Taller

FHIR for Beginners

Set Up

Herramientas e Infraestructura 1.- Cliente REST de tu preferencia

● Firefox + RESTClient

● Postman

● Otro: ________________________________________

2.- Servidor de prueba: ● http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/

3.- Especificación

● DSTU3 http://hl7.org/fhir ● Ultima generada http://hl7-fhir.github.io

Nota: En este taller hay muchas interacciones con el servidor FHIR utilizando un cliente REST, por lo que se recomienda guardar y comentar algunas de estas interacciones en su cliente REST, para que puedas reproducirlas más tarde.

1. Datos demográficos del Paciente (30 min) Este ejercicio tiene por objetivo permitir la familiarización con los recursos FHIR en su formato XML.

Escenario

Esther Huneeus Salas, mujer, soltera, nacida el 28 de febrero de 1999 ingresa al Hospital de Santiago con el número de paciente NCC-1032.

Su número de RUT es: 19245980-k Su dirección es:

Avenida Las Cruces 2345, Curicó. Región del Maule Chile

Su número de contacto es: Celular: +56 9 87654321 Casa: +56 75 234344 Trabajo: +56 72 2685043 Su pariente más cercano es su madre adoptiva Marcela Paz Salas, cuyo contacto puede ser por correo electrónico: nipone@gmail.com o teléfono celular +56 9 87641350

Ejercicios 1. Identificar los datos demográficos relevantes en este escenario. 2. Revise la especificación del recurso Patient (http://www.hl7.org/fhir/patient.html) y observe los

elementos identificados junto a los atributos coincidentes en el recurso FHIR. 3. Capture la data en formato JSON desde una instancia del recurso Patient usando ClinFHIR Scenario

Builder (http://clinfhir.com/builder.html) 4. Opcional: agregue una extensión para el apellido materno del paciente

https://www.hl7.org/fhir/extension-humanname-mothers-family.html

Soluciones Ejercicio 1 Solución 1.1 y 1.2

Nombre Rut Fecha de Nacimiento Estado Civil Dirección Teléfonos de Contacto Persona de Contacto Id dentro del hospital

Solución 1.3

ejercicio1-3.json

Solución 1.4 (opcional)

"name": [ { "use": "official", "text": "Esther Huneeus Salas", "family": "Huneeus", "given": [ "Esther" ] "extension":{ "url":"https://www.hl7.org/fhir/extension-humanname-mothers-family.html", "valueString":"Salas" } } ]

2. Interacciones REST (30 min) Este ejercicio tiene como objetivo familiarizarse con la forma en que FHIR trabaja con REST para realizar operaciones CRUD. Para llevar a cabo estos ejercicios, debe tener una herramienta que admita solicitudes y respuestas HTTP, como Postman o Fiddler.

Ejercicios 1. Cree un paciente en el servidor FHIR con el ejemplo del ejercicio 1. Guarde el id del recurso recién

creado. 2. Obtener un recurso paciente:

a. Obtener un recurso paciente con id creado en el ejercicio 2.1 desde un servidor FHIR utilizado b. Mire los encabezados de la respuesta y valide si son correctos c. (Opcional) Obtenga el mismo paciente en otro formato (JSON o XML)

i. Usar el parámetro _format ii. Usar un encabezado Accept

3. Use el recurso Patient del ejercicio 2.2 y edítelo para que coincida con su nombre. Por lo menos, cambie el rut y el nombre del paciente.

4. Ahora pruebe actualizar y eliminar al paciente (guarde el id y versionId para los siguientes ejercicios). 5. (Opcional) Después de eliminar al paciente, ¿qué respuesta obtiene cuando intenta volver a obtener al

paciente? ________________________________________________________________________________

6. (Opcional) ¿Qué sucede cuando actualiza al paciente nuevamente después de la eliminación? ________________________________________________________________________________

Nota: Para ver qué información se debe completar con su solicitud, consulte los detalles de las operaciones REST en (http://www.hl7.org/fhir/http.html).

Soluciones Ejercicio 2 Soluciones

Ejercicio 2.1: Creando un nuevo paciente

● Use el siguiente comando para crear un nuevo paciente: POST[endpoint]/Patient

● Tenga en cuenta que debe proporcionar la solicitud con un tipo de contenido, agregando esto a los encabezados de solicitud: - Tipo de contenido (Content-Type): application/fhir+xml El cuerpo de la solicitud debe contener los datos XML (válidos). - Tipo de contenido: application/fhir+json El cuerpo de la solicitud debe contener los datos JSON (válidos).

● La respuesta será 201 Creado con éxito. Ejercicio 2.2: Obtener un paciente

● Use el siguiente comando para obtener al paciente: GET [endpoint]/Patient/id

● El código de la respuesta debe ser 200 si este paciente existe en el servidor elegido. El encabezado de la respuesta debe mostrar:

o El content-type o La ubicación del contenido con la URL específica de la versión o Un ETag para mostrar la versión de la instancia del recurso y la fecha de modificación.

● Para solicitar al paciente en formato JSON use: GET [fhir endpoint]/Patient/id?_format=json

o agregue un encabezado de aceptación a los encabezados de solicitud (key - value): Accept: application/fhir+json

● Para XML, use la misma sintaxis con xml en lugar de json. Ejercicio 2.4: Actualizando y eliminando un paciente

● Verifique la respuesta del ejercicio anterior para encontrar la identificación (id) del paciente que creó.

● De nuevo, cambie algunos datos en el XML o JSON del paciente. Luego use el siguiente comando para actualizar a ese paciente: PUT [endpoint]/Patient/id

● De nuevo, deberá proporcionar el tipo de contenido (ver ejercicio 2.3) y completar el cuerpo de la solicitud con datos válidos. Recuerde verificar que la información de identificación del recurso sea

la correcta. La respuesta será 200 OK en caso de éxito.

● Eliminar el recurso con este comando: DELETE [endpoint]/Patient/id

● La respuesta será 200 OK o 204 No Content

Ejercicio 2.5: Obtener un paciente eliminado ● Use el siguiente comando para obtener al paciente eliminado:

GET [endpoint]/Patient/id

● Si el servidor conoce la versión, la respuesta es: 410 Gone

● Algunos servidores también devolverán un OperationOutcome en el cuerpo de la respuesta.

Ejercicio 2.6: Actualización de un paciente eliminado

● Cuando actualice el paciente eliminado (ver ejercicio 2.4), se creará una nueva versión del recurso

del paciente en el servidor. o Adicionalmente puede obtener una versión específica del recurso usando este

comando: GET [endpoint]/Patient/id/_history/[versionid]

3. Buscando con HTTP (15 min) Este ejercicio tiene como objetivo familiarizarle con la búsqueda de recursos FHIR a través de HTTP y cómo se representan los resultados de búsqueda.

Ejercicios 1. Consulte el historial del paciente que creó en el ejercicio anterior (_history). 2. En el objeto de respuesta (Bundle) identifique los links. 3. Buscar a todos los pacientes que tengan una fecha de nacimiento del 28 de febrero de 1999 y miren el

Bundle resultante. 4. Busque todos los pacientes, pero limite el número de resultados a 3 (count). 5. ¿Cómo puede obtener un resumen de los datos del paciente? (_summary) 6. (Opcional) Pruebe otros parámetros de búsqueda y sintaxis de búsqueda (al menos 3).

Nota: ● Para los tipos de parámetros y modificadores, revise los detalles de la operación de búsqueda

(http://hl7.org/fhir/patient.html#search y http://hl7.org/fhir/search.html#summary)

Soluciones Ejercicio 3 La solución que se muestra a continuación identifica los criterios de búsqueda que puede usar.

Ejercicio 3.1: Solicitar el historial de un recurso

Use el siguiente comando para solicitar el historial de un recurso de paciente con el ID proporcionado: GET[endpoint]/Patient/[id]/_history Ejemplo: http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient/19505/_history

Ejercicio 3.2: El Bundle del historial

El recurso Bundle que se devolvió debe tener un tipo con historial de valores y para cada entrada, habrá un elemento de solicitud que contendrá la acción que condujo a esta versión del recurso. Ejemplo: "type": "history", "total": 1, "link": [ { "relation": "self", "url": "http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient/19505/_history" } ]

Ejercicio 3.3: Buscar pacientes por fecha de nacimiento

Use el siguiente comando para buscar pacientes por su fecha de nacimiento: GET[endpoint]/Patient?birthdate=1999-02-28 La respuesta debe ser un paquete con 0 o más resultados, cada entrada enumerando el recurso del paciente que cumplió con los criterios. El enlace automático contiene la solicitud de búsqueda tal como la entiende el servidor. Ejemplo: http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient?birthdate=1999-02-28 "type": "searchset", "total": 4

Ejercicio 3.4: Limitar el número de resultados de la búsqueda

Use el siguiente comando para limitar el número de resultados de búsqueda: GET[endpoint]/Patient?_count=3

Ejemplo: Una búsqueda con 32 resultados, pero se limita a mostrar 3 http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient?_count=3 "type": "searchset", "total": 32 "entry": [ {...} {...} {...} ]

Ejercicio 3.5: Obtener el resumen de un recurso

http://www.hl7.org/fhir/search.html#summary Agregue el parámetro _summary para obtener un resumen de los datos del recurso. En la definición del recurso, los datos con el símbolo Σ son incluidos en el resumen. Ejemplo: http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient?_summary=true maritalStatus no pertenece al resumen, por lo que no debiera estar en ninguno de estos pacientes.

Ejercicio 3.6: Incluir otros parámetros búsqueda

Ver http://www.hl7.org/fhir/search.html Ejemplo:

● http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient?_sort=name,birthdate ● http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient?given:contains=Est ● http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient?given:exact=Est

4. (Opcional) Operaciones con HTTP (40 min) Este ejercicio busca que se familiarice con la forma en que pueden utilizar las operaciones existentes de FHIR y cómo se representan los resultados de la operación. Para llevar a cabo estos ejercicios, debes tener una herramienta que monitoree el tráfico HTTP, como Postman o Fiddler. Nota: Utilice el endpoint http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3 para la primera parte de este ejercicio.

Ejercicios 1. Encuentre las etiquetas($meta) que se usan en el recurso Patient.

a. GET http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient/9955/$meta 2. Agregue una etiqueta a un recurso Patient ($meta-add)

a. POST http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient/9955/$meta-add

<Parameters xmlns="http://hl7.org/fhir">

<parameter>

<name value="meta"/>

<valueMeta>

<tag>

<system value="http://hospitaldesantiago.cl/codes/tags"/>

<code value="needs-revision"/>

<display value="This resource needs revision!"/>

</tag>

</valueMeta>

</parameter>

</Parameters>

b. GET http://fhir.cens.cl/hapi-fhir-jpaserver-example/baseDstu3/Patient/9955/$meta 3. Revise el historial de cambios en el Paciente(_history) 4. Use una operación para encontrar toda la información(Recursos relacionados) sobre un Encuentro con

id '2870'($everything). a. GET http://fhir.utalca.cl/baseDstu3/Encounter/2870 b. GET http://fhir.utalca.cl/baseDstu3/Encounter/2870/$everything

5. Use la operación($validate) con su recurso Patient cómo el cuerpo para validar su instancia contra la especificación. Verifique el cuerpo de la respuesta para ver si hay errores de validación.

Nota:

● Para ver qué operaciones están definidas en el estándar, mira la página de operaciones ○ https://www.hl7.org/fhir/resource-operations.html ○ https://www.hl7.org/fhir/resource-operations.html#validate ○ https://www.hl7.org/fhir/resource-operations.html#meta-add ○ https://www.hl7.org/fhir/encounter-operations.html#everything ○ https://www.hl7.org/fhir/operationslist.html

Soluciones Ejercicio 4 La solución que se muestra a continuación identifica las operaciones que puede usar.

Ejercicio 4.1: Obtener el metadata de un recurso

Use el siguiente comando para listar todas las etiquetas que se usan en el recurso Patient: GET[endpoint]/Patient/[id]/$meta

La respuesta debe ser un recurso Parameters que liste todo el perfil, seguridad y etiquetas en general que se usan en un recurso Patient.

Ejercicio 4.2: Etiquetar un recurso

Use el siguiente comando para agregar una etiqueta al recurso: POST [endpoint]/Patient/[id]/$meta-add Supply the request with a Parameters resource similar to this: <Parameters xmlns="http://hl7.org/fhir">

<parameter>

<name value="meta"/>

<valueMeta>

<tag>

<system value="http://hospitaldesantiago.cl/codes/tags"/>

<code value="needs-revision"/>

<display value="This resource needs revision!"/>

</tag>

</valueMeta>

</parameter>

</Parameters>

Ejercicio 4.3: Historial de versiones Cambiar los metadatos utilizando la operación $meta no creará nuevas versiones del recurso. Puede verificar esto solicitando el historial del recurso usando el siguiente comando: GET [fhir endpoint]/Patient/[id]/_history GET http://fhir.utalca.cl/baseDstu3/Patient/1/_history

Ejercicio 4.4: Obtener toda la información

Si desea obtener toda la información sobre un determinado recurso Encounter en un servidor, use la siguiente operación: GET [endpoint]/Encounter/[id]/$everything

Ejercicio 4.5: Validación Para validar un recurso Patient en un servidor, sin crear un registro para él, use el siguiente comando: POST [fhir endpoint]/Patient/$validate

5. Referencias de recursos (15 min) Muchos de los elementos definidos en un recurso son referencias a otros recursos. Con estas referencias, los recursos se combinan para crear una red de información sobre atención médica.

Este ejercicio tiene como objetivo que se familiarice con la forma en que puede vincular recursos, utilizar recursos contenidos y referencias lógicas.

Ejercicios 1. Cree una referencia para el paciente creado en los ejercicios anteriores y agregue una condición

(Condition) confirmada de orejas puntiagudas. Use un código SNOMED para representar la condición (http://browser.ihtsdotools.org)

2. Use una búsqueda encadenada para recuperar todas las Condiciones relacionadas al paciente que se

está utilizando.

Soluciones Ejercicio 5

La solución que se muestra a continuación muestra el uso de referencias en los recursos

Ejercicio 5.1: La condición de orejas puntiagudas

Tenga en cuenta que, aunque clinicalStatus no es un campo obligatorio, la especificación tiene una invariante en este campo, que requiere que esté presente si verificationStatus no es "entered-in-error" Los recursos se pueden vincular a través de su URL absoluta o relativa. ¡Debe usar la clave de URL que el servidor devolvió para el paciente que desea utilizar!

<Condition> <clinicalStatus value="active" /> <verificationStatus value="confirmed" /> <code> <coding> <system value="http://snomed.info/sct" /> <code value="204256004" /> <display value="Congenital pointed ear" /> </coding> </code>

<subject> <reference value="Patient/id-excercise-1" /> <display value="Burnham, Michael" /> </subject>

</Condition>

Ejercicio 5.2: Búsqueda encadenada

Algunas referencias pueden señalar a más de un tipo de recurso; p.ej. subject : Reference (Patient | Group | Device | ..). En estos casos, múltiples recursos pueden tener el mismo identificador lógico. Para permitir que el cliente realice una búsqueda en estas situaciones, el tipo se especifica explícitamente: GET [base]/Observation?subject=Patient/exercise-1 También se define un modificador para permitir que el cliente sea explícito sobre el tipo previsto: GET [base]/Observation?subject:Patient=exercise-1 Para evitar que un cliente realice una serie de operaciones de búsqueda, los parámetros de referencia pueden "encadenarse" agregándolos con un punto (.) seguido del nombre de un parámetro de búsqueda definido para el recurso de destino. GET [fhir endpoint]/Condition?subject:Patient.identifier=NCC-1032 Use la URL clave que el servidor devolvió para el recurso en el Ejercicio 2.3 y así obtener resultados correctos

6. Ejercicio: Prescripción (45 min) Escenario: Nuestro paciente del ejercicio 1 (Esther Huneeus Salas), acude al Hospital de Santiago de Chile, teléfono +5623344543, mail info@hospitalsantiago.cl, el día 29 de Enero del 2018 a las 19:35, a una consulta ambulatoria con el médico general Jóse Cortizona, RUT 10.876.876-0. El motivo de la consulta es un dolor muscular, generado por una contusión en la pierna derecha. La paciente refiere que el dolor ha ido en aumento, sin embargo no ha hecho uso de ningún medicamento. Luego de realizar la anamnesis, se realiza evaluación muscular, presentando signos de contusión muscular leve. Se le receta Paracetamol 500 mg, 2 pastillas cada 8 horas por 7 días.

Ejercicio

1. Identifique los recursos FHIR mínimos necesarios para la receta, que están involucrados en este caso de uso. (para este ejemplo no considere diagnóstico ni encounter)

2. Complete cada recurso en el formato que más le acomode (XML o JSON) con los datos entregados en el caso de uso. (Reutilice los recursos anteriormente creados)

3. Identifique las referencias para posteriormente crear los recursos en el orden correcto.

4. Cree los recursos del ejercicio 6.2 agregando las referencias necesarias. 5. Opcional: Utilice la terminología SNOMED-CT para codificar el medicamento recetado.

http://browser.ihtsdotools.org/

Soluciones Ejercicio 6 La solución que se muestra a continuación identifica los criterios de búsqueda que puede usar.

Ejercicio 6.1: Recurso necesarios:

● Patient ● Medication ● Practitioner ● Organization ● MedicationRequest

Ejercicio 6.2

● Patient Recurso Creado en el ejercicio 1.3

● Medication { "resourceType": "Medication", "code": { "coding": [ { "system": "http://cens.cl/codificacioncens", "code": "7093792 ", "display": "paracetamol 500 mg comprimido (LaboratorioChile) 16 comprimidos" } ] }, "status": "active", "isBrand": false, "isOverTheCounter": true, "manufacturer": { "reference": "#LaboratorioChile" }, "form": { "coding": [ { "system": "http://snomed.info/sct", "code": "385055001",

"display": "Comprimido - forma farmacéutica " }] }, "ingredient": [ { "itemCodeableConcept": { "coding": [ { "system": "http://snomed.info/sct", "code": "387517004 ", "display": "Paracetamol (sustancia)" } ] }, "isActive": true, "amount": { "numerator": { "value": 500, "system": "http://unitsofmeasure.org", "code": "mg" }, "denominator": { "value": 1, "system": "http://hl7.org/fhir/v3/orderableDrugForm", "code": "Comprimido" } } } ], "package": { "container": { "coding": [ { "system": "http://snomed.info/sct", "code": "418445004", "display": " caja - unidad de uso de producto (calificador)" } ], "amount": {

"numerator": { "value": 16, "system": "http://unitsofmeasure.org", "code": "comprimidos" }, }, "batch": [{ "lotNumber": "BA738947394", "expirationDate": "20190512" }] } } }

● Practicioner { "resourceType": "Practitioner", "identifier": [ { "system": "http://registrocivil.cl/RUT", "value": "108768760" } ], "active": true, "name": [ { "family": "Cortizona", "given": [ "Jose" ], "prefix": [ "Dr" ] } ], "telecom": [ { "system": "phone", "value": "56876545676",

"use": "Movil" }, { "system": "email", "value": "pepe@cortizona.cl", "use": "Trabajo" }, { "system": "work", "value": "56229788099", "use": "Oficina" } ], "address": [ { "use": "work", "line": [ "Avenida Principal S/N" ], "city": "Pelotillehue", "state": "Pelotillehue", "postalCode": "8909987" } ], "gender": "male", "qualification": [ { "identifier": [ { "system": "http://colegiomedicochile.cl/validacion", "value": "1233345" } ], "code": { "coding": [ { "system": "http://hl7.org/fhir/v2/0360/2.7", "code": "MD", "display": "Médico" } ],

"text": "Medico General" }, "period": { "start": "1984" }, "issuer": { "display": "Colegio Médico" } } ], "communication": [ { "coding": [ { "system": "urn:oid:2.16.840.1.113883.6.121", "code": "cl", "display": "Espanol" }] }] }

● Organization { "resourceType": "Organization", "name": "Hospital de Santiago", "telecom": [ { "system": "phone", "value": "+5623344543" }, { "system": "email", "value": "info@hospitalsantiago.cl" } ], "address": [ { "line": [ "Avenida las palmeras 4456" ],

"city": "Santiago", "state": "Santiago", "postalCode": "4348104", "country": "CHILE" } ] }

● MedicationRequest { "resourceType": "MedicationRequest", "status": "active", "intent": "order", "category": { "coding": [ { "system": "http://hl7.org/fhir/medication-request-category", "code": "outpatient", "display": "Outpatient" } ] }, "priotity": "asap", "medicationReference": { "reference": "Medication/paracetamol_creado_antes", "display": "Medicamento Prescrito" }, "subject": { "reference": "Patient/paciente_creado_en_ejercicio_1", "display": "Esther Huneeus Salas," }, "context": { "reference": "Encounter/referenciar a un encounter ficticio", "display": "Encuentro creado cuando se realizo la visita al medico" }, "authoredOn": "2018-01-29", "requester": { "agent": { "reference": "Medico/medico_creado_anteriormente",

"display": "Jose Cortizona" }, "onBehalfOf": { "reference": "Organization/organizacion_creada_anteriormente" } }, "recorder": "Medico/medico_creado_anteriormente", "reasonCode": [ { "coding": [ { "system": "http://snomed.info/sct", "code": "PONER EL NUMERO", "display": "DOLOR DE LA PIERN SUPERIOR" } ] } ], "dosageInstruction": [ { "sequence": 1, "text": "Paracetamol 500 mg, 2 pastillas cada 8 horas por 7 días", "timing": { "repeat": { "frequency": 1, "period": 8, "periodUnit": "h" } }, "asNeededCodeableConcept": { "coding": [ { "system": "http://snomed.info/sct", //reasonCode lo mismo "code": "zzz", "display": "dolor muscular, generado por una contusión en el muslo de la pierna derecha" } ] }, "route": { "coding": [

{ "system": "http://snomed.info/sct", "code": "26643006", "display": "Oral Route" } ] }, "doseQuantity": { "value": 2, "unit": "TAB", "system": "http://hl7.org/fhir/v3/orderableDrugForm", "code": "TAB" }, } ], "dispenseRequest": { "numberOfRepeatsAllowed": "1", "quantity": { "value": 42, "unit": "TAB", "system": "http://hl7.org/fhir/v3/orderableDrugForm", "code": "TAB" }, "expectedSupplyDuration": { "value": 7(periodo del tratamiento), "unit": "days", "system": "http://unitsofmeasure.org", "code": "d" } }, "substitution": { "allowed": true, "reason": { "coding": [ { "system": "http://hl7.org/fhir/v3/ActReason", "code": "FP", "display": "formulary policy" } ] }

} }

Ejercicio 6.3 El recurso MedicationRequest hace referencias a los recursos:

● Patient ● Practitioner ● Organization ● Medication

Ejercicio 6.4 Para crear cada recurso ejecute el comando POST con la estructura XML o JSON creados anteriormente.

POST [fhir endpoint]/[Resource] ● La respuesta será 201 Creado con éxito.