Informe Final

Técnico y Financiero

Donaciones para la Digitalización de Datos Red Temática de Especies y Especimenes

Preparado por:

Fidel E. Jaramillo A. Círculo Herpetológico de Panamá

4/marzo/2008

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LA DIGITALIZACIÓN DE DATOS DE LOS ESPECIMENES DE ANFIBIOS Y REPTILES DEL CIRCULO HERPETOLÓGICO DE PANAMÁ

1. Resumen Ejecutivo

A la fecha, el 90% de los registros de especimenes, de la colección de anfibios y reptiles del Círculo Herpetológico de Panamá, está introducido en la base de datos (4949 especimenes introducidos de un total de 5503). Estos 4949 especimenes representan el 100% del compromiso adquirido con este proyecto (incorporar por lo menos 4900 especimenes digitalizados). En el diseño de esta base usamos los 5 campos obligatorios del estándar Darwin Core versión 1.21 (que es la versión usada en GBIF, MaNIS, HerpNet, OrNIS, y FishNet2); además, añadimos dos campos obligatorios de la versión 1.3 (BasisOfRecord y GlobalUniqueIdentifier) porque fueron consideradas convenientes por nosotros. Igualmente, incluimos 34 campos relacionados a la colecta (colector y fecha), ubicación geográfica (desde lo más general hasta lo específico), elevación, categorías taxonómicas (desde reino hasta especie) y aspectos generales relativos al espécimen (sexo, estado reproductivo, cualidades de coloración en vida de especimenes y notas de campo con información de conducta y ecología). Información que no estaba anotada en los registros, tal como distrito, corregimiento, categorías taxonómicas como orden y familia, fueron añadidas. Una de las principales dificultades fue la revisión de cada espécimen, registro por registro. Al ser tantos campos con información tan diversa, consumió mucho tiempo verificar la fidelidad de la información digitalizada con la de los registros manuales. Esto, en gran parte porque la información manual no estaba separada en categorías (campos) sino que era un gran “lote” de información. Finalmente, uno de los logros alcanzados con este proyecto ha sido justamente la categorización de nuestra información, de tal forma que ahora podemos generar informes de acuerdo a necesidades concretas, rápidamente. Executive Summary To date, 90% of the specimen records of amphibians and reptiles from the Círculo Herpetológico de Panamá have been introduced in a database (4949 introduced specimens out of 5503 total). These 4949 specimens represent the 100% of the agreement to achieve at least 4900 digitized specimens. This database has 5 obligatory fields from the standard Darwin Core version 1.21 (i.e., the version used in GBIF, MaNIS, HerpNet, OrNIS, and FishNet2). In addition, two obligatory fields were incorporated from version 1.3 (BasisOfRecord and GlobalUniqueIdentifier), because they were considered to be convenient for us. Similarly, our database includes 34 fields related to the collection (collector´s name and date), location (from the general to the specific locality), altitude, taxonomic categories (from Kingdom to species), and other information associated to the specimen (i.e., sex, reproductive state, color in life, and field notes on behavioral and ecological observations). Additionally, we have added other information that did not appear on our records (e.g., district and

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corregimiento of the localities, taxonomic categories such as Order and Family. One of the main difficulties was the revision of each specimen record by record. Due to the numerous data fields and highly diverse information, the verification process of the introduced records to the written records in the catalog consumed too much time. In the catalog, the information was not segregated by field categories, instead was written as an information “block”. Finally, one of the achievements that we have attained with the completion of this project is precisely the classification of our information. This will allow us to generate reports according to specific needs, quickly. 2. Resultados de los productos programados y alcances del proyecto El primer producto del proyecto consistió en un diseño de la base de datos, según los estándares de la REyE (usamos el estándar Darwin Core 1.21; los campos principales que la constituyen se encuentran en el anexo 1. Esta versión final presenta habilitados algunos campos que habíamos bloqueado en la versión inicial, porque no los estábamos usando (tales como Phylum, DecimalLongitude, DecimalLatitude, Attribute y RelatedInformation). El segundo producto alcanzado es la propia base de datos de CHP, que cuenta en este momento con 4,949 registros de especimenes digitalizados (ver anexo 2). Esta está disponible a través de Internet, en la página Web del CHP. Para esto se implementó el uso del TapirLink, que es el software proveedor de datos suministrado por la REyE,. Adjuntamos al presente informe un archivo de Microsoft Access (CHP_BDatosFinal.mdb) que es copia de nuestra base de datos. Un tercer producto del proyecto es la existencia de una página Web con información resumida acerca de nuestra organización, nuestros fines y logros; además, el acceso gratuito de la información de 28 años de CHP contenido en nuestra base de datos. Para asegurar la permanente actualización de esta página nos unimos en esfuerzo con la oficina de Bioinformática del Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales (STRI, por sus siglas en inglés). Por muchos años, el CHP ha estado asociado directamente con STRI; aunque CHP no es una parte de STRI, esta institución nos ha proporcionado una gran parte del apoyo logístico para desarrollar nuestras actividades. Por eso nuestra página Web, aparece también ligada a la dicha institución. La vía para llegar a nuestro sitio Web es:

• http://biogeodb.stri.si.edu/bioinformatics/chp Con respecto a la disponibilidad de la información, la información sensitiva para nosotros tal como los datos de registro de localidad de especies nuevas (salamandras, algunas Anolis, y algunas ranas del género Pristimantis y Craugastor), las especies que estamos estudiando en estos momentos, las poblaciones amenazadas (como las especies del género Atelopus, etc.), hemos omitido tal información en la base de datos. En estos casos, sólo aparecerá el

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número de registro del espécimen y su nombre científico (si es el caso) y otra información, pero no las localidades de ellas. El principal alcance del proyecto, desde el punto de vista de CHP, es que un gran volumen de información registrada manualmente y no muy organizada, muy completa pero poco práctica para ser consultada (porque encontrar alguna información representaba a veces un gasto de mucho tiempo, revisando los catálogos uno por uno, hasta encontrar lo que se necesitaba), ahora se puede consultar rápida y fácilmente. Sólo en cuestión de pocos segundos podemos generar tablas comparativas de especies, por localidad (o regiones) u otras cualidades. Podemos consultar la información en cualquier sitio, ya que el archivo de la base de datos se puede grabar en un Disco compacto (CD) o se puede transportar en una unidad de memoria USB, cuando antes era tedioso y molesto mover uno o más catálogos (ver anexos 3 y 4). Otro gran alcance es que información muy valiosa acerca de la herpetofauna panameña está accesible a través de Internet, gratuitamente. En esta forma el resto de los científicos que tienen interés en el estudio y conservación anfibios y reptiles, así como instituciones públicas y privadas, podrán consultar y obtener información sobre especies y especimenes de la colección más grande de anfibios y reptiles de la República de Panamá. De esta colección hay múltiples referencias en la bibliografía de anfibios y reptiles. Varios holotipos encontrados en el Museo de Vertebrados de la Universidad de Panamá fueron donados por CHP a dicha institución; a la vez, que poseemos varios paratipos de especies de anfibios y reptiles (igualmente citados en la bibliografía). Una consecuencia indirecta de este proyecto fue que también permitió organizar la colección de CHP (ver anexos 5, 6, 7). 3. Metodología empleada y actividades llevadas a cabo para alcanzar los

productos programados En cuanto a la metodología y actividades realizadas para alcanzar los productos que se presentan a la fecha:

a) El técnico en informática tomó cada uno de los libros de registro con la información de campo que correspondía a los especimenes, y la fue introduciendo en la base de datos.

b) El investigador principal, paralelamente estuvo cotejando la información presente en la base de datos, recorriendo campo por campo, con los libros de registro (anexo 8)..

c) En los libros de CHP hubo casos en donde sólo se mencionaba un número de registro que correspondía a un espécimen, sin mencionar el nombre de la especie ni la categoría taxonómica de Clase. Esto obligó a buscar frasco por frasco, hasta encontrar los especimenes para así poder determinar si son anfibios o reptiles. Esta situación ocurría en los casos de animales no identificados hasta el nivel de especie. Algunos casos como el señalado, han resultado ser nuevas

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especies que se han ido publicando (por miembros de CHP o por otros especialistas que han revisado nuestros especimenes).

d) Los dos consultores de CHP han estado colaborando con las consultas del técnico y la del investigador principal. Especialmente en cuanto a los nombres de las especies y otras categorías taxonómicas. A su vez, dándole un vistazo a la información presente en la base de datos, y así verificar la fidelidad de la información.

e) Se realizó una ronda de verificación de datos, una vez que concluyó el proceso de introducción de la información en la base de datos. Se está realizando una segunda ronda de verificación para asegurarnos que no se hayan pasado detalles o se presenten equivocaciones (esta segunda revisión está siendo realizada por el investigador principal y los dos consultores.

f) Dos voluntarios “escanearon” todos los libros de registro en formato PDF. Estos archivos PDF constituyen una forma de tener un respaldo adicional de la información manual de los libros.

4. Lecciones aprendidas, problemas y soluciones viables

Igual que en el informe anterior, reitero que al iniciar este proyecto sabíamos que esta labor no iba a ser fácil, por la enorme cantidad de información que acumulamos en 28 años de colección e investigación, y por la forma algo dispersa como la teníamos almacenada. Sin embargo, este proceso hacia la digitalización de la información fue más laborioso de lo que en algún momento pudimos imaginar. Paralelamente a la base de datos principal, hemos estado trabajando con archivos más pequeños, en donde ya se han estado añadiendo los registros de los especimenes nuevos, en forma digitalizada directamente. Posteriormente, Estos archivos serán unidos al de la base de datos principal. Ya en esta fase, los problemas son mínimos. Los principales problemas estuvieron en el proceso hacia la completa digitalización de la información. Especialmente cuando comenzaron a aparecer registros duplicados de animales diferentes (exactamente el caso de un sólo número identificador de espécimen, y en los registros aparecían dos especimenes con el mismo número). Esto llevó a cambiar etiquetas para asignar una numeración única para cada espécimen. Otra situación, incómoda y preocupante, fue el de casos en donde varias parejas de animales compartían un solo número y un solo registro. Ejemplo, cuando el registro decía que el espécimen era una salamandra, pero teníamos una salamandra y una serpiente con el mismo número, la pregunta lógica era ¿entonces en dónde esté el registro de la serpiente? Esto afectó el proceso de introducción de datos hasta resolver el problema. Ahí, pudimos recordar intentos anteriores de digitalizar la información, alrededor del año 1985. De este intento primer intento no hay soporte digital, sólo quedan una hojas amarillentas que contienen la información impresa (única) de estos especimenes (ver anexo 9).

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Algunas soluciones para el futuro, ante una eventual pérdida de la información es realizar semanalmente copias de respaldo de la base de datos (“BackUp”). Adicionalmente, hacer copias en Disco Compacto quincenalmente. Siempre es posible un daño en un disco duro u otro tipo de daño en el computador que contiene la información; pero con estas copias de respaldo es sumamente seguro tener asegurada la integridad de la información.

5. Fondos de Contrapartida:

Ver archivo adjunto: ParallelFinancingReportingFormspa.xls.

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6. Reporte Financiero: Ver archivo adjunto: ReporteDeGastos.xls

ORGANIZACION DE LOS ESTADOS AMERICANOS REPORTE DE GASTOS No. 2

INSTITUCION: CIRCULO HERPETOLOGICO DE PANAMA FECHA: 4 DE MARZO DE 2007

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Item No.

Nombre del rubro y descripción del gasto

Numero de referencia

Ubicación (País)

Monto original del

gasto (equivalente en Dólares)

% Financiado

por SG/OEA

Pagos acumulados

ya reportados

Fecha de Pago Monto a

reportar en este

informe

1 TECNICO EN INFORMATICA No.1 (CONSTRUCCION DE

BASE DE DATOS E INGRESO DE DATOS)

3439-3440-3445-

3473-3474

PANAMA 3,000.00 100% 2,400.00 JUL, AGO, SEPT, OCT, NOV 2007 600.00

2 TECNICO EN INFORMATICA No.2 (CONSTRUCCION DE

BASE DE DATOS E INGRESO DE DATOS)**

1,2,3 PANAMA 1,800.00 100% - DIC 2007; ENE, FEB, 2008 1,800.00

3 INVESTIGADOR PRINCIPAL (REVISION Y CORRECCION

DE LA BASE DE DATOS) 1,2,3,4,5 PANAMA 4,000.00 100% 2,000.00 JUN, JUL, AGO,

SEPT, OCT 2007 500.00

4 ADMINISTRACION DEL PROYECTO (MANEJO

ADMNIST. Y ELABORACION DE INFORMES)

34, 35 PANAMA 600.00 100% 300.00 SEPT 2007; FEBRERO, 2008 50.00

TOTAL $2,950.00

**El primer técnico no pudo continuar con nosotros hasta el final del proyecto; por tal motivo, tuvimos que contratar a un segundo técnico que concluyera el trabajo.

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7. Anexos

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Anexo 1: Campos de DARWIN CORE 1.21 que finalmente están incluidos en esta base de datos (41 campos con información)

Campos Incluidos: GlobalUniqueIdentifier*

DateLastModified BasisOfRecord InstitutionCode CollectionCode CatalogNumberText CatalogNumberNumeric Collector YearCollected MonthCollected DayCollected TimeCollected FieldNotes ContinentOcean WaterBody IslandGroup Island Country StateProvince County Locality

DecimalLongitude DecimalLatitude

MinimumElevationInMeters MaximumElevationInMeters ScientificName Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species Sex Preparations Tissues AgeClass Attributes OtherCatalogNumbers RelatedInformation Remarks

*GlobalUniqueIdentifier está añadido aquí, pero pertenece a Darwin Core v.1.3.

Nota: Nuestra base de datos también contiene otros campos de Darwin Core 1.21 que no fueron anotados arriba. En la actualidad, estos otros campos no tienen información; pero están listos para cuando los necesitemos.

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Anexo 2: Base de datos de CHP, producto de este proyecto, lista para facilitar el proceso almacenamiento y búsqueda de información.

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Anexo 3: Catálogos de registro manual de 28 años de colección del Círculo Herpetológico de Panamá.

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Anexo 4: Primer libro de registro de el Círculo Herpetológico de Panamá. Tiene 28 años de antigüedad y es el más deteriorado.

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Anexos 5: Vista de la colección de referencia de anfibios y reptiles de Panamá del Círculo Herpetológico de Panamá.

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Anexos 6: Otra vista de la colección de referencia de anfibios y reptiles de Panamá del Círculo Herpetológico de Panamá.

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Anexos 7: Vista de algunos especimenes de la colección del Círculo Herpetológico de Panamá.

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Anexos 8: Proceso de verificación de datos. En una pantalla esta la versión “escaneada” de uno de los libros de registro de información de CHP. En la computadora portátil está la base de datos. Se comprueba que lo que está contenido en el libro sea igual que la información en la base de datos.

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Anexos 9: Primer intento de digitalización de la información del Círculo Herpetológico de Panamá. Esto se realizó en el año 1985; de este esfuerzo no hay ningún respaldo digital, sólo las páginas amarillentas que se ven aquí.

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