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Mapas de ligamiento
Luis BarbozaCentro para investigaciones en Granos y Semillas
(CIGRAS)Universidad de Costa Rica
Julio 2009
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Posiciones de genes en cromosomas
Griffiths et al. 2008
• Mapas de ligamiento genético
• Hibridación in situ de influorescencia (FISH)
• Map based cloning
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Meiosis
Griffiths et al. 2008
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Griffiths et al. 2008
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Mapas de ligamiento– No muy precisos debido a:
• Dobles recombinantes• Interferencia
– Funciones para corregir:• Haldane• Kosambi
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Práctica
• Lineas recombinantes
• Arabidopsis thaliana
• Poblaciones inmortales
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Broman et al. (2005)
F8
xParental
P1 P2
HybridF1
Recombinant inbred line (RIL) population
F2 population
F2
F3
F4
F5
F6
F7
50 %
25 %
12.5 %
6.3 %
3.1 %
1.6 %
0.8 %
Single seed
descent
procedure
Het
Población:
RILs Ler×Cvi(Recombinant inbred lines)
Parentales
Híbrido F1
Descendencia por semilla única
“Líneas
Inmortales”
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• Ejercicio 1: CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence)
FR:
(13/20)*100 = 65 cM
Conclusión:
GAPB A y GAPB B no se encuentran ligados
FR > 50 cM
P P P P P R R R R R R R R R R R P P R P P R
Frecuencia de recombinación (FR):Núm. Recombinantes/ Total población
a b a a a a a b b b b b a a b b a b a b a b
a b a a a b b a a a a a b b a a a b b b a b
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Chi-cuadrado
Griffiths et al. 2008
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Chi-cuadradoHipótesis nula:
No hay ligamiento (loci son segregados independientemente)
Hipotesis alterna:
Sí hay ligamiento
Hipótesis nula es rechazada
Posiblemente hay ligamiento
Griffiths et al. 2008
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Ejercicio 2: Longitud de inflorescencia
Individuo 1 2 3 4Longitud de influorescensia B B B B
EC.480C B B A BEG.66L B B A BAD.108L B A B ACD.730C B A B AFD.188C B B A B
Er - Er +
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• Ejercicio 3