![Page 1: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/1.jpg)
UNIDAD 9. MICROARREGLOS o Microarray
Elaboró: Dra. Kadiya del C. Calderón Alvarado
UNIVERSIDAD DE SONORA
POSGRADO EN BIOCIENCIAS
MICROBIOLOGÍA MOLECULAR (2442)
![Page 2: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/2.jpg)
ARNm
Todos los organismos necesitan sintetizar proteínas
Célula Bacteriana
ADNRibosomas, ARN
ARNr
Proteinas & enzimas
ARNr
ARNr
ADNCélulas muertas o vivas
ARNSólo las células activas producirán proteínasà ARN
Abundancia
Metabolicamente activas
Están activas, realizando alguna función?
![Page 3: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/3.jpg)
Chips y microchips (microarrays) de ADN
• Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta sehalla presente en una determinada muestra.
• Cuando dos hebras complementarias se encuentran, se unen entre ellas(hibridación).
• Si una de las hebras está marcada mediante un colorante fluorescente, esmuy sencillo detectar aquellas hebras de ADN que han hibridado entre sí.
• Como cada hebra del chip es conocida, se puede identificar qué moléculasde ADN estaban presentes en la muestra.
CHIP de ADN: conjunto ordenado (array) de hebras sencillas de ADN, unidasa una superficie, de manera que un grupo de genes de interés, o incluso elgenoma completo de un organismo, o el metagenoma de un entorno, estárepresentado:
Miles de pequeños puntos conteniendo secuencias de ADN conocidas
cuadrados
![Page 4: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/4.jpg)
Ejemplo básico: monitorización de la expresión génica de un microorganismo(levadura) bajo distintas condiciones de cultivo (aerobiosis y anaerobiosis).
MarcajeconFLUOS
MarcajeconCY3
![Page 5: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/5.jpg)
![Page 6: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/6.jpg)
MicrochipdeADN.Estechipcontienemásde6000genes—virtualmentetodoslosgenesdelalevaduradepanaderíaSaccharomycescervisiae.LaactividadgenéticaenlascélulasesmedidamediantelaextraccióndesuARNmylaposteriorconversiónaADNccombinadaconelmarcajeconuncolorantefluorescente.LamezcladelosADNcesañadidaalmicrochip,ycadaADNchibridaconlaregiónquecontienelasecuenciascomplementaria.Enelejemplo,lasregionesrojascorrespondenagenesexpresadoscuandolascélulascrecenenpresenciadeglucosa,lasverdesrepresentanlosgenescuyaexpresiónsereprimeenpresenciadeglucosa,ylasamarillas(verde+rojo)representanlosgenesqueseexpresanporigualenambascondiciones.
ModernDrugDiscovery- September/October1999ModernDrugDiscovery, 1999,2(5) 30-31,33-34,36.(Figure1)©1999AmericanChemicalSociety.
![Page 7: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/7.jpg)
Tiposdechipsútilesenestudiosdeecologíaybiorremediación:
• Arrays deoligonucleótidosfilogenéticos:contienensecuenciassignatura(=identificativas)delARNr degruposespecíficos deorganismos.
• Arrays degenomadecomunidades: contienensecuenciassignaturamuyespecíficasdegenesdeespeciescultivadas.
• Arrays degenesfuncionales: contienendominiosconservadosdegenesinvolucradosenrutasmetabólicasespecíficas delosciclosdeloselementos(C,N,Symetales)
![Page 8: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/8.jpg)
EjemplosdechipsymicrochipsdeADN
Bacillus-PhyloChip. Identificacepasde5especiesdeBacillus (Bacillusanthracis,Bacilluscereus,Bacillusmycoides,Bacillusmedusa andBacillussubtilis).Burkholderia-Phylochip.DetectaydiferenciamiembrosdelgeneroBurkholderia.CompostCommunity-Microarray. CaracterizalascomunidadesbacterianasenelcompostECC-PhyloChip.Detectaydiferencia19especiesdeEnterococcusFreshwaterSediment-Microarray.Caracterizalascomunidadesbacterianasdelossedimentosdeaguadulce.HumanIntestinalBacteriaChip. Detecta20especiesbacterianasdelintestinohumano(Bacteroidesthetaiotaomicron,B.vulgatus,B.fragilis,B.distasonis,Clostridiumclostridiiforme,C.leptum,Fusobacteriumprausnitzii,Peptostreptococcusproductus,Ruminococcusobeum,R.bromii,R.callidus,R.albus,Bifidobacteriumlongum,B.adolescentis,B.infantis,Eubacteriumbiforme,E.aerofaciens,Lactobacillusacidophilus,Escherichiacoli,Enterococcusfaecium)Nitrifier-Microarray. DetectabacteriasnitrificantesRHC-PhyloChip. Identificatodoslosmiembrosconocidos(cultivablesonocultivados)delOrdenRhodocyclales (RHCs).SRP-PhyloChip. Identificatodosloslinajesconocidosdeprocariotasreductoresdesulfato.
![Page 9: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/9.jpg)
Composicióndecomunidadesbacterianasentratamientosdeaguaresidual
Xia,S.,etal.,2010,Environ.Sci.Technol.44,7391–7396
EjemplodelaaplicacióndelosmicrochipsdeADNenestudiosdetratamientodeaguasresiduales
MicroarraydealtadensidadCadaPhyloChipincluye506944sondas,297851tienencomodianalasecuenciadelARNr16S,divididosen8935gruposdesecuenciascondivergencia<3%.Elrestodesondassoncontrolesyestándares.Elconjuntodesondasrepresentalos121ordenesdeldominioBacteria
![Page 10: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/10.jpg)
www.the-scientist.com/lab-tools/an-array-of-options-35381
![Page 11: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/11.jpg)
Methods for RNA extraction
![Page 12: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/12.jpg)
ARN + ADN Digestión de ADN ARNhttp://tools.lifetechnologies.com/content/sfs/manuals/cms_055740.pdf
![Page 13: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/13.jpg)
ADNcRetrotranscripcionARNhttp://www.lifetechnologies.com/be/en/home/life-science/pcr/reverse-transcription/reverse-transcriptase-enzymes/superscript-iii-reverse-transcriptase.html
Primers aleatoriosPrimers específicospolyT (Eucariontes)
![Page 14: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/14.jpg)
Microarrays para determinar expresión
Condición A Condición B
Extracción ARN
Digestión ADN
Síntesis de ADNc
Marcaje de ADNc
Hibridación de ADNc
Usar ADNc como molde en vez de ADN
![Page 15: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/15.jpg)
Microarrays aplicados para la expression de genes
Condición Averde Cy3 575 nm
Condición BRojo Cy5 675 nm
Fluoróforos
![Page 16: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/16.jpg)
1 no hay señal: el gen no está
activo.
2 CY3 (verde): solo el tratamiento
1 resulta en la expresión del gen.
3 CY5 (rojo): solo el tratamiento 2
resulta in expresión de gen.
4 CY3 y CY5 (verde + rojo=
amarillo): ambos tratamiento
tienen la expresión del gen
Resultados:
![Page 17: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/17.jpg)
¿Cuántos genes se pueden imprimir?
![Page 18: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/18.jpg)
Aplicaciones en microbiología
Expresión en micro-arrays– Genoma entero de solo una especie– Monitoreo de cambios en la expression ARNm:– Sin señal: el gen no se está expresando
• CY3 (verde):• CY5 (red):• CY3 & CY5 (amarillo):
¿Sólo es válido para cultivos puros?
![Page 19: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/19.jpg)
Solo A!!!A B
Microarrays: expresión vs detección
Expresión(ARN)
Detección(ARN &ADN)Falso positivo
Nivel de expresiónGenes presentesen la muestra
![Page 20: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/20.jpg)
Por lo tanto, los microarreglos se usan para hacerbarridos o screenings de genes
¿Qué es un screening?
![Page 21: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/21.jpg)
“Screening”
Caso A Caso B
Estudio sobre búsqueda depetróleoen elocéano
Casos dehepatitisen pacientes
El screening debe dar casi el100 % de las localizacionesdonde puede encontrarse, noimporta si no hay yacimientoviale. Al menos la informaciónrecavada es cierta y no sepierde dinero.
El screening nos indicará todoslos pacientes infectados conHepatitis.
Para muestras ambientales esuna excelente herramienta
![Page 22: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/22.jpg)
Matríz de confusión
Cómo se calcula el resultado de los microarrays?
Fawcett,2006.
![Page 23: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/24.jpg)
Transformación a Características Operacionales Recibidas (ROC) o curva ROC
Parodi et al., 2008. BMC Bioinformatics.
Tasadefalsospositivos
Tasadeverdad
erospositivos
![Page 25: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/25.jpg)
¿Cuál es relación entre la curva ROC y la matríz de confusión en microarray?
![Page 26: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/26.jpg)
Ejemplo:
Microarray de Burkholderia xenovorans LB400La cepa está completamente secuenciada.
Conocemos el “actual value”(qué es verdadero y qué es falso)Definiciones:
Verdaderos positivos: Señales que son ciertas (el blanco es el genoma) yaparecen como positivas en el total de datos del microarray.
Falsos negativos: Señales que son verdaderas (el blanco es el genoma) pero NOaparecen como positivas en el total de datos del microarray.Falsos positivos: Señales que no son verdaderas (el blanco NO está presente
en el genome) pero aparecen como positivo en el total de datos del microarray.Verdaderos negativos: Señales que no son verdaderas (el blanco NO está
presente en el genome) pero NO aparecen como positivo en el total de datos delmicroarray.
![Page 27: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/27.jpg)
¿Cómo extrae la información de un microarray?
Sólo de una manera: Ordenando por intensidad
pero…. ¿Hasta donde fijar el corte o cut off?
y…. ¿Cómo eliminar los falsos positivos del set de datos?
![Page 28: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/28.jpg)
Para eliminar los falsos positivos en el set de datos:Diseño experimental:
Muestra de ADN (ambiental o de cultivo puro)
Amplificación
Digestión
Marcaje
Hibridación
Lavado Scanning
Ajuste de Buffer y temperatura
Ajuste de Buffer composition y temperature
![Page 29: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/29.jpg)
Qué necesita ser optimizado?
-Para establecer el nivel de corte: Controles positivos Internos
-Para eliminar los falsos positivos……
Author Journal PáginaTemperatura
dehibridación
Kimes et al. Env Microbiol 2010 552 35°C
Hinsa-Leasureetal.
FEMSMicrobiol Ecol2010
106 39°C
Liangetal. ISMEJ 2011 405 42°C
Xu etal. ISMEJ2010 1062 45°C
VanNostrandetal.
Appl.Env. Microbiol.2011
3861 50°C
![Page 30: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/30.jpg)
-Para establecer el nivel de corte cut off: necesario usarcontroles internos positivos¿Se puede construír una curva estandar para cada fracción del microarray?
Muestra de ADN
Amplificación
Digestión
Marcaje
Hibridación
lavado
Scanning
Adición de Plasmido a la mezcla de reacción
Un plásmido sintético con alto número de copias:A: 1 copiaB: 2 copiasC: 4 copiasD: 8 copias
Impresiónde 50-mers del microarray
![Page 31: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/31.jpg)
1Copia
2Copias
4Copias
8Copias
Inte
nsid
ad
![Page 32: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/32.jpg)
CURVAROC
Parodi et al., 2008. BMC Bioinformatics.
![Page 33: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/33.jpg)
Standardcurveforeachmicroarray
Parodi et al., 2008. BMC Bioinformatics.
![Page 34: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/34.jpg)
¿Cuáles son las sondas que se pueden imprimir en el microarray?
![Page 35: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/37.jpg)
Pérdida de antotaciones en la base de datos
Relaciones evolutivas de miembros de la familia de las enolasas
![Page 38: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/38.jpg)
RHDO
![Page 39: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/39.jpg)
Organización típica del genoma de los genes clave catabólicos
RHDO EXDOFERRE
RHMO EXDO
Tol-plasmid EXDORHDO
INDO MACRMCIS
![Page 40: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/40.jpg)
¿Es possible ADEMÁS hibridar el ARN ambiental
en un array?
![Page 41: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/41.jpg)
Muestra de ADN
Amplificación
Digestión
Marcaje
Hibridación
lavado
Scanning
Plásmidoadicionado al mix de reacción
Impresiónde 50-mers del array
Diseño experimental de ADN Diseño experimental de ARN
Modificación en :
1.- El plásmido
2.- El diseño experimental
![Page 42: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/42.jpg)
PO43-
PO43-
OH-
OH-OH-
OH-
OH-
OH- OH-
OH-
OH-OH-
OH-
OH-
OH- OH-
Sample still contains 5S, ARNt and small ARN
mRNA (nanogramos)
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ARN ARN ARN
Digestión16S 23S Síntesis de colas de polyAExtracción RNA
16S23S
ARNm
Modificación del diseño experimental
![Page 43: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/43.jpg)
Modificación del diesño experimental
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA5’ 3’
ARN
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCGGAGGGATATCACTCAGCATAATGTTAAGTGACCGG
ADNc T7 promotor
Transcriptasa Reversa
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGCCTCCCTATAGTGAGTCGTATTACAATTCACTGGCC5’ 3’
ADN
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCGGAGGGATATCACTCAGCATAATGTTAAGTGACCGG
ADNc T7 promotor
Síntesis de la segunda hebra de ADN
![Page 44: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/44.jpg)
T7 promotor
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
T7’ promotorpolyA
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
polyT
Modificación del plásmido (controles positivos internos)
![Page 45: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/45.jpg)
Modificación del plásmido (controles positivos internos)
AmplificacióndeARN
ARNprodu
cido
(ng)
ADNdematerialdepartida(ng)
![Page 46: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/46.jpg)
Muestra de ADN
Amplificación
Digestión
Marcaje
Hibridación
Lavado
Scanning
Diseño experimental ADN Diseño experimental ARN
Extracción ARN
Muestra
Digestión de 16S 23S
Síntesis de colas de polyA
Transcripción reversa
Síntesis de segunda hebra de ADN
Transcripción reversa
ng ADN µg ARN Amplificación T7 ARN
Plásmidoadicionado al mix de reacción
Síntesis de segunda hebra de ADN
Plásmidoadicionadoal mix de reacción
![Page 47: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/47.jpg)
https://icono.fecyt.es/sites/default/files/filepublicaciones/2002-microarrays_y_biochips_de_adn-document_130273164878.pdf
![Page 48: UNIVERSIDAD DE SONORA POSGRADO EN BIOCIENCIAS ... · Chips y microchips (microarrays) de ADN • Técnica à emparejar cada hebra de ADN con su complementaria, si ésta se halla presente](https://reader033.vdocumento.com/reader033/viewer/2022041918/5e6ade9ce2a90c15d115ff0f/html5/thumbnails/48.jpg)
Articulo de discusión