La obra se ambienta en Kllac, un pueblo imaginario de Cusco, a mediados del siglo XIX. Alrededor de su plaza viven las familias poderosas (hacendados, comerciantes y autoridades), y alrededor estn las casitas humildes de los indios (agricultores y pastores).

Los recin llegados esposos Fernando y Luca Marn (dueos de una mina de plata) tratan de ayudar al indio Juan Yupanqui y su esposa Marcela, quienes eran agobiados por deudas que eran obligados a contraer por los comerciantes laneros en complicidad con las autoridades. Tambin le deban al cura Pascual por misas y rezos. El mal sacerdote les embargaba cosechas y obligaba a Marcela a limpiar la iglesia.

Le pidieron al cura Pascual que condone la deuda y al gobernador Sebastin Pancorbo que acabe con los abusos, pero ambos defendieron el orden establecido diciendo que la costumbre es ley. Poco despus el cura y el gobernador tramaron un plan para matar a los esposos entrometidos. Simularon un robo en la iglesia y corrieron la voz de que los sacrlegos se escondieron en la casa de los Marn. La muchedumbre enardecida y algunos infiltrados atacaron la casa. Defendiendo a los Marn muri Juan Yupanqui y su esposa Marcela qued agonizante. Antes de morir la india le encomend sus dos hijas a doa Luca y le cont un secreto sobre el verdadero padre de su hija mayor llamada Mariana.

Por aquellos das haba llegado al pueblo el joven Manuel, hijastro del gobernador y estudiante de Derecho. l hizo averiguaciones y supo que su padrastro estaba involucrado y lo convenci de renunciar. Poco despus el cura Pascual enferm de tifoidea y muri huyendo a otra ciudad.

No tard en llegar el nuevo gobernador Bruno de Paredes, quien era tan abusivo y lujurioso como su predecesor. Don Fernando Marn, para proteger a su esposa embarazada, decide regresar a Lima llevando tambin a las dos hijas de Juan y Marcela. El joven Manuel se qued en Kllac para tramitar la libertad de Isidro Champi, un indio que haba sido encarcelado injustamente por el gobernador Paredes. Al conseguirlo fue detrs de los Marn con la intencin de pedirles la mano de Mariana, la hija mayor de los Yupanqui. Los jvenes se haban conocido en Kllac y estaban muy enamorados.

Reunidos todos en el Hotel Imperial, el joven Manuel les cont que no era hijo del ex gobernador Pancorbo, uno de los asesinos de los padres de Mariana, sino de un cura de Kllac ya fallecido llamado Pedro Miranda y Claro. Entonces los Marn tuvieron que contar el secreto que Marcela les dijo en su lecho de muerte: Mariana no era hija de Juan Yupanqui, sino del cura Pedro Miranda y Claro. Entonces, Manuel y Mariana eran hermanos, y se haban enamorado sin saberlo. Su amor era imposible.

As termina la novela que se titula Aves sin nido en alusin a los jvenes Manuel y Mariana, que por ser hijos de un cura fueron privados de un hogar verdadero y de la verdad sobre sus orgenes.