taller bioinformatica acoplamiento molecular

8/16/2019 Taller Bioinformatica Acoplamiento Molecular

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TALLER BIOINFORMATICA ACOPLAMIENTO MOLECULAR (DOCKING)

Cesar Orlando Chavarro Mateus cod:25151414

Nixon G. Archila Rodriguez cod:25151!4

"#esde $ediados del siglo %&'( )eonardo #a 'inci us* $odelos( tanto te*ricosco$o +r,cticos( +ara tratar de ex+licar el -unciona$iento de algunos siste$as

si$+les co$o el $ovi$iento del agua u/endo en un canal( o co$+le0os co$o

el vuelo de las aves o el -unciona$iento del coraz*n 13

)a oservaci*n de -en*$enos / el intento +or dar una ex+licaci*n a dichos

-en*$enos( es algo ue sie$+re ha aco$+a6ado a la hu$anidad. &$+ulsada

+or la curiosidad( la inteligencia hu$ana sie$+re se ha ada+tado( de tal -or$a

ue( a +artir de una serie de +reguntas( usca dar una res+uesta satis-actoria.

#esde ue el ho$re e$+ez* a ser consciente de su entorno( sie$+re(

des+u7s de la oservaci*n cuidadosa( surgi* la +regunta 8c*$o -unciona90e$+los t;+icos en los ue esta interrogante se a+lic* lo son el tr,nsito

+eri*dico de la )una( la direcci*n del u0o de agua en los r;os( el e-ecto de la

$andr,gora en el co$+orta$iento de algunos individuos( etc.

sto nos lleva a considerar un sin-;n de -en*$enos -;sicos( ue han sido

susce+tiles a ser res+ondidos desde la -or$ulaci*n de diversos $odelos

co$+utacionales. A esta -or$a de recreaci*n de estructuras co$+le0as +or

$edio de las co$+utadoras se le ha dado el no$re de $odelos in silico

haciendo alusi*n a la estructura interna del co$+utador ue est, hecho en un

de $ateriales de s;lice.

l aco+la$iento ?doc@ing $olecular es un $7todo co$+utacional ue usca

-or$as de uni*n entre ligandos +otenciales / un lanco $acro$olecular

?nor$al$ente c7lulas( +rote;nas o +rocesos u;$icos( cu/a estructura es

conocida ex+eri$ental$ente.

Barticular$ente( el aco+la$iento $olecular se a+lica +ara encontrar la

orientaci*n / +osici*n de un ligando en el sitio activo de su lanco

$acro$olecular( sin conocer el resultado nal( es decir( la con-or$aci*n

tridi$ensional de la uni*n ligandoDrece+tor. sta Elti$a es nor$al$ente

estudiada +or la cristalogra-;a de ra/os %.

l o0etivo de la t7cnica consiste en encontrar la uni*n $,s +roale entre el

ligando / el rece+tor( es decir( la ue $enos energ;a reuiera ?a $enor

energ;a( $,s -uerte la uni*n as; co$o el sitio id*neo de uni*n $olecular.

Bara este traa0o se to$* la estructura con c*digo en el B#F: '2 ue

corres+onde a la estructura cristalina de una +rote;na G de l;+idos( ligada a un

rece+tor.


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)as +rote;nas G son una -a$ilia de +rote;nas aco+ladas a siste$as e-ectores

ue se unen a G#B H GIBJ +oseen tres suunidades ue les conere diversidad(

+or lo ue son deno$inadas ta$i7n heterotri$7ricas. Cuando una +rote;na G

se une a un rece+tor( 7ste incre$enta su anidad +or el tras$isor. ste

co$+le0o es uno de los $ecanis$os de transducci*n ue +er$ite a

las c7lulas co$unicarse entre ellas / res+onder al $edio a$iente. )as+rote;nas G interactEan con di-erentes e-ectores +or lo ue es i$+ortante

conocer sus +ro+iedades iou;$icas. 23

n cuanto a la -unci*n re+ortada +ara esta +rote;na de inter7s( $odula el

tr,co de lin-ocitos( el desarrollo / la integridad endotelial( la -recuencia

card;aca( / el tono vascular / la $aduraci*n $ediante la activaci*n de

rece+tores de 1D-os-ato de esngosina aco+lado a la +rote;na G. 3

s +or la i$+ortancia de estas rutas $eta*licas( ue los rece+tores aco+lados

a +rote;nas G( son +otenciales lancos en la Esueda de nuevos ligandos(

+rinci+al$ente en $ol7culas ue tengan una actividad il*gica deter$inada.

Cuando hace$os una revisi*n en lo ue se re+orta en la ase de datos del B#F

+ara esta +rote;na( encontra$os ue re+orta +ara el ligando M)5 las siguientes

interacciones:

Ade$,s de esto re+orta un valor de (5 A( con lo cual ve$os ue ha/ una

a0a resoluci*n -rente a la estructura co$o tal( con lo cual es $u/ di-;cil

dicta$inar si las interacciones ue se re+ortan con este ligando se cu$+len

co$o tal.

http://www.monografias.com/trabajos10/compo/compo.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos5/fami/fami.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos11/teosis/teosis.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos/celula/celula.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos15/medio-ambiente-venezuela/medio-ambiente-venezuela.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos5/fami/fami.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos11/teosis/teosis.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos/celula/celula.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos15/medio-ambiente-venezuela/medio-ambiente-venezuela.shtmlhttp://www.monografias.com/trabajos10/compo/compo.shtml


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Caso contrario si oserva$os las +osiciones < / 4( +ues si oserva$os estas

+osiciones ve$os ue existe un valor de divergencia $u/ alto( +or lo cual( de

escoger estas +osiciones del ligando( no +odr;a$os hacer una a+roxi$aci*n

acertada -rente al co$+orta$iento real de la $is$a a condiciones iol*gicas.

Otro +unto de relevancia es el valor de la anidad( los valores de anidad son

$,s a+ro+iados entre $,s negativos sean( to$ando co$o el $e0or valor de

anidad D14 @calP$ol( sin e$argo a condiciones iol*gicas los valores entre D!

/ D @calP$ol( dan una uena a+roxi$aci*n de la realidad iol*gica.

Cuando revisa$os las interacciones encontra$os:

1 &nteracciones hidro-oicas

2 &nteracciones +or +uentes de hidr*geno


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#eido a la dicultad ue +resenta el +rogra$a +ara +oder visualizar

correcta$ente las interacciones entre el ligando / la $ol7cula( $,s

es+ec;ca$ente lo a$ino,cidos ue se re+ortan +ara el sitio activoJ se utiliz*

el +rogra$a de )igBlot con el n de +oder dilucidar $e0or estas interacci*n.

Cuando $ira$os otros rece+tores aco+lados a +rote;nas G ue se encuentran

re+ortada en el B#F tales co$o 4#Q)( 2R4R( 4GR'( 1( nos da$os cuenta

ue no se +ueden traa0ar.

Aunue +resentan un $e0or valor de resoluci*n res+ecto a su estructura

cristalina( no a+arecen re+ortadas interacciones con ligandos( lo cual diculta

realizar algEn estudio +or aco+la$iento $olecular.

Aunue +odr;a realizarse un ta$a6o del grid tan grande co$o la +rote;na /

evaluar los valores de anidad ue re+orte( estos valores no re+resentar;an un

acerca$iento al sitio activo de la $ol7cula( o a la $e0or +osici*n del ligando.

s +or tanto ue +ara los estudios de aco+la$iento $olecular se necesita tener

in-or$aci*n sore el sitio activo de la $ol7cula( ue de ser +osile( esta

so+ortada en dise6os ex+eri$entales( esto con el n de +oder dar unacerca$iento a la realidad iol*gica / as; dar una res+uesta ue sea relevante

en cuanto al -en*$eno ue se desea evaluar.

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