PROTOCOLOS DE ADQUISICIN DE ATLAS MTODOS DE REGISTRO NO RGIDO

PROTOCOLOS DE ADQUISICIN DE ATLAS.MTODOS DE REGISTRO NO RGIDOJos Mara Sanz SanzETSIDI-UPMContenidos de la presentacinProtocolos. Estado de la tcnicaLocalizacin de atlas para ADRegistro no rgido. Estado de la tcnicaPatch-labelingDesarrollos futuros

Protocolos de adquisicin. ADNI (I)Alzheimers Disease Neuroimaging InitiativeObjetivos: Establecer una base de imgenes del cerebro.Adquisicin de imgenes usando protocolos.

Protocolos de adquisicin. ADNI (II)

Protocolos de segmentacin. HarPHarmonized Hippocampal ProtocolObjetivos:Definir un modelo del hipocampo.Establecer un protocolo de segmentacin.

Protocolos de segmentacin. HarP

Localizacin de atlas para ADBase de 134 atlas tomados de ADNI y HarP.

Registro no rgido. elastixBasado en ITK.Reduce el registro de imgenes a la optimizacin de una funcin de coste.

Es modular y muy verstil.

Registro no rgido. ANTs y AHEADUtiliza herramientas de registro de ITK.Verstil.AHEADPreparacin del directorio de trabajo.Registro rgido usando FSL FLIRT.Registro no rgido con ANTs.Preparacin del proceso de votacin.Votacin con pesos (Weighted Voting WV).Correccin de la segmentacin.Guarda los resultados finales.Registro no rgido. Patches (I)Patch: Conjunto de vxeles vecinos.Coup et al.Anlisis en intensidad entre la imagen paciente y los atlas (nonlocal means).

Fusin de los etiquetados obtenidos.

Registro no rgido. Patches (II)Rousseau et al.Grafo con pesos que relaciona las imgenes.Pairwise: Registra cada imagen.Groupwise: Fusiona los atlas.Pointwise: Una etiqueta por atlas.MultipointObtiene etiquetados para todo el patch.Consigue varios etiquetados por vxel.Fusin por mayora (MV).Fast-multipoint (ms rpido que ANTs)

Patch-labeling. Platero, C. (I)Combinacin de registro no rgido y patch-labeling.Registro no rgidoRegistro de los atlas a la imagen paciente.Fusin de etiquetas basada en corte de grafos.Patch-labelingRegistro afn de atlas.Seleccin de los patches ms significativos.Multipoint

Patch-labeling. Platero, C. (II)Optimizacin del cdigo mediante funcin MEX.La funcin MEX engloba el clculo de la medida de similitud (ss) para hacer multipoint.Resultados en Lyapunov:

ROI 1ROI 2MediaDesviacin EstndarMediaDesviacin EstndarMATLAB11,51831,290710,41580,8235MEX11,52462,328110,03071,797513Desarrollos futurosProcesamiento de los atlas ADNI-HarP.Localizacin de imgenes rotadas.Mejorar el algoritmo de patch-labeling.Estudiar el algoritmo AHEAD.Bibliografa[2] Jack, C.R., Bernstein, M.A., Fox, N.C., Thompson, P., Alexander, G., Harvey, D., Borowski, B., Britson, P.J., L Whitwell, J., Ward, C., et al.: The alzheimer's disease neuroimaging initiative (adni): Mri methods. Journal of Magnetic Resonance Imaging 27 (2008) 685{691[3] Boccardi, M., Bocchetta, M., Apostolova, L.G., Barnes, J., Bartzokis, G., Corbetta, G., DeCarli, C., Firbank, M., Ganzola, R., Gerritsen, L., et al.: Delphi definition of the eadc-adni harmonized protocol for hippocampal segmentation on magnetic resonance. Alzheimer's & Dementia (2014)[4] Klein, S., Staring, M., Murphy, K., Viergever, M.A., Pluim, J.P.: Elastix: a toolbox for intensity-based medical image registration. Medical Imaging, IEEE Transactions on 29 (2010) 196{205[6] Suh, J.W., Wang, H., Das, S., Avants, B., Yushkevich, P.A.: Automatic segmentation of the hippocampus in t1-weighted mri with multi-atlas label fusion using open source software: Evaluation in 1.5 and 3.0t adni mri. International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM) conference (2011)[7] Coup, P., Manjn, J.V., Fonov, V., Pruessner, J., Robles, M., Collins, D.L.: Patch-based segmentation using expert priors: Application to hippocampus and ventricle segmentation. NeuroImage 54 (2011) 940{954[8] Rousseau, F., Habas, P.A., Studholme, C.: A supervised patch-based approach for human brain labeling. Medical Imaging, IEEE Transactions on 30 (2011) 1852{1862[10] Platero, C.: Combining patch-based strategies and non-rigid registration-based label fusion methods. (Pending publication) (2015)