tema 2. Ácido nucleicos
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Tema 2. Ácido nucleicos2.3 Transcripción y expresión génicaDP/PAU
Idea Fundamental: La informaciónalmacenada en forma de código en elADN se copia en el ARNm.
Germán Tenorio
Biología NS-Diploma BI
Curso 2015-2017
Expresión de la información genéticaDP/PAU
Como ya se ha visto, la información genética se conserva y pasa de una
célula a su descendencia.
Los genes de ADN tienen escasa acción directa sobre el funcionamiento
del organismo, son las proteínas las moléculas responsables de la
actividad biológica y las que confieren a cada organismo suspeculiaridades.
Por tanto, debe existir algún
mecanismo que hagaposible que los genes
expresen su información
para que se formen laproteínas.
El flujo de la informacióngenética fluye del ADN al
ARNm (transcripción) ydesde éste a las proteínas
(traducción).
Cadena sentido
Cadena antisentido
(molde)
Proceso de transcripciónDP/PAU
Concepto: Proceso que consiste en la síntesis de ARNm copiado de lassecuencias de bases del ADN por la ARN polimerasa. Una definiciónalgo más amplia sería la síntesis de una cadena de cualquier tipo deARN que tiene la secuencia complementaria de una cadena de ADNque actúa como molde.
La enzima que cataliza elproceso de transcripción sedenomina ARN polimerasa.
En este proceso se forma una cadenade ARN cuya secuencia de basesnitrogenadas es la misma que la de unade las hebras de la doble hélice de ADN(cambiando la T por U), denominadacadena sentido (codificante) y que nose transcribe. La otra cadena de ADN sedenomina cadena antisentido (molde)y es la que se transcribe.
ARN polimerasaDP/PAU
La ARN polimerasa presenta las siguientes características:
- Se fija a regiones específicas del ADN (promotores) que ni setranscriben ni se traducen, pero que indican el punto de comienzo de la
trancripción.
- Ella misma abre y desenrrolla la doble hélice sin necesidad de laintervención de enzimas helicasas.
- A diferencia de la ADN polimerasa, no necesita un cebador o primerpara inicar la transcripción.
- Utiliza como sustratos ribonucleótidos trifosfato de A, G, C y U.
- Une ribonucleótidos monofosfato
mediante enlace fosfodiester,siempre en sentido 5’-3’ (el
extremo 5’ del ribonucleótido libre
se une al extremo 3’ de la moléculade ARN en crecimiento).
- Utiliza una de las cadenas deADN, la antisentido, como molde.
Transcripción en procariotasDP/PAU
Existe una única ARN polimerasa quefabrica los tres tipos de ARN (mensajero,ribosómico y transferente).
Está formada por dos subunidades alfa,una beta y una beta’.
Para reconocer la secuenciapromotora, donde se fija ycomienza la transcripción, se uneal factor sigma, que le provocaun cambio de conformación capazde reconocer estas secuenciaspromotoras.
El promotor se encuentra en lacadena sentido e indica dóndedebe comenzar la transcripción yqué hebra actúa como molde.
Transcripción en procariotas La transcripción finaliza cuando la ARN polimerasa
llega a una zona del ADN (señal de terminación)donde se une al factor rho.
El ARNm producido se utiliza directamente para lasíntesis de proteínas. De hecho, la traduccióncomienza antes de que acabe la transcripción.
Los ARNr y ARNt sufren un proceso de maduraciónpara ser funcionales.
Esquema general de la transcripciónWeb1
Animación1
(no se necesitan helicasas)
Al igual que la replicación, la transcripción se da en el sentido 5’ - 3’.
Transcripción en eucariotas Es más complejo el proceso e
intervienen diversos factoresproteicos. Además, existen tresARN polimerasas, cada unaformada por varias subunidades:
- ARN polimerasa I: Se encuentraen el nucleolo y transcribe los genesque originan 3 de los 4 ARNr.
- ARN polimerasa II: Se encuentraen el nucleoplasma y transcribe losgenes que originan los ARNm.
- ARN polimerasa III: Se encuentraen el nucleoplasma y transcribe losgenes que originan los ARNt y elcuarto de los ARNr.
Las secuencias promotoras, ricas en A y T(cajas TATA), indican el lugar de comienzo de latranscripción en la cadena sentido, y al igualque en procariotas, se necesitan una serie defactores basales de la transcripción.
http://www.csun.edu
Video1
APLICACIÓN: El promotor es ADN no codificanteDP/PAU
No todas las secuencias de nucleótidos en el ADN codifican o llevaninformación para la síntesis de polipéptidos, solo las denominadassecuencias codificantes.
En el genoma se encuentran algunas regiones del ADN no codificanpara la síntesis de proteínas (secuencias no codificantes) perotienen otras funciones importantes, como las que producirán losARNt y ARNr.
Algunas secuencias no codificantes juegan un importante papel en laregulación de la expresión génica, como los potenciadores y lossilenciadores.
Características Genoma humano
Tamaño del genoma 3000 · 106 pb
Número de genes 25 000
Secuencia de copia única < 50%
Parte del genoma que codifica a proteínas 2%
APLICACIÓN: El promotor es ADN no codificanteDP/PAU
El promotor es una secuencialocalizada cerca del extremo 5’ deun gen, siendo la región a la quese une la ARN polimerasa para lasíntesis de ARN.
El promotor es una secuencia deADN que no se transcribe peroque juega un importante papel enla transcripción, dado que poseesecuencias a la que se unenfactores de transcripción queayudan a la ARN polimerasa acolocarse en el sitio de iniciaciónde la transcripción.
El promotor es un ejemplo de ADN no codificante con una función.
IMAGEN: es.slideshare.net/jessyaneth
Secuencias de ADN no codificanteDP
En el genoma, especialmente de los eucariotas, son comunes lassecuencias repetitivas.
Existen dos tipos de secuencias repetitivas: secuencias moderadamenterepetitivas y altamente repetitivas (ADN satélite), que en conjunto,ambos tipos de secuencias constituyen más del 50% del genomahumano.
Estas secuencias repetitivas sonabundantes en los telómeros(extremos de los cromosomas),donde se cree que tienen unafunción protectora.
Como en cada replicación laADN polimerasa II no puedesustituir el cebador de ARN enel extremo del telómero porADN, en lugar de que seperidan genes en casareplicación, se pierden estassecuencias repetititivas.
IMAGEN: www.rundiary.co.kr
Video2
En las regiones cromosómicasintergénicas, especialmente cercade los centrómeros, existenrepeticiones polimórficassiempre en parejas, es decir, unaen cada cromosoma homólogo.
En el locus de un polimorfismo, selocaliza un número diferente derepeticiones en tandem de unamisma secuencia de nucleótidos.
Estas repeticiones pueden ser regionesvariables de 9-80 nucleótidos repetidas entándem (VNTRs) o bien pequeñasrepeticiones en tándem de 2-8 nucleótidos(SNTs).
Cada persona hereda el patrón de VNTRs ySNTRs de sus padres, en un cromosomamaterno y otro paterno.
APLICACIÓN: Análisis de ADNDP
En el análisis de ADN (DNA profile) se usan repeticiones entandem, es decir, se hace uso de estas variaciones o polimorfismosconsistentes en secuencias repetidas de ADN.
La probabilidad de que 2 personas que no son genéticamente idénticastengan la misma huella de ADN es extremadamente improbable.
Los marcadores polimórficos usados en el análisis de ADN tienenmuchos alelos diferentes con cientos o miles de genotipos.
APLICACIÓN: Análisis de ADNDP
Los genetistas deducen el linajepaterno mediante el análisis depequeñas repeticiones en tándemdel cromosoma Y, mientras quededucen el materno a partir delanálisis de variaciones ennucleótidos individuales que seencuentran en localizacionesespecíficas en el ADNmitoconcrial, denominadasregiones hipervariables.
El siguiente ejemplo muestra dos locus (A y B) en dos individuos. Amboslocus consisten de una VNTR con la secuencia repetida en tándem GC(locus A) y AGCT (locus B).
APLICACIÓN: Análisis de ADNDP
Si se trata el ADN deambos individuos conenzimas de restricciónque cortan el ADN enlas regiones señaladascon una flecha, yposteriormente serealiza unaelectroforesis en gelde agarosa, se puedenseparar los distintosfragmentos en funciónde su tamaño.
El patrón de bandeo obtenido para los VNTR es específico y característicode cada individuo, lo que permite su distinción.
Web2
Las secuencias altamente repetitivas fueron una vez categorizadas como“ADN basura”, ya que existía una considerable presunción de que notenían ninguna función. ¿En qué grado afectan las “etiquetas” y categoríasusadas en la búsqueda del conocimiento a esos mismos conocimientos queobtenemos?
Secuencias altamente repetitiva y TdCDP
IMAGEN: thebiobangtheory.wordpress.com
IMAGEN: sociedad.elpais.com
Regulación de la expresión génicaDP/PAU
Mientras que algunas proteínas siempre son necesarias para lasupervivencia de un organismo, y por tanto deben sintetizarsecontinuamente, otras solo se necesitan en ciertos momentos y en ciertascantidades, por lo que su expresión debe estar regulada.
Las fluctuación de los factores externos regula la expresión génica enprocariotas, siendo el ejemplo mejor conocido el operón de lalactosa.
Los genes responsablesde la absorción ymetabolización de lalactosa en E. coli seexpresan cuando lalactosa está presenteen el medioextracelular, pero no ensu ausencia.
En presencia de lactosa (inductor), se desactiva una proteína represora,pero una vez la lactosa ha sido degradada, dicha proteína vuelve areprimir la expresión de los genes del metabolismo de la lactosa.
IMAGEN: luisbiolomol.blogspot.com.es
Regulación de la expresión génicaDP/PAU
La expresión de los genes eucariotas, al igual que en los procariotas,también se regula en respuesta a variaciones en las condicionesambientales. Sin embargo, la regulación de la expresión génica eneucariotas juega un papel crucial en la diferenciación celular y elproceso de desarrollo, donde se expresan unos genes pero no otros.
La expresión génica es reguladapor proteínas que se unen asecuencias de bases específicasdel ADN.
Un enhancer o potenciador es unacorta secuencia de ADN que puedeunirse con proteínas (factores detranscripción) para incrementar laexpresión de un gen o grupo degenes, mientras que un silenciadores una secuencia de ADN que puedeunirse con proteínas para disminuirla tasa de transcripción de un gen.
IMAGEN: escuelasecundaria3villagesellbiologia.blogspot.com.es
Regulación de la expresión génicaDP/PAU
Los enhancers y los silenciadores no tienen por qué estar localizadoscerca de la región promotora de los genes sobre los que actúan, nisiquiera en el mismo cromosoma.
IMAGEN: www.csun.edu
Video3
Sin embargo, un tercer tipode secuencias de ADNdenominadas elementospróximos al promotor, seencuentran cerca de laregión promotora y se unencon proteínas que sonnecesarias para el inicio dela transcripción.
Impacto del medioambiente en la expresión génicaDP/PAU
En los últimos años se ha generado un gran debate acerca de si elfenotipo o comportamiento humano debería atribuirse al ambiente o a laherencia. Algunos estudios, se han basado en el estudio de gemelos quehan crecido separados.
La influencia del ambiente sobre laexpresión de algunos caracteres esinequívoca, pudiéndose afirmar que elmedio ambiente de una célula y deun organismo influyen sobre laexpresión génica.
Un ejemplo de ello lo constituye laproducción de pigmentación en la pieltras la exposición al sol en los humanos.
El color de la piel se debe a la cantidadpresente del pigmento melanina, producidapor los melanocitos (células de la piel) ycuya producción está controlada por variosgenes que se heredan independientemente(herencia poligénica).
Su efecto se expande desde una fuente localizada, formando ungradiente de concentración del morfógeno a lo largo de un tejidoen desarrollo, provocando diferentes patrones de expresión génica y portanto, diferentes destinos de las células embrionarias dependiendo de suposición en el embrión.
Regulación de la expresión génica y desarrollo embrionarioDP
Durante el desarrollo embrionario, elembrión posee una distribución desigual demorfógenos, sustancias que gobiernan elpatrón del desarrollo tisular, es decir,establecen dónde se formará la cabeza, elabdomen, las extremidades, etc.
IMAGEN: courses.biology.utah.edu
IMA
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La proteína Bicoid es unmorfógeno cuya distribuciónen un embrión tempranode Drosophila sigue ungradiente de concentración a lolargo del eje anteroposterior.Este gradiente deconcentración establece laposición y la orientación del ejeanteroposterior del animal.
Mutantes del gen bicoidcarecen de este gradiente deconcentración, afectando a laformación de la cabeza y otrasestructuras en la regiónanterior del animal.
IMAGEN: courses.biology.utah.edu
Web3/4
Regulación de la expresión génica y desarrollo embrionarioDP
Las células madre embrionarias secaracterizan por serpluripotenciales, es decir, quetienen la capacidad dedesarrollarse en cualquier tejidodel organismo.
Sin embargo, a medida que lascélulas se diferencian(comprometen o especializan),pierden esa capacidad.
La pérdida de pluripotencia de lascélulas madre embrionariasdurante su diferenciación en tiposcelulares concretos se acompañadel silenciamiento y la activaciónselectivos de subconjuntosespecíficos de genes, procesosmediados en parte por lametilación y demetilación de ADN.IMAGEN: http://www.uco.es
Regulación de la expresión génica y desarrollo embrionarioDP
Expresión génica en eucariotasDP/PAU
La regulación de la expresión génica tiene lugar a varios niveles. Enprocariotas, la mayoría de esta regulación tiene lugar a nivel del proceso detranscripción (regulación transcripcional), mientras que en los eucariotas,tiene lugar además una modificación posterior del ARN (regulación post-transcripcional).
IMAGEN: umb.libguides.com
Un ejemplo de regulación transcripcional seencuentra en los nucleosomas, que ayudana regular la transcripción en eucariotas.
Las histonas poseen unas prolongaciones o“colas” que salen fuera del corazón delnucleosoma, que pueden modificarsequímicamente.
IMAGEN: scykness.wordpress.com
Expresión génica en eucariotasDP/PAU
Esta modificación química de las colas de las histonas que formanlos nucleosomas, constituye un importante factor a la hora de determinarsi un gen se expresará o no.
Las histonas pueden sufrir diferentes tipos de modificación, como sonla adición de un grupo acetilo, grupo metilo o de un grupo fosfato.
Así por ejemplo, el aminoácido lisinaen las colas de las histonas, presentanormalmente una carga positiva, quemediante atracción electrostática seune a las cargas negativas del ADNformando una estructura muycondensada que inhibe latranscripción.
Sin embargo, la acetilación de la lisinapor la enzima histona acetil-transferasa neutraliza dicha cargapositiva, permitiendo un menor gradode condensación, lo que conlleva unosmayores niveles de transcripción.
IMAGEN: nature.com
Expresión génica en eucariotasDP/PAU
Por tanto, la modificación química de las colas de las histonas puedeactivar o desactivar genes, aumentando o disminuyendo la accesibilidaddel gen a los factores de transcripción.
IMAGEN: en.wikipedia.org
Por el contrario, la adición de grupos metilos (metilación) en las colas porla enzima histona metil-transferasa, provoca una mayor condensaciónde la cromatina, impidiendo que el ADN pueda ser transcrito.
Web5/6
HABILIDAD: Análisis de cambios en el patrón de
metilación del ADNDP/PAU
Otro ejemplo de regulación transcripcional de la expresión génica eneucariotas lo constituye la adición de grupos metilos al ADN.
IMAGEN: http://www.cmaj.ca
La activación del gen equivocado en el momento equivocado puedecausar estragos en la célula. Para evitarlo, los organismos dependen dela metilación del ADN para mantener desactivados a los genes que nonecesitan.
El nivel de metilación del ADN varía a lo largo del tiempo de vida y se veafectados por diversos factores (dieta, ambiente, etc.)
Mientras que lametilación de lashistonas puedepromover o inhibir latranscripción, lametilación directadel ADN tiende adisminuir laexpresión génica.
HABILIDAD: Análisis de cambios en el patrón de
metilación del ADNDP/PAU
La metilación del ADN es unproceso epigenético, por el que lasenzimas ADN-metiltransferasasañaden grupos metilo (-CH3) alcarbono 5 de las citosinas de lacadena recién sintetizada durante lareplicación del ADN, manteniéndoseasí la memoria del estado metiladoen la molécula hija de ADN.
IMAGEN: http://geneticamolecularunlar.wikispaces.com
IMAGEN: http://www.cmaj.ca
HABILIDAD: Análisis de cambios en el patrón de
metilación del ADNDP/PAU
IMAGEN: http://www.pnas.org/content/102/30/10604/F3.expansion.html
La siguiente imagen muestra unmapa de regiones cromosómicascon diferente patrón de metilaciónen gemelos de 3 y 50 años.
El color rojo es indicativo dehipometilación, mientras que elcolor verde de hipermetilación.Niveles similares de metilación semanifiestan por un color amarillo,dado que presenta iguales nivelesde verde y rojo.
1) ¿Cuál es el patrón que puedeconcluirse?
2) ¿A qué puede deberse estepatrón?
NATURALEZA CIENCIAS: Búsqueda de patrones,
tendencias y discrepancias: EpigenéticaDP
La modificación química de la cromatina, ya sea mediante acetilación,fosforilación o metilación de las colas de las histonas, o bien mediante lametilación del ADN, tienen un impacto sobre la expresión génica, y porende, en el fenotipo manifestado por el individuo.
Estas modificaciones químicasse denominan factoresepigenéticos, y la suma detodos estos factores seconoce como epigenoma.
La epigenética es el estudiode modificaciones en laexpresión de genes que noobedecen a una alteración dela secuencia del ADN y queson heredables, es decir, unavez adquiridos en unageneración, puedenheredarse por la siguiente.
Video4
NATURALEZA CIENCIAS: Búsqueda de patrones,
tendencias y discrepancias: EpigenéticaDP
Los diferentes tipos celulares tienen un distinto patrón de metilación delADN, de manera que cada tejido producirá un juego específico deproteínas acorde a la función de dicha célula.
Cuando una célula se divide, las nuevas células que se originan heredan elpatrón de metilación en el ADN de la célula progenitora, el cuál, a su vez,puede verse modificado por el medio ambiente.
Sin embargo, cuando unespermatozoide fecunda aun óvulo, el cigoto formadosufre un proceso dedesmetilación del ADN entodo su genomainmediatamente despuésde la fecundación. Esteproceso de borrado delepigenoma del nuevoindividuo se denominareprogramación.
IMAGEN: learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/
NATURALEZA CIENCIAS: Búsqueda de
patrones, tendencias y discrepancias:
EpigenéticaDP
Sin embargo, un 1% del epigenoma noes eliminado en los mamíferos, formandolo que se conoce como "imprinting".
Para la mayoría de los genes, heredamosdos copias funcionales (un alelo delpadre y otro de la madre), pero de los"imprinted genes", heredamos una solacopia funcional. Dependiendo del gen,será la copia del padre o de la madre laque sea epigenéticamente silenciadamediante metilación del ADN durante laformación del óvulo o el espermatozoide.
http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/imprinting
IMAGEN: en.wikipedia.org
Cada vez hay más evidencias de que el medio ambiente puededesencadenar cambios hereditarios en factores epigenéticos.
NATURALEZA CIENCIAS: Búsqueda de patrones,
tendencias y discrepancias: EpigenéticaDP
Video5
Modificación post-transcripcional en eucariotasDP/PAU
Además de la regulación de la expresión génica a nivel transcripcionalmediante la modificación química de las colas de las histonas en losnucleosomas, o la metilación directa del ADN, las células eucarióticasmodifican el ARNm tras la transcripción, es decir, llevan a cabo unamodificación post-transcripcional.
IMAGEN: gtac.davidson.edu
En los procariotas, el proceso detranscripción y de traducción estáacoplado, al ocurrir ambos en elcitoplasma, pero en los eucariotas, elARN transcrito en el núcleo debe viajaral citoplasma para su traducción.
Esta separación de ambos procesospermite que el ARN sintetizado puedasometerse a una modificación post-transcripcional antes de que la versiónmadura abandone el núcleo.
Al ARNm que se está transcribiendo,se le añade en el extremo 5’ uncapuchón de metil guanosinatrifosfato, que sirve para evitar lainmediata degradación del ARNm porlas nucleasas del núcleo, y además esreconocida por los ribosomas comolugar de inicio de la traducción.
Una vez finalizada la transcripción, sele añade en el extremo 3’ de 100-200 nucleótidos de adenina (colapoli-A), cuya función es la deintervenir en el proceso demaduración y transporte del ARNmfuera del núcleo.
En eucariotas es necesaria la maduración de los tres tipos de ARN.
Una de estas modificaciones post-transcripcionales que ocurre en loseucariotas tiene lugar en los extremos del ARN que se sintetiza.
Modificación post-transcripcional en eucariotasDP/PAU
Maduración del ARNm en eucariotasDP/PAU
El ARN eucariótico precisa dela eliminación de intrones paraformar el ARNm maduro. ElARNm recien sintetizado(transcrito primario) no esfuncional, al contener intronesintercalados entre los exones.
Animación2
Otra de las modificaciones post-transcripcionales que ocurre en loseucariotas consiste en la eliminación de los intrones del ARN sintetizado(maduración del ARN).
El proceso de maduración(splicing) consiste en laeliminación de intrones por lasenzimas ribonucleoproteínaspequeñas nucleares (RNPpn)y la unión de los exones por lasenzimas ARN ligasas.
Maduración del ARNm en eucariotasDP/PAU
No siempre se une cada exón con su exón anterior en la secuencia, sinoque en ocasiones, se pueden dar mecanismos distintos de corte yempalme a partir de un mismo ARNm transcrito primario, lo que originacadenas de ARNm con secuencias distintas.
Esto significa que un mismo gen eucariota que contiene variosexones puede dar lugar a proteínas diferentes según el orden en elque se unan los exones durante la maduración. Es decir, el empalme ounión del ARNm aumenta el número de proteínas diferentes quepuede producir un organismo.
Maduración del ARNm en eucariotasDP/PAU
Aunque se creía que un gen siempre codificaba para un mismopolipéptido, con el tiempo se han descubierto muchas excepciones,provocando un cambio de paradigma. Así, la proteína tropomiosina enlos mamíferos, que se encuentra codificada por un gen que contienen11 exones, su ARNm primario sufre distinto proceso de maduración enfunción del tejido en el que se produce, dando lugar a 5 formas diferentes(isoformas) de la proteína.
Más del 90% de los genes humanosexperimentan esta maduración osplicing alternativo, por el que seproducen diferentes proteínas a partirde un gen, en ocasiones llegandoincluso a centenares o miles devariantes. El caso más extremo quese conoce es el del gen Dscam deDrosophila, a partir del que puedengenerarse más de 38.000 variantes,importantes para la generación de laidentidad celular en elestablecimiento de redes neuronales.
IMAGEN: http://pendientedemigracion.ucm.es
Esquema general de la transcripción en eucariotas
Animación3
Dada la siguiente secuencia de ARN mensajero:
Indique la secuencia de ADN bicatenario que sirvió de molde para este ARNmensajero, indicando cuál de las cadenas es sentido y cuál antisentido.
HABILIDAD: Deducir la secuencia de bases de
ADN a partir de la secuencia de ARNmDP/PAU
Dada la siguiente secuencia de ARN mensajeroIndique la secuenciade ADN bicatenario que sirvió de molde para este ARN mensajero,indicando cuál de las cadenas es sentido y cuál antisentido.
Epigenética y TdCDP
Dos gemelos genéticamente idénticos que poseen los mismos genes,cuando son pequeños son muy parecidos, pero sin embargo, al crecerpor separado y someterse a diferentes ambientes, natural y/o cultural,llegan a ser individuos totalmente diferentes.
Todavía continua eldebate acerca de laimportanciarelativa de lascualidades innatasde un individuofrente a lascualidadesadquiridas a travésde diferentesexperiencias.
¿Es importantepara la cienciaintentar responderesta cuestión?
IMAGEN: es.slideshare.net/lae01/modulo-2la-inteligencia-tradicional