SATCAFE y control biológico como alternativa de manejo de

enfermedades del café

Luis C. Mejía

INDICASAT AIP

Los hongos endófitos son particularmente diversos

Las Comunidades de microorganismos(microbiomas) de plantas son altamente diversas

Patógenos de plantas

Todo organismo en la naturaleza tiene un enemigo

Control Biológico:Uso de un organismo para suprimir la actividades y poblaciones de otro organismo

Treatment

% fru

its w

ith

M. ro

reri

sp

ore

s

20

30

40

50

60

70

a

b

abab

C. gloeosporioides

control

C. rosea

B. dothidea

Farm

AL BB RC RL

% fru

its w

ith

M. ro

reri

sp

ore

s

0

10

20

30

40

50

60

70

C. rosea

control

A B

Mejía et al. 2008. Biological Control

A) Media (ES) % frutas de T. cacao en las que patógeno M. roreri esporuló después de 6-9 aplicaciuones en 4 fincas de Bocas del Toro, Panama. B) Media (ES) %frutas de T. cacao con esporas de M. roreri para el mismo período

Hongos endófitos limitan daño causado porpatógeno, en campo

Microbioma del café y control biológico de la roya

Proyecto: Desarrollando tecnología de biocontrol para los agricultores combatir una enfermedad del café

de importancia global

• El propósito principal del proyecto es estudiar comunidades de microbios (microbioma del café para aislar y probar agentes promisorios de control biológico del Hemileia vastatrix, hongo causante de la roya del café, enfermedad más importante de este cultivo a nivel local e internacional.

Harry Evans, CoPI, CABI

Robert Barreto. UFV

Colaboradores

Microbioma del cafeto: Sitios de muestreo en Panama

Piedra Candela

Comarca Gnobe Bugle

Boquete

Dos variedades por sitioCinco individuos por variedadHojas, Frutas, Tallo, Raiz, Suelo

Cómo cambian las comunidades de hongos del cafeto en función del tiempo, localidad, fenología y variedad de café y variables climáticas?

Métodos

Colecta de muestras y cuanttificaciónde daño por patógenos (Roya y Ojo de Gallo)

Cultivo de hongos Pruebas de actividad

Extracción de ADN y amplificación de ITS

Caracterización taxonómica de comunidades de hongos basada en ADN

Limpieza superficial de tejidos

Pruebas in planta de actividad contra roya

Integración de clima con dinámica de comunidades de hongos y enfermedades del café

SATCAFE

Variables Ecológicas

Indicadores de Microorganismos Benéficos?

Incidencia de Roya del CaféFinca Flores, Comarca Ngäbe-Buglé

Geisha

Typica Catuai

Ojo de Gallo

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

Mayo Junio Julio Agosto Septiembre Octubre Noviembre Diciembre

INC

IDEN

CIA

(%

)

Finca FloresComarca Ngäbe-Buglé

Catimore Tardío Pache Geisha Typica Catuaí

Año 2016

Evaluación de antagonismo contra Mycena citricolor

Primer muestreo masivo de microorganismos del café en Panamá

Bacterias en suelos de cafetales> 30 phyla recuperados

Collaboration with Kristin Saltonstall, STRI

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

90%

100% k__Bacteria;p__[Caldithrix]

k__Bacteria;p__WS3

k__Bacteria;p__Verrucomicrobia

k__Bacteria;p__Thermi

k__Bacteria;p__TM7

k__Bacteria;p__TM6

k__Bacteria;p__Spirochaetes

k__Bacteria;p__Proteobacteria

k__Bacteria;p__Planctomycetes

k__Bacteria;p__PAUC34f

k__Bacteria;p__OP3

k__Bacteria;p__Nitrospirae

k__Bacteria;p__NKB19

k__Bacteria;p__Lentisphaerae

k__Bacteria;p__Gemmatimonadetes

k__Bacteria;p__GOUTA4

k__Bacteria;p__GN04

k__Bacteria;p__GAL15

k__Bacteria;p__Fusobacteria

k__Bacteria;p__Firmicutes

k__Bacteria;p__Fibrobacteres

k__Bacteria;p__FCPU426

k__Bacteria;p__Elusimicrobia

k__Bacteria;p__Cyanobacteria

k__Bacteria;p__Chloroflexi

k__Bacteria;p__Chlorobi

k__Bacteria;p__Chlamydiae

k__Bacteria;p__Bacteroidetes

k__Bacteria;p__Armatimonadetes

k__Bacteria;p__Actinobacteria

k__Bacteria;p__Acidobacteria

k__Bacteria;p__AD3

k__Bacteria;Other

k__Archaea;p__Crenarchaeota

k__Archaea;Other

Unclassified;Other

Collaborative work with Kristin Saltonstall (STRI)

Composición taxonómica de bacterias en suelo asociado a 45 árboles de café en Panamá

Resultados preliminares: Las comunidades de bacterias parecen

diferir por sitio

-0.15

-0.1

-0.05

0

0.05

0.1

0.15

0.2

-0.15 -0.1 -0.05 0 0.05 0.1 0.15

PC

oA

2 1

9.1

5%

var

iati

on

exp

lain

ed

PCoA1 26.15% variation explained

Boquete

Eleta

Comarca

43 microbiome samples51652 reads3893 fungal OTUs

Composición taxonómica de comunidades de hongos en hojas de café

Piedra Candela Boquete Comarca Ngäbe-Buglé

Other

Botryosphaeriales

Capnodiales

Myriangiales

Pleosporales

Dothideomycetes; unidentified

Chaetothyriales

Eurotiomycetes; unidentified

Chaetosphaeriales

Diaporthales

Incertae sedis

Sordariales

Xylariales

Sordariomycetes; unidentified

Unidentified

Agaricales

Sporidiobolales

Pucciniales

Tremellales

Unidentified

Unidentified

Mes 4,

Resultados preliminares: Las comunidades de hongos parecen diferir por sitio

ResumenTodos los organismos tienen enemigos naturales

Podemos utilizar microorganismos que son enemigos de plagas y patógenos de plantas para hacerlas más resistentes y productivas

El control biológico ofrece una alternativa efectiva de manejo de enfermedades de cultivos agrícolas que es amigable con el ambiente, las salud de las personas y por lo tanto con gran potencial de impacto social

Las herramientas de sistema de alerta temprana tienen un potencial uso para monitoreo de microorganismos benéficos a través del tiempo, un componente importante para manejo agroecológico de cultivo de café

FAO

Agradecimientos

INDICASAT AIP

Productores y técnicos de café por acceso a cafetales-Sr. Roberto Brenes-Sr. Price Peterson -Hacienda Café de Eleta-Hacienda Esmeralda-Sr. Kelly Hartman-Sr. Miguel Cervantes

IDIAP: Ing. José LezcanoMIDA: Despacho Superior, Ing. Harry Pérez, Personal Técnico.Embajada Británica en PanamáFAO por la invitación a este evento