保全生態学特論(1)cse.naro.affrc.go.jp/.../files/minaka-ce2011(1)handout.pdf（8 april...
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東京大学大学院農学生命科学研究科生圏システム集中講義三中信宏：「保全生態学特論」
13:00 〜 16:30，23 & 30June, 7 July 2011東京大学・弥生講堂アネックス１階講義室
保全生態学特論 (1)— 系統樹思考と分類思考による生物多様性の理解 —
三中 信宏MINAKA Nobuhiro
独立行政法人 農業環境技術研究所 生態系計測研究領域 上席研究員［生物統計学］
東京大学大学院 農学生命科学研究科 生物・環境工学専攻 教授［生態系計測学］
東京農業大学大学院 農学研究科 客員教授［応用昆虫学］
〒 305-8604 茨城県つくば市観音台 3-1-3TEL 029-838-8224 / FAX 029-838-8199
mailto:[email protected]
http://twitter.com/leeswijzer/http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/
http://d.hatena.ne.jp/leeswijzer/
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
系統樹リテラシー系統樹（ツリーやネットワーク）による視覚化表現法を系譜を記述する「ことば」として用いるときに，どのようなリテラシーが描き手と読み手に求められているのだろうか？
朝日カルチャーセンター（October ～ December 2005，新宿）三中信宏：公開講座「進化する生物（全 5回）」
体系学（systematics）↓
体系化（systematization）
○分類学（taxonomy）
カテゴリー化
○系統学（phylogenetics）
歴史の推論
朝日カルチャーセンター（October ～ December 2005，新宿）三中信宏：公開講座「進化する生物（全 5回）」
William Whewell (1840),
Philosophy of the Inductive
Sciences. (3 volumes)
対象物の間の類似度を研究
する Classificatory sciences
（分類科学）と歴史的因果
を論じる Palaetiological
sciences（古因科学）とを峻
別した．
総合研究大学院大学講義〈先導科学考究〉三中信宏：「進化系統学の先端で甦る歴史研究」
（22 May 2007，総研大，葉山）
系統
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
身近な系統樹の例↓
人間社会の「家系図」
Christiane Klapisch-Zuber (2003)
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
Le tableau généalogique (9th century)
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
Arbor consanguinitatis (9th century)
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
Hermann Schadt (1982)
中世ヨーロッパ「家系図」のリテラシー
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
イスラム「家系図」のリテラシー
祖先子孫
子孫
まとめ・「系譜」とは祖先から子孫へのつながりである．
・「系譜」を図示したものが「系統樹」である．
・「系譜」は生物／無生物，自然物／人工物の別を
問わず広く存在する．
・「系譜」はさまざまなデータに基づいて推定しな
ければならない．
・「系譜」をつきとめて「系統樹」を構築する学問
を【系統学（phylogenetics）】と呼ぶ．
総合研究大学院大学講義〈先導科学考究〉三中信宏：「進化系統学の先端で甦る歴史研究」
（22 May 2007，総研大，葉山）
Aviezer Tucker (2004)
Our Knowledge of the Past:
A Philosophy of Historiography
(Cambridge University Press)
歴史を記述すること
総合研究大学院大学講義〈先導科学考究〉三中信宏：「進化系統学の先端で甦る歴史研究」
（22 May 2007，総研大，葉山）
歴史を記述すること
1) 聖書文献学（biblical criticism） 2) 古典文献学（classical philology） 3) 比較言語学（comparative linguistics） 4) 進化生物学（evolutionary biology）
歴史記述的科学historiographic sciences
総合研究大学院大学講義〈先導科学考究〉三中信宏：「進化系統学の先端で甦る歴史研究」
（22 May 2007，総研大，葉山）
「歴史記述的科学」とは－－- similar effects that preserved
information about their common cause or causes
- the probable reconstruction of intervening stages between the common cause or causes and the similar effects
総合研究大学院大学講義〈先導科学考究〉三中信宏：「進化系統学の先端で甦る歴史研究」
（22 May 2007，総研大，葉山）
共通要因と
過去復元
第 3回最先端育種セミナー（17～ 19 November 2005，神戸）〈家畜・水産動物における遺伝的多様性研究―その目的と新しい方法論―〉三中信宏：生物進化の歴史を推定する̶分子系統樹を構築する理論と方法
第 3回最先端育種セミナー（17～ 19 November 2005，神戸）〈家畜・水産動物における遺伝的多様性研究―その目的と新しい方法論―〉三中信宏：生物進化の歴史を推定する̶分子系統樹を構築する理論と方法
「第三」の推論様式：
1) データ Dが得られた．
2) 仮説 Hは Dを説明できる
3) H以外の仮説H'はHほど
うまく Dを説明できない．
4) したがって Hを受容する．
Inference to
the best explanation
第 3回最先端育種セミナー（17～ 19 November 2005，神戸）〈家畜・水産動物における遺伝的多様性研究―その目的と新しい方法論―〉三中信宏：生物進化の歴史を推定する̶分子系統樹を構築する理論と方法
「ベスト」の説明？
第 3回最先端育種セミナー（17～ 19 November 2005，神戸）〈家畜・水産動物における遺伝的多様性研究―その目的と新しい方法論―〉三中信宏：生物進化の歴史を推定する̶分子系統樹を構築する理論と方法
最節約基準
尤度基準
ベイズ基準
・・・・・・
東京大学大学院 農学生命科学研究科 生物・環境工学専攻 研究セミナー（25 October 2006）
データ
系統樹
統計学的問題誤差，信頼性，モデル選択 etc.
数学的問題スタイナー問題グラフ理論， etc.
離散構造 ＝ 推定量
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
系統推定論
進化生物学
歴史科学
統計科学
離散数学
生物学哲学 認知科学系統樹の哲学
系統樹の科学
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
系統推定論
進化生物学
歴史科学
統計科学
離散数学
生物学哲学 認知科学系統樹の哲学
系統樹の科学系譜関係の図像化
図形言語リテラシー
言語の運用と限界
日本生物地理学会第 62回年次大会シンポジウム〈進化と系譜：ツリー，ネットワーク，視覚言語リテラシー〉
（8 April 2007，立教大学）
私たちは系統樹をきちんと読み書きできるか