guía chemoffice 4.5 en español

8/16/2019 Guía Chemoffice 4.5 en Español

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Introducción

CS ChemOffice Ltd es un producto que está diseñado para ayudar en el dibujo, la visualizaciónde estructuras químicas y la organización de datos. En el paquete CS ChemOffice Ltd seintegran tres módulos que están especialmente orientados a la resolución de los siguientes tipos de

disciplinas: CS ChemDraw para el dibujo de estructuras químicas; CS Chem3D para el análisis y lamodelización molecular y CS ChemFinder para la creación de bases de datos y la búsqueda de lainformación relacionada.

Esta Guía del Usuario se basa en las versiones deCS ChemOffice Ltd para Windows 95/98 yNT. Contiene 3 capítulos, basados en el estudio y la introducción a cada una de las herramientas quecomponen la aplicación. Sin embargo, se puede encontrar información adicional en la Ayuda en líneaofrecida por cada uno de estos tres programas.

• Capítulo 1. Programa ChemDraw. Este capítulo describe las herramientas disponibles en

este programa para la ayuda en la realización y diseño de estructuras químicas.

• Capítulo 2.Programa Chem3D. Este apartado está orientado a proporcionar la ayuda y losconceptos necesarios que le ayudaran a realizar eficientemente las tareas de análisis ymodelización molecular.

• Capítulo 3. ChemFinder. En este apartado se orientará al usuario a la creación de nuevasbases de datos y a los procedimientos de búsqueda de información.

Intercambio de información

Al ser ChemOffice un paquete integrado, se puede fácilmente intercambiar información entre cadauno de los programas incluídos en él (ChemDraw, Chem3D y ChemFinder). Por ejemplo, para crearrápidamente un modelo tridimensional empezando con una estructura en dos dimensiones, se puededibujar dicha estructura en ChemDraw, y una vez ésta ha sido seleccionada y copiada con las funcionesdel menú Edit (Editar) se puede pegar utilizando siempre el Menú Edit en Chem3D, generando unmodelo en tres dimensiones. Se trataría del clásico procedimiento de Cortar y Pegar. Del mismo modo,la introducción de la información química en ChemFinder, así como su visualización, se realiza a travésde CS ChemDraw y CS Chem3D.


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Capitulo I

ChemDraw: Dibujo de Estructuras Químicas

Herramientas de ChemDraw 4.5

En esta Barra de Herramientas se encuentran los instrumentos fundamentales para el dibujo, lapresentación de estructuras químicas, de esquemas de reacción y tablas de propiedades.Para seleccionar una de estas Herramientas hay que hacer clic con el botón izquierdo delRatón sobre el icono correspondiente. Una vez activada una función se puede aplicar en laventana activa siempre a través del Ratón.

Herramientas de Enlaces

Existen siete iconos que se encuentran en la ventana Herramientas, correspondientes a losdiferentes tipos de enlaces:

Dibujar el primer enlace

Se pueden dibujar enlaces de longitud fija o variable y también definir el ángulo relativo que éste formarácon el eje X. Para ello, deberá realizarse el siguiente procedimiento:

• Seleccionar una herramienta de enlace haciendo clic sobre ella.• Apuntar donde se quiere empiece el enlace.• Apretando el botón izquierdo arrastrar el Ratón hasta dibujar el enlace.

La longitud y el ángulo del enlace aparecen en el Area de Mensajesabajo y a la izquierda de la ventana de texto. Se puede definir unalongitud fija del enlace desde el Menú File (Archivos) utilizando elapartado Drawing Setting (Configuración del Dibujo). También sepuede definir el ángulo relativo al eje X.

Para dejar de seleccionar temporalmente estos comandos se deberá pulsar la tecla ALT mientras searrastra.


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Añadir enlaces

Para añadir un enlace a una estructura preexistente:

• Apuntar a un átomo.

Una cuadro negro aparece encima del átomo seleccionado indicando donde se añadirá el nuevo enlace.

• Hacer clic sobre el átomo o arrastrar para dibujar el nuevo enlace.

Haciendo clic sobre el átomo subrayado se dibuja un enlace según los Drawing Setting (Configuraciónde Dibujo). Arrastrando para dibujar el enlace, se puede además decidir el ángulo y la longitud deseada,siempre que la función Fixed Length (Longitud Fija) no esté seleccionada o se esté apretando la teclaALT.

Enlaces Múltiples

ChemDraw dispone de los siguientes tipos de enlaces:

De este modo, para dibujar un enlace doble o triple se deberá

• Seleccionar la herramienta de enlace continuo, discontinuo o subrayado.

• Arrastrar sobre un enlace existente, doble o simple.

Además, se puede reducir el orden de un enlace triple hacia un enlace simple arrastrando sobre el triple

enlace con cualquiera de la herramientas de enlace. También se puede reducir el orden utilizando laherramienta Borrador, haciendo clic en el centro del enlace.

Herramienta para Anillos

Hay siete iconos correspondientes a los anillos de diferentes tamaño:


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Procedimiento para dibujar un anillo

Para dibujar un anillo se deberá

• Seleccionar una de las herramientas de anillo.•

Posicionar el puntero en una zona vacía, sobre un átomo o un enlace.• Arrastrar el puntero desde el inicio hasta el final de un enlace, o hacer clic para

situar el anillo.

Si el puntero se encuentra sobre un enlace se genera una fusión con el anillo. Si el puntero se encuentrasobre un átomo de otro anillo, se producirá una conexión tipo Spiro. Por ejemplo:

Clic sobre un átomo para añadir un anillo

Clic sobre un enlace para fusionar dos anillos:

Clic sobre un átomo de un anillo para crear un enlace tipo Spiro

Estructura tipo “silla “ del Ciclohexano

La silla del Ciclohexano se puede dibujar en dos orientaciones. Se dibuja normalmente en posiciónhorizontal y se puede cambiar a vertical. El procedimiento sería el siguiente

• Seleccionando una de las herramientas de Anillos.

• Apretando la tecla SHIFT y haciendo clic en la ventana activa.

Anillos con enlaces no localizados

Cada uno de los anillos, excepto el ciclohexano en estructura de silla, se pueden dibujar en forma nolocalizada. El procedimiento para su realización sería

• Apretando la tecla CTRL mientras se arrastra o se hace clic en la ventana de texto sobre un anillo preexistente.


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De este modo, aparece un círculo en el anillo.

También los dobles enlaces en el Ciclopentadieno y en el Benceno se pueden dibujar con dos diferentesorientaciones. Para hacer el cambio:

• Apretar la tecla SHIFT y posteriormente arrastrar o hacer clic para dibujar un enlace.

Sin la tecla SHIFT Con la tecla SHIFT

Editar un enlaceEn este apartado se indican los procedimientos para la modificación de la apariencia de una estructura,cambiando el orden de los enlaces o bien moviendo sus átomos.

Cambiar el tipo de enlace

Para cambiar el orden de un enlace en otro se deberá

• Seleccionar una herramienta de enlace.• Hacer clic sobre un enlace ya existente.•

Para la orientación de un doble enlace hacer clicsobre el centro del enlace y éste se moverá deun lado a otro.

Cambiar la longitud y el ángulo de enlace

Para cambiar la longitud o el ángulo de enlace se deberá

• Apretar la tecla SHIFT y apuntar hacia el final del enlace mientras esté seleccionada unaherramienta de enlace.

• Ahora se puede arrastrar el enlace hasta la nueva longitud o ángulo.

Nota: Si la configuración Fixed Lenght (Longitud fija) estáseleccionada no se podrán cambiar estos parámetros.Sólo se podrán realizar si se aprieta la tecla ALT.


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Mover un átomo

Para mover un átomo en una estructura se deberá

• Seleccionar una herramienta de enlace.

Ahora, se puede utilizar cualquiera de estas herramientas para mover un átomo en un sistema cíclico oacíclico. Sin embargo, lo que no podrá realizarse es utilizar una herramienta de anillos para efectuar estatarea. En este momento se deberá

• Apuntar al átomo que se quiere mover.

• Apretar la tecla SHIFT y arrastrar el átomo.

Nota: Si se intenta mover un átomo que se encuentra enlazado con un solo átomo mientras esté activoel comando de Longitud Fija, el átomo girará alrededor del otro y no se modificará la longitud delenlace.

Por ejemplo:

Si se mueve un átomo que se encuentra conectado con otros dos o más, el átomo se moverá siguiendoel puntero y la longitud se modificará, aunque la longitud fija esté seleccionada.

Otro sistema alternativo que puede utilizarse para mover un átomo es utilizando la herramienta deselección. Por ejemplo, apretando la tecla SHIFT y moviendo un átomo hacia otro se puede borrar unenlace.

Herramientas de Selección

Para cambiar rápidamente a la herramienta de Selección se deberá

• Apretar CTRL+ALT+TAB.

De este modo, la herramienta se activa. Además, el último objeto seleccionado también se resalta demodo que se puede manipular utilizando este instrumento.

Nota: Para cambiar a la ultima herramienta de dibujo utilizada:

• Apretar CTRL+TAB.


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Técnicas de selección

Los objetos en la ventana activa se pueden seleccionar haciendo clic, doble-clic, arrastrando con el Lazoo arrastrando con el Marco + CTRL .

Adicionalmente, los enlaces y los átomos se pueden seleccionar individualmente.

Para seleccionar un objeto haciendo clic:

• Apuntar y hacer clic sobre un objeto en la ventana activa.

El objeto seleccionado resaltará. Por ejemplo, si se apunta a un enlace aparece un cuadro en el centrode éste. Por otro lado, si se apunta a un átomo genérico los enlaces conectados se verán resaltadosindicando que se seleccionaran al hacer clic.

En este caso, al hacer clic sobre un enlace sólo se seleccionará el enlace.

En este otro ejemplo, al hacer clic sobre un átomo se selecciona éste y todos los enlaces conectados.

Seleccionar una estructura entera

Para seleccionar un enlace entero:

• Hacer doble clic sobre un enlace o un átomo.

Seleccionar objetos con el Lazo

Se puede utilizar esta herramienta para seleccionar áreas irregulares en la ventana activa. También puedeser útil para seleccionar únicamente la parte de una estructura.

De este modo, para seleccionar un área utilizando el Lazo:

• Apretar el botón del Ratón cuando el puntero no esté encima de ningún objeto.

• Arrastrar el puntero alrededor de una parte de la estructura o de un entero objeto.


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Seleccionar un objeto con la herramienta Marco

Se puede utilizar el Marco para seleccionar un objeto dentro de un área rectangular.

Para hacer esto:

• Apretar la tecla CTRL mientras el puntero no se encuentra sobre ningún objeto.• Arrastrar diagonalmente de un lado a otro del objeto que se quiere seleccionar.

La figura muestra un ejemplo de utilización de esta herramienta:

Selección Múltiple

Para seleccionar más de un objeto:

• Apretando la tecla SHIFT seleccionar todos los objetos.

Para borrar una selección:

• Apretando la tecla SHIFT seleccionar uno de los objetos anteriormente seleccionados.

Para seleccionarlo todo

• Utilizar el comando Select All (Seleccionar todo) desde el Menú Edit (Edición).

Finalmente, para borrar una selección hacer clic simplemente fuera de la zona seleccionada.

Rectángulo de Selección

Una vez seleccionado un objeto, éste se puede manipular desde los menús, o bien se puede hacerdirectamente operando sobre el rectángulo con el comando CTRL y ALT. Para ello

• Arrastrar el rectángulo de selección para mover el objeto.• Apretando la tecla ALT se limita el movimiento en los ejes X o Y.

• Apretando la tecla CTRL sobre el rectángulo, éste se duplica y se puede arrastrar en otro punto.

• Apretando CTRL+ALT se limita el movimiento de la copia en los ejes X o Y.


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Para rodear el objeto o cambiar el tamaño:

• Hacer clic sobre el Rotation Handle (Mango de rotación) y arrastrar.

• Hacer clic sobre el Resize Handle (Mango de cambio de tamaño) y arrastrar.• Apretar la tecla CTRL para girar y cambiar de tamaño átomos con etiquetas.

Herramienta de Borrador

Con esta herramienta se pueden borrar selectivamente objetos y reducir el orden de los enlaces.

Para borrar un objeto:

• Seleccionar la herramienta borrador.

• Apuntar al objeto y hacer clic.

El objeto seleccionado se resaltará; si se trata un enlace múltiple se reducirá su orden.

Herramientas de Dibujo que contienen Paletas

Hay muchas herramientas de dibujo disponibles. Estas incluyen Flechas, Orbitales, Arcos y elementos dedibujo para Mecanismos de Reacción. Los diferentes elementos se pueden seleccionar utilizando laspaletas que se encuentran contenidas en cada herramienta. Un pequeño triangulo indica que hay paletasdisponibles en este elemento.

Para dibujar utilizando una de estas paletas:

• Hacer clic sobre la herramienta para seleccionarla.

• Hacer clic o arrastrar en el documento para dibujar el elemento seleccionado.

Para seleccionar un objeto de las paletas:

• Apuntar a la herramienta y apretar el botón del Ratón.

• Arrastrar el puntero sobre una paleta y soltar el botón.

Cambiar el tamaño y el ángulo de un objeto

• Señalar el objeto hasta que resalte.• Apretando la tecla SHIFT arrastrar el objeto.


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Trabajar con Texto

Con esta herramienta se pueden introducir textos y clasificaciones de los átomos.

Por ejemplo, para introducir un título:

• Hacer clic en un espacio vacío para crear una casilla de texto.• Escribir un texto.• Apretar Envío para introducir una nueva línea.

• Hacer clic fuera de la casilla para cerrar la herramienta de texto.

Clasificación de los Elementos (Etiquetas)

Para crear una etiqueta:

• Señalar un átomo.

Cuando el puntero se encuentra precisamente sobre un átomo éste se resalta, indicando que se puedeintroducir el elemento deseado.

• Hacer clic sobre el átomo; de este modo, se abrirá una casilla de texto.• Introducir el símbolo.

• Hacer clic fuera de la casilla.• Hacer doble clic sobre otro átomo para introducir el mismo símbolo.

Editar un Texto

Para editar un texto genérico:

• Utilizando la herramienta de texto hacer clic sobre un texto en la ventana activa.

• Seleccionar el texto que se desea modificar o bien poner el puntero del Ratón donde se quiere introducir el nuevo texto.

• Hacer clic fuera de la casilla.

Para cambiar el tamaño del texto:

• Arrastrar sobre el icono Resize Handle (Mango) de la casilla de texto.


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Tablas

Para crear una Tabla

• Apretar la tecla TAB mientras una casilla de texto está abierta.

Ahora aparecerá otra casilla de texto. Apretando otra vez se genera otra, y así hasta obtener el númerodeseado de columnas.

Se puede mover entre las casillas simplemente apretando la tecla TAB. Se pulsará SHIFT+TAB paravolver a la casilla precedente.

Cambiar la distancia entre columnas

Para cambiar la distancia entre columnas se deberá• Crear la primera columna.

• Apretar la tecla TAB para crear la segunda.• Apretar CTRL+ALT+TAB para seleccionar la segunda casilla y pasar a la herramienta de

selección.

• Utilizar la tecla flecha para mover la casilla a la posición deseada.• Apretar CTRL+ALT+TAB para volver a la herramienta de texto.

• Repetir el proceso para cada columna.


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Capitulo II

Herramientas de Chem3D 4.0

Este capítulo describe algunas de las herramientas, métodos y conceptos disponibles para construir yanalizar modelos químicos.

Herramientas de enlace

Creación de enlaces

Para crear un enlace:

• Seleccionar una herramienta de enlace haciendo clic sobre ella.• Posicionar el puntero en la ventana activa donde se quiere empiece el enlace.• Apretar el botón del ratón y arrastrar el puntero hasta el final del enlace.

Si se apunta a un átomo ya existente se generará un nuevo enlace con éste.

Si se activa la función Automatically Rectify (Rectificación automática) de los enlaces accesibles a través

del apartado Building (Construcción) del Menú Preference (Preferencias), el programa actúa como si losátomos de hidrógeno no existieran. Al apuntar a un átomo de hidrogeno para la creación de un nuevoenlace se considerará el átomo con éste conectado, que se resaltará.

Construcción de estructuras utilizando ChemDraw Estándar

Es posible dibujar rápidamente una estructura tridimensional utilizando el programa ChemDraw Estándar,copiando y pegando el dibujo en Chem3D. En este caso se aplicarán la longitud de enlace y los ángulosestándar.

La Herramienta de Selección

La selección de los átomos se realiza con esta herramienta. Cuando se selecciona un átomo éste seresaltará con un círculo negro, siempre que se utilice la visualización de Balas y Tiras, Enlaces Cilíndricos

o CPK.


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Seleccionar átomos y enlaces

Para seleccionar un átomo o un enlace:

•

Hacer clic sobre el átomo o un enlace.

En este caso cualquier otra selección anterior se perderá; en el caso de hacer clic sobre un enlace, los dosátomos conectados resultaran seleccionados.

Para hacer selecciones múltiples:

• Apretar la tecla Shift mientras se hace clic con el Ratón.

Para eliminar la selección de un átomo o un enlace:

• Hacer clic sobre el elemento ya seleccionado apretando la tecla Shift.

Rectángulo de selección

Para seleccionar diferentes átomos o enlaces:

• Arrastrar el puntero en diagonal hasta incluir toda la zona interesada.

Cualquier átomo que quede en este rectángulo se seleccionará, mientras que los enlaces sólo seseleccionarán si ambos átomos están incluidos. Si se aprieta la tecla Shift durante esta operación, todoslos átomos incluídos en el rectángulo anteriormente seleccionados, no quedarán seleccionadosautomáticamente.

Movimiento de ÁtomosSe puede utilizar la Herramienta de Selección para mover manualmente átomos o grupos de átomos en elplano X, Y o según el eje Z. Para ello,

• Seleccionar un átomo y arrastrarlo a la posición deseada.

• Apretar la tecla CTRL y el átomo seleccionado se moverá paralelamente al eje Z.

Herramienta Borrador

Se puede utilizar esta herramienta para borrar enlaces o átomos en la ventana activa. Para ello,• Seleccionar la Herramienta Borrador.

• Hacer clic sobre el átomo que se desea borrar, o sobre un enlace para borrar los átomos conectados.


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Casilla de Texto

A través de la casilla de texto se pueden remplazar átomos seleccionados o bien añadir fragmentos.

El tipo de información que se puede introducir en esta casilla es

• Tipo de átomo.• Elementos.

• Subestructuras.• Número de Serie.

Una lista completa de cada uno de estos apartados se puedeencontrar en el apartado Atom Type List (Lista de tipos deátomos) , Elements List (Lista de Elementos) o Substructure List(Lista de Substructuras) de la Ayuda en Línea.

Reemplazar un Atomo Seleccionado

Para reemplazar átomos seleccionados utilizar la Casilla de Texto y

• Escribir el nombre del elemento o el tipo de átomo que se desea introducir.• Apretar Envío.

Números de Serie

Automáticamente, el programa asigna un número de serie a cada átomo dibujado. Se pueden visualizarestos números seleccionando un átomo o utilizando la función Show Serial Number (Enseñar números deSerie) desde el Menú Object (Objeto). Se puede cambiar el número de serie utilizando la Casilla de Texto. Además, los números de serie de todos los otros átomos se actualizarán según el cambiointroducido.

Etiquetas

Si la Casilla de Texto contiene una etiqueta (como CH2CH

3 o OCOCH

3) todos los átomos seleccionados

se sustituirán con los átomos correspondientes introducidos en la Casilla de Texto según las reglascontenidas en Substructures Tables (Tablas de Subestructuras), la cual es accesible a través del Ayuda enLínea.

Por ejemplo, cuando la etiqueta “CHCHCHCH2” es convertida en átomos y enlaces, se genera la

estructura acíclica 1-butandienil.

CHCHCHCH2


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Si no hay selecciones activas, la introducción de un fragmento a través de la casilla de texto añadirásimplemente en la ventana activa la subestructura correspondiente.

Girar un Modelo

Con esta herramienta se podrá rotar libremente el modelo dibujado como se estuviera en nuestrasmanos. Hay 4 barras de rotación situadas en cada uno de los laterales de la pantalla. Cada una de éstascorresponde a la rotación según un eje establecido. Haciendo doble clic sobre cada una de ellas, se puededefinir el valor exacto de la rotación.

Rotaciones según los ejes X o Y

Para hacer girar el modelo:

• Apretar el botón del ratón sobre la barra de rotación del eje X o Y.

De este modo, la barra se pone en negro para indicar que se está ejecutando una rotación.

• Arrastrar el puntero a lo largo de la barra.

Rotaciones Internas

Para efectuar una rotación interna hay que seleccionar un átomo, un enlace o un fragmento que incluyapor lo menos un átomo que esté conectado a otro no seleccionado.Si se selecciona solo un átomo, el fragmento que queda estacionario se definirá por el átomo conectadoque presente el número de serie más bajo. Si se selecciona un fragmento, los átomos no seleccionados

serán los que se quedaran inmóviles.Por ejemplo, considerando el etoxibenceno :

Si se selecciona el O(3) es posible efectuar una rotación interna y hacer girar el anillo bencénico. Si sehace lo mismo con el C(4) paralelamente al O (3), el grupo etílico se moverá. Al seleccionar el fragmentobencénico completo se consigue la rotación del mismo.

O3

C4


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Rotaciones según un eje específico

Es posible hacer girar el modelo según un eje que pase por dos átomos cualquiera, seleccionando la Barrade Rotación superior.

Para girar un modelo de una cantidad definida:

• Hacer doble clic sobre la Barra de Rotación.

En este momento se abrirá una ventana y se deberá• Escribir un número positivo o negativo.

• Hacer clic sobre el botón Rotate (Girar).

Herramienta “TrackBall”

Esta herramienta permite girar un modelo libremente. Para usarla:

• Seleccionar la Herramienta TrackBall.• Apretando el botón del ratón, mover el puntero dentro del círculo que se genera al activar la herramienta.• Arrastrar el puntero.

El modelo sigue los movimientos del puntero.

Para hacerlo girar según el eje Z:

• Apretar el botón del ratón cuando el puntero se encuentra fuera del círculo negro.

Cada movimiento fuera del círculo se interpreta como una rotación alrededor del eje Z.


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Películas

Se puede generar un película formada de varios cuadros enlazados durante la ejecución de las siguientesoperaciones:

1. Rotaciones utilizando el TrackBall o la Barra de Rotación.2. Revoluciones utilizando el comando homónimo en el Menú Analyze (Análisis).3. Guardando las iteraciones durante una minimización energética.

Para controlar el numero de cuadros capturados y la velocidad de reproducción se utiliza el MenúPreferences (Preferencias).

Utilizar el controlador de Películas

Utilizando el controlador se administra la reproducción de la película:

Para crear un Película:

• Apretar el botón de grabación en el Controlador.• Empezar la rotación o el análisis que se quiere grabar como una Película.

Para especificar el numero de cuadros capturados

mientras se graba:• Seleccionar el Menú Movie Setting. (Ajustes de Película)

En este menú, el Cursor de Smoothness (Fluidez)especifica cuantos grados de rotación se capturan de unaimágen durante la grabación de la película.

• Arrastrar el cursor hacia la izquierda paracapturar más cuadros por segundo, o a laderecha para capturar menos.

Para parar la grabación temporalmente:

• Hacer clic sobre el botón Stop en el Controlador de la película.• Hacer clic sobre el botón de Grabación para seguir capturando imágenes.

Para ver manualmente diferentes cuadros de la película:

• Arrastrar el cursor del Controlador.

• Hacer clic a la izquierda o a la derecha del cursor para cambiar de cuadro uno a uno.


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Para reproducir automáticamente una Película:

• Arrastra el cursor todo a la izquierda para empezar la reproducción desde el principio.

• Seleccionar el botón de Start

Para elegir la velocidad de reproducción, seleccionar los Movie Setting (Ajustes de Película) en el MenúPreferences (Preferencias).

Editar una Película

Se pueden modificar los marcos de las películas a través del Movie Menú (Menú de Película).

Para borrar marcos:

• Desde el menú, seleccionar el comando Clear Previous Frame (Borrar el Marco Anterior).

• Utilizar el comando Clear Subsequent Frames (Borrar los Marcos Siguientes) para borrar todos los marcos siguientes al marco visualizado.• Utilizar el comando Clear All Other Frames (Borrar todos los otros Marcos) para eliminar todos los marcos excepto el marco activo en el momento.

Marcos Dependientes e Independientes

Se pueden generar dos tipos de marcos:

En los marcos dependientes cada marco depende del precedente y cualquier modificación aportada almodelo se puede extender a todos los marcos de la película.

En los marcos independientes los modelos de cada marco no tienen ningún tipo de vínculo entre ellos.

Barra de Estado

Se puede determinar si se están creando cuadros Independientes o no examinando la barra de estadodonde se encuentra el mensaje que indica el tipo de marco creado.

Crear Cuadros Dependientes

Las películas con cuadros dependientes se generan cada vez que se graban acciones a través de loscomandos de Rotaciones.

Crear Cuadros Independientes

Los Cuadros independientes se generan al grabar una película durante una minimización de energía o bienutilizando el comando de Clean Up o de Overlay (Incrustación).


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Botones de Zoom

Se puede reducir o aumentar el tamaño del modelo visualizado utilizando estos botones.

Para aumentar las dimensiones del modelo:

• Apretar el botón Grow (aumentar).

Para reducir las dimensiones:

• Apretar el botón Shrink (reducir).

Ventanas de Tablas

Estas Ventanas aparecen cuando se utilizan comandos como Set Bond Length (Fijar la longitud de enlace)en el Menú Build (Construir) o Show Cartesian Coordinates (Muestra las Coordinadas Cartesianas) en elMenú Analyze (Análisis).

Estas tablas contienen información modificable acerca de la longitud de los enlaces, coordenadas, ángulosetc.

Además, se pueden seleccionar los valores y cambiar los contenidos manualmente.


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Capitulo III

Herramientas de ChemFinder 4.0

Este Capítulo proporciona la documentación necesaria para facilitar el uso de las funcionesbásicas de ChemFinder, así como de algunas funciones avanzadas de personalización delentorno de trabajo.

ChemFinder es un sistema de organización de Bases de Datos personalizadas para que sea utilizado porcualquier persona que trabaje con información química. Proporciona un sistema para almacenar datosquímicos, estructuras, datos físicos, apuntes y tablas de datos. Con ChemFinder es fácil acceder a estosdatos a través de un avanzado sistema de búsqueda.

Este programa se integra con los otros módulos de ChemOffice -ChemDraw y Chem3D-. Por ejemplo, deeste modo se puede dibujar una estructura en ChemDraw y almacenarla en ChemFinder para despuésvisualizarla en Chem3D.

ChemFinder está basado en un sistema de formularios que se pueden crear, personalizar y vincular adeterminadas propiedades, estructuras o imágenes que se encuentren contenidas en las Bases de Datos.Estas Bases de Datos pueden ser importadas o creadas por el usuario y modificadas según las necesidades.

Los Formularios son las Ventanas diseñadas para visualizar y organizar la información contenida en las Basesde Datos.

Buscar en una Base de Datos

• Abrir una Base de Datos con la opción Open (Abrir) desde el Menú File (Archivos).

Se abrirá una base de datos (extensión .cfw) en ChemFinder:

Desde el Menú Search (Búsqueda) seleccionar Enter Query (Entrar búsqueda) o utilizar el botón adecuadoen la Barra de Herramientas


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El formulario precedente se vacía para poder introducir la consulta. De este modo,

• Haciendo doble clic en el formulario de Estructura se abre automáticamente la conexión con ChemDraw para poder dibujar la molécula que se quiere buscar.

Para una búsqueda basada en subestructuras se necesita que esta función esté activada en el Menú Search(Búsqueda).

• Hacer clic en la ventana de ChemFinder y apretar la tecla Envío para realizar la búsqueda, o bien utilizando el botón apropiado en la barra de Herramientas.

ChemFinder empezará a buscar. Se puede seguir el proceso de la búsqueda en la barra de la parte inferiorderecha de la ventana activa. Si no se encuentran coincidencias se mostrará una ventana de Alerta.

El paso siguiente es moverse entre las coincidencias encontradas a través de los comandos de la barra deRecord (Registros).

El contador en el ángulo inferior derecho indicará nuestra posición exacta.


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También se puede visualizar la Base de Datos en forma de Tabla utilizando la función Data Table (Tabla deDatos) en el Menú View (Vista). Algunas de las acciones que pueden realizarse desde aquí son

• Haciendo clic sobre un registro se abrirá la ventana anterior con los formularios.• Para organizar los datos según el Peso Molecular hacer clic sobre el encabezamiento de la

columna correspondiente.

• Se puede cerrar la Tabla de Datos eligiendo Close (Cerrar) desde el Menú File (Archivos).

Para volver a la Base de Datos completa, hacer clic sobre el botón.

Búsqueda numérica y a través de Texto

De la misma manera que formulamos nuestra consulta partiendo de una estructura, podemos realizar la

búsqueda introduciendo intervalos de peso molecular o fórmulas brutas.

Por ejemplo:

• Después de haber seleccionado Query (Consulta) en el campo de Fórmula Molecular podríamos escribir “C6 N1-2”.

En este caso, esta consulta encontraría todas aquellas moléculas que poseen 6 átomos de carbono y 1 o 2átomos de nitrógeno.

Del mismo modo

• Introduciendo “90-100” en el formulario relativo al peso molecular

se encontrarán todas las moléculas que caen en este intervalo de peso.

También se pueden utilizar dos o más formularios a la vez para ejecutar una búsqueda combinada.


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Consultas de Reacciones

La búsqueda de información contenidas en esquemas de reacción se puede efectuar de diferentes manerasdependiendo de la información que se quiere recuperar.

Búsqueda por Reactivos

Este tipo de búsqueda resulta ser muy útil en el caso que se conozcan los materiales de partida y se quierasaber más sobre los posibles productos de reacción. Por ejemplo,

• Utilizar el botón Enter Query (Introducir consulta) para entrar en la ventana de búsqueda.

• Editar una estructura en la casilla de estructura:

Con este dibujo buscaríamos cualquier reacción que incluya un reactivo de Grignard.

• Hacer clic en la ventana de ChemFinder para volver al formulario de búsqueda.

• Seleccionar en el Menú Search (Búsqueda) los apartados Substructure (Subestructura) y Similarity (Similaridad) hasta que aparezcan como en la figura.

• Activar la búsqueda con el botón Find (Encontrar).


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Búsqueda por Productos

Este tipo de búsqueda es muy común en síntesis molecular, es decir, cuando el objetivo sintético ya estáestablecido y hay que encontrar la metodología mas adecuada para lograrlo.

Por ejemplo:

Esta búsqueda encontrará todas aquella reacciones en las cuales aparezca el cierre de un anillo en α a uncarbonilo.

Búsqueda de Transformaciones

En algunos casos tendremos una idea de lo que son los productos y los reactivos, pero necesitamos másdatos bibliográficos sobre como efectuar la transformación.

Por ejemplo, en el caso de una reducción de un carbonilo a un alcohol:

Siguiendo el mismo procedimiento anteriormente descrito, obtendremos una serie de coincidencias. Lo queen esta ocasión sucede es que es posible afinar la búsqueda porque contendrá todas las reducciones dealdeidos, estéres, ácidos y chetones.

Para restringir la búsqueda a sólo los chetones:

Una vez haber hecho clic sobre el botón Find se obtendrán informaciones sobre todas aquellas reaccionesque incluyen la transformación de un chetón en alcohol.

O

R1


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Trabajar con Formularios

Los formularios constituyen la herramienta más adecuada para filtrar y buscar la información contenida enuna base de datos de manera totalmente personalizable por el usuario. Estas ventanas están estructuradaspara intercambiar sencillamente información con ChemDraw y Chem3D.

Los comandos para crear los formularios se encuentran en su correspondiente barra de herramientas(Forms Toolbar).

Existen principalmente tres tipos de botones: (1)Herramientas de Selección para trabajar conformularios ya presentes, (2) Herramientas de Casillas para crear casillas y definir así el formulario, (3)Herramientas Avanzadas para introducir funciones adicionales. Para ello,

• Abrir un nuevo formulario vacío a través del menú File (Archivos) con el comando New (Nuevo).

• Apretar el botón Layout Tool (Herramienta de composición) si es que no está seleccionado.

• Seleccionar el botón Data Box (Casilla de datos).

• En la ventana activa hacer clic y arrastrar el ratón diagonalmente para crear una casilla, repitiendo la operación tantas veces como casillas se necesiten crear.

Para definir visualmente el contenido de cada casilla se puede utilizar la herramienta de marcos :


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Arrastrando el botón del ratón diagonalmente sobre la casilla ya existente se añadirá un marco. Al soltar elbotón se abrirá una ventana para introducir una etiqueta que se integrará en el marco mismo, quedandocomo se muestra en la figura:

Este tipo de casilla enmarcada se puede crear también con la herramienta Framed Box (CasillasEnmarcadas).

Además, se pueden introducir también imágenes con la herramienta Picture Tool (imágenes).

Uno de los modos más versátiles es la utilización de la herramienta de selección (Selection Tool).

• Haciendo clic en una casilla, ésta se seleccionará y posicionando el ratón en los bordes de la misma se podrá modificar así su tamaño.

• Si se arrastra seleccionando en cualquier punto de la casilla excepto el borde, la celda se desplazará de su posición original.

El formulario creado utilizando estas herramientas se puede guardar con extensión .cfw simplementeutilizando el comando Save As.. (Guardar Como) en el Menú File (Archivos).


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Creando una Base de datos propia

Una vez se haya creado un formulario introduciendo tantos campos como propiedades y las característicasque necesitaremos visualizar, podemos empezar a introducir nuestros datos y a crear nuestras propiasBases de datos personalizadas.

Por ejemplo, supongamos que tenemos creado el siguiente formulario.

• Haciendo clic con el botón derecho del ratón, seleccionar la opción Data Source (Procedencia de los Datos)

Aparecerá una nueva ventana para definir las propiedades:

• Hacer clic sobre Create Database (Crear Base de Datos).• Aparecerá una ventana para grabar la nueva base de datos con extensión .mdb.

• ChemFinder crea automáticamente una tabla de datos que contiene cuatro campos: Estructura, Fórmula, Peso Molecular y MOL-ID.

• Apretando OK se volverá ahora a la Ventana Activa.

• Hacer clic con el botón derecho del ratón en la ventana de estructura y del menú Select Structure (Seleccionar Estructura).

• Repetir la operación con las otras casillas seleccionando cada vez las diferentes propiedades.


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Se pueden también introducir casillas o campos como Nombres de Producto o Punto de Ebullición,seleccionando en el Menú del botón derecho del ratón la opción Field (Campo), y creando uno nuevo en laventana correspondiente.

Una vez definido este nuevo campo, hacer clic con el botón derecho del ratón sobre la casilla designada yescoger el campo correspondiente a la nueva propiedad que se quiere introducir.

Una vez acabada la tarea de definir el formulario podemos empezar a introducir los datos, teniendo encuenta que algunos campos se rellenarán automáticamente como por ejemplo el Peso Molecular o laFórmula Bruta.

• Para guardar el nuevo elemento hacer clic sobre el botón Commit Changes Tool (Herramienta de elementos acabados).

• Para introducir un nuevo registro hacer clic sobre el botón Add New Record (Añadir nuevo registro).

El paso final es guardar nuestra nueva Base de Datos como un archivo con extensión .cfw, utilizando elmenú File y la instrucción Save As (Guardar Como).


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Abrir una Base de Datos

Los Formularios que se pueden crear y personalizar, son herramientas que sirven también para leer lainformación contenida en una base de datos externa. Para ello

• Abrir un Formulario o crear uno nuevo.

• En el Menú que se despliega y apretando el botón derecho del Ratón, seleccionar Data Source (Origen de los Datos).

• Hacer clic sobre el botón Open Database (Abrir Base de Datos).

En la ventana de Propiedad se indicarán las propiedades definidas en esta base de datos, que podremosfiltrar a través de nuestro Formulario. Sólo habrá que definir casillas como el Nombre de la Molécula queno se activa automáticamente, pero que se puede vincular con Molname u otra información contenida en laBase de Datos.

En este punto cabe decir que esta nueva base de datos filtrada se podrá guardar también formato .cfw. Así,la próxima vez que tratemos de abrirla se podrá realizar como Formulario de ChemFinder.


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Tutoriales

Este capitulo contiene ejemplos para facilitar un rápido aprendizaje de las funcionesfundamentales del programa ChemOffice. Se mostraran diferentes maneras de conseguir elmismo resultado, dejando al usuario final elegir la que considere más oportuna.

ChemDraw Estándar

Tutorial 1: Esquema de Reacción

En el siguiente Tutorial se expone como construir el siguiente esquema de reacción:

• Desplegar el Menú Tools (Herramientas) y asegurarse que se encuentren marcadas las líneas de comando Fixed Lenght (Longitud fija) y Fixed Angles (Angulos fijos).

• Seleccionar la herramienta de dibujo de enlace simple.

• Dibujar el primer enlace arrastrando el ratón con el botón izquierdo apretado.

• Apuntar al átomo derecho y añadir el siguiente enlace


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Un segundo átomo se añade formando un enlace de 120º con el precedente.

Seguir dibujando los otros enlaces como se muestra en las figuras:

• Para crear el doble enlace simplemente redibujar sobre el enlace ya existente.

Para introducir el átomo de oxígeno:

• Apuntar al átomo remarcado, hacer doble clic y se abrirá una casilla de texto.Introducir el símbolo “O”.

Los pasos sucesivos proporcionan la manera para duplicar esta estructura y terminar la creación delesquema.

• Utilizar la herramienta de Selección.

La estructura ya dibujada se seleccionará y aparecerá un recuadro alrededor.

• Apretar la tecla CTRL y arrastrar el rectángulo de selección hasta el punto deseado.

De esta manera se duplicará la estructura en otra igual. Entonces se puede acabar de dibujar el producto dela reacción siguiendo la metodología ya expuesta.

Para mover la nueva estructura dibujada paralelamente al eje X

• Apretar la tecla ALT y arrastrar el dibujo seleccionado a la posición deseada.


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Para introducir la flecha de transformación de regentes en productos finales:

• Apretar el botón del ratón sobre Arrow Tool (Herramienta de flechas ) para mostrar las Paletas de Flechas disponibles.

• Seleccionar la flecha simple y manteniendo apretado el botón del ratón apuntar al final de la estructura del reactivo y soltar el botón para introducir la flecha.

La siguiente introducción de texto para describir las condiciones de reacción se consigue a través de laHerramienta de texto. Para ello

• Seleccionar la Herramienta de Texto.• Hacer clic para crear una casilla de texto.

• Escribir OH.

Para introducir el símbolo sobre OH se puede utilizar una herramienta específica. Para ello,

• Seleccionar la Herramienta para los Mecanismos de Reacción

Como ya se hizo en la paleta de Herramientas de Flechas, hacer clic para posicionar el símbolo en laposición deseada.

El siguiente paso será la introducción del texto para describir las cantidades de reactivos. Para ello,

• Seleccionar la herramienta de Texto.

• Escribir “2-propanone”.• Apretar la tecla Envío, y escribir “2 moles”• Desde el Menú Text (Texto) seleccionar Centered (Centrado).


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• Repetir la operación para los productos escribiendo “ 4-hidroxi-4-metil-2-pentanone”

Para acabar la presentación se puede introducir una Casilla Sombreada para remarcar el esquema. Para ello,

• Seleccionar la Herramienta de Elementos de Dibujo

• Elegir la casilla sombreada y arrastrar el puntero en diagonal desde el ángulo superior izquierdo del esquema.

• Desde el Menú File (Ficheros) seleccionar Save As (Guardar como) y guardar el esquema en el directorio deseado.

Tutorial 2:Ut ilizar Anillos

En este Tutorial se muestra como dibujar estructuras más complejas utilizando anillos.

Para ello, seleccionar la Herramienta Ciclohexano, y hacer clic en un área libre de la ventana activa paraintroducir el primer anillo.Apuntar al centro del enlace abajo a la derecha y hacer clic otra vez. De este modo, se producirá una fusióncon otro anillo.


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• Seguir fusionando otros anillos haciendo clic en los puntos indicados.

• El paso siguiente será eliminar enlaces utilizando la Herramienta Eraser (Borrador), apuntando y haciendo clic sobre los enlaces que se desea quitar.

• Ahora, se añaden los dobles enlaces utilizando la herramienta de enlace simple y arrastrando el puntero entre los dos átomos elegidos.

• Para introducir las Etiquetas para definir los elementos se seleccionarán los átomos que interesen y teclearemos “c” o “o”. Esta es una modalidad rápida para introducir los

símbolos correspondientes a los elementos en una estructura ya dibujada.

• Apretar “C” Apretar “O”

• El paso final es grabar la estructura dibujada a través del Menú File (Archivos).


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Chem3D Estándar

Estos ejercicios son una introducción a la construcción de modelos mediante Chem3D y alanálisis de las informaciones proporcionadas por los modelos tridimensionales obtenidos.

Tutorial 1:Const ruir un M odelo

Para dibujar una molécula de Etano:

Seleccionar la Herramienta de Enlace simple

• Posicionar el puntero en la ventana activa y apretando el botón del ratón arrastrar hasta dibujar

el enlace.

Para apreciar toda la potencialidad de un modelo tridimensional se pueden efectuar rotaciones tipo free-hand ( mano libre ) utilizando la Herramienta Track-Ball. Esta Herramienta ha sido diseñada para imitar una

esfera en la cual se encuentre nuestro modelo. Utilizando el Track-Ball se puede realizar el modelohaciendo girar la esfera.

• Seleccionar la Herramienta Track-Ball

En este caso, aparece un círculo alrededor del modelo.

• Apuntar en el círculo y apretando el botón del ratón arrastrar el puntero.

El modelo seguirá los movimientos del puntero.

Utilizando esta herramienta, pero apuntando fuera del círculo, se pueden realizar rotaciones según el eje Z.

Para ello,

• Seleccionar la herramienta de Selección.


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Una de las utilidades de esta herramienta consiste en visualizar información acerca de los átomos y enlacesapuntando simplemente en ellos.

• Apuntando a un átomo en concreto recibiríamos las información relativa a éste, mientras que apuntando a un enlace se visualiza la longitud y el orden.

• Informaciones adicionales como Coordenadas Cartesianas, Coordenadas Internas, etc. se pueden visualizar siempre que estén activadas en el Menú Preferences (Preferencias) en el apartado Pop-Up.

• Seleccionando diferentes átomos se consiguen informaciones sobre ángulos y ángulos diedros.

Para transformar la molécula de Etano en Etene:

• Seleccionar la Herramienta de enlace doble.

• Apretando el botón del ratón arrastrar desde el C1 hasta al C2.

Visualizando la información de longitud del enlace se averiguará lo que se ha reducido.

Para construir un Ciclohexano empezando de esta estructura se deberá

• Seleccionar el doble enlace con la Herramienta de Selección.• Utilizar la herramienta de enlace simple para reducir el orden de enlace.• Añadir los enlaces que faltan simplemente arrastrando con el puntero y el botón del ratón

apretado desde un átomo hasta el siguiente hasta terminar sobre el primero y cerrar el anillo.

La estructura dibujada necesita una ajuste debido al método de construcción que lleva a una configuraciónespacial no correcta. Para ello

• Seleccionar toda la molécula con la Herramienta de selección.• Desde el Menú Tools (Herramientas) seleccionar Clean-Up Structure (Minimiza estructura).

Para obtener una minimización más fiable se puede utilizar el Menú MM2, eligir Minimize Energy (Minimizaenergía) y hacer clic sobre el botón Run (Ejecutar).

• Guardar la nueva estructura con los comandos del Menú File (Archivos).


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Tutorial 2:Const ruir un modelo empleando la Casilla de Text o

Este Tutorial enseña un método diferente a la hora de dibujar una estructura tridimensional.• Con el comando Open (Abrir) recuperemos la molécula de Ciclohexano dibujada en el apartado

anterior.

Una primera función importante de la Casilla de Texto consiste en reemplazar átomos. Para ello,

• Hacer clic sobre la Herramienta de Selección para activarla.• Seleccionar un átomo de Hidrogeno.• Escribir “C” en la casilla de texto y apretar la tecla Envío.

El hidrógeno se transforma en un átomo de Carbono y automáticamente se rellenan las valencias libressiempre que la función de Automatic Rectification (Rectificación Automática) esté activada en el Menú

Preferences (Preferencias).

• Haciendo doble clic sobre otros átomos se introduce otra vez este cambio.

Para minimizar la energía del sistema modificando la geometría se deberá

• Desde el Menú MM2, elegir Minimize Energy (Minimizar energía) y hacer clic sobre el botón Run.

• Guardar la nueva estructura con los comandos del Menú File (Archivos).

Utilizar Subestructuras

La Casilla de Texto se puede usar también para introducir subestructuras enteras, según las reglascontenidas en el apartado “Element List” (Listas de Elementos) del Menú de Ayuda en Línea.

Por ejemplo, para dibujar un modelo del 4-metil-2-pentanol:

En la Casilla de Texto hay que introducir los elementos según las reglas normales de nomenclatura, es decirutilizando las cadenas más largas de átomos de carbono como esqueleto.

• Escribir “CH3CH(CH3)CH2CH(OH)CH3” en la casilla de texto• Hacer doble clic en la Ventana Activa.

Para minimizar la energía de la estructura seguir el procedimiento ya indicado en el párrafo anterior.

Más de 200 Subestructuras se encuentran definidas en Chem3D dentro de la lista “Substructure List”.

Por ejemplo, para dibujar un modelo de Nitrobenceno:

• Escribir Ph(NO2) en la Casilla de Texto.

• Hacer doble clic en la Ventana Activa.


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La Subestructura en este caso es el grupo Fenilo y el punto de conexión es el C1.

Para construir un modelo de Ibuprofeno:

• Escribir (CH3)2CHCH2p-PhenyleneCH(CH3)COOH

En este ejemplo, p-Phenilene y COO se consideran subestructuras.

Tutorial 3:Conformaciones

• Siguiendo los procedimientos ya descritos dibujar un modelo de Etano.

• Desde el Menú Analyze (Análisis) elegir ShowBond Lenghts (Enseñar la Longitud de Enlace), y sucesivamente elegir Show Bond Angles (Enseñar los Angulos de Enlace).

Aquí, aparece una ventana con la información requerida. La columna de datos identificada por “Actual”

difiere de la otra denominada “Optimal” al contener esta última los valores considerados óptimos paradistancias y ángulos de enlaces, es decir los valores que se obtendrían en ausencia de interacciones conotros átomos.


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• Utilizando la Herramienta Track-Ball rodear el modelo hasta obtener una Proyección de Newman, es decir con los dos átomos de carbono eclipsados.

Esta conformación, donde todos los átomos de Hidrógeno se encuentran a la máxima distancia permitidapor la estructura, resulta ser la más estable y con energía mínima. Podemos analizar numéricamente esteresultado calculando la Energía de Repulsión Estérica. Para ello,

• Desde el Menú Analyze (Análisis) elegir Steric Energy (Energía Estérica).

Ahora, aparece una ventana de información numérica donde en la ultima línea se enseña la energía derepulsión Estérica calculada.

Para obtener otra conformación del Etano y definir el cambio energético se puede cambiar el valor delángulo entre dos hidrógenos de los dos átomos de carbono.

Para ello

• Seleccionar el átomo de Carbono.• Utilizar la Barra de Rotación localizada a la izquierda de la ventana activa para llevar a la

conformación eclipsada, o hacer doble clic e introducir el valor de –60º.


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Si se procede ahora a un análisis, se encontrará un valor mayor del precedente, siendo esta unaconformación menos estable al haber aumentado la energía de repulsión entre los átomos de hidrógeno.

Tutorial 4: Transferir Informaciones

Este Tutorial se ocupa de enseñar la posibilidad de intercambiar información entre losdiferentes módulos de ChemOffice Estándar.

Para ello

• Dibujar utilizando ChemDraw una molécula de Benceno.• Utilizando la herramienta de Selección hacer doble clic sobre la estructura para seleccionarla.• Desde el menú Edit (Editar) elegir Copy (Copiar).

• Lanzar Chem3D.• Desde el Menú Edit (Editar) seleccionar Paste (Pegar).

La estructura de ChemDraw se convertirá en una estructura tridimensional usando el estilo de visualizaciónpreseleccionado en el menú de Preferencias:

Ahora es posible trabajar con este modelo o importarlo hacia ChemDraw para realizar una presentación:

• Desde el menú Edit seleccionar Select All (Seleccionar Todo).

• Seleccionar Copy (Copia).• Hacer clic en la ventana de ChemDraw.

• Desde el Menú Edit seleccionar Paste (Pegar).

Si se quiere pegar como estructura bidimensional al copiar desde Chem3D hay que seleccionar Copy As

guía chemoffice 4.5 en español

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