sistema de información y codificación · digital y gestión del conocimiento para todo ello:...
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Sistema de información y
codificación Marcial García Rojo
Hospital General Universitario de Ciudad Real. Spain
XXVI Congreso Nacional de la SEAP-IAP
Cádiz, 23 de mayo de 2013
Sistemas de información de
Anatomía Patológica
Tres grandes retos: interoperabilidad, imagen
digital y gestión del conocimiento
Para todo ello: interoperabilidad semántica
que se basa en intercambio de información
estructurada en todo el proceso (y no sólo en
codificación de diagnósticos)
Propuesta: Utilizar SNOMED CT por su
amplio contenido (casi 350k conceptos) y las
relaciones entre los conceptos
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Los ladrillos que componen SNOMED CT
Conceptos
Los anclajes para el significado. Jerarquías.
Descripciones
Son los términos (cadenas de caracteres legibles) usados para expresar el significado de los conceptos en lenguaje natural
Relaciones
Enlace concepto-con-concepto usado para expresar información en lenguaje entendible por máquinas
Objetivo principal: Significado con lógica formal
Además: controlar términos obsoletos, representar “hechos” variables, ayudar a post-coordinación sugiriendo calificadores válidos
Contenidos de SNOMED CT
Hallazgos/conclusiones/evaluaciones Trastornos Hallazgos clínicos (por lugar, método, función)
Procedimientos Planes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías
Especímenes Estructuras anatómicas
Estructuras normales (anatomía/ topografía) Estructuras anormales (patología/ morfología)
Función (incluso habilidades y propiedades) Organismos Vivos Sustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos) Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión) Ocupaciones Contexto social y demográfico General (contexto, localización, estadificación) Otros (relaciones espaciales, unidades)
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311.000 Conceptos
794.000 Descripciones
1,300.000 Relaciones
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Concepto como un contenedor
Conceptos
ConceptID 29384001 (trastorno del estómago)
Descripciones:
trastorno del estómago (trastorno)
trastorno del estómago
enfermedad gástrica
enfermedad del estómago
Relaciones:
es un[a] hallazgo gástrico
es un[a] trastorno del abdomen
es un[a] trastorno del tracto gastrointestinal superior
sitio del hallazgo: estructura del estómago
SNOMED CT en Patología hoy
• Codificar informes en texto libre
• Informes estructurados (CAP cancer checklists)
• Codificar imágenes (almacenamiento/búsquedas)
• Petición electrónica de estudios a Patología
• Historia clínica electrónica (orientada Pacientes)
• Integración de autoteñidores
• Sistemas de ayuda a toma de decisiones
• Registros de tumores
• Biobancos
• Bases de datos de autopsias
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SNOMED II frente a CT
SNOMED II
• Listas de códigos
• Code id con significado
• Jerarquías simples (P,
T, E, M)
• Orientado a Patología
(muestras)
SNOMED CT
• Concepto, Atributo, Relación
• Code id secuencial
• Jerarquías complejas (19) y
> 40 subjerarquías
• Orientado a Clínica
(paciente)
SNOMED
SNOMED CT. Muestras y
diagnósticos
Subconjunto de
muestras y
procedimientos.
Reglas
Implementación de SNOMED CT en diagnóstico: Jerarquías:
Morphology (Abnormal body structure), Clinical findings, Qualifiers, …
Citología: Bethesda y SNOMED CT
Informes estructurados y SNOMED
CT
Codificación de informes estructurados CAP
(Colegio Americano de Patólogos) y modelo IHE
(Integrating Heathcare Entrerprise). Checklists.
Codificación de la pregunta (entidades
observables) y la respuesta (Finding, Disorder,
or Morphologic Abnormality).
Sistemas de información y SNOMED CT
(VitroPath, Patwin, GestPath y otros)
Codificar muestras
Web SEAP-IAP : http://www.seap.es/snomed-ct
Participación de 8 hospitales.
Criterios para clasificar muestras (sin considerar carga de trabajo o diagnóstico) 1. Localización anatómica (piel)
2. Procedimiento de obtención o intención: En biopsias Biopsia superficial (punch, tru-cut or aguja gruesa)
Biopsia por incisión
Enucleación
Escisión completa (generalmente con tejido adyacente)
Resección parcial de órgano
Extirpación completa de órgano
Extirpasción d eórgano y estructuras adyacentes (linfadenectomía)
Resección especial (Whipple, abdominoperineal,…) o método (estereotáctica, endoscópica)
Specimen and Procedures subset
Reglas de postocoordinación
Refinamiento (C:A=V) (C:A1=V1,A2=(V2),…,An=Vn)
Muestras:
a. specimen : specimen procedure (attribute) = procedure
b. specimen : specimen source topography (attribute) = body structure
c. specimen : specimen source topography (attribute) = body structure , specimen procedure (attribute) = procedure
Procedicmientos: procedure : procedure site - Direct (attribute) = body structure
DIAGNÓSTICOS. ¿Qué jerarquía
utilizar?
81% conceptos precoordinados
Morfología – Abnormal body structure ¡Solo 44% de los códigos de diagnóstico!
Hallazgos clínicos 48% de los códigos
Qualifiers, normal anatomic structures, procedures, physical object, substance, organism 10% de los códigos
Citología: códigos morfológicos Anomalías de Células Epiteliales 373886001 Estructura
corporal
Células Escamosas 80554009 Estructura corporal
• Células escamosas atípicas (ASC) 69740004 Estructura corporal
- de significado indeterminado (ASC-US) 39035006 Estructura corporal
- no puede excluirse HSIL (ASC-H) 373878001 Estructura corporal
• Lesión intraepitelial escamosa de bajo grado (LSIL)
comprendiendo: HPV/displasia leve/CIN 1
112662005 Estructura corporal
• Lesión intraepitelial escamosa de alto grado (HSIL)
comprendiendo: displasia moderada y severa, carcinoma
in situ (CIS)/CIN 2 y CIN 3
22725004 Estructura corporal
- con características sospechosas para invasión (si la
invasión es sospechada)
373879009 Estructura corporal
• Carcinoma de células escamosas 28899001 Estructura corporal
Dos tipos de informes
Informes normalizados y SNOMED CT
Conclusiones
SNOMED CT debe mejorar su organización de conceptos (anatomía patológica debe ser distinto a hallazgo clínico y es algo más que “estructura anatómica anormal”
SNOMED CT puede ampliar la lista de conceptos si los patólogos participan (subconjunto en Cataluña)
Los sistemas de información pueden integrar informes estructurados con SNOMED CT
Deben permitir usar conceptos postcoordinados
Deben mejorar la gestión de relaciones entre conceptos para simplificar búsquedas.