II Jornadas de Usuarios de R

Usando de forma segura R va web con TikiXavier de Pedro*, lex SanchezDepartamento de EstadsticaUniversitdad de Barcelonahttp://estbioinfo.stat.ub.esXavier.dePedro@ub.edu

Introduccin

Nuestras necesidades

GUI's Web para R

Tiki y el nuevo PluginR

Ejemplos y casos de uso

Trabajo futuro

Usando de forma segura R va web con Tiki. Xavier de Pedro, lex Snchez, 1-2/12/10 http://estbioinfo.stat.ub.es

(1) Nuestras necesidades

Uso y edicin va web de rutinas en R

Herramienta o plataforma:Software libre, multi-plataforma y multi-navegador.

Software suficientemente maduro y mantenido.

Con documentacin suficientemente extensiva

Con tecnologa estndar y extensible por nosotros o bajo encargo a otras compaas o consultores

Suficientemente verstil (amortizar energas en curva de aprendizaje para otros fines tambin)

Generacin de informes de R fciles y rpidos

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(2) GUI's Web para R

Bastantes va R FAQ (en teora)http://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#R-Web-Interfaces

Mayora:Obsoletas o no mantenidas (riesgo a medio plazo)

Demasiado complicadas, cuanto menos

O sencillamente ya no funcionan (!)

Opinin personal coincide con Revisin de Neil Saunders (comunicacin personal en su blog (3))

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(3) Tiki y el nuevo PluginR

Tiki: Tiki Wiki CMS/Groupware http://tiki.org PHP, MySQL, Zend, Jquery, Smarty GNU/LGPL

Tightly Integrated Knowledge Infrastructure

Wiki, Blogs, Trackers (BBDD), Foros, Mapas, (!)

Plugins integrados (actualizaciones fciles)

Software al estilo Wikipedia, Premios, SVN, Comunidad abierta, Documentacin, ...

PluginRExtensin de Tiki para ejecturar comandos R en servidor y mostrar la salida en pginas Wiki

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(3) Tiki y el nuevo PluginR

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(4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 1: textoPluginR (sin validacin)

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(4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 2: grficosPluginR (sin validacin)

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(4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 3: grficos con comandos peligrososPluginR (sin validacin)

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(4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 4: grficos con comandos peligrososPluginRR (CON validacin)

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(4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 4: grficos con comandos peligrososPluginRR (Validacin por admins)

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(4) Ejemplos y casos de uso

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Caso 1: Rutina R en pgina Wiki, y archivo con datos a procesar subidos por formulario (tracker)

(4) Ejemplos y casos de uso

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Caso 1: Informe mostrado al usuario tras subir archivo de datos

a tiempo real, procesado por R en servidor

(4) Ejemplos y casos de uso

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Caso 1: Pgina wiki con formulario y listadoSintaxis breve y sencilla (ayuda javascript). Plugins

(4) Ejemplos y casos de uso

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Caso 1: Pgina wiki con el informe Combinacin de sintaxis Wiki y R

(4) Ejemplos y casos de uso

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Trackers: Gestin de registros...

(4) Ejemplos y casos de uso

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Trackers: y gestin de campos, entre otros.

(4) Ejemplos y casos de uso

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Caso 2: Creacin y edicin archivos de parametros para rutinas de R va web.

Anlisis de Pipelines de Microarrays (Bioinformtica)

(5) Trabajo futuro

Implementar opcin de sesiones persistentes para aumentar eficiencia en el uso de memria de servidor cada vez que se visualiza una pgina Wiki que contiene scripts de R.

Colaborar con otros que quieran usarlo?software libre, desarrollado con recursos pblicos, con modelo de desarrollo de tipo Wiki (~ Wikipedia)

http://doc.tiki.org/PluginR

http://dev.tiki.org/PluginR

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Agradecimientos

Generalitat de Catalunya-CUR (2009SGR932)

Proyecto Traces (REDICE U. Barcelona)Artur Carnicer, Jordi Cuadros, Miquel Calvo, y Antonio Miarro (+Xavier de Pedro)

Comunidad Tiki, en especial:Rodrigo Sampaio, Luciash dbeing, Louis-Philippe Huberdeau, Sylvie Greverend y Jonny Bradley

Compaeros de la lista R-help-esCarlos J. Gil Bellosta, Miguel Angel Rodriguez Muinos y M. Cassin

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