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Alineamiento: el caso SARS-CoV-2
Bioinformática, 18-2-20Elvira Mayordomo
El “coronavirus” de Wuhan Googleando averiguamos que se llama:
SARS-CoV-2
Vamos a buscar otros virus del mismo “subgenus”: hay 1491 en GenBank
Order Suborder Family Subfamily Genus Subgenus Species
Nidovirales Cornidovirineae CoronaviridaeOrthocoronavirinae Betacoronavirus Sarbecovirus
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
De cuándo son
Los 47 primeros (80 primeros de cualquier longitud) son de febrero de 2020
A partir del 48 (81) de noviembre del 2018 (están ordenados por cuándo fueron secuenciados)
Cojo las 10 primeras
A 80 letras por línea, unas 50 líneas por pantalla, son un poco más de 7 pantallas por secuencia
¿Cómo compararlas?