Diphtheria toxin deconstruction

Motivos: módulos simples de combinaciones de estructura secundaria ( a veces se asocian a una función)

Dominios: agrupación de motivos de plegado característico (pueden o no ser unidades de plegado autónomo; pueden o no estar asociados a una función)

Estructura terciaria: combinación de dominios

Tipos de dominios

• alfa

• beta

• alfa+beta

• alfa/beta

Motivo: alfa-loop-alfa

Figure 17: The complexation of calcium in EF hands

                                                            

                          

                                     

                

Conservation of calcium binding loop in EF-hand motifs

                                      

      

                                                         

        

Figure 24: Effects of calcium binding of the structure of the EF-hand domain of spectrin

CRO repressor

Motivo: alfa-turn-alfa

trp repressor

Leucine_rich repeat

i···i+4 + i···i+4

i···i+4 + i···i+3

Human growth hormone

Dominio manojo de hélices

Dominio globina

myoglobin

Dominio globina

Motivo beta hairpin

streptococcal protein G

3 motivos, un dominio, una proteína

HLA DQ, una molécula del MHC

Porine

Porine

Motivo beta-alfa-beta

TIM barrel:closed Rosmann fold

fosforibosil antranilato isomerasa +indol glicerol fosfato sintasa

Flavodoxina: open Rossman fold

 Class

Number of folds

Number of superfamilies

Number of families

All alpha proteins 202 342 550

All beta proteins 141 280 529

Alpha and beta proteins (a/b)

130 213 593

Alpha and beta proteins (a+b)

260 386 650

Multi-domain proteins 40 40 55

Membrane and cell surface proteins

42 82 91

Small proteins 72 104 162

Total 887 1447 2630

SCOP: Structural Classification of Proteins. 1.67 release 24037 PDB Entries (15 May 2004). 65122 Domains. 1 Literature Reference (excluding nucleic acids and theoretical models)

Familias: homología de secuencia >30% (común origen evolutivo), o menor homología pero similar estructura y función.Superfamilias: baja homología secuencial pero similar estructura (probable común origen evolutivo)

Residue name

Atomos: 27 parametros (9 atomos)

Ángulos torsionales: 6 parámetros

Histograma

0

10

20

30

40

50

60

-180 -120 -60 0 60 120 180

Clase

Frecuenci

Frecuencia

Distribuición de 1 en una proteína con 500 residuos

Histograma

0

5

10

15

20

25

-180 -120 -60 0 60 120 180

Clase

Frecuencia

Frecuencia

Distribuición de 2 en una proteína con 500 residuos