informatització de l'herbari de la universitat de girona (udg) · informatitzacio de...
TRANSCRIPT
Mill. Inst . ('at. (list. Nat., 63.17-26 199,
OFICI DE NATURALISTA
Informatitzacio de 1'herbari dela Universitat de Girona (UdG)
Miquel Campos, Joan Font, Lluls Vilar, Lluis Polo &
Conxi Rodriguez-Prieto*Rebut 02 11 94
Acceptat 19.09.95
Resum
I.'herhari do la IJdG consta de mes de 12.000plecs de plantes vasculars i 3.200 d'algueshentoniques marines, actualment en procesd' informatitzacio mitjanFant FilcMaker pro 2.0per Macintosh. S'ha elaborat un programaanomenat IIGI que permet utilitzar el fitxertesaurus II'Tl.ORA del programa BDORCA(FON r, 1992), corresponent al catalcg de plantesvasculars dels Paisos Catalans. Al fltser, s'hi hanafcgit nuns camps corn Ia la in ilia, la forma vitali la corologia. I.'estructuracio d'aquest progra-ma permet, a mcs dc Ics funcions propies degestio d'un herhari, el traspas de la inforrnaciointroduYda a la base de dades BDORCA.
Pro 2. 0 by Macintosh . A program called HGI hasbeen made to utilize the thesaurus fileTEFLORA of BDORCA program (FONT, 1992),corresponding to the check - list of vascularplants from Catalan Countries . It has beenadded to the file new fields as family , life formand chorology. The structure of this programallows , apart from the own managementfunctions of an herbarium , the possibility ofreturning the introduced information to the datafile BDORCA.
KF:YWORUS: Herbaria , FileMaker Pro , Macintosh,Floristic Database.
M(7 IS ('I At': I lerharis, FileMaker pro, Macintosh , Resumenbase de dades floristica.
Abstract
The computerization of Girona University
Herbarium
Girona University Herbarium has more than12,000 specimens of vascular plants and3,200 of benthic marine algae, that is now incomputerization process by means of FileMaker
• Departament de ( icneies Amhientals. Unisersitat de (iiruna.
PI. Hospital, 6, I-:-17071 (iirona.
La informatizacion del herbario de laUniversitat de Girona (UdG)
El herbario de la Universitat de Girona constade mas de 12.000 pliegos de plantas vascularesy 3.200 de algas bentonicas marinas, actual-mente en proceso de informatizacion medianteFileMaker Pro 2.0 para Macintosh. Se ha elabo-rado un programa denominado HG1 que permiteutilizar el fichero tesauro TEFLORA del progra-ma BDORCA (FONT, 1992), correspondiente alcatalogo de plantas vasculares de los PaisesCatalanes. En el fichero se han ahadido nue-vos campos como la familia, la forma vital y lacorologia La estructuraci6n de este programapermite, ademas de las funciones propias de
17
() i 1(I I) I CAI I RAI ISIA
gestion de un herbario, el retorno de la informa-cion introducida a la base de datos BDORCA.
PAI.ABRAS c[,AVI:: herbarios, FileMaker Pro,
Macintosh, base de datos tloristica.
Introduccio
l.'hcrbari de la Universitat de Girona va
ser fundat l'any 1976 pel doctor Lluis Polo,
aleshores professor del Coilegi Universitari
de Girona, integrat a la Universitat AutO-
noma de Barcelona. FIs primers plecs van
sortir, precisament, de la seva col-leccib
particular, a la qual es van anar afegint, pel
que fa a les plantes vasculars, els plecs
corresponents als treballs de recerca que es
van dur a terme a les comarques gironines
els ant's seguents: estudis al cap Norfeu
(GIRBAI. & P010, 1978), al massis del
Montgri (MASSIF & Poi (), 1987) i a la vall
de Sant Daniel a Girona (Pot.o & V11 AR,
1983). Darrerament s'han inclos diversos
herbaris personals dels quals destaquem el
de Manuel lbarz sobre el Girones i la
Garrotxa, i el de J. Maynes-A. Mallol sobre
el Baix F.mporda. Finalment, cal esmentar
les col•leccions provinents de la Selva
(VII.AR, 1987) i de ('Alta Garrotxa (VINAS,
1993).
Pel que fa a les algues hentoniques, els
exemplars provenen dels diferents treballs
sobre sistematica, fenologia i ecologia
d'algues realitzats per L. Polo i C.
Rodriguez-Prieto (Polo, 1978, 1982; Polo
et al., 1980; BAI I.I[SIi ROS et al., 1984;
RODKiculcz-PRU 10, 1992; RODRICIJI:7-PRII ro
& Polo, 1988, 1993; Ro)DRio(JI:z-PRll ro et
al., 1993).
L'any 1991 1'herbari es va integrar a laXarxa Internacional d'Herharis, IndexIlerhariorum, amb les sigles IIG1. Amb datad'octubre de 1995, I'herbari de plantes
vasculars constava de 9.300 plecs catalogatsi d'uns 3.000 per incloure-hi. I el d'algueshentoniques marines, de 1.400 exemplarscatalogats i d'uns 1.800 per incloure-hi.
L'any 1994 es van iniciar els treballsd'informatitzacio de I'herbari de les plantesvasculars que han de suposar una millorgestio i consulta dels plecs. I.'ohjectiud'aquest article es, doncs, presenterl'aplicacio informatica creada: una base dedades d'Os senzill fins i tot per a personalno especialitzat.
Metodologia
S'ha avan4at molt d'en4a dels primers
treballs d'informatitzacio d'herbaris (I IAl t ,
1972; GRI I:NI:, 1972), i actualment existeix
en el mercat una oferta de hardware i
software que facilita la creacio i cl maneig
de banes de dades floristics , que ja s'ha
utilitzat per a diferents herbaris ibcrics
(PANDO, 1992; ESPINOSA et al ., 1993;
VASCON( IIOS, 1993; VnI AIR, 1993).
EI trehall d'informatitzacio de I'herbari
de la Universitat de Girona ha estat
condicionat a dos Pets principals: d'una
Banda, I'us de I ' entorn Macintosh per la
nostra Unitat i de I'altra , que no fos un
sistema tancat al principal bane de dades
floristic dels Paisos Catalans, ORCA ( B()l Os,
1985; FoN1, 1992).
f:l sistema de gestio de bases de dadesutilitzat cs FileMaker Pro 2 . OEv2 ( 1992) perMacintosh, que permet dur a tcrme amb
facilitat les funcions propies de disseny,
edicio, emmagatzcmatge i impressio de
dades, aixi corn la seva importacio i
exportacio a d'altres programes (perexemple dBase III, Lotus 1-2-3, Excel...).
FileMaker Pro facilita tambe la programaciode segiiencics de comandes interrela-cionades, que reben el nom de GUIONS,
18
STUDIUM GENERALE GERUNDENSE
Fntrada de nou plec
GestiO herbari
Impressio etiquctes
Opcions de Ilistat
Manteniment Flora
HGI
Unitat de Botanica de la
Universitat deGirona
I ic. 1. Menu principal de I'aplicacio IIGI
cadascun dels quals s ' assignen a unaicona (BO1O) (vegeu fig. I) que esvisualitza en pantalla formant part delsdiferents mends.
Aprofitant la possibilitat de transferenciad'inl'ormacici entre diferents tipus desistemes operatius com DOS i Macintosh(Dos Mounter , Apple Link ), s'ha efectuatI'intercanvi de les dades contingudes en ellitxer tesaurus de BDORCA, TL,FI.ORA, aun altre del programa FileMaker Pro. Enaquest nou fitxer s'ha realitzat una ampliaciodel contingut afegint-hi tres noes campscorresponents a la familia, la corologia i laforma vital de cadascun dels 5 . 344 taxonsque formen part del catalog floristic dels
Sortir J
Main menu of the HGI procedure
Paisos Catalans ( Boi ins et al., 1993). Lamateixa operacio es possible en sentit invers,de manera que la informacio continguda enel nostre herbari pot ser traspassada a unaaltra base de dades, com per exemple13DORCA.
Estructura i funcionament de
1'aplicaci6 HGI
L'aplicacio creada utilitza quatre fitxers,anomenats FLORA, ENTRADES, IIERB.4RIi HGI, dins dels quals s ' inclouen els guionsinterns que realitzaran les tasques indicades
19
UI I(I UI, hAll kAIJSl;1
O
41.1'1'(
iJ d,
I,,, I I., ^ q-
fllnN
uluNh
^J^^Na
I%I'
L
h I. I'I'(( ^l^t X::
1
1
(-:xl. (IN(-^
^I ulca
III^]
pi nere
aui:^r szp.
:::,,ai,i,,.4 avliw^ i hdMml
al(iluil
Aa(a
Itr:
l ahaccai
I ;,ic,ahnmJ
I' c
C
1 i'1'M
hl rrr< I:J^,N
I^l11% f .,,h::,,... ^^.
iilanlii-e 1IIlIINh
IIJIINa
11
11
1
Nf (:I^1 Nf:
E^7 nlli^a 1
F u.. 2. Fsquema del proces d'informatitzacio d'un plec Scheme of the computerization process of an herbarium
d'herbari specimen
Lt^(1Lsr
L __
E(T-117w1-1llvbI ^ Ic'::lui<a arh: .. n. eilanil.a
alli:a
1
20
genere epitet especific
ssp + autor ssp
autor sp
(am ilia
localitat i habitat
comarca
registre
altitud UTM UTM2
PLeg recol lectorDet determinador
data
HGI Studium Generale Gerundense
I ii,, i. Model de I'etiqueta utilitzada a I'herhari de laUniversitat de (iirona
en cls diferents menus. El fitxer FLORA
conte el tesaurus floristic, el d'I.NTRADES
cmmagatzema els noun registres corresponents
als darrcrs plecs informatitzats que, un coprevisats, son traslladats al fitxcr I IFRUAR1,
que es concretament cl bane de dades que
conte el conjunt de registres. FI titxer HGI,tinalment, conte cls guions quc permeten la
gestio de la resta de titxers.
I.'ohertura del titxer IIGI activa el menu
principal (tig. I ). D'aquesta presentaci6
partcixen les diferents opcions i s'hi retornaen acabar-les. Aqucst menu pcnnct I'entradade Woos plecs i la impressio d'etiquetes, perotamhe un acces de consulta at fitxer HI RI3ARI,
i at de FI MA coin a opci6 d'actualitzaci6 deIcs dades contingudes en el tesaurus.
L'entrada de glees
I.'cnt ada de noes registres s'inicia
premcnt cl hot6 I: (FIN I RADA Nt)U Pf i ( ), quc
ohre simultaniament cis fitxers FLORA i
I.N I'RAI)IE:S. La recerca d'un taxon es pot
realitzar introduint els epitets gcntric i
cs/)ccltic, si es vol de forma ahreujada, o be
el numero corresponent a la l lora Manual
clefs Par'sos Catalans (fig. 2). Si la forma
ahreujada introdu'ida correspon a mes d'una
Label example used in the Girona University Herbarium
espccie, o he n'existcixen diverses categories
subespecifiques, es pot escollir el taxon que
interessi.
A continuacio aparcix en pantalla la
presentacio dissemada per a I'entrada de
dades quc inclou, d'una Banda, la informacio
del tesaurus Flora (nom del taxon, autors,
familia, corologia i forma vital), i de I'altra,
els camps on s'hi afegiran les dades propies
del plec (municipi, localitat i habitat, co-marca, altitud, UTM, recol-lector, data i
determinador) (fig. 2). I.'ultim camp es elreservat al numero de plec de I'hcrbari (RI -GIS I RI ) quc, si es vol, es pot automatitzarevitant possibles duplicitats en la numeracio
dels plecs.
La impressio d'etiquetesF'Is processor d'impressio van associate
at boto I (IMPRFSSII> 1101 / II S). Fl progra-
ma permet el disseny de models
personalitzats d'ctiquetes, i l'escollit per
nosaltres es mostra a la figura 3. Horn pot
imprimir etiquctes dels darrers registres
entrats (amb una opcio de revisi6 previa) o
be de registres aillats que es troben a
I'herbari (fig. 4). Fn el cas dcls registres
d' F.N I RADI S es pot efectuar una impressio
21
UFICI OF NAIGRAI ISIA
IE
Colutea arborescens L.
gallica Browicz
Iabaccae HGI 977
MONISTROI.: St. Jeroni (Montserrat)
- _ Bagc s 600 m I )G 00
I cg_: I PoloDet : id.
30-6. 69
HGI Studium Generale Gerundense
P
T
Escriu num. de registre:
Continuar
Colutea arborescens L.
gallica Browicz
I abaccac HGI 977
MONISTROI.: St. Jeroni (Montserrat)
Rages 600 m I)G 00
Leg.: 1.. PoloDet.: id.
3 0 -6-69
HGI Studium Generale Gerundense
Cancel lar Imprimir
Fui. 4. Fsquema del proces d'impressio d'etiquetes Scheme of process for labels printing
Impri^ntir tots Imprimir unels registres umc registre
( ancel'lar
22
ISTUDIUM (;ENERALE GERUNDENSE
Options de Ilistat:
Buidat herhari
Pertaxons
Per quadrats IJ I M
Per municipis
C)(JD(:73-)
CD
II(;I
CIDC6D
CD
CD=9
Per comarques
Per Ibrma vital
Per corologia
Per altitud
Per diverses opcions
C Anul lar
Coditaxon
genere
especie
suhsp.
Buscar
Menu principal Anul lar
Fio. 5. Esqucma de Its possibles options de Ilistat
de totes les titxes o d'una de restringida,
indicant-hi el numero de plec (fig. 4). Quan
la impressi6 es d'un unit plec cal escriure
el numero de registre corresponent,
I'etiqueta del qual apareixera en pantalla
amb una opcio de cancel•lacio per si no fos
la desitjada.
Les options de Ilistat
Al hot6 I (OPCIONS DI, I I ISIAI ), hi van
associades les diferents opcions de consulta.
1 211411
Gratiula
o_tTicinalis_
Scheme of different options list
Entre d'altres, horn pot obtenir la Ilista i el
nombre de plecs continguts a l'herbari, els
taxons recol • lectats en una quadricula ETM,
aixi corn cn una cornarca o municipi
seleccionats , i les diferents quadricules EfM,localitats i cornarques en les quals s'ha
herboritzat un taxon determinat (fig. 5).
Corn a exemple es d6na la Ilista de plecs
de Gratiola officinalis I.., dipositats aI'herbari , tal corn s'obte en una de les
opcions de Ilistat de I'aplicaci6 IIGL
23
OIICI 1)1 'JAII[RAI IS IA
UTM localitat comarca altitud registre data
DG 72 SII.S Selva 75 in 1101 6728 15-08-84
DG 82 CALDFS DE MALAVFLLA, entre can
Fully i Sta. Ccclina Selva 120 m IIGI 1726 19-05-82
DG 83 CALDES DE MALAVI:I,LA, a can Per-
pinya, prop del limit amb Sils Selva 80 m 11(11 1729 05-06-85
DG 83 CASSA 1)E LA SELVA, a Sant Vicenc
d'I?sclet, a un Gaudinio-Arrhenatheretum Gironcs 110 m 1101 5227 23-06-91
DG 83 CASSA DL LA SELVA, a la resclosa
de la riera Berneda Gironcs 100 m 11GI 7322 20-09-82
DG 86 PORQUFRES, al Clot d'Espolla Pla de 1'lstany 240 ni 11GI 1725 25-03-88
DG 88 DARNItJS, prop del mas Ccllers Alt Emporda 300 m IIGI 6904 21-05-94
DG 99 LA JONQt1FRA, als Estanys Alt I :mporda 175 in 11G1 1728 15-05-89
1)G 89 LA VAJOI., prop del Coll de LII Alt Iimporda 750 m 1101 9335 21-11-95
La gestio de I'herbari
Al boto G (GI srlO III IMAM), hi van
associats els processos d'incorporacio de les
noves entrades al fitxer HI :RBARI, la corrcccio
d'errors existents en les etiquetes d'herbari
i les opcions d'exportacio a d'altres bases
de dades (per exemple, BDORCA). Aixi es
pot crear un fitxer on constin tots els plecs
de I'herbari d'un o mes taxons prcviament
seleccionats. I:l fitxer resultant, en format
de text separat per comes, es pot exportar i
ser incorporat directament a la base de Jades
de BI)ORCA, amb la qual cosa es pot gene-
rar el mapa corologic corresponent (fig. 6).
I)iscussio
EI programa IIGI ha permcs la
intormatitzacio del contingut de I'herbari dela Universitat de Girona de forma senzillaen el curt periode d'un any. L'exportacio deles dades sol•licitades per ORCA ja s'efectuacomodament mitjani;ant aquesta aplicacio.
Aquesta aplicacio pot ser una bona einaper a la gestio de la informacio continguda
en herbaris de petites dimensions, com cs
el cas del de la Universitat de Girona.
Tanmateix, a causa del tipus de sistema de
base de dades emprat (FileMaker Pro 2.0),
el programa tc un funcionament normal
sempre que cl fitxer on s'acurnula la
informacio (HI(RBARI) no superi els 32
Mbytes de memoria cosa que equivaldria,
aproximadament, a uns 50.000 plecs.
Per a herbaris amb un nombre d'espc-cimens superior, caldria utilitzar progra-mes de base de dades de tipus relacional
(com per exemple FoxPro, 4th Di-mension...) en els quals, a dil'erencia deFileMaker, el proccs d'informatizaci6 delsplecs no precisa de la duplicacio de lainformacio continguda en cls fitxers
tesaurus, amb el conseguent estalvi dememoria i guany en la consulta de lainformacio.
:Is autors no tindran cap inconve-nient en oferir una copia d'aquest pro-grama a les persones que hi esliguininteressades.
24
Y B C
L
--I
J
H
L
iU
1
•••
•
•••
F
H
G
F
D
C
I ii . 6. Mapa corologic de Gruiiolu offrcinalis obtingut Chorological map of Gratiola officinalis obtained from
a partir de la informacio dell plecs existents a I'herhari the herbarium specimens of the Girona University
de la tiniversitat de Girona
I ^-
25
() 1 1 ( 1 1 )1 y \1I k \1 I5I \
Agraiments
Hem d'agrair al I)r. Xavier Font els
consells donats durant I'elahorac16 del pro-
grama i la cessi6 dels diversos fitxcrs
tesaurus de la base de dades I3DORCA.
Dihliografia
BAi I I s o sos, li., POI O, L. & RomI RO, J. 1984. Vegetaciosubmarina de les [Iles Medes. I. Algues. A: Els5i.slemes naturals de les Illes Mede.s. Arx. Sec. Cien.IEC, 73: 333-371. Barcelona.
Bin is, O. uF. 1985. Corologia de la Flora dels Pa'isosCatalans. Volum introductori. Inst. Est. Cat. 79 p.Barcelona.
BUIOS, O. ui; VIGO, J.; MASAI I is, R.M. & NINOI, J.M.
1993. Flora Manual dell Paiso.s Catalans (2a ed.).
Ed. Pbrtic. Barcelona. 1247 p.
ESPINOSA, R.; Moi INA CANTOS, R. & VAFOf:s, A. 1993.
lJn software especifico para la gestion de herharios.
Resumos XIII Jornadas de Fitossociologia (Lishoa):
164.
FONI, X. 1992. Manual de 1'usuuri del programaBDORCA. ICC. ORCA-Butll. intern, 3. Barcelona,23 p.
GIRRAI , J. & Polo, 1.. 1978. Flora y vcgetacion de CaboNorfcu. Bol. Est. ('enir. Ecol., 7(13): 3-22.
GRI I N, D.M. 1972. A taxonomic data hank andretrieval system for small herbarium. Talon, 21(56): 62 1-629.
IIAI I , A.V. 1972. Computer-based data banking fortaxonomic collections. loran, 21 (l ): 13-25.
MASSIF, R. & POI u, 1,. 1987. Contribucio atconeixement de la flora vascular del massis delMontgri (E:mporda). SCIENTIA gerundensis, 13:115-129.
PANOI), F. 1992. Etimatic. Un programa de ordenadorpara hacer etiquetas de herbario y listas de mate-rial. Anale.s Jard. Hot. Madrid, 50(l ): 128.
POLO, L. & Vn AR, L. 1983. La Vegetacio de Sant Da-niel. An. See. ('line. CUG, 9: 11-20. Girona.
POI o, L. 1978. Estudio sabre la.s algas hentcinicas dela costa ratalana. Tesi doctoral. UniversitatAutbnoma de Barcelona. Bellaterra.
POLO, I,. 1982. Relacio d'especies recol'lectades pelscongressistes del IV Simposi de BotanicaCriptogamica. Anale.s Sec. Cienc. C'CG, 8: 25-32.Girona.
POI 0, 1 . . ; OFIVt:LI.A, I . ; Gn I , C.; ANAI0N, R.; CARBONI 11,R.; AiIIMIRA, C.& Ros., J. 1). 1980. Primcra aporta-cion a la sistematica de la flora y fauna hentonicasdel litoral de San Ciprian (Lugo). Actas del I Simp.lber. Bent. Mar. (I ): 333-375. San Sebastian.
RoORiOCez-PRn:ro, C. & Pow ALBFRI1, L. 1988. Apor-tacion a la fenologia de algas bentonicas de suhstrato
duro de la Costa Brava (Gerona). Acte.s del SimposiInternacional de Botanica Pius Ion! i Quer. Vol. 1.C'riptogamia: 143-149. I.leida.
RouRiiUF7-PRIF.ro, C. & Poi o Ai HI RI1, I.. 1993.
Contribucio a la flora d'algues marines de Ia
Mediterrania espanyola. Fol. Bot. Misc., 9: 19-24.
R(roRICCF/-PRlt ro, C. 1992. Esiudi de l'estructura, ladinamica i la lenalogia de la comunitat deCystoseira mediterranea Sauvageau. La iniportanciade le.s minve.s d'hivern. fesi ddctoral. llniversitatAutbnoma de Barcelona. Bellaterra.
RoiRiaUri-PRm i1i, C.; BOI DOI RI sQ1 I, C.-F. & MAR( 'OI-
COQI I116NR)I, J. 1993. Nouvelles observations sur
les algues marines du Parc Naturel Regional de
Corse. Pare. not, reg. Res. nat. Corse, Fr., 41: 53-
61.
SI OANF-CAMIA, J. & Poi U, 1.. 1978. Comunidadesbentonicas de sustrato duro del litoral NE: espaAol.XVII. Distribucion en profundidad de ]as especiesde algal. Anales Inst. Bo!. Caranilles, 35: 29-47.Madrid.
VAS( ON( FI I OS, T. 1993. Informatizacao do hcrhario do
instituto superior de agronomic. Resu,nos X111 Jor-
nada.s de Fito.ssociologia (I.ishoa): 167.
VIL AR, L. 1987. Flora i vegetacio de la Selva. Tesi
Doctoral. tiniversitat Autbnoma de Barcelona.
Bellaterra.
Vii [AR, L.; GOMF/, 1). & MU NO/, J.F. 1993. Thecomputer application «Ilerhar 2.0>>: mangement ofc(JACA» herbarium data. In: Int. Svmp. & FirstWorld Congr. on Preserv. and C'on.serv. o/ Nat. Mist.Cal. Vol. 1: 293-299. Madrid.
VISAS, X. 1993. Flora i vegetacici de !'Alta Garrotra.
Tesi doctoral. liniversitat de Girona. Girona.
26