El Aeropuerto Internacional de Tocumen es el más importante del país. Está ubicado en la parte oriental de la ciudad, a unos 20 km de la misma. Es el de mayor tráfico de la región, con vuelos directos a las principales ciudades de Europa, Norteamérica, Centroamérica, El Caribe y América del Sur. Funciona como el principal centro de conexión de Copa Airlines y debido a la gran cantidad de destinos internacionales que esta tiene, es considerado el Hub de las Américas. El segundo aeropuerto en importancia, el Aeropuerto Marcos A. Gelabert, está emplazado en una antigua base militar estadounidense y se reserva para vuelos domésticos y regionales.

La ciudad cuenta con dos autopistas, conocidas como corredores. El Corredor Norte conecta la urbe con las áreas revertidas y con los principales suburbios localizados hacia el norte. El Corredor Sur, por su parte, se extiende desde la zona de San Francisco hasta las inmediaciones del aeropuerto Internacional de Tocumen, incluyendo un tramo marítimo que atraviesa parte de la bahía de Panamá. Además, la ciudad conecta por ambos extremos con la carretera Panamericana, incluyendo tramos que sirven a ciudades satélites vecinas, como La Chorrera. La autopista Panamá-Colón, inaugurada en 2009, corre paralela al Canal de Panamá y conecta la capital con la ciudad de Colón, ubicada en la costa atlántica. Esta autopista significó la puesta en práctica de un eficiente sistema vial entre los dos océanos y sus respectivas zonas portuarias y comerciales.

Los autobuses son el principal medio de transporte público, diariamente 800 mil panameños utilizan este medio, tanto dentro de la ciudad, como hacia el interior del país. La terminal central de autobuses, conocida como Gran Terminal Nacional de Transporte, se encuentra en Albrook, cerca del Aeropuerto Marcos A. Gelabert y del centro comercial Albrook Mall. Desde allí parten rutas interurbanas, interprovinciales e incluso rutas internacionales hacia América Central.

Trenes y metro[Aunque el transporte ferroviario no se ha explotado notablemente en el país, existe una línea ferroviaria conocida como Ferrocarril de Panamá, que conecta la ciudad de Panamá con la ciudad de Colón. Esta línea fue inaugurada en 1855 y recorre una distancia de 76.6 km a lo largo del istmo. Usada mayormente para el transporte de carga, en 2001,se comenzó a usar también para el transporte de pasajeros, dirigido principalmente a ejecutivos y comerciantes que se desplazan para trabajar entre ambas ciudades, al igual que a turistas en general.

Estadio Rommel Fernández, el mayor estadio de fútbol del país. También en él se practica atletismo.