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PRÁCTICA 4

Alicia AlberoSantiago BueyGuillermo CruzDaniel FraileAlberto García

Construcción de árboles con parsimonia y distancias

MEGA – Instalación

● Descargar paquete de instalación según SO de la página web https://www.megasoftware.net/

● Se recomienda versión gráfica● Usuarios Windows -> ejecutar instalador como Administrador. Si presenta

problemas desactivar el uso de control de cuentas de usuario. (User account control)

● Más información: https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=Part_I_Getting_Started%2FInstalling_MEGA%2FInstalling_MEGA.htm

MEGA – Empezar a usar

Herramientas

Sesión

MEGA – Empezar a usar

● Para los análisis las secuencias deben estar ALINEADAS (tener la misma longitud con gaps si son necesarios)

○ Se pueden alinear mediante MEGA

● Abrir/activar fichero de secuencias 1. File -> Open A File/Session

2. Seleccionar alinear o analizar

● Alinear -> abre directamente la herramienta de alineado de MEGA● Analizar -> nos pedirá el tipo de datos (proteínas/DNA, mitocondrial…) y cargará

los datos en la sesión

MEGA – Empezar a usar

● Proceso de análisis de ficheros

Selección de tipo de secuencia Selección de tipo de código

genético

MEGA – Empezar a usar

● Los ficheros que abramos se cargarán en nuestra sesión

● Podemos guardar una sesión: Data -> Save Session

Ficheros cargados

MEGA – Cálculo de distancias

● Opciones para el cálculo ● Resultado

Se puede exportar a txt, Excel o MEGA

MEGA - Árboles por distancias (NJ/UPGMA)

1

2NJ

UPGMA

MEGA - Árboles por distancias (NJ/UPGMA)

● Opciones para el análisis (tanto NJ como UPGMA)

MEGA – Árboles por máxima parsimonia (MP)

1

2

MEGA – Árboles por máxima parsimonia (MP)

MEGA – Visualización y edición de árboles

1. Exportar a MEGA2. Exportar a PDF3. Exportar a imagen4. Herramientas de edición

del árbol

1 23

4

ETE treeview

- ETE Toolkit es una librería python para la visualización de grandes árboles

filogenéticos

- Versión online (treeview) para realizar la práctica: http://etetoolkit.org/treeview/

- Permite ver un árbol filogenético junto con el multialineamiento que lo ha generado

- Introducir árbol pegándolo en el formulario o subiendo un archivo

- El formato del árbol obligatoriamente en formato newick (.nwk)

- Introducir el multialineamiento para visualizarlo también, es opcional

- Si se introduce, en formato fasta obligatoriamente

OPCIONES

- Visualizar solo el árbol: Subir únicamente el fichero en formato newick y pulsar botón View Tree!

OPCIONES

- Visualizar árbol y traducción de los nombres y linajes de las especies. Treeview ofrece una integración transparente con la base de datos de taxonomía de NCBI, y si se usan “taxids” de NCBI como nombre de las hojas, o TaxID.nombreSecuencia, se consigue una traducción sobre la marcha de los nombres y linajes de las especies.

OPCIONES

- Visualizar árbol y traducción de los nombres y linajes de las especies, ejemplo:

OPCIONES

- Visualizar árbol y alineamiento. Se puede visualizar el multialineamiento, y se colocará la secuencia alineada al lado de su nodo hoja.

- IMPORTANTE: El nombre de la secuencia en el árbol DEBE COINCIDIR con el que tiene en el alineamiento para que se muestre correctamente, de lo contrario el alineamiento no se mostrará.Esto puede ocurrir ya que a veces en el fichero Newick los caracteres espacio aparecen como barra baja.

OPCIONES

- Visualizar árbol y alineamiento. Aligned blocks:

OPCIONES

- Visualizar árbol y alineamiento. Condensed format:

- IMPORTANTE: Para que se muestre en este formato, las bases tienen que estar en mayúsculas en el formulario donde se incluye el alineamiento o en el archivo formato fasta. Si están en minúsculas no se muestra nada.

ITOL

ITOL

Herramienta online de visualización de árboles filogenéticos.

https://itol.embl.de/upload.cgi

● Altamente personalizable y programable

● Interfaz interactivo

● Capaz de exportar árboles en varios formatos

● Capaz de cargar arboles grandes

Subir un árbol

Formatos: Newick, Nexus, PhyloXML y archivos .jplace y .qza.

Visualización del árbol

OPCIONES

Existen dos tipos de opciones, las del menú de la derecha y las que aparecen al hacer click en una rama u hoja.

OPCIONES

Las opciones de este menú permiten aplicar cambios generales a todo el árbol como cambiar su disposición, fuentes, colores,...

Además en la pestaña Export se puede exportar como imagen o fichero de texto

OPCIONES

El otro menú permite cambiar colores, estilo, … de una hoja o rama o incluso de sus descendientes.

OPCIONES

Con las opciones antes mencionadas se ha marcado en rojo la orden Artiodactyla y en verde la familia Cervidae.