37 (5%), B.1.1.174 (3%), B.1.575 (3%) y A.2.5 (3%). Se destaca en este periodo la aparición de la variante de preocupación (VOC) Gamma P.1 procedente de Brasil y nuevamente la variante de investigación (VOI) Lambda C.37 procedente de Perú.

• Los resultados de la secuenciación correspondientes a los tres periodos analizados (marzo a noviembre del 2020, diciembre del 2020 a febrero del 2021 y de marzo a mayo del 2021) están acorde con los linajes que estaban circulando en la región durante estos mismos periodos. Esto significa que Bolivia al situarse en el centro de la región sudamericana es un indicador de la realidad regional a nivel de circulación de variantes genéticas del SARS-CoV-2.

Segunda Ola, Proporción de Linaje PANGO en Bolivia, de Diciembre 2020 a Febrero 2021

Tercera Ola, Proporción de Linaje PANGO en Bolivia, de Marzo 2021 a Mayo 2021

Primera Ola, Proporción de Linaje PANGO en Bolivia, de Marzo 2020 a Noviembre 2020

BIBLIOGRAFÍA- https://www.paho.org/es/temas/influenza/red-regional-vigilancia-genomica-covid-19- https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global- https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming- https://covariants.org/shared-mutations- https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---3-august-2021

Aunque te hayas vacunado: usa barbijo, mantén la distancia y desinfecta tus manos. ¡Unidos contra la COVID-19!

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