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UTILIDAD DE LA SECUENCIACIÓN MASIVA PARA EL ESTUDIO DE
BIOMARCADORES A PARTIR DE ADN CIRCULANTE EN PACIENTES CON
CÁNCER DE PULMÓN
Clara Pérez-Barrios, Miguel Barquín Del Romo, Ricardo Sánchez Pérez, Alejandro Rodríguez,
Nieves Ortiz, María Del Carmen Turpín, Mariano Provencio, Atocha Romero Alfonso
Hospital Universitario Puerta de HierroCongreso Nacional Laboratorio Clínico 2018
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INTRODUCCIÓN
Tsao AS et al. J Thorac Oncol. 2016
Medicina personalizada en cáncer de pulmón:
• Fármacos dirigidos hacia dianas
moleculares: TKIs
• EGFR, ALK, ROS1
• ADN circulante:
- Estudios no invasivos
Tecnologías de alta sensibilidad <1%
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OBJETIVOS
Evaluar la utilidad de un kit de secuenciación masiva para el estudio de mutaciones
somáticas relacionadas con cáncer de pulmón a partir de ADN circulante obtenido
de sangre.
Oncomine™ Lung cfDNA Assay
- LOD=0,1%
- 169 hotspots
- 11 genes:
ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1,
MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53Congreso Nacional Laboratorio Clínico 2018
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MATERIAL Y MÉTODOS
- Muestras: 10 pacientes y 2 controles sanos.
- Extracción de ADN circulante: sistema Maxwell® RSC ccfDNA Plasma kit.
- NGS: kit Oncomine™ Lung cfDNA Assay y secuenciación en un equipo Ion S5™
Sequencer.
- Confirmación de las mutaciones por PCR digital QuantStudio 3D.
Mutados EGFR en tratamiento con TKIs
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RESULTADOS
NGS
• 10 pacientes:
-19 mutaciones
-Mediana de frecuencia
alélica mutada (MAF)= 0,29%
• Controles sanos:
- No mutaciones
TP53(n=4)
EGFR(n=15)
Sensitizing(n=9)
Resistencia(n=6)
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RESULTADOS
NGS vs dPCR
- 17 mutaciones confirmadas por dPCR
MAF=13,42 % MAF=13,54%
0 5 10 15 20 25
16
14
12
10
8
6
4
2
0
dPCR
NG
S
Pearson´s r= 0,991
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CONCLUSIONES
• La NGS de alta sensibilidad permite la detección y cuantificación de mutaciones
relacionadas con cáncer de pulmón a partir de ADN circulante, lo que facilita el
estudio de biomarcadores de forma no invasiva.
• La PCR digital es una buena alternativa para la confirmación de los resultados
obtenidos por secuenciación masiva.
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¡¡Gracias !!
@LiquidBiopsyLab
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