U.C.S.M.

P.P.I.B.

Practica N4: Usando Protenas y Secuencias de Datos Proteinizados

Apellidos y Nombres: Ramos Salas, Rodrigo Sebastin

Fecha: Sbado 6 de Abril de 2013

Grupo: 02

Base de datos de detalles bioqumicos

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

Link: http://www.genome.jp/kegg/

Se trata de una base de datos para el entendimiento de funciones de alto nivel y utilidades del

sistema biolgico como es el caso de las clulas, el organismo y el ecosistema mediante

informacin de nivel molecular en especial modelos moleculares a gran escala generados por

secuencias de genomas y otras tecnologas experimentales.

Dentro de esta pgina se puede ver varios buscadores de informacin como para el caso de

enfermedades, genoma, genes, protenas, qumicos, etc; pero adems da herramientas para

mapeo, comparacin, etc.

BRENDA

Link: www.brenda-enzymes.info

En la pgina BRENDA se puede observar una gran cantidad de informacin con respecto a las

protenas y ms especficamente a las enzimas. En la pgina se puede ver secciones tanto de

nomenclatura, aislamiento y preparacin, estabilidad, reaccin, estructura, parmetros

funcionales, etc. En esta pgina se puede apreciar adems exploradores de taxonoma,

subestructura, secuenciacin y otros ms.

Enzyme Nomenclature

Link: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

En esta pagina se puede encontrar infomacin con respecto a la nomenclatura de las enzimas,

documentos con respecto a estos y tambin informacin de las mismas enzimas. Tambin provee

consejos sobre como sugerir nuevas enzimas para admitir o corregir entradas existentes.

EcoCyc

Link: http://ecocyc.org/

EcoCyc es una base de datos sobre la bacteria Eschericia coli K-12 MG1655. Desde la literatura

cientfica EcoCyc posee las funciones de los productos de los genes de la E. coli adems de sus

regulaciones y su organizacin en operones, complejos y vas metablicas. Adems esta pgina

permite el buscar informacin de diversas maneras.

PDB

Link: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Es una base de datos que contiene estructuras tridimensionales de protenas y cidos nucleicos que

normalmente se obtienen por cristalografa de rayos X o RMN. Es de dominio pblico y se puede usar

libremente.

NCBI-structure

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml

Los recursos desarrollados por el grupo de estructuras del NCBI CBB se centran en cuatro areas:

estructuras macromoleculares, dominios conservados y clasificacin de protenas, molculas

pequeas y su actividad biolgica y finalmente sistemas biolgicos.

SCOP

Link: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

El sitio est basado en el anlisis de los superancestros. Su base de datos es en gran parte una

clasificacin de los dominios de protenas estructurales segn similitudes de estructura y

secuencias. Esto se ha hecho para determinar las relaciones evolutivas entre protenas. Un

ejemplo de esto sera un caso en el que una protena tiene una estructura parecida, pero su

secuencia de aminocidos llega a ser muy distinta de modo de que el resultado sera que es

probable de que tengan un antepasado comn pero lejano.

CATH

Link: http://www.cathdb.info/

CATH, se trata de una pgina que permite la clasificacin estructural semiautomtica en

jerarqua de protenas. Esta pgina ofrece al usuario bsqueda de estructuras de proteinas,

genomas, dominios, supe familias, etc.

SWISS MODEL

Link: http://swissmodel.expasy.org/

SWISS-MODEl es una pgina web de bioinformtica estructurar dedicada al modelamiento

homolgico de protenas en estructuras 3D. Actualmente est compuesto por el SWISS-MODEL

pipeline una serie de herramientas y datos para el modelamiento estructural de protenas,

SWISS-MODEL Workspace que se centra en el uso grfico y por ltimo el SWISS-MODEL

Repository que consiste en una base de datos continuamente actualizada de modelos homlogos

y un set de modelos de alto inters biomdico.

IMGT: base de datos de inmunoglobulinas y receptores T

Link: http://www.imgt.org/

IMGT es el sistema internacional de informacin de inmunogenetica. Posee informacin de alta

fidelidad centrada en las inmunoglobulinas, receptores T, histocompatibilidad y la familia de las

inmunoglobulinas. La pgina provee acceso a secuencias, genomas y estructuras de

inmunogenetica.

REBASE

Link: http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Se trata de una base de datos de enzimas de restriccin y de DNA metiltransferasas para el ADN.

CAZY

Link: http://www.cazy.org/

Se trata de una base de datos que describe a las familias y de estructuralmente relacionados

mdulos catalticos y de unin a carbohidratos de enzimas que degradan, modifican y crean

uniones glicosidicas. Ofrece al usuario el poder buscar secuencias bases de familias o el genoma

de enzimas con actividad de unin a carbohidratos.

MEROPS

Link: http://merops.sanger.ac.uk/

Se trata de una base de datos orientada a las proteasas y a sus inhibidores. La pgina permite la

bsqueda de dichas protenas e identificar su organismo de origen. Provee calificacin y

nomenclatura de las peptidasas. MEROP tambin emplea una clasificacin estructural y jerargica

con la que es clasificada cada protena.

PROTEIN KINASA Resource

Link: http://pkr.genomics.purdue.edu/pkr/Welcome.do

Es una fuente de informacin especializada que proporciona una visin integrada de los datos de

secuencia y estructura combinados con datos de funciones bioqumicas y genticas se centraron

en una sola familia de protenas, las protenas quinasas.

NUCLEAR RECEPTOR RESOURCE

Link: http://nrr.georgetown.edu/NRR/nrrhome.htm

El NRR o Recursos de receptores nucleares es una coleccin de base de datos individuales de los

miembros de la superfamilia de los receptores de las hormonas tiroide y esteroide. Aunque la

base de datos se encuentra localizada en diferentes servidores y se manejan de forma individual.

SENSE LAB

Link: http://senselab.med.yale.edu/

Pgina que permite la construccin de modelos multidisciplinarios e integrados de neuronas y el

sistema neural. Esta pgina incluye nuevos acercamientos informticos para la construccin de

bases de datos y herramientas para recolectar y analizar informacin de neurociencia.

Protein Structure Prediction Center

Link: http://predictioncenter.org/

Se trata de una pgina web que contiene en ella los avances de los CASP o Critical Assessment

of Protein Strcture Prediction y cuyo fin es el de ayudar al avance de la prediccin de las

estructuras de las protenas por medio de su secuencia.