tutorial marvin sketch

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“TUTURIAL SOBRE EL EDITOR MOLECULAR MARVIN SKETCH” Autor: Hernán Chuquimarca. Año 2013/04/10

Semestre: SéptimoA ESPOCH, Facultad de Ciencia, Escuela de Bioquímica y Farmacia

Modulo de Química Farmacéutica I Período: Marzo 2013-Agosto 2013

1. RESUMEN Los editores moleculares son programas de ordenador diseñados para dibujar moléculas y reacciones. Son imprescindibles para poder expresarse en química orgánica, permitiendo escribir reacciones y mecanismos, así hemos logrado recopilar la mayoría de información para crear un tutorial en el cual nos podamos manejar de mejor manera en este programa y así explicarlo al resto de nuestros compañeros siendo fuente de gran ayuda cuando se necesite escribir formulas estructurales y editarlas de la mejor manera. Palabras clave: Editores moleculares, editor químico, MarvinSketch, lienzo, átomos, dibujar enlaces, archivo, editar , ver, insertar, enlace, estructura, calcular, herramientas , ayuda.

2. INTRODUCCIÓN

MARVINSKETCH MarvinSketch es un avanzado editor químico, basado en java, que tiene la opción de guardar como imagen el trabajo realizado.

MarvinSketch es una herramienta basada en Java dibujo químico. MarvinSketch le permite crear y editar las moléculas en varios formatos de archivo incluyendo MDL mol, mol comprimido, sonrisas únicas, SMARTS, mol Sybyl, PDB, CML, XYZ, POV-Ray.

Marvin Sketch incluye muchas características avanzadas, tales como las estructuras recientes (es decir, la historia de la estructura), la colocación fragmento visual, reducción de la ambigüedad de niveles múltiples deshacer rehacer.

Los Applets Marvin son únicos en el sentido de que apoyan todas las plataformas Java, que van desde la antigua Java 1.0a Swing. Trabajan en los navegadores web más antiguos, pero si se encuentran en un navegador moderno, automáticamente utilizarlas nuevas características de Java.

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ABRIR Y GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLÉCULA

Puede abrir archivos existentes (de formatos de archivos compatibles), seleccione Archivo> Abrir de la barra de menús. Se carga el contenido del archivo de la molécula a Marvin y descartar los cambios no guardados.

PARA GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLÉCULA

Si hay más estructuras en enlienzo y elija usted opción Guardar como (o Guardar en caso de nuevas estructuras), el 'Salvar múltiples estructuras...'cuadro de diálogo aparecerá, que ofrece tres opciones

IMPRESIÓN

Puede imprimir una imagen de la molécula actual, elija Archivo> Imprimir. Si imprime desde un documento de una página, si el tamaño de su molécula (s) es más grande que el tamaño del papel, la cuadramos con la página

CÓMO DIBUJAR ÁTOMOS

CÓMO DIBUJAR ENLACES

CÓMO DIBUJAR CADENAS

LA FUSIÓN DE LAS ESTRUCTURAS

CÓMO DIBUJAR FLECHAS DE FLUJO DE ELECTRONES

Flecha electrones de flujo muestra la dirección real de movimiento de los electrones. Se puede señalar a partir de un átomo o enlace a un átomo distinto o incluso un enlace o vínculo incipiente (formado después de la transición de electrones).

ORDENADAS Y NO ORDENADAS MEZCLAS

Una mezcla no ordenada (indicado por "mezcla" en la parte inferior de la abrazadera derecha) consta de varios elementos desordenados (indicado por "c" en la parte inferior del soporte de la derecha).

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3. TEMAS A INVESTIGAR

3.1. Marvin Sketch

3.2. Creando una nueva molécula

3.3. Abrir y guardar un archivo de la molécula

3.4. Para guardar un archivo de la molécula

3.5. Para editar y guardar las propiedades de un átomo, molécula y enlace

3.6. Para guardar 'como imagen'

3.7. Impresión

3.8. Trabajar con documentos de varias páginas Molecular

3.9. Cómo dibujar átomos

3.10. Cómo dibujar enlaces

3.11. Cómo dibujar Cadenas

3.12. Plantillas

3.13. Brotación

3.14. La fusión de las estructuras

3.15. Reflejar una molécula

3.16. Transformaciones geométricas de Estructuras

3.17. Lanza una molécula

3.18. Inversión central de una molécula

3.19. Reacciones cómo dibujar Reacciones

3.20. Cómo asignar Reacciones

3.21. Cómo dibujar flechas de flujo de electrones

3.22. Varios grupos

3.23. Ordenadas y no ordenadas mezclas

3.24. Para dibujar un componente no ordenada

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MARVIN SKETCH Marvin Sketch es un avanzado editor químico, basado en java, que tiene la opción de guardar como imagen el trabajo realizado. Marvin Sketch tiene una alta compatibilidad con cada átomo. Los usuarios pueden asignar estereoquímica, carga, valencia, radicales e isótopos para cada átomo, enlaces individuales, dobles , triples y formas aromáticas son compatibles. Se puede adicionar campos de datos adicionales también pueden ser unidos a los átomos.

CREANDO UNA NUEVAMOLECULA

Una nueva molécula, en blanco se crea cuando se inicia por primera vez Marvin Sketch. Usted puede comenzar inmediatamente atrabajar con esta molécula. Una ventana MarvinSketchsólo puede contener una molécula a la vez , por lo que todo el trabajo que haces en el lienzo se considera parte dela misma molécula .Puede crear una nueva molécula, en blanco, en cualquier momento durante la sesión, seleccione:

Archivo> Nuevo>escritorio limpio de la barra de menú.

Esto limpiará e lescritorio y descartar los cambios no guardados en la molécula que usted estaba trabajando con(pero usted puede recuperar mediante la opción Deshacer).

La aplicación le permite trabajar con múltiples moléculas en varias ventanas, seleccione Archivo> Nuevo> Nueva ventana.

ABRIR Y GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLÉCULA

Para abrir un archivo

Puede abrir archivos existentes (de formatos de archivos compatibles), seleccione Archivo> Abrir de la barra de menús. Se carga el contenido del archivo de la molécula a Marvin y descartar los cambios no guardados.

Marque la casilla de verificación Mostrar vista previa para ver el contenido del archivo (moléculas, reacciones, consultas). Un solo elemento se muestra en la ventana de vista previa, el campo de texto en la parte inferior se muestra el índice de la estructura actual y el número de estructuras en el archivo. Cuando un archivo de estructura múltiple está seleccionada (por ejemplo sdf), los botones de navegación se activan. Sus funciones son: ir a primera, ir a la anterior, vaya al siguiente, vaya a

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durar. Tenga en cuenta que esta no es la selección que se estructura a abrir, le permite sólo para comprobar si este es el archivo que desea abrir.

También puede pegar las estructuras existentes de otras ventanas abiertas a la molécula, así como arrastrar y soltar un archivo de la molécula en la ventana de Marvin. Ambas acciones añadir la nueva estructura de la molécula actualmente abierto sin sobrescribir el contenido.

PARA GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLÉCULA

Puede guardar la molécula a cualquiera de los formatos de archivo compatibles. Esto le permitirá abrir y trabajar con esta molécula más tarde. El comportamiento por defecto del botón Guardares salvarla molécula en el mismo archivo que se abrió desde el mismo formato. Si desea cambiar el nombre del archivo formato, seleccione Guardar como. Si está trabajando con una nueva molécula, Save funcionará igual que en Guardar como.

Si hay más estructuras en el lienzo y elija usted opción Guardar como (o Guardar en caso de nuevas estructuras), el 'Salvar múltiples estructuras...'cuadro de diálogo aparecerá, que ofrece tres opciones:

Guardar como un archivo único que contiene todas las estructuras juntos Guardar como un archivo único que contiene todas las estructuras por separado

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Guardar todas las estructuras como archivos independientes (si existe esta opción filename_idx.formatlo sobrescribirá)

En esta última opción, la numeración de archivos molécula comienza en la esquina superior izquierda.

Si el formato de archivo seleccionado no es capaz de manejar más de una estructura, sólo las opción es primera y tercera se ofrecen. La aplicación de Guardar como en el caso de un archivo ya existente con múltiples moléculas y seleccionarla segunda opción lleva al cuadro de diálogo Sobre escribir con 5 opciones:

Si no se han realizado cambios en el archivo, las opciones segunda y tercera de la lista anterior no

aparecen.

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PARA EDITAR Y GUARDAR LAS PROPIEDADES DE UN ÁTOMO, MOLÉCULA Y ENLACE

Usted puede agregar, editar y guardar las propiedades de los átomos, enlaces y moléculas, sólo tienes que seleccionar la parte correspondiente y seleccione "Editar propiedades ..." opción en el menú contextual. Las propiedades adicionales se guardarán en el archivo que soporta características tales como MRV o SDF (en el caso de la propiedad única molécula). Puede visualizar las propiedades atómicas, poniendo en Menú> Ver>Misc> Propiedades Atom, las propiedades de los enlaces y la molécula no se puede mostrar en el lienzo en la actualidad.

PARA GUARDAR 'COMO IMAGEN'

La opción Guardar como imagen en el menú Archivo permite guardar una imagen de la molécula en el dibujante. Marvin es compatible con los siguientes formatos de imagen: JPEG, PNG, PPM, y SVG.

Por favor, tenga en cuenta que la imagen guardada no se pueden editar en Marvin.

IMPRESIÓN

Puede imprimir una imagen de la molécula actual, elija Archivo> Imprimir. Si imprime desde un documento de una página, si el tamaño de su molécula (s) es más grande que el tamaño del papel, la cuadramos con la página.

Si desea imprimir su molécula (s) de varias páginas, usted tiene que cambiar el tipo de documento de varias páginas del documento en Configuración de documento del archivo> ... y organizar las estructuras en las páginas.

TRABAJAR CON DOCUMENTOS DE VARIAS PÁGINAS

¿Cómo crear un documento de varias páginas?

Documentos de varias páginas moleculares ayudan a trabajar con grandes dibujos mediante la división en páginas. Usted puede crear un documento de varias páginas molecular eligiendo File�DocumentSettings ..., a continuación, comprobar en la casilla de verificación del documento de varias páginas.

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Puede ajustar el número de páginas horizontales y verticales en la parte Cuadrícula del documento, y también se puede definir el título, el tamaño de página y los márgenes en las secciones correspondientes de esta ventana de diálogo. Después de pulsar el botón Aceptar, los siguientes controles convertido automáticamente disponibles:

Los elementos en el menú Ver> Páginas están habilitados

Una barra de estado de navegación aparece en la parte inferior de la ventana

La estructura de las páginas a parecen en el lienzo, mientras que el título, los márgenes y los números de página se muestran en cada página

CÓMO NAVEGAR POR MÚLTIPLES PÁGINAS DOCUMENTOS MOLECULARES

La barra de estado de la navegación y los elementos en el menú Ver> Páginas sólo están disponibles si la casilla de verificación del documento de varias páginas se establece. La barra de estado contiene información sobre el número de página actual en un campo de texto y el número de todas las páginas de una etiqueta. También contiene una colección de botones para ayudar a su navegación rápida en el documento. Usted puede ir a la primera página, anterior, siguiente y último uso. Alternativamente, usted puede ir directamente a una página específica mediante la introducción de un número en el campo de página actual y pulsar enter.

Todas las posibilidades de navegación: ir a primera, anterior, siguiente, última página, específicos están disponibles en el menú Ver> Páginas también. Además, algunos de página automático zoom funciones también están disponibles en este menú, como por ejemplo:

Ver> Páginas altura> Ajustar página ajusta la altura de la página actual a la altura del lienzo.

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Ver> Páginas> Ajustar ancho de página se ajusta el ancho de la página actual a la anchura del lienzo.

Ver> Páginas del sitio>Fit se ajusta la altura y / o el ancho de la página actual para ver la página completa, y la coloca centralizó en el lienzo.

ESTRUCTURAS DE DIBUJO

Se pueden crear estructuras con átomos, enlaces y plantillas.

CÓMO DIBUJAR ÁTOMOS

Seleccione un átomo de la barra de herramientas de átomos, la ventana de diálogo Tabla Periódica , o por acceso directo.

Mueva el ratón en el lienzo molécula .Verá el símbolo del elemento seleccionado en la punta de tu cursor. Se puede colocaren la molécula haciendo clic izquierdo en el lugar deseado.

Marvin es químicamente inteligente. Se dará cuenta de hidrógenos implícitas y establecer el cargo de acuerdo a las reglas de valencia.

En el caso de los metales, las siguientes reglas aplican: elementos metálicos de la primera y de los grupos14-16a se añaden hidrógenos, otras aparecen como elementos simples como predeterminado.

Se puede sustituir cualquier átomo en la molécula mediante la colocación de un átomo denuevo en la parte superior de la misma.

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CÓMO DIBUJAR ENLACES

Seleccione un tipo de enlace con el botón de barra de herramientas Bond por acceso directo. Para enlazar dos átomos existentes, haga clic en una continuación, arrastre el cursor hasta el otro.

Marvin le permitirá dibujar un en la centre dos átomos en la molécula. Los errores de valencia se resaltarán (si dicha opción está activada).

Para dibujar un enlace de un solo átomo, simplemente haga clic en el átomo. Un átomo de carbono se añade en el otro extremo del enlace.

Si se agrega un enlace al espacio del lienzo en blanco, un átomo de carbono se agrega a cada extremo del enlace.

Puede reemplazar cualquier enlace en la molécula mediante la colocación de un enlace de tipo nuevo en la parte superior de la misma.

Tipos de enlaces también se puede cambiar con el menú de enlaces emergente.

Enlaces simples se puede cambiar a duplicar o triplicar haciendo clic izquierdo sobre ellos.

Herramienta Negrita está destinada a ser utilizado para presentaciones gráficas de moléculas .

Active la herramienta, haga clic en un enlace y se cambiará a negrita.

En el caso de un enlace simple, doble o aromático la herramienta mantiene el tipo de la unión durante clic múltiple.

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CÓMO DIBUJAR CADENAS

Puede dibujar cadenas de carbono fácilmente seleccionando el menú Insertar> Cadena o hacer clic

en el icono "Cadena Draw" ( ) de la "Herramientas" barra de herramientas. Para cadenas

curvadas clic en el icono . La dirección del crecimiento de la cadena sigue la ruta de ratón. El número de átomos de carbono puede ser aumentado o disminuido arrastrando el ratón. La dirección de estirado de la cadena se refleja sobre la base de la dirección de los movimientos del ratón

PLANTILLAS

Marvin Sketch proporciona varias estructuras químicas predefinidas, denominadas plantillas o las plantillas de la estructura. Se clasifican en grupos de plantillas, como los aminoácidos, etc

Los grupos de plantillas siguientes están disponibles en MarvinSketch por defecto:

� Anillos � Aminoácidos � Aromáticos � Bicíclicos � Poli cíclicos en puente � Éteres

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� Ciclo alcanos � Heterocíclicos � Poli cíclicos � Grupos de homología � Alpha D azúcares � Beta D azúcares � Desoxinucleósidos � Los flavonoides � Nucleobases � Nucleótidos � Los alcaloides verdaderos � Vitaminas � Mis plantillas

Las plantillas se pueden acceder a través de la barra de herramientas de plantillas avanzadas o a través de la opción Insertar> Plantilla Biblioteca elemento de menú.

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• BROTACIÓN

• Haga clic en un símbolo del átomo en la barra de herramientas o sistema periódico.

• Coloque el cursor sobre el átomo en el que desea añadir el átomo.

• Pulse la tecla Shift en el teclado y luego haga clic en el átomo. El nuevo átomo se une a un átomo.

Plantilla brote: se puede agregar la plantilla unida con un vínculo formado entre el seleccionado no primaria átomo y el punto de unión de la plantilla. De esta manera la adición de un sustituyente sólo reemplazar un átomo de hidrógeno en el átomo seleccionado y no el propio átomo. Esta función se limita la utilización de plantillas simétricas donde colocar la plantilla tiene sólo una posibilidad(por ejemplo, como para el fenilo).

Seleccione una plantilla de la barra de herramienta so desde la biblioteca de plantillas Al mover el cursor sobre un átomo , una imagen en color gris le mostrará la posición de la plantilla.

Haga clic izquierdo en el átomo colocará la plantilla.

Para cambiar el tipo de conexión (no brotan):

Seleccione una plantilla de la barra de herramientas ola biblioteca de plantillas.

Mueva el cursora la lonay se ciernen sobre un átomo.

Pulse la tecla Mayús y manteniéndola presionada, haga clic en el átomo.

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En ambos casos, se puede cambiar el ángulo de enlace mediante la rotación de la plantilla: manteniendo pulsado el botón izquierdo del ratón, mueva el ratón para girar la molécula, y lo liberan cuando la posición deseada.

Adición de una plantilla de ciclo hexanona un átomo de carbono secundario:

Adición de una plantilla de ciclohexanona un átomo de carbono secundario mientras mantiene pulsada la tecla Shift:

LA FUSIÓN DE LAS ESTRUCTURAS

Si usted desea formar una nueva estructura mediante la combinación de dos moléculas ya dibujadas, usted tiene la posibilidad de fusionarlos en pocos pasos. Esto comienza con la definición de los puntos de la concentración en tanto la plantilla y las moléculas de sustituyentes (1, 2 o 3 pares de ellos). Las coordenadas de la molécula plantilla 'no se cambian, sólo el sustituyente se cambia el tamaño, girar (en tres dimensiones) y se mueve para adaptarse a la plantilla.

Seleccione Asignar átomos en el menú Structure, Director Combinar submenú.

Haga clic y arrastre la flecha del átomo del sustituyente a la molécula plantilla. La flecha se numerará.

Une las moléculas seleccionando el comando Combinar en el menú Structure, Director Combinar submenú.

En el caso de la asignación de 1 o 2 pares de átomos, el sustituyente se selecciona después de la fusión y gire el en el modo 3D está activa y puede girar el sustituyente en torno a un eje:

En el caso de un enlace, este bono es el eje;

En el caso de dos enlaces, el eje es la bisectriz del ángulo de estos enla

En el caso de 3 enlaces tiene que elegir la x, y, o eje z, o definir el eje mediante la selección de dos átomos.

2 átomos

El eje de rotación se define por los dos puntos de conexión de la plantilla y el sustituyente. Ahora el usuario puede girar el sustituyente, y si algunos pares de átomos caen en el rango de fusión después de la rotación 3D, van a combinar.

Después de la rotación 3D, cualquier par de átomos que cae en el rango de fusión se fusionan. Si esta combinación segundo ocurre sólo en el par dseleccionada, y está sujeto a una acción de rotación segundo 3D, donde se define el eje de rotación del original y de los puntos de conexión nuevos. Ahora gire el sustituyente en torno a este eje nuevo, y de nuevo, si los pares de átomos caen en el rango de fusión después de la rotación 3D, que se fusionarán.

ASIGNACIÓN DE ÁTOMOS

1PAR

DE

ÁTOM

OS

En el caso de un enlace, este bono es el eje;

En el caso de dos enlaces, el eje es la bisectriz del ángulo de estos enlaces;

En el caso de 3 enlaces tiene que elegir la x, y, o eje z, o definir el eje mediante la selección de dos

El eje de rotación se define por los dos puntos de conexión de la plantilla y el sustituyente. Ahora el stituyente, y si algunos pares de átomos caen en el rango de fusión después

de la rotación 3D, van a combinar.

Después de la rotación 3D, cualquier par de átomos que cae en el rango de fusión se fusionan. Si esta combinación segundo ocurre sólo en el par de un átomo, el sustituyente permanece seleccionada, y está sujeto a una acción de rotación segundo 3D, donde se define el eje de rotación del original y de los puntos de conexión nuevos. Ahora gire el sustituyente en torno a este eje

los pares de átomos caen en el rango de fusión después de la rotación 3D, que

ÁTOMOS SELECCIÓN DE

ROTACIÓN PRODUCTO EN 3D

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En el caso de 3 enlaces tiene que elegir la x, y, o eje z, o definir el eje mediante la selección de dos

El eje de rotación se define por los dos puntos de conexión de la plantilla y el sustituyente. Ahora el stituyente, y si algunos pares de átomos caen en el rango de fusión después

Después de la rotación 3D, cualquier par de átomos que cae en el rango de fusión se fusionan. Si e un átomo, el sustituyente permanece

seleccionada, y está sujeto a una acción de rotación segundo 3D, donde se define el eje de rotación del original y de los puntos de conexión nuevos. Ahora gire el sustituyente en torno a este eje

los pares de átomos caen en el rango de fusión después de la rotación 3D, que

PRODUCTO EN 3D

2

PARES

DE

ÁTOM

OS

3

PARES

DE

ÁTOM

OS

REFLEJAR UNA MOLÉCULA

Aparte de voltear Marvin es capaz de Estas operaciones se pueden encontrar selección, la operación se ejecutará invierte .Reflejo horizontal perpendicular a la lona (de izquierda a y perpendicular a la lona (invertida

Espejo horizontal (al plano xz)

MOLÉCULA

es capaz de producir imágenes de espejo de las moléculaspueden encontrar en el menú Editar Transformaciónse ejecutará en todas las estructuras presentes en el lienzo.

significa que el espejo teórico es horizontalde izquierda a derecha), el reflejo vertical significa que el

invertida en espejo).

xz)

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las moléculas o partes de. Transformación>. Si no se hace la

lienzo. Estereo centros se horizontalmente se coloca

significa que el espejo es vertical

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Espejo vertical(para yz plano)

Reflejar una selección:

• Selecciona la parte de la molécula. • Haga clic en el lienzo vaya al menú Edición>Transformación.

• Haga clic en el comando.

Espejo toda la estructura sin selección:

• Vaya al menú Editar Transformación

• Haga clic en el comando.

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TRANSFORMACIONES GEOMÉTRICAS DE ESTRUCTURAS

Funciones geométricas de transformación (Invertir) se puede utilizar desde el menú principal "Editar> Transformación 'en la molécula entera o sólo de la parte seleccionada de la estructura

LANZA UNA MOLÉCULA

Puede que tenga que voltear la totalidad o parte de las estructuras. Estas operaciones se encuentra en el menú Editar Transformación>. Si no se hace la selección, la operación se puede ejecutar en toda la estructura (excepto para FlipGroup). La operación de flip es igual a una rotación de 180 ° alrededor de un eje horizontal o vertical en el plano del dibujo.

FLIP HORIZONTAL

(ALREDEDOR DEL

EJE Y)

FLIP VERTICAL

(ALREDEDOR DEL

EJE X)

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GIRAR 180 °

(EN EL PLANO DE

TELA, ALREDEDOR

DEL EJE Z)

• Giro horizontal Flip, Vertical, Girar 180 ° • Lanza una selección: • Seleccionar parte de la estructura.

• Haga clic derecho en la estructura o ir al menú Edición> Transformación. • Haga clic en el comando.

• Voltear la estructura completa sin selección: • Vaya al menú Editar Transformación>. • Haga clic en el comando.

• Nota: Si no hay estructura está seleccionada, el botón derecho en el lienzo no ofrecerá el comando flip.

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INVERSIÓN CENTRAL DE UNA MOLÉCULA

Esta característica refleja todos los compuestos en el lienzo o fragmentos seleccionados en 3D a un centro de inversión seleccionada. La quiralidad se cambia, todo se invierte R a S, y viceversa.

El centro de inversión es el centro geométrico de los átomos seleccionados: si hay más de un fragmento seleccionado, a continuación, todos los fragmentos se invierten por separado a su centro geométrico.

El centro de inversión es un átomo seleccionado: todos los fragmentos se dupliquen entre el átomo seleccionado.

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REACCIONES

CÓMO DIBUJAR REACCIONES

Puede colocar una flecha de reacción en la lona en cualquier momento, incluso en un lienzo en blanco. Sólo una de reacción se deja por molécula.

Seleccione el botón Insertar Reacción Flecha. Usted verá la flecha de reacción en la punta del cursor cuando se mueve el ratón en el área del lienzo.

Haga clic en la ubicación de la cola de la flecha.

Arrastre el ratón y la liberación en el lugar de la cabeza.

Una vez que se ha colocado una flecha de reacción en el lienzo, Marvin Sketch considera cada parte de la molécula en relación con la reacción. Todas las partes de la molécula que se encuentran antes de la flecha se consideran reactivos. Cada molécula después de la flecha es un producto, y los colocados a lo largo de la flecha se consideran agentes. Puede alinear y / o distribuir los objetos del esquema de reacción mediante la selección de la correspondiente opción en menú Edición> Objeto. Los centros de los objetos serán considerados durante el alineamiento / distribución de los objetos. Nota fragmentos seleccionados de los agentes y los textos se mueven junto con la flecha mientras mantiene la distancia entre ellos.

CÓMO ASIGNAR REACCIONES

La herramienta de flecha proporciona la forma más fácil de instrucciones para mapear reactivo correspondiente y átomos de productos. Seleccione la herramienta flecha, mantenga pulsado el

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botón izquierdo del ratón sobre un átomo reactivo, y arrastrarlo al átomo de producto correspondiente. El número mismo mapa se añade a ambos átomos de marcaje, que representan el mismo átomo en los dos lados del esquema de reacción. Herramienta similar "Manual Atom Mapa" se pueden agregar personalización. También hay métodos abreviados de teclado para el mapeo. Tipo m8, por ejemplo, y hacer clic en un átomo. Atom mapa 8 se asigna a ese átomo. Marvin contiene una herramienta Auto Mapper también (disponible como Estructura> Cartografía> Átomos Mapa) números asignación del mapa a todos los átomos seleccionados de una reacción automática. Mapa números de los átomos seleccionados pueden ser removidos por la Estructura> Cartografía> un map Átomos elemento de menú o escribiendo m0 para los átomos seleccionados.

CÓMO DIBUJAR FLECHAS DE FLUJO DE ELECTRONES

Flecha electrones de flujo muestra la dirección real de movimiento de los electrones. Se puede señalar a partir de un átomo o enlace a un átomo distinto o incluso un enlace o vínculo incipiente (formado después de la transición de electrones).

• Seleccione el tipo de flecha (caudal o flujo de electrones solo par de electrones). (Menú: Insertar> Flujo de Electrones)

• Mueva el cursor sobre un enlace o un átomo de la estructura sobre el lienzo, haga clic sobre él. (Será la fuente del flujo de electrones.)

• Seleccione el destino: mover el ratón hasta el destino y haga clic en él.

VARIOS GRUPOSVARIOS GRUPOSVARIOS GRUPOSVARIOS GRUPOS

Varios grupos se utilizan para representar una parte repetida en una estructura con una forma más corta. Para crear un grupo múltiple, haga clic en la herramienta de grupo en la barra de herramientas y seleccionar la estructura en cuestión. Aquí puede especificar un número positivo repitiendo dependiendo de cuántas veces desea que la estructura se repita.

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ORDENADAS Y NO ORDENADAS MEZCLAS

Una mezcla no ordenada (indicado por "mezcla" en la parte inferior de la abrazadera derecha) consta de varios elementos desordenados (indicado por "c" en la parte inferior del soporte de la derecha). Para estos tipos de mezclas, el orden de adición durante la preparación no es importante. Ejemplo:

Mezclas ordenadas, por otro lado contienen componentes ordenados, que definen el orden de adición. Ejemplo:

PARA DIBUJAR UN COMPONENTE NO ORDENADA

• Dibujar las estructuras que forman la mezcla. • Para definir una estructura como un componente de una mezcla, haga clic en la herramienta

de grupo en la barra de herramientas, a continuación, seleccione la estructura.

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• En la opción "Crear grupo" ventana de diálogo seleccione "Componente (c)" de la lista "Tipo".

• La "Orden" campo debe estar vacío o contenga "ninguna". Si el "orden" de campo ya contiene un número, simplemente borrarla (se puede escribir "ninguno" también).

Haga clic en Aceptar.

BIBLIOGRAFÍA

MarvinSketch. Easy chemical structure, query and reaction drawing, Consultado el 08-04-2013,

Recuperado de www. http://www.chemaxon.com/anim/sketch-anim.html

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