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Science 2.0: Uma ciencia aberta
Ivana Soares BandeiraMarcos Amarıs Gonzalez
Rafael SampaioThiago Kenji Okada
Universidade de Sao Paulo (USP)Instituto de Matematica e Estatıstica (IME)Departamento de Ciencia da Computacao
6 de outubro de 2014
Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 1 / 53
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas
4 Visao
5 Casos de uso, receitas e how-to
6 Conclusoes
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas
4 Visao
5 Casos de uso, receitas e how-to
6 Conclusoes
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IntroducaoRevolucoes
Criacao de Conhecimento e Disseminacao
Idade Antiga - Filosofos;
Idade Media - Idade Escura;
Idade Moderna - Prensa movel;
Idade Contemporanea - Industrializacao.
Revolucoes Cientıficas
Primeira: Open Research;
Segunda: Ciencia 2.0
Internet;Web 2.0;Open Science.
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IntroducaoCustos da disseminacao
Figura: Revolucoes CientificasScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 5 / 53
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas
4 Visao
5 Casos de uso, receitas e how-to
6 Conclusoes
Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 6 / 53
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ContextualizacaoOpen Science: Um termo, cinco escolas de pensamento
Figura: Open Sciences: Um termo, cinco escolas de pensamentoScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 7 / 53
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ContextualizacaoDisseminacao de resultados
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ContextualizacaoDisseminacaon e Web 2.0
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ContextualizacaoScience 1.0 Vs. Science 2.0
Figura: Metodo Atual Vs. Metodo EmergenteScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 10 / 53
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ContextualizacaoScience 2.0
Figura: Science 2.0 Leibniz AssociationScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 11 / 53
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas(Micro)Blogging Science?Redes sociaisGerenciamento de referenciasOpen Access
4 Visao
5 Casos de uso, receitas e how-to
6 Conclusoes
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(Micro)Blogging Science?1
Um pequeno numero de pessoas ao redor do mundo trabalha em temascientıficos complexos;
350 anos de historia de publicacoes academicas;
Journals e livros em forma eletronica substituem publicacoes impressasaos poucos;
Insercao em comunidades e divulgacao em novos canais;
Science blogging : Nature Network, ScienceBlogs.com, Hypotheses.org.
1Cornelius PuschmannScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 13 / 53
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Motivacoes para blogueiros de ciencia
Motivo A: Visibilidade Motivo B: Networking Motivo C: Informacao
Aumentar impacto Conectar-se com seus pares Estar atualizado
Ser encontrado por seus pares Ficar em contato com colegas Ser parte de uma conversa
Apresentar proprio trabalho Tornar-se parte da comunidade Antecipar tendencias
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Vantagens e desvantagens de blogs e microblogs
Blogs
+ -Rapida disseminacao de conteudo Falta de reconhecimento formal
Barato Falta de prestıgio no meio academico
Facilidade de uso Sem foco especıfico
Ingresso livre Consome tempo
Ferramenta promocional Disponibilidade
+ -Comunicar-se com colegas Consome tempo
Promover a pesquisa Benefıcios pouco claros
Disseminar informacao Aumenta exposicao propria
Exercer uma influencia pessoal Nao e informativo o suficiente
Estar atualizado sobre sua area Observado como ”trivial”
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Academia vai para o Facebook?2
This network is the seat of scientific opinion which is not held by any singlehuman brain, but which is split into thousands of different fragments. . .each of whom endorses the other’s opinion at second hand, by relying onthe consensual chains which link him to all the others through a sequenceof overlapping neighborhoods.
— Michael Polanyi (1962) em Republic of Science
2Michael Nentwich e Rene KonigScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 16 / 53
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Redes sociais
Nao sao fundamentais, mas oferecem novas formas de comunicacao nomeio academico;
Caracterısticas tıpicas: perfis, comunicacao, rede de contatos, atencaodirigida, grupos de interesse. Exemplo: ResearchGate;
Difusao no meio academico: Me-too presence, cartao de visita digi-tal, rede de contatos passiva, rede de contatos ativa / comunicacao,cyberentrepreneurship.
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Usos academicos em redes sociais cientıficas
Caracterısticas
Comunicacao e cooperacao;
Relacoes publicas e marketing pessoal;
E-teaching ;
Ofertas de emprego.
Problemas sociais
Comunicacao informal;
Identidade, pseudonımia e anonımia;
Privacidade?
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Gerenciamento de referencias3
Tarefa tediosa, requer tempo;
Por mais de 25 anos, BibTeX / LaTeX sao populares. Porem, manuais!
Ultimos 15 anos: recuperacao de informacao de bibliotecas online,DOIs, gerenciamento de PDFs, plataformas web de gerenciamento vi-sando a colaboracao e sincronizacao;
De acordo com Fenner (2010), o gerenciamento de referencias deveprover: busca, armazenamento e adicao de conteudo.
3Martin Fenner, Kaja Scheliga e Sonke BartlingScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 19 / 53
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Requisitos para um gerenciador de referencias
De acordo com Gilmour e Cobus-Kuo (2011), espera-se:
Importar citacoes de bancos de dados e websites;
obter metadados dos PDFs;
organizar as citacoes dentro do gerenciador;
acrescentar citacoes pelo gerenciador;
compartilhar o banco de dados (ou parte) com colegas;
exportar para outros formatos de metadados, como BibTeX;
produzir citacoes em varios estilos;
trabalhar com editores de textos.
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Bases de dados bibliograficas
Alguns repositorios
Web of Science;
Scopus;
PubMed;
Google Scholar;
Microsoft Academic Search;
CrossRef Metadata Search.
Problemas
Assinaturas;
Confiabilidade das referencias;
Padronizacao.
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Comparacao entre gerenciadores de referencias
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Open Access4
Open Access saves lives.
– Peter Murray-Rust
4Dagmar Sitek e Roland BertelmannScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 23 / 53
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Open Access
Definicao
Berlin Declaration on Open Access to Knowledge in the Sciences and Hu-manities: o conhecimento cientıfico e definido como resultados de pesquisacientıfica original, dados brutos e metadados, fontes, representacoes digitaisde materiais graficos e material multimıdia academico.
Cerne da discussao
A maioria do conhecimento cientıfico e adquirido em um contexto definanciamento publico, isto e, pago pelo contribuinte;
Em muitas areas, os journals sao o meio de comunicacao academica.Pagos!
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Open Access - Visao geral
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Open Access - Vantagens
Citacao ampliada (Gargouri et al. 2010);
Comunicacao mais rapida para discussao cientıfica;
Transparencia e percepcao do publico quanto aos resultados cientıficos(Voronin et al. 2011);
Ferramentas para busca e mineracao de dados virao para textosacessıveis, facilitando a interdisciplinaridade;
Publish-or-perish + give Open Access to flourish.
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas
4 Visao
5 Casos de uso, receitas e how-to
6 Conclusoes
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Topicos Abordados
1 Metricas alternativas;
2 Formatos de publicacoes dinamicos e criacao colaborativa;
3 Pesquisa com dados abertos;
4 Financiamento de pesquisa em ciencia aberta;
5 Fator social da ciencia aberta.
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Metricas alternativas
Caracterısticas
Analise de citacoes;
Metricas alternativas como ferramenta de avaliacao;
Exemplos de metricas e provedores.
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Exemplos de metricas e provedores
Pulico-alvo x interacao
Academicos Publicos
Discutidos Comentarios em Journals Blogs, Twitter, Facebook
Recomendados Citacoes por Editoriais Comunicado de Imprensa
Citados Citacoes Wikipedia
Salvos CiteULike, Mendeley Delicious, Facebook
Vistos Downloads de PDF Visualizacoes HTML
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Antes e depois da Internet
Figura: Formatos de publicacao classicos antes da Internet
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Figura: Formatos de publicacao atuais
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Formatos de publicacoes dinamicos e criacao colaborativa
Contexto
Formatos de publicacoes dinamicos;
Conteudo e controle de qualidade;
Implementacao atual de publicacoes dinamicas.
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Formatos de publicacoes dinamicos e criacao colaborativa
Vantagens
Contribuicao de autores individuais nao e tao visıvel;
Versoes finais nao permitem mudancas, tornando correcoes eacrescimos quase impossıvel;
Sistema de rede social para cientistas.
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Pesquisa com dados abertos
Contexto
Visao da pesquisa com dados abertos;
Estado de compartilhamento de dados;
Barreiras;
Transformar visao em pratica.
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Financiamento de pesquisa em ciencia aberta
Abordagem
Polıticas de fomento a pesquisa;
Financiamento a pesquisa aberta;
Reflexoes crıticas.
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Fator Social da Ciencia Aberta
Relevancia
Transicao da ciencia para ciencia aberta;
Importancia da rede de ciencia para relevancia de pesquisas;
Aspectos de ferramentas sociais da web em ciencia aberta;
Edicao em grupo.
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas
4 Visao
5 Casos de uso, receitas e how-toLicencas livresOrganizando colaboracao na Web 2.0 e Estudo de casoIdentificadores unicos para pesquisadoresOs desafios trazidos por dados abertosTornando dados citaveis: DataCite
6 Conclusoes
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Licencas livres
Contexto
De acordo com Carroll [2], muitos pesquisadores nao definem umalicenca explıcita para seus trabalhos, deixando seus direitos reservadosa um pequeno grupo.
Para Science 2.0, essa abordagem nao e suficiente, pois ela limita oescopo do seu artigo.
Solucao
Uso de uma licenca aberta como a Creative Commons.
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Creative Commons
Tipos de licencas
CC BY: Atribuicao;
CC BY-SA: Atribuicao-CompartilhaIgual;
CC BY-ND: Atribuicao-SemDerivacoes;
CC BY-NC: Atribuicao-NaoComercial;
CC BY-NC-SA: Atribuicao-NaoComercial-CompartilhaIgual;
CC BY-NC-ND: Atribuicao-SemDerivacoes-SemDerivados;
CC0: Domınio Publico.
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Organizando colaboracao em publicacoes cientıficas
Metodo tradicional
Coordenacao via e-mail;
Reunioes presenciais;
Ferramentas de edicao locais;
Versionamento e backup por conta do usuario.
Web 2.0
Ferramentas colaborativas de coordenacao;
Reunioes por vıdeo-conferencia;
Ferramentas de edicao na nuvem;
Versionamento e backup automaticos.
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Estudo de caso: slides desta apresentacao
Abordagem
Hıbrida, misturando ferramentas tradicionais e Web 2.0.
Fases de desenvolvimento1 E-mail para a coordenacao do trabalho, discussao da ideia inicial, troca
de artigos e divisao de tarefas.
2 Google Docs para desenvolver o conteudo da apresentacao.
3 ShareLaTeX para desenvolvimento dos slides de maneira colaborativa.
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Vantagens e desvantagens
Vantagens
Trabalho simultaneo;
Documentos (quase) sempre sincronizados;
Historico de alteracoes;
Menor trabalho ao sincronizar versoes e na transferencia de arquivos.
Desvantagens
Compatibilidade apenas parcial com os sistemas tradicionais;
Acesso do documento por terceiros;
Necessidade re-aprender como utilizar os sistemas e novos bugs;
Ceticismo quanto aos novos conceitos;
Ainda e necessario uma checagem manual do estado do documento.
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Identificadores unicos para pesquisadores
Metodo tradicional
Identificacao por Sobrenome, Nome.;
Problemas do metodo tradicional
Confusao entre nomes comuns. Ex.: Jose da Silva;
Erros na traducao. Ex.: Muller → Mueller ou Muller;
Troca de nomes por casamento. Ex.: Ana Moitinho → Ana Moiti-nho da Silva
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Identificadores unicos para pesquisadores
Solucao
Identificadores unicos como os oferecidos pela Open Researcher & Contri-butor ID (ORCID)5. Ex.: Rajkumar Buyya → 0000-0001-9754-6496
ORCID
Mais de 900.000 IDs cadastrados;
Internacional, interdisciplinar, aberta, sem fins lucrativos, dirigido pelacomunidade, inclusiva e transparente;
Nao limitado por uma disciplina, instituicao ou localidade;
Dados e codigo-fonte disponıveis em licencas abertas;
Suplementa, e nao substitui, outros esquemas locais;
Usado por instituicoes, editoras e agencias de patrocınio.
5https://orcid.org/Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 45 / 53
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Os desafios trazidos por dados abertos
Contexto
Pesquisas modernas, baseadas em evidencia e na coleta de dados, de-pende na disponibilidade de dados em quantidade e qualidade;
Para resolver isso, temas como compartilhamento e consolidacao dedados de forma publica vem a tona;
Porem, dados sensıveis podem infringir a privacidade dos usuarios.
Ideia
Anonimizacao de dados para uso em pesquisas.
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Os desafios trazidos por dados abertos
Problema
Tecnicas de mineracao de dados e quasi-identifiers podem permitir a iden-tificacao dos donos daqueles dados. Ex.: Panopticlick6, dados de-mograficos simples, recomendacao de filmes do Netflix.
Possıvel solucao
Permitir acesso apenas aos dados necessarios para a pesquisa, porem algunsdados nao sao facilmente anonimizaveis. Ex.: imagem de ressonanciamagnetica.
6https://panopticlick.eff.org/Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 47 / 53
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Tornando dados citaveis: DataCite
Contexto
Integralidade dos dados e um aspecto importante da colaboracao ci-entıfica;
Porem, apenas partes dos dados sao publicados, enquanto os dados naıntegra ficam inacessıveis ao publico.
Solucao
A ferramenta DataCite7 foi desenvolvida para resolver esse problema, ge-rando um Digital Object Identifiers (DOI) para os dados.
7http://www.datacite.org/Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 48 / 53
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Tornando dados citaveis: DataCite
Dados
G.Yancheva, N. R. Nowaczyk et alRock magnetism and X-ray flourescence spectrometry analyses on se-diment cores of the Lake Huguang Maar, Southeast ChinaPANGAEA, doi:10.1594/PANGAEA.587840
Artigo
G.Yancheva, N. R. Nowaczyk et alInfluence of the intertropical convergence zone on the East Asian mon-soonNature 445, 74-77 doi:10.1038/nature05431
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Agenda
1 Introducao
2 Contextualizacao
3 Ferramentas
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5 Casos de uso, receitas e how-to
6 Conclusoes
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Conclusoes
Globalizacao da ciencia;
Web 2.0 e Internet inteligente;
Compartilhamento de informacao;
Etica nas comunicacoes;
Acesso as ultimas novidades e ferramen-tas;
Novas oportunidades;
Liberdade e identidade cientıfica;
Uniao de todos os ’open’ e Web 2.0.
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Referencias
Sonke Bartling and Sascha Friesike, editors.Opening Science.Springer International Publishing, Cham, 2014.
Michael W Carroll.Creative Commons and the Openness of Open Access.New England Journal of Medicine, 368(9):789–791, 2013.
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Fim da apresentacao
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