laboratorio de referencia para tipado molecular de...
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Álvaro Pascual
UGC Intercentros de Enfermedades Infecciosas, Microbiología Clínica y Medicina Preventiva
Hospital Universitario Virgen Macarena. Sevilla
Laboratorio de Referencia para tipado molecular de patógenos nosocomiales y detección genotípica de
mecanismos de resistencia a antimicrobianos de interés sanitario en Andalucía
Programa PIRASOA
Álvaro Pascual
Unidad Intercentros de Enfermedades Infecciosas, Microbiología Clínica y Medicina Preventiva
Hospital Virgen Macarena
Universidad de Sevilla
Mapa de Resistencias en Andalucía
Antecedentes
1. Reconocimiento como laboratorio dereferencia (UPRA) en noviembre de2013.
2. Finalidad: tipado molecular debacterias MR y ofrecer informaciónrelevante en tiempo real para elcontrol de brotes producidos porbacterias MR.
Objetivos (I)
Herramienta del Programa PIRASOA en ladetección, investigación y control de brotes porbacterias MR. Apoyo a SVEA.
Determinar la relación clonal de los aislamientosde patógenos nosocomiales MR mediante lacombinación de pruebas fenotípicas ygenotípicas en tiempo suficiente para descartaro confirmar hipótesis.
Estudio fenotípico y genotípico de losmecanismos de resistencia de patógenosnosocomiales de interés y que puedan favorecerel desarrollo de medidas terapéuticas y/opreventivas.
Objetivos (II)
Identificación y seguimiento de clones demicroorganismos MR que circulen en centroshospitalarios de la Comunidad. Creación de unabase de datos con los genotipos de interés.
Servir de centro centinela para la detección denuevos mecanismos de resistencia enpatógenos nosocomiales o de la comunidad.
Cartera de Servicios (I)
Resistencia a antimicrobianos
• Detección de resistencia a oxacilina (SARM) enStaphylococcus aureus.
• Detección de resistencia a vancomicina en Enterococcus spp.
• Detección e identificación de genes de beta-lactamasas deespectro extendido (BLEE) tipo TEM, SHV y CTX-M, másfrecuentes en nuestro entorno, en enterobacterias.
• Detección e identificación de genes de AmpC plasmídicas ycromosómicas.
• Detección e identificación de genes de beta-lactamasas quehidrolizan carbapenems (carbapenemasas).
Cartera de Servicios (II)
Tipado molecular o Genotipado
• Enterobacterias productoras de BLEE ocarbapanemasas.
• Otras enterobacterias multirresistentes
• Acinetobacter baumannii
• Pseudomonas aeruginosa
• S. aureus resistente a meticilina.
• Enterococcus resistente a vancomicina
Metodología
Detección de mecanismos de resistencia:
Marcadores fenotípicos
Marcadores genotípicos: PCR +/-secuenciación
Identificación molecular:
REP-PCR, PFGE, MLST, Secuenciación
Base de datos históricas
Flujo de trabajoP
rim
er
pas
o
Pri
me
rp
aso
Solicitud de estudios .
Recepción de aislados
Solicitud de estudios .
Recepción de aislados
RES
ISTE
NC
IAR
ESIS
TEN
CIA Pruebas de
sensibilidad
Test rápidos
PCR de genes diana
Pruebas de sensibilidad
Test rápidos
PCR de genes diana
TIPA
DO
TIPA
DO PFGE
MLST
Comparacióncon bases dedatos
PFGE
MLST
Comparacióncon bases dedatos
INFO
RM
EIN
FOR
ME Preliminar
Definitivo
Preliminar
Definitivo
Perfiles de la base de datos de Andalucía
PFGE
Normalización
Comparación con perfiles previos
MLST
Nuevos aislados Comparación con previos
ActividadOctubre 2013-Septiembre 2015
Año Nº de aislados
Nº de episodios
Media de aislados/
episodio
Centros
2013* 9 2 4.5 2
2014 162 57 2.8 21
2015** 186 84 2.2 20
*2013: octubre-diciembre**2015: enero-octubre
Microorganismos
Bacilos Gram negativos 338
K. pneumoniae 168
A. baumannii 105
P. aeruginosa 18
E. coli 13
S. marcescens 10
E. aerogenes 7
B. cepacia 5
K. oxytoca 4
E. cloacae 4
C. freundii 3
S. maltophilia 1
Cocos Gram positivos 9
S. aureus 5
S. cohnii 2
E. faecium 2
Microorganismos/Determinantes más prevalentes
Especie/determinante 2014 2015
K. pneumoniae 81 87
BLEE 10 26
Carbapenemasa 41 39
Carbapenemasa+BLEE 18 15
Carbapenemasa+BLEE+pAmpC 0 1
pAmpC 11 4
Carbapenemasa y BLEE negativo 1 2
Especie/determinante 2014 2015
A. baumannii 55 50
OXA-23 38 23
OXA-58 15 19
OXA-24/40 1 8
Especie/determinante 2014 2015
otras enterobacterias 8 33
BLEE 1 6
Hiper OXY 1 0
Carbapenemasa 2 7
Carbapenemasa+BLEE 0 1
todo negativo 4 19
Microorganismos/Determinantes más prevalentes
Aislados /Hospital
Centro 2014 2015
H. San Cecilio 27 0
H. Reina sofia 22 0
H. Virgen de la Victoria 37 14
H. Alto Guadalquivir Andujar 14 19
H. San Juan de Dios 3 20
H. Jerez 7 31
H. Costa del Sol 7 24
H. Regional de Málaga 9 6
H. Virgen Macarena 6 19
H. Valme 3 13
H. Virgen del Rocio 0 13
H. Virgen de las Nieves 5 6
H. de la Línea 5 4
H. la Inmaculada Nuercal-Overa 2 3
H. Serrania Malaga 2 3
HARE Puente Genil 5 2
H. Infanta Margarita Cabra 0 9
H. Montilla 2 0
H. Pozoblanco 1 0
H. Riotinto 1 0
HARE Guadiato 3 0
H. Alcala la Real 1 0
K. pneumoniae ST512 productor de KPC3
agosto 2012CórdobaTransfer de Italia
Abril, 2013Cabra
Febrero, 2014Montilla
Abril, 2014Pozoblanco
Mayo, 2014Sevilla
Mayo, 2014Jerez
Agosto, 2014Alcala la Real
Agosto, 2014, Peñarroya-Pueblonuevo
Diciembre, 2014Puente Genil
Febrero, 2015Andujar
95% similitudDice (Opt:0.60%) (Tol 1.2%-1.2%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE
100
9590
85
PFGE
2014082
2014114
2014061
2014069
2014083
2014084
2014113
2014115
325/#1
327/#1
40447
262
281
266
268
278
2014100
40185
CA-6390/#1
CA-12539/#1
2014073
2014079
2014080
2014065
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3
KPC-3v
KPC-3v
KPC-3
11/03/14
29/08/14
11/03/14
01/04/14
12/05/14
16/05/14
28/08/14
30/09/14
01/08/12
02/08/12
03/02/14
27/06/12
10/07/12
28/06/12
28/06/12
06/07/12
06/08/14
04/02/14
29/04/13
25/07/13
10/04/14
16/05/14
13/05/14
19/03/14
H de Jerez
H Valle del Guadiato
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H de Jerez
H de Jerez
H Valle del Guadiato
H Valle del Guadiato
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Montilla
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Alcala la Real
H Montilla
H Infanta Margarita
H Infanta Margarita
H Reina Sofia
H San Lazaro
H San Lazaro
H Reina Sofia
Nuevo perfil en marzo 2014
Primeros aislados 2012
A partir de ese momento empieza a evolucionar……
Dice (Opt:0.80%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE1
00
95
90
85
PFGE
2015179
2015223
2015192
309
CA-6110/#1
CA-13656/#1
2014073
2014082
2015175
2015180
2015256
2015258
2015194
2015255-1
400
2015188
2015049
313
2015172
2015193
CA-13656
2015206
2015204
2014065
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Orina
F rectal
F rectal
F rectal
F rectal
F rectal
Ex purulento
orina
Orina
F rectal
F rectal
Cama BOX-5
F rectal
F rectal
F rectal
F rectal
A bronquial
Exudado
orina
F rectal
F rectal
F rectal
Respiratoria
19/06/13
14/08/15
ANULADA
25/07/12
29/04/13
17/09/13
10/04/14
11/03/14
13/02/14
02/03/15
17/09/15
22/09/15
25/02/15
16/09/15
05/03/15
04/02/15
27/07/12
08/07/15
15/01/15
17/09/13
18/03/15
25/09/14
19/03/14
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H U Reina Sofia
H Alto Guadalquivir Andujar
H U Reina Sofia
H Reina Sofia
H Infanta Margarita
H Infanta Margarita
H Reina Sofia
H de Jerez
H U Reina Sofia
H U Reina Sofia
H Infanta Margarita
H Infanta Margarita
H U Reina Sofia
H Infanta Margarita
H U Reina Sofia
H U Reina Sofia
H Alto Guadalquivir Andujar
H Reina Sofia
H Valle del Guadiato
H U Reina Sofia
H Infanta Margarita
H U Reina Sofia
H U Reina Sofia
H U Reina Sofia
Dice (Opt:0.80%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE
10
0
95
90
PFGE
CO-10
CO-13
CO-8
CO-1
CO-11
CO-14
CO-15
CO-16
CO-17
CO-18
CO-2
CO-3
CO-4
CO-5
CO-6
CO-7
CO-9
2014131
971
2015218
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
CTX-M-15+TEM-1
16/09/14
25/07/15
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H La Paz
H La Línea
K. pneumoniae ST405 productor de CTX-M-15
Brote de Neonatología.
HURS (Cordoba)2013
Aislado 2014
Brote Hospital La Paz de Madrid
K. pneumoniae productor de OXA-48+CTX-M-15
ST15
6/2014 H S Juan de Dios
10/2014 H Regional Malaga
5/2015 H Virgen de las Nieves
10/2015 H Valme
ST431 (variante ST15)
4/2015 H Costa del Sol
4/2014 H Virgen de la Victoria
ST15 K. pneumoniae OXA-48 + CTX-M-15
Dice (Opt:0.80%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE
10
0
80
60
PFGE
2014058
2014180
2014033
2014034
2014145
2014181
2014057
2014129
2014185/#1
2015014
2015018
2015050
2014128
2014149
2014033/#1
2014034/#1
2014127
2015261
2014081
2014187
2015130
2014028
2014144
2014150
2014146
2014142
2014143
2015189
2014088
2014090
orina/sangre
orina
orina
Sangre
Respiratoria
Exudado
orina
Ex purulento
F axilar
F rectal
Exudado
Exudado
Ex purulento
orina
orina
Sangre
F rectal
Orina
orina
Sangre
Orina
orina
Endoscopio
Bilis
orina
Bilis
Sangre
orina
Sangre
orina
07/05/14
10/10/14
14/09/13
16/09/13
26/10/14
24/11/14
03/04/14
01/09/14
03/12/14
09/01/15
19/01/15
10/02/15
29/08/14
29/10/14
14/09/13
16/09/13
03/09/14
02/10/15
20/03/13
25/12/14
25/05/15
250/3/14
27/10/14
30/10/14
22/10/14
13/10/14
14/10/14
21/01/14
10/05/14
09/06/14
H U Virgen de la Victoria
H Maritimo
H U Virgen Macarena
H U Virgen Macarena
H Carlos Haya
H Maritimo
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H Carlos Haya
H U Virgen Macarena
H U Virgen Macarena
H Pascual
H Valme
H U Virgen Macarena
H U Virgen Macarena
H Virgen de las Nieves
H U Virgen Macarena
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H U Reina Sofia
H U Virgen de la Victoria
H San Juan de Dios
K. pneumoniae productor de OXA-48+CTX-M-15
ST11
5/2014 H Jerez
9/2014 H Virgen de la Victoria
3/2015 H Costa del sol
9/2015 H Linares
A. baumannii productor de OXA-23
ST2
2/2014 H. San Cecilio
6/2014 H S J Dios
10/2014 H V Victoria
12/2014 H V Macarena
3/2015 H A G Andújar
9/2015 H Costa Sol
7/2014 H V Victoria
ST85
A. baumannii productor de OXA-58
ST2
3/2015 H Regional Malaga
3/2015 H A G Andújar
8/2015 H Costa del Sol
ST98
2/2014 H A G Andujar
Objetivos 2016
• Mejorar la infraestructura del laboratorio
– Técnicas de secuenciación para tipado molecular
– Adquisición de nuevo software (Bionumerics)
– Petición electrónica
• Incrementar la participación de nuevos centros
– Difusión de resultados y contacto directo
• Acortar los tiempos de respuesta de informes
• Implementar la investigación (explotación de resultados)
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