información de la oms para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza a...

14
Se enfatiza la recomendación que todas las muestras de influenza tipo A no subtificables sean enviadas de inmediato para el diagnóstico y la caracterización adicional a uno de los cinco Centros Colaboradores de la OMS para la gripe. 21 de mayo del 2009 Este documento presenta información sobre los medios de diagnóstico disponibles a la fecha indicada para el virus de la influenza tipo A humana (H1N1) A/California/4/2009 y virus similares. La información sobre el diagnóstico se actualizará cuándo ésta se encuentre disponible. Muestras Las muestras más apropiadas según lo recomendado por las investigaciones de la influenza estacional son aquellas del tracto respiratorio superior. Las muestras deben tomarse de los orificios nasales profundos (hisopo nasal), nasofaringe (hisopo nasofaríngeo), aspirado nasofaríngeo, garganta o aspirado bronquial. Todavía no se sabe qué muestra clínica proporciona el mejor rendimiento en el diagnóstico. La(s) persona(s) que tome(n) la muestra debe(n) cumplir con las precauciones apropiadas de toma de muestras ya que puede(n) exponerse a secreciones respiratorias de los pacientes. Hasta ahora, no existe ninguna información sobre el valor de diagnóstico de las muestras no respiratorias, por ejemplo, muestras de heces. Muestras de suero agudo y convaleciente deben usarse para la detección de los títulos ascendentes de anticuerpo. Pruebas de laboratorio Diagnostico molecular Los medios de diagnostico molecular son actualmente el método preferido para la influenza A (H1N1) linaje porcino (swl) virus (A/California/4/2009 y virus similares). El uso de ensayos con diferentes genes blancos es más apropiado para la identificación de este virus. Los siguientes genes blancos son importantes: gen matriz de la Influenza de tipo A; el gen de la hemaglutinina específico del virus de la Influenza A(H1N1) swl y el gen de la hemaglutinina específico de la Influenza estacional A H1/H3 y otros subtipos. Información de la OMS para diagnóstico de laboratorio del nuevo virus de la Influenza A (H1N1) en seres humanos

Upload: hoangthu

Post on 15-Oct-2018

217 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

SeenfatizalarecomendaciónquetodaslasmuestrasdeinfluenzatipoAnosubtificablesseanenviadasdeinmediatoparaeldiagnósticoylacaracterizaciónadicionalaunodeloscincoCentrosColaboradoresdelaOMSparalagripe.

21demayodel2009EstedocumentopresentainformaciónsobrelosmediosdediagnósticodisponiblesalafechaindicadaparaelvirusdelainfluenzatipoAhumana(H1N1)A/California/4/2009yvirussimilares.Lainformaciónsobreeldiagnósticoseactualizarácuándoéstaseencuentredisponible.Muestras Lasmuestrasmásapropiadassegúnlorecomendadoporlasinvestigacionesdelainfluenzaestacionalsonaquellasdeltractorespiratoriosuperior.Lasmuestrasdebentomarsedelosorificiosnasalesprofundos(hisoponasal),nasofaringe(hisoponasofaríngeo),aspiradonasofaríngeo,gargantaoaspiradobronquial.Todavíanosesabequémuestraclínicaproporcionaelmejorrendimientoeneldiagnóstico.La(s)persona(s)quetome(n)lamuestradebe(n)cumplirconlasprecaucionesapropiadasdetomademuestrasyaquepuede(n)exponerseasecrecionesrespiratoriasdelospacientes.Hastaahora,noexisteningunainformaciónsobreelvalordediagnósticodelasmuestrasnorespiratorias,porejemplo,muestrasdeheces.Muestrasdesueroagudoyconvalecientedebenusarseparaladeteccióndelostítulosascendentesdeanticuerpo.Pruebas de laboratorio  Diagnostico molecular  LosmediosdediagnosticomolecularsonactualmenteelmétodopreferidoparalainfluenzaA(H1N1)linajeporcino(swl)virus(A/California/4/2009yvirussimilares).Elusodeensayoscondiferentesgenesblancosesmásapropiadoparalaidentificacióndeestevirus.Lossiguientesgenesblancossonimportantes:genmatrizdelaInfluenzadetipoA;elgendelahemaglutininaespecíficodelvirusdelaInfluenzaA(H1N1)swlyelgendelahemaglutininaespecíficodelaInfluenzaestacionalAH1/H3yotrossubtipos.

 

Información  de  la  OMS  para  diagnóstico  de  laboratorio  del  nuevo virus de la Influenza A (H1N1) en seres humanos   

Page 2: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Lossiguientesprotocolosestánactualmentedisponibles:PCRconvencionalespecíficoparainfluenzatipoAyRT‐PCRentiemporeal(véaseanexos1y2);RT‐PCRentiemporealdelosCDC(rRT‐PCR)paraladetecciónycaracterizacióndelainfluenzatipoA(H1N1)(versión2009)1ElanálisissecuencialdelproductodelPCRdelgenmatrizdelainfluenzatipoAusandoloscebadoresdelosprotocolosdelaOMS(véaseanexo1)diferenciaráentregenesMdelinajeporcinoyvirusH1N1estacionales.Sinembargo,unanálisisadicionaldebeserrealizadoparaconfirmarelorigendelvirus.Enestemomento,laspruebasdeRT‐PCRconvencionalestánsiendoevaluadas.Unaactualizaciónsepublicarácuandoestedisponible.Aislamiento y tipificación del virus mediante la inhibición de hemaglutinina o la inmunofluorescencia: SepuedenutilizarlosprotocolosvigentesparaelaislamientodevirusdelainfluenzaestacionalusandocélulasdeMDCKeinoculación devirusenhuevosembrionados,aunquesusensibilidadestáaúnpendientededeterminarse(véaseseccióndebioseguridadabajo).Loseritrocitosdepavos,pollos,conejillosdeindiasyhumanosseaglutinaránconelvirusdelainfluenzaA(H1N1)swl.LosanticuerpospoliclonalesespecíficosparaelsubtipoH1delosvirusdelainfluenzaestacionaldelkitdelaOMSnoreaccionaránconlapruebadeinhibicióndehemaglutinación(HAI)delvirusactualdelainfluenzaA(H1N1).LosresultadosobtenidosutilizandolosanticuerposmonoclonalesH1delkitdelaOMSnodebetomarsecomocomprobaciónconcluyenteyserecomiendarealizarunaverificaciónadicional.Pruebas de inmunofluorescencia rápida:  Lasensibilidadyespecificidaddelaspruebasdeinmunofluorescenciarápidaenellugardeatención,diseñadasparaladeteccióndirectadelosvirusdelainfluenzatipoAsonactualmentedesconocidas.Unaactualizaciónsepublicarácuándoexistaevidenciadisponible.DeberecalcarsequeestaspruebasnodiferenciaránlainfluenzaestacionaldeladelvirusdeinfluenzadetipoA(H1N1)swl.

1 http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/realtimeptpcr/en/index.html

Page 3: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Serología SeesperaquelaspruebasdeHAIylasreaccionesdemicro‐neutralizaciónempleandoelvirusdelainfluenzaA(H1N1)swlpuedandetectarrespuestasdeanticuerposdespuésdelainfección.Interpretación de los resultados de laboratorio 

• PCR:UnamuestraseconsiderapositivasilosresultadosdelaspruebasusandodosdiferentesblancosdePCR(porejemplo,iniciadoresespecíficosparagenMygenporcinodehemaglutininaH1)sonpositivosperoelPCRparavirushumanoH1+H3esnegativo.SielPCRentiemporeal(RT‐PCR)parahemaglutininamúltiple(HA)(esdecir,H1,H3yH1delinajeporcino)daresultadospositivosenlamismamuestra,laposibilidaddecontaminacióndePCRdebeserprimeramenteexcluidaalrepetirelprocedimientodePCRusandoARNnuevoextraídodelamuestraoriginaloARNextraídodeotramuestra.SiserepitenlosresultadospositivosparalosblancosmúltiplesdeHA,existeentonceslaposibilidaddecoinfección,quedebeconfirmarsemediantesecuenciaciónocultivoviral.ElAnexo3muestraundiagramadeflujoparafacilitarlainterpretacióndelosresultadosdePCR.

• RT‐PCR en tiempo real de los CDC:Losresultadosdebeninterpretarsesegúnlo

descritoenelmanualdepruebasdeH1N1entiemporealdelosCDC.1

• Un resultado de PCR negativo no permite descartar que la persona pueda estar infectada por el virus de la influenza A (H1N1):Losresultadosdebeninterpretarseconjuntamenteconlainformaciónclínicayepidemiológicadisponible.LasmuestrasdelospacientescuyosresultadosdePCRsonnegativosperoparaquieneshayunaaltasospechadeinfecciónconH1N1debeninvestigarsemásafondoyseranalizadasporotrosmétodoscomoelcultivooserologíaviral,paradescartarinfecciónporinfluenzaA(H1N1)swl(véasediagramadeflujoenAnexo3).

• Serología:Unincrementocuádrupleenlosanticuerposneutralizantes

específicosdelvirusdelainfluenzaA(H1N1)indicainfecciónrecienteconelvirus.

• Secuenciación:enestaetapa,lasecuenciacióndealmenosunodelosblancos

esesencialparalaconfirmaciónporPCRconvencional.

• Aislamiento del virus:LaidentificaciónytipificacióndelcultivodevirusdeinfluenzapuedelevarseacaboporPCR,porlatécnicadelanticuerpofluorescenteindirecto(IFA),lapruebausandoanticuerposmonoclonales

Page 4: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

específicosdeNP,oelanálisisdeHAyelanálisisantigénico(subtipificación)porHAIusandoantisuerosdereferenciaseleccionados.

Referencia para la confirmación y caracterización adicionales: AloslaboratoriosquenocuentenconcapacidaddediagnósticodelvirusdelainfluenzaAselesrecomiendaenviarlasmuestrasrepresentativasdeloscasossospechososdeinfluenzaA(H1N1),deacuerdoaladefinicióndecasodelaOMS2,aunodelosCentrosColaboradoresdelaOMSparainfluenza(WHOCCs).LasmuestrasconresultadosdelaboratoriopositivasparainfluenzaAperonosubtipificables(esdecir,negativasparainfluenzaA(H1)yA(H3));seconsiderancomonoconfirmadasdeacuerdoaloscriteriosdelaOMS)debenremitirseaunodelosWHOCCsparalaconfirmación.Loslaboratoriosquenocuentenconcapacidaddeaislamientodelvirus(oquenotenganelnivelnecesariodemedidasdebioseguridad)debenremitirlasmuestrasacualquieradelosWHOCCs.EnadiciónalosreglamentospertinentesdeIATA,sedebenseguirlasnormasordinariasdealmacenamiento,envasadoyenvíodemuestrasdeinfluenza.Bioseguridad EltrabajodelaboratorioconmuestrasclínicasdepacientesconsideradoscomocasossospechososdeinfecciónporvirusdeinfluenzaA(H1N1)swlsedebenrealizaraplicandolasnormasyprocedimientosdeniveldebioseguridad2utilizandoelequipodeprotecciónpersonalapropiado(PPE).Todamanipulacióndemuestrasdebehacersedentrodeunacabinadebioseguridadcertificada(BSC).VerManualdebioseguridadenellaboratoriodelaOMS,3.ªed.3Actualmente,elaislamientoviralrequieremayoresmedidasdebioseguridad.Paralasrecomendacionesespecíficasver:GestióndelosriesgosbiológicosenloslaboratoriosdondesemanipulanmuestrashumanasquecontienenopuedencontenerelvirusdelagripeA(H1N1)queestácausandolasactualesepidemiasinternacionales.4

2 http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/interim_guidance/en/index.html 3 http://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/WHO_CDS_CSR_LYO_2004_11/en/ 4 http://www.who.int/entity/csr/resources/publications/swineflu/Laboratorybioriskmanagement_es.pdf

Page 5: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Prueba de los algoritmos ElmétodogeneraldeladeteccióndevirusdelainfluenzaporPCR‐RTdebeconsiderarseenelcontextodelasituaciónnacional,porejemplo,cuántasmuestraspuedenprocesarse(producto),elblancoutilizadoparalasecuenciadelgenporPCR‐RT,ysiseutilizalacomprobaciónconcurrenteosecuencialdeM,NPygenesdeHAporPCR‐RT.Buenas prácticas de laboratorio Losprotocolosestándarparatodoslosprocedimientosdebenexistiryserrevisadosregularmente.Esfundamentalasegurarsequelosreactivosrecomendadosseusenymanejenadecuadamenteyaquelasreaccionessoncomplejasyproblemasinclusosóloconunreactivopuedentenerefectossignificativossobrelosresultadosobtenidos.Validación Todoslosprotocolosdebenservalidadosencadaunodeloslaboratoriosparaevaluarquesuespecificidadysensibilidadalusarlosmismoscontrolesencadarondaseanadecuadas.Aseguramiento de la calidad Losprotocolosdeaseguramientodelacalidadybuenasprácticasdelaboratoriodebenexistir.LaparticipaciónenlosejerciciosdeevaluacióndelosCentrosNacionalesdeInfluenza(Proyectodeevaluaciónexternadelacalidad)esaltamenterecomendadaparaconfirmarqueloslaboratoriosestánalcanzandounniveladecuadodesensibilidadyespecificidadensuspruebas.Capacitación del personal Lafamiliaridaddelpersonalconlosprotocolosyexperienciaenlainterpretacióncorrectadelosresultadossonpiedrasangularesparalaejecuciónexitosadelaspruebasdiagnósticas.Instalaciones y áreas de manejo Debenexistirinstalacionesadecuadasparaelmanejodemuestrasyreactivos(incluyendocadenasdefrío)conunaseparaciónapropiadaparalasdiferentesetapasdeRT‐PCRafindeprevenirlacontaminacióncruzada.Lasinstalacionesyelequipodebencumplirconelniveldebioseguridadapropiado.ElRT‐PCRdeberealizarseenunespacioseparadodelusadoparalastécnicasdeaislamientodevirus.

Page 6: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Equipo Elequipodeequipodebeusarseymantenersedeacuerdoalasrecomendacionesdelfabricante.Anexo 1:   Análisis de RT‐PCR convencional del gen matriz de los virus de Influenza de tipo A Protocolo Convencional de RT‐PCR 5 Acontinuaciónsepresentanlosprotocolosycebadores(oprimers)dePCRconvencionalyelectroforesisengeldeproductosparadetectarvirusdeinfluenzatipoAenmuestrasdesereshumanos.EstosprotocoloshandemostradoserampliamenteefectivosparalaidentificacióndelvirusdeinfluenzadetipoAcuandoselesutilizaconlosreactivosycebadoresindicados.SerecomiendaqueloslaboratoriosquetengandudassobrelaidentificacióndelosvirusactualmentecirculantescontactaraunodelosLaboratoriosdeReferenciaH5delaOMS6oaunodeWHOCCsparalainfluenza7afinderecibirayudaparalaidentificacióndeloscebadoresóptimosparasuusoMateriales requeridos • QIAamp®ViralRNAMiniKit(QIAGEN,Cat#52904.Otroskitsdeextracciónpueden

serusadosdespuésdehabersidosujetosaunaevaluaciónapropiada).• OneStepRT‐PCRKit(QIAGEN,,Cat#210212)• InhibidordeRNase20U/μl(AppliedBiosystems,Cat#N8080119)• Aguadestilada(libredeRNase)• Ethanol(96–100%)• Microcentrífuga(ajustablehasta13000rpm)• Pipetasajustables(10,20,200,and100μl)• Puntasparapipetaestériles(libresdeRNase)conbarreradeaerosol• Vortex• Tubosparamicrocentrífuga(0.2,1.5ml)• Termociclador(equipodePCR)• Conjuntodecebadores• Controlpositivo(estepuedesolicitarsealWHOCCenlosCDCdeAtlanta,EEUU)

5 Protocol provided by Virology Division, Centre for Health Protection, Hong Kong SAR, China (WHO H5 Reference Laboratory). 6 http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/guidelines/referencelabs/en/ 7 http://www.who.int/csr/disease/influenza/collabcentres/en/

Page 7: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Cebadores Gen:MVirusInfluenzaASecuenciasdecebadoresM30F2/08: 5`‐ATGAGYCTTYTAACCGAGGTCGAAACG‐3`M264R3/08: 5`‐TGGACAAANCGTCTACGCTGCAG‐3`Tamañoesperadodelproducto244bp(referencia:NIID8) Procedimiento 

1. ExtraerARNviraldelamuestraclínicaconelMiniKitQIAampViralRNAokitdeextracciónequivalente,deacuerdoalasinstruccionesdelfabricante.

2. RealiceelRT‐PCRdeunaetapa.• Sacarlosreactivosdesualmacén,déjelosdescongelaratemperatura

ambiente.Unavezdescongelados,manténgalosenhielo.• Prepararlamezclamaestra(operadaenhielo)• Agregarlosiguienteauntuboparacentrífugaymezclarlobien

agitándoloparaarribayparabajo10veces,(Nota:Afindeevitardiferenciaslocalizadasenlaconcentracióndesales,esmuyimportantemezclarlassolucionesantesdesuuso).

Reacción sin solución Q Aguadestilada(sinRNasa)9.5μlAmortiguador5xQIAGENRT‐PCR5.0μlMezcladedNTP1.0μlCebadorsentido(+)(10μM)1.5μlCebadorantisentido(‐)(10μM)1.5μlMezclaenzimática1.0μlInhibidordelaRNasa(20U/μl)0.5μlVolumentotal20.0μl/pruebaDistribuir20μldelamezclamaestraencadatubodereaccióndePCR.Añadir5μldeRNAdelamuestraalamezclamaestra.Paralasreaccionesdecontrol,usar5 μldeaguadestiladalibredeRNaseparacontrolnegativoy5μldelosRNAviralesadecuadosparacontrolpositivo.Programareltermocicladordeacuerdoalascondicionesdetermociclado.IniciarelprogramadeRT‐PCRmientraslostubosdePCRseencuentrenaúnenelhielo.Esperarhastaqueeltermocicladorhayaalcanzadolos50˚C.LuegocolocarlostubosdePCReneltermociclador.

8 Primers designed by Laboratory at National Institute of Infectious Diseases (NIID), Tokyo, Japan (WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Influenza)

Page 8: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Condiciones de ciclado de la temperatura para PCR Transcripcióninversa30min,50°CActivacióndelaPCRinicial15min,95°CCicladoentresetapasDesnaturalización30seg,94°CTemplado30seg,50°CExtensión1min,72°CNúmerodeciclos45Extensiónfinal10min,72°CMantener4°C3.   Electroforesis en gel de agarosa de productos de RT‐PCR Prepararelgeldeagarosa,cargarlosproductosdePCRyelmarcadordepesomolecular,ejecutardeacuerdoconlosprotocolosestándar.Visualizarlapresenciadelmarcadorconluzultravioleta.Materiales requeridos • Bandejaparageldeagarosaycámaradeelectroforesis• Suministroeléctricoyelectrodos• CajadeluzUV(302nm)• CámaraypelículaPolaroidocomputadoraconectadaalacámara• Pipetasajustables• Geldeagarosaal2%en1×TAE• Amortiguador1×TAE• Bromurodeetidio(10mg/ml)• 6xSoluciónamortiguadoraconcargadegel(GLB)Procedimiento A)Fundirungeldeagarosa:I. Colocarunabandejaparafundicióndelgeldentrodeunabaseparafundiciónde

gel.Inserteunpeineynivelelabase.II. Prepararagarosaal2%pesando4gdepolvodeagarosaydisuélvalaen200ml1×

amortiguadorTAE.Disuelvaelagarcalentándoloenhornodemicroondas.III. Enfriarelagarderretidohastaaproximadamente60°C,yluegoagregue10μlde

bromurodeetidio.IV. Verterlaagarosaderretidaenunabandejaparafundicióndegel.V. Dejarqueelgelsesolidifiqueatemperaturaambiente.VI. Retirarelpeinedelmarco.

Page 9: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

VII. Colocarlabandejadentrodelacámaradeelectroforesisconlasfosasdelladodeloscátodos.

VIII. Llenarlacámaraamortiguadoracon1×TAEaunnivelquepuedacubrirlapartesuperiordelgel.

B)Cargadelasmuestras:I. Agregar5μldeGLBdePCR.II. Cargarelmarcadordepesomolecularenlafosadelgeldeagarosa.III. Pipetear15μldelproductodePCR/GLBenelgel.IV. Cerrarlatapadelacámarayconecteloselectrodos.Correrelgela100Vdurante

30–35min.V. VisualizarlapresenciadebandasdemarcadoresyproductosdePCRconluzUV.VI. Documentarlaimagendelgelconunafotografía.Interpretación de los resultados EltamañodelosproductosdePCRobtenidosdebecompararseconeltamañoesperadodelosproductos.Silapruebaseejecutasinuncontrolpositivo,losproductosdebenserconfirmadosmediantesecuenciaciónycomparaciónconlassecuenciasdisponibles.Anexo 2: Análisis de RT‐PCR en tiempo real de la matriz de los virus de Influenza de tipo A LaRTPCRentiemporealpresentadiferentesdesafíosencomparaciónconlaRT‐PCRconvencional.AdemásdelasconsideracionessobreRT‐PCRdescritasenelAnexo1,lasconsideracionesespecíficasparaRT‐PCRentiemporealincluyen:• Garantizarqueseusenymanipulencorrectamentelosequipos,elsoftwareylos

reactivosparafluorescenciaadecuados.• Garantizarlacapacitaciónadecuadadelpersonalparalainterpretacióndelos

resultados(esesenciallaexperienciaparareconocerlosverdaderospositivos,interpretacióndeloscontroles/valorCtyfluorescenciaaberrante,etc.).

• Parahacerdeterminacionescuantitativas,esesenciallavalidaciónenellaboratorioylaoptimizacióndelasreacciones.

• Haypocaprobabilidaddecontaminacióncuandosedescartanlasreaccionesdespuésderealizarlaspruebas.Sinembargo,muchoslaboratorioshacenanálisispostreacciónadicionales(porej.,polimorfismodelongituddefragmentosderestricciónusandogeles,secuenciación)quepuedenreintroducirlacontaminación.

Page 10: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Protocolo de RT‐PCR en tiempo real9 ExtraerelARNviraldelespécimenclínicosegúnsedescribeenelAnexo1:AnálisisdeRT‐PCRconvencionalMateriales requeridos TranscripciónInversaAmortiguadorI10XPCRcon15mMMgCl(AppliedBiosystems)Hexámeroaleatorio50μM(AppliedBiosystems)TranscriptasaInversadeMuLV50U/μl(AppliedBiosystems)InhibidordelaRNasa20U/μl(AppliedBiosystems)PCRentiemporealKitLightCycler®–FastStart™DNAMasterHybProbes(Roche)Cebadoresymezcladesondas:AgregarigualvolumendelossiguientescomponentesparaprepararloscebadoresylamezcladesondasparaH5ygenMCebadoresysondasVirusdeinfluenzatipoASecuenciadecebadoresFLUAM‐1F:5'‐AAGACCAATCCTGTCACCTCTGA‐3'(10μmol/l)FLUAM‐2F:5'‐CATTGGGATCTTGCACTTGATATT‐3'(10μmol/l)FLUAM‐1R:5'‐CAAAGCGTCTACGCTGCAGTCC‐3'(10μmol/l)FLUAM‐2R:5'‐AAACCGTATTTAAGGCGACGATAA‐3'(10μmol/l)FLUA‐1P:5'‐(FAM)‐TTTGTGTTCACGCTCACCGT‐(TAMRA)‐3'(5μmol/l)FLUA‐2P:5'‐(FAM)‐TGGATTCTTGATCGTCTTTTCTTCAAATGCA‐(TAMRA)‐3'(5μmol/l)Elcebadoractivoylamezcladesondassepreparamezclandolos6reactivosenvolúmenesiguales.

9 Protocol provided by Virology Division, Centre for Health Protection, Hong Kong SAR, China, WHO H5 Reference Laboratory

Page 11: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

Procedimiento 1.RealizarRTutilizandolosreactivosquesemuestranenlasiguientetablaylasinstrucciones1‐3alcalcedelatabla.

Reactivo Volumen(μl)porreacciónAmortiguador10xPCRIcon15mmol/lMgCl2 2Extra25mmol/lMgCl2 2.82.5mmol/ldNTPs 8Hemámeroaleatorio50μM 1InhibidordelaARNasa20U/μl 1TranscriptasaInversa50U/μl 1ARNextraído 4.2

I. AgitarenVortexycentrifugareltuboconlamezclabrevemente(aprox.3seg.)II. Mantenereltuboatemperaturaambientedurante10minutosyluegoincubara

42°Cporlomenosdurante15minutosIII. Incubareltuboa95°Cdurante5minutosyluegoenfriarenhielo.

2.RealizarPCRentiemporeal

I. Prepararlamezcladereacción“HotStart”pipeteandosuavemente60μldeSondasdeHibridaciónparaMezcladeReacciónLC‐FastStart™(frascoampolla1b)enelLC‐EnzimaFastStart™(frascoampolla1a).

II. Paracadamuestradepruebaycontrolespositivosynegativos,prepararlamezcladelreactivoconcebadoresymezcladesondasdeacuerdoconlosiguiente

Mezclamaestra:

Reactivo Volumen(μl)H2OgradoPCR 7.6MgCl2(25mmol/l) 2.4Cebadoresymezclaparasondas 3Mezclaparareacción“HotStart” 2Volumentotal 15Cadareacción:Mezclamaestra 15ADNc: 5

Page 12: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

CondicionesdecicladodelatemperaturadePCR

Temperatura(°C) Tiempo(minuto:segundo)

No.deciclos

95 10:00 195 0:1056 0:1572 0:10

}50

40 0:30 1Protocolo de RT‐PCR en tiempo real10 ExtraerelARNviraldelespécimenclínicocomosedescribeenAnálisisdeRT‐PCRconvencionalMateriales requeridos • QIAGEN®QuantiTect,EquipodeSondaparaRT‐PCR(#204443):

o 2xQuantiTect®,MezclaMaestradeSondadeRT‐PCRo QuantiTect®,MezclaRTo AguasinRNasa

• InhibidordelaARNasa• Cebadores• SondaTaqMan®MGB• Equipo:SistemadeDeteccióndePCRentiemporealChromo‐4™(BioRad);

LingtCycler2(Roche)oLingtCycler480(Roche)PCRentiemporealLaPCRentiemporealserealizamedianteRT‐PCRdeunsolopasousandounasondaTaqMan®Cebadoresysondas:Gen:TipoA(M)SecuenciasdecebadoresMP‐39‐67For 5'‐CCMAGGTCGAAACGTAYGTTCTCTCTATC‐3'(10μmol/l)MP‐183‐153Rev 5'‐TGACAGRATYGGTCTTGTCTTTAGCCAYTCCA‐3'(10μmol/l)

10 Protocol provided by National Institute of Infectious Diseases (NIID), Center for Influenza Virus Research, Tokyo, Japan (WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Influenza).

Page 13: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

SecuenciadesondasMP‐96‐75ProbeAs 5'(FAM)‐ATYTCGGCTTTGAGGGGGCCTG‐(MGB)‐3'(5pmol/μl)MezcladeReacción

Reactivo Volumen(μl)MezclaMaestraparaSondadeRT‐PCR2xQuantiTect® 12.5CebadorDirecto(10μM) 1.5CebadorInverso(10μM) 1.5SondaTaqMan®MGB(5pmol/μl) 0.5MezclaQuantiTect® 0.25AguasinRNasa 3.75Total 20Procedimiento 

1) Distribuir20μldelamezcladereacciónencadaplacadereacciónparaRT‐PCR.

2) Agregar5μlARNdemuestraalamezcladereacción.Parareaccionesdecontrol,usar5μldeaguadestiladaparacontrolnegativo,y5μldeARNviralespositivosadecuadosparacontrolpositivo.

3) Programareltermocicladordeacuerdoconelprogramaquesedescribeacontinuación.

4) IniciarelprogramadeRT‐PCRentiemporealmientrasquelasplacasdereacciónparaRT‐PCRtodavíaestánenhielo.

5) Esperarhastaqueeltermocicladorhayaalcanzado50C.Luego,colocarlasplacasdereacciónparaRT‐PCReneltermociclador.

CondicionesdecicladodetemperaturadeRT‐PCR:SistemadedeteccióndePCRChromo‐4‐Real‐time(BioRad)

Temperatura(°C) Tiempo(minuto:segundo)

No.deciclos

50 30:00 195 15:00 194 0:1556 1:00

}45

Page 14: Información de la OMS para diagnóstico de …a viral, para descartar infección por influenza A (H1N1) swl (véase diagrama de flujo en Anexo 3). ... Las muestras con resultados

CondicionesdecicladodetemperaturadeRT‐PCR:LingtCycler2(Roche)oLingtCycler480(Roche)

Temperatura(°C) Tiempo(minuto:segundo)

No.deciclos

50 30:00 195 15:00 194 0:15

(ramprate1.2oC/seg)56 1:00

(ramprate1.2oC/seg)Recopilacióndedatos

}45

Anexo 3: Algoritmo de prueba por PCR e interpretación de resultados