Programas básicos de genética de poblaciones

Luis Eguiarte, Jaime Gasca, Enrique Scheinvar

Tools for population genetic analysishttp://www.marksgeneticsoftware.net/tfpga.htmMark P. Miller

Arlequinhttp://lgb.unige.ch/arlequin/Schneider S., Roessli D., y L. Excoffier

DNA Sequence Polymorphismhttp://www.ub.edu/dnasp/Rozas, Librado, Sánchez-DelBarrio, Messeguer y Rozas

Structurehttp://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.htmlPritchard, Stephens & Donnelly

Expresión Fenotípica

Dominancia Completa: Uno de los alelos domina y “silencia” la expresión del otro.

(Pur / Pur)

Flor Púrpura

(Bla / Bla)

Flor Blanca

Codominancia: Ambos alelos se expresan y pueden ser diferenciados en el fenotipo.

(Pur / Pur)

Flor Púrpura

(Bla / Bla)

Flor Blanca

Dominancia Incompleta: Ambos alelos se expresan de manera conjunta generando un tercer fenotipo “combinado”.

(Pur / Pur)

Flor Púrpura

(Bla / Bla)

Flor Blanca

(Pur / Bla)

Flor Púrpura

(Pur / Bla)FlorBlanca y Púrpura

(Pur / Bla)FlorPúrpura Claro

Marcadores con ExpresiónCodominante

Codominancia: En cada uno de los locus, ambos alelos se expresan y pueden ser diferenciados en el fenotipo.

Alelo AAlelo BLocus 1

Alelo AAlelo BLocus 2

Frec. alélicas:p = D + ½ H = 0.4 + ½ (0.4) = 0.6q = 1 – p = 1 - 0.6 = 0.4

Frec. GenotípicasObservadas :D = 4 / 10 = 0.4H = 4 / 10 = 0.4R = 2 / 10 = 0.2

Locus 1 :

Frec. GenotípicasEsperadas :D = p2 = (0.6)2 = 0.36H = 2pq = 2(.6)(.4) = 0.48R = q2 = (0.4)2 = 0.16

Marcadores con ExpresiónCodominante

RFLP: Restriction Fragment Length PolymorphismDNA total --> Restricción --> electroforesis(Jeffreys, Wilson, & Thein,1985. Nature, 314:67-73)

Isoenzimas : Proteínas --> electroforesis (Lewontin y Hubbi, 1966. Genetics 54:577-94)

SSR (Microsatélite): Simple Sequence repeated PCR con Iniciadores específicos de secuencia flanqueante a ssr --> electroforesis.

Marcadores con ExpresiónDominante

Dominancia Completa: En cada uno de los locus, uno de los alelos domina y “silencia” la expresión del otro.

Locus 1 Alelo PAlelo a

Locus 2 Alelo PAlelo a

Frec. alélicas:p = D + ½ H = ¿? + ½ ¿?q = R + ½ H = 0.4 + ½ ¿?

Frec. GenotípicasObservadas :D = 6/10 o menos ??H = 6/10 o menos ??R = 4 / 10 = 0.4

Locus 1 :

(Presencia, Presencia) = Presencia(Presencia, Ausencia ) = Presencia(Ausencia, Ausencia ) = Ausencia

Pero... en H.W. :R=q2

q=Rq=0.4q=0.63p=1−q=1−0.63=0.37

Marcadores con ExpresiónDominante

RAPD: Randomly Amplified Polymorphic DNA.DNA total --> PCR con iniciadores aleatorios (c/alto G+C) --> electroforesis(Williams et al., 1990. Nuc.Ac.Res.18(22):6531-35)

ISSR: Inter Simple Sequence RepeatedDNA total --> PCR con iniciadores semi-aleatorios (8-10 pb de di o tri nucleótidos repetidos) --> electroforesis (Zietwicks et al., 1994. Genomics 20:176-83)

AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism.DNA total --> Enzimas de restricción --> Productos de restricción se ligan con adaptador --> PCR selectivo con iniciadores basados en el adaptador --> electroforesis.(Vos et al., 1995. 23(21):4407-14)CODOMINANTES (real) --> Dominantes (datos)

Tools For Populations Genetic Analyses

TFPGA

Mark P. Miller 1997

http://www.marksgeneticsoftware.net/tfpga.htm

Software gratuitopero no Libre (No Open Source)

Linux via emulador( Wine )

Archivo de entrada

1,1 11,131,1 12,221,1 11,121,1 13,131,1 22,231,2 11,231,2 11,001,2 12,131,2 11,231,2 13,120,0 00,00Notas Notas Notas Notas

Población

Subpoblación

Loci

No dato

Separador(Espacio)

Separador de loci ( , )

Línea de fin de datos

Datos de Ardilla endémicaMicrosatélitesDatos de Museo (hace 15 años)Datos de colecta actual (2009)2 poblaciones: Perote, Veracruz Totoalco, Veracruz.

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