dr. ernesto pérez rueda curriculum vitae marzo,...

http://openwetware.org/wiki/User:Ernesto_Perez-Rueda

Dr. Ernesto Pérez Rueda Curriculum vitae Marzo, 2020.


2

1. DATOS PERSONALES ....................................................................................................... 3

2. FORMACIÓN ACADÉMICA ................................................................................................ 4

3. EXPERIENCIA LABORAL ................................................................................................... 5

4. PUBLICACIONES ................................................................................................................ 6 Artículos arbitrados ........................................................................................................ 6

Capítulos en Libros ...................................................................................................... 12

Resúmenes en extenso ............................................................................................... 13

Divulgación .................................................................................................................. 14

5. FORMACIÓN DE RECURSOS HUMANOS ...................................................................... 15 Estancias Postdoctorales ............................................................................................ 15

Doctorado .................................................................................................................... 15

Maestría ....................................................................................................................... 15

Licenciatura ................................................................................................................. 15

Servicio Social y Estancias de investigación ............................................................... 16

6. DOCENCIA ........................................................................................................................ 17

7. SEMINARIOS Y PLATICAS POR INVITACION ................................................................ 20

8. CONGRESOS .................................................................................................................... 23

9. DISTINCIONES .................................................................................................................. 29

10. ESTANCIAS DE INVESTIGACION Y CURSOS ................................................................ 31

11. EVENTOS ORGANIZADOS .............................................................................................. 32

12. COMITÉS EDITORIALES Y ARBITRAJE ......................................................................... 33

13. FINANCIAMIENTO ............................................................................................................ 34

14. SOCIEDADES Y MEMBRESIAS ....................................................................................... 35


3

1. DATOS PERSONALES Nombre Ernesto Pérez Rueda

Fecha de nacimiento 27 de Febrero de 1972

Lugar de nacimiento Ciudad de México, México

Estado civil Casado

RFC PERE720227Q7A

CURP PERE720227HDFRDR04

CVU 19183

Correo-e [email protected]

Nombramiento Investigador Titular C de T.C. UNAM. Pride D, SNI III.

Idiomas Español (Lengua materna), Inglés (hablado y escrito),

Francés (conocimientos básicos).

Áreas de Interés Bioinformática, Regulación de la Expresión genética,

Evolución del metabolismo. Genómica Comparativa


4

2. FORMACIÓN ACADÉMICA 1. Doctorado en Ciencias Biomédicas. UNAM. Centro de Investigación sobre Fijación

de Nitrógeno. Reconocimiento de motivos estructurales en reguladores

transcripcionales. 29 de Octubre, 1999. Mención Honorífica.

2. Maestría de Investigación Biomédica Básica. UNAM. CIFN. La Posición del Motivo

de Unión al DNA como Indicador Funcional y Evolutivo en Reguladores

Transcripcionales. 6 de Junio, 1997. Mención Honorífica.

3. Licenciatura en Biología. UNAM Facultad de Ciencias. Clasificación y posibles

relaciones funcionales de un conjunto de reguladores transcripcionales de promotores

sigma70 de E. coli. 29 de Junio, 1995.


5

3. EXPERIENCIA LABORAL 1. Investigador Titular C de T.C. Instituto de Investigaciones en Matemáticas

Aplicadas y en Sistemas, Sede Mérida Yucatán. Universidad Nacional Autónoma de

México. Septiembre 2019 a la fecha. Definitivo. 2. Investigador Titular B de T.C. Instituto de Investigaciones en Matemáticas


México. Mayo 2018 a la fecha. Definitivo. 3. Investigador Titular B de T.C. Instituto de Investigaciones en Matemáticas


México. Julio 2016 a Mayo de 2018. Adscripción temporal. 4. Investigador Titular B de T.C. Instituto de Biotecnología. Universidad Nacional

Autónoma de México. Junio 2011 – Julio 2016 a la fecha. Definitivo. 5. Investigador Titular A de T.C. Instituto de Biotecnología. Universidad Nacional

Autónoma de México. 2008 a Junio, 2011. Definitivo. 6. Investigador Asociado C de T.C. Instituto de Biotecnología. Universidad Nacional

Autónoma de México. 2004 -2008.

7. Profesor-Investigador Asociado C. Universidad Autónoma del Estado de Morelos.

Facultad de Ciencias. 2001-2004.

8. Posición Postdoctoral. Universidad Libre de Bruselas, Bélgica. Service de

Conformation de Macromolécules Biologique et Bioinformatique. Dra. Shoshana

Wodak. 2000-2001.


6

4. PUBLICACIONES Artículos arbitrados e indexados en JCR y/o Scopus Citas totales a las publicaciones: 2730. Factor H : 22.

1. Sanchez I. Hernández-Guerrero R, Mendez-Monroy PE, Martinez-Nunez MA,

Ibarra JA and Perez-Rueda E. 2020. Evaluation of abundance of DNA-binding

transcription factors in prokaryotes. Genes. 11(1), 52. Autor para correspondencia.

2. Hernández-Guerrero R, Galan-Vasquez E and Perez-Rueda E. 2019. The protein

architecture in Bacteria and Archaea identifies a set of promiscuous and ancient

domains. PLoS One. 14(12):e0226604. Autor para correspondencia.

3. Galan-Vasquez E and Perez-Rueda E. 2019. Identification of modules with similar

gene regulation and metabolic functions based on co-expression. Frontiers in

Molecular Biosciences. 6, 139. Autor para correspondencia.

4. Castelán-Sánchez HG, Elorrieta P, Romoacca P, Liñan-Torres A, Sierra JL, Ingrid

Vera I, Batista-García RA, Tenorio-Salgado S, Lizama-Uc G, Perez-Rueda E,

Quispe-Ricalde MA, Sonia Dávila-Ramos S. 2019. Intermediate-Salinity Systems

at High Altitudes in the Peruvian Andes Unveil a High Diversity and Abundance of

Bacteria and Viruses. Genes. 10(11), 891.

5. Escobar-Turriza P, Hernández-Guerrero R, Poot-Hernández AC, Rodríguez-

Vázquez K, Ramírez-Prado J, Perez-Rueda E. 2019. Identification of functional

signatures in the metabolism of the three cellular domains of life. PLoS One 14(5):

e0217083. Autor para correspondencia. 6. Santos-Zavaleta A, Perez-Rueda E, Sánchez-Pérez M, Velázquez-Ramírez DA,

Collado-Vides J. 2019. Tracing the phylogenetic history of the Crl regulon through

the Bacteria and Archaea genomes. BMC Genomics. 20, 299. Autor para correspondencia.

7. Denis A, Martinez-Nuñez MA, Tenorio-Salgado S, Perez-Rueda E. 2018.

Dissecting the repertoire of DNA-binding Transcription Factors of the archaeon

Pyrococcus furiosus DSM 3638. Life. 8:40. Autor para correspondencia

8. Perez-Rueda E, Hernandez-Guerrero R, Martinez-Nuñez MA, Armenta-Medina D,

Sanchez I, Antonio Ibarra JA. 2018. Abundance, diversity and domain architecture

variability in prokaryotic DNA-binding transcription factors. PLoS ONE. 13,

e0195332. Autor para correspondencia. 9. Flores-Bautista E, Ludeña C, Rodriguez A, Martínez-Núñez MA, Perez-Rueda E.


7

2018. Functional prediction of hypothetical transcription factors of Escherichia coli

K-12 based on expression data. Computational and Structural Biotechnology

Journal. 16,157-166. Autor para correspondencia. 10. Martínez-Romero E, Rodriguez-Medina N, Beltrán-Rojel M, Silva-Sanchez J,

Barrios-Camacho H, Perez-Rueda E, Garza-Ramos U. 2018. Genome

misclassification of Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae isolated

from plants, animals and humans. Salud Pública de México. 60, 56-62.

11. Avila-Mendoza J, Perez-Rueda E, Urban-Sosa V, Carranza M, Martínez-Moreno

CG, Luna M, Aramburo C. 2018. Characterization and distribution of GHRH,

PACAP, TRH, SST and IGF1 mRNAs in the green iguana. General and

Comparative Endocrinology. 255: 90-101.

12. Rivera-Gomez N, Martinez-Nuñez MA, Pastor N, Rodriguez-Vazquez K, Perez-Rueda E. 2017. Dissecting the Protein Architecture of DNA-Binding Transcription

Factors in Bacteria and Archaea. Microbiology. 163: 1167-1178. Autor para correspondencia.

13. Martínez-Núñez MA, Rodríguez-Escamilla Z, Rodríguez-Vázquez K, Perez-Rueda E. 2017. Tracing the repertoire of promiscuous enzymes along the metabolic

pathways in archaeal organisms. Life. 7, 30.

14. Brambila-Tapia, AJL, Perez-Rueda E, Barrios B, Dávalos-Rodríguez NO, Dávalos-

Rodríguez IP, Cardona-Muñoz EG, Salazar-Páramo M. 2017. Identification of

beta-lactamases and beta-lactam related proteins in human pathogenic bacteria by

comparative proteomics. Current Microbiology. 74:915-920.

15. Casella LG, Weiss A, Perez-Rueda E, Ibarra JA, Shaw LN. 2017. Towards the

Complete Proteinaceous Regulome of Acinetobacter baumannii. Microbial

Genomics. 3.

16. Apolinar–Hernández MM, Peña–Ramírez YJ, Perez-Rueda E, Canto-Canché BB.

Santos-Briones C, O´Connor-Sánchez A. 2016. Identification and in silico

characterization of two novel genes encoding peptidases S8 found by functional

screening in a metagenomic library of Yucatán underground water. Gene 593:154–

161.

17. Reyes-Perez A, Vargas MC, Hernandez M, Aguirre-von-Wobeser E, Perez-Rueda E, Encarnacion S. 2016. Transcriptomic analysis of the process of biofilm formation

in Rhizobium etli CFN42. Archives of Microbiology. 198:847–860.

18. Brambila-Tapia, AJL, Poot-Hernandez CA, Perez-Rueda E, Rodriguez-Vazquez K.


8

2016. Identification of DNA methyltransferase genes in human pathogenic bacteria

by comparative genomics. Indian Journal of Microbiology. 56:134-141.

19. Gama-Castro S, Salgado H, Santos-Zavaleta A, Ledezma-Tejeida D, Muñiz-

Rascado L, García-Sotelo J, Alquicira-Hernández K, Martínez-Flores I, Pannier, L,

Castro-Mondragón J, Medina-Rivera A, Solano-Lira H, Bonavides-Martínez C,

Perez-Rueda E, Alquicira-Hernández S, Porrón-Sotelo L, López-Fuentes A,

Hernández-Koutoucheva A, del Moral-Chávez V, Rinaldi F, Collado-Vides J.

RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression,

motif clustering, and beyond. Nucleic Acids Research. 44:D133-D143.

20. Poot-Hernandez CA, Rodriguez-Vazquez K, Perez-Rueda E. 2015. The alignment

of enzymatic steps reveals similar metabolic pathways and probable recruitment

events in Gammaproteobacteria. BMC Genomics. 16:957. Autor para correspondencia.

21. Perez-Rueda E, Ibarra JA. 2015. Distribution of putative xenogeneic silencers in

prokaryote genomes. Computational Biology and Chemistry. 58:167–172. 22. Martinez-Nunez,M.A. Rodriguez-Vazquez,K. Perez-Rueda E. 2015. The lifestyle of

prokaryotic organisms influences the repertoire of promiscuous enzymes.

PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. 83:1625-1631. 23. Perez-Rueda E. Tenorio-Salgado,S. Huerta-Saquero Balderas-Martinez,Y.

Moreno-Hagelsieb 2015. The functional landscape bound to the transcription

factors of Escherichia coli K-12. Computational Biology and Chemistry, 58:93-103.

Autor para correspondencia. 24. Ortegon P, Poot-Hernandez AC, Perez-Rueda,E, Rodríguez-Vazquez K. 2015.

Comparison of metabolic pathways in Escherichia coli by using genetic algorithms.

Computational and Structural Biotechnology Journal, 13, 277-285. Autor para correspondencia.

25. Pastor N, Davila S, Perez-Rueda E, Segovia L. Segovia L, Martínez-Anaya. 2015.

Electrostatic analysis of bacterial expansins. PROTEINS: Structure, Function, and

Bioinformatics. 83:215–223.

26. Armenta-Medina D, Segovia L, Perez-Rueda E. 2014. Comparative genomics of

nucleotide metabolism: a tour to the past of the three cellular domains of life. BMC

Genomics. 15:800. *Autor para correspondencia. Highly accessed article.

27. Brambila-Tapia, AJL, Pérez-Rueda E. 2014. A functional and phylogenetic

comparison of Quorum Sensing related genes in Brucella melitensis 16M. Journal


9

of Microbiology. 52:709-715. Autor para correspondencia. 28. Brambila-Tapia, AJL, Armenta-Medina D, Rivera-Gomez N, Pérez-Rueda E. 2014.

Main functions and taxonomic distribution of virulence genes in Brucella melitensis

16M. PLoS ONE. 9: e100349. Autor para correspondencia. 29. Avila-Mendoza J, Carranza M, Pérez-Rueda E, Luna M, Aramburo C. 2014.

Characterization of pituitary growth hormone and its receptor in the green iguana

(Iguana iguana). General and Comparative Endocrinology. 203:281-295.

30. Freyre-Gonzalez JA, Manjarrez-Casas AM, Merino E, Martinez-Nuñez MA, Perez-Rueda E, Gutierrez-Rios RM. 2013. Lessons from the modular organization of the

transcriptional regulatory network of Bacillus subtilis. BMC Systems Biology. 7:127.

31. Martinez-Nuñez MA, Poot-Hernandez AC, Rodríguez-Vazquez K, Perez-Rueda E.

2013. Increments and duplication events of enzymes and transcription factors

influence metabolic and regulatory diversity in prokaryotes. PLoS ONE. 8:e69707.

Autor para correspondencia. 32. Balderas-Martínez Y, Savageau M, Salgado H, Perez-Rueda E, Enrique Morett E,

Collado-Vides J. 2013. Transcription factors in Escherichia coli prefer the holo

conformation. PLoS ONE. 8:e65723.

33. Ibarra JA, Perez-Rueda E, Carroll RK, Shaw LN. 2013. Global Analysis of

Transcriptional Regulators in pathogenic Staphylococcus aureus. BMC Genomics,

14, 126. Autor para correspondencia. 34. Tenorio-Salgado S, Tinoco R, Vazquez-Duhalt R, Caballero-Mellado J, Perez-Rueda

E. 2013. Identification of volatile compounds produced by the bacterium Burkholderia

tropica that inhibit the growth of fungal pathogens. Bioengineered. 4. Portada de la Revista.

35. Ibarra JA, García-Zacarias CM, Lara-Ochoa C, Carabarin-Lima A, Tecpanecatl S,

Perez-Rueda E, Martínez-Laguna Y, Puente JL. 2013. Further characterization of

functional domains of PerA, role of amino and carboxy terminal domains in DNA

binding. PLoS ONE. 8: e56977.

36. Huerta-Saquero A, Evangelista-Martínez Z, Moreno-Enriquez A, Perez-Rueda E.

2013. Rhizobium etli asparaginase II: an alternative for Acute Lymphoblastic

Leukemia (ALL). Bioengineered. 4. Por invitación. Portada de la Revista.

37. Perez-Rueda E, Martínez-Núñez MA. 2012. The Repertoire of DNA-Binding

Transcription Factors in Prokaryotes: Functional and Evolutionary Lessons.

Science Progress. 95:233-247. Autor para correspondencia. Por invitación.


10

38. Moreno-Enríquez A, Evangelista-Martínez Z, González-Mondragón E, Calderón-

Flores A, Arreguín R, Perez-Rueda E, Huerta-Saquero A. 2012. Biochemical

characterization of recombinant L-asparaginase (AnsA) from Rhizobium etli, a

member of an increasing Rhizobial-type family of L-asparaginases. J. Microbiology

and Biotechnology. 22:292-300.

39. Tenorio-Salgado S, Huerta-Saquero A, Perez-Rueda E. 2011. New Insights on

Gene regulation in Archaea. Computational Biology and Chemistry. 35:341–346.

*Autor para correspondencia.

40. Knodler LA, Ibarra JA, Perez-Rueda E, Yip C, Steele-Mortimer OS. 2011. Coiled-

coil domains mediate the association of Salmonella type III effectors with host cell

membranes. Cellular Microbiology. 13:1497-1517.

41. Rivera-Gomez N, Segovia L, Perez-Rueda E. 2011. Diversity and distribution of

transcription factors: their partner domains play an important role in regulatory

plasticity in bacteria. Microbiology. 157:2308-2318. *Autor para correspondencia.

42. Santos-Zavaleta A, Gama-Castro MS, Perez-Rueda E. 2011. A comparative

genome analysis of the RpoS Sigmulon shows a high diversity of responses and

origins. Microbiology. 157:1393-1401. Autor para correspondencia

43. Armenta-Medina D, Perez-Rueda, E Lorenzo Segovia, L. 2011. Identification of

functional motions in the adenylate kinase (ADK) protein family by computational

hybrid approaches. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. 79:1662–

1671.

44. Perez-Rueda E. Chandra Janga S. 2010. Identification and genomic analysis of

transcription factors in archaeal genomes exemplifies their functional architecture

and evolutionary origin. Molecular Biology and Evolution. 27:1–11. Autor para correspondencia.

45. Chavez G, Perez-Rueda E, Lizama G, Zúñiga-Aguilar JJ, Gaxiola G, Cuzon G,

Arena L. 2010. Differential gene expression in Litopenaeus vannamei shrimp in

response to diet changes. Aquaculture 300:137-141.

46. Martínez-Núñez MA, Perez-Rueda E, Gutierrez-Rios, RM, Merino E. 2010. New

insights into the Regulatory Network of Paralogous Genes. Microbiology 156:14-

22.

47. Perez-Rueda E, Chandra Janga, S, Martínez-Antonio, A. 2009. Scaling


11

relationship in the gene content of transcriptional machinery in bacteria. Molecular

Biosystems. 5:1494-501.

48. Chandra Janga S, Perez-Rueda E. 2009. Plasticity of transcriptional machinery in

bacteria is increased by the repertoire of regulatory families. Computational Biology

and Chemistry. 33, 261-268. Autor para correspondencia.

49. Hernandez-Montes G, Díaz-Mejía JJ, Perez-Rueda E, Segovia L. 2008. The

hidden universal distribution of amino acids biosynthetic networks: a genomic

perspective on its origins and evolution. Genome Biology. 9:R95. Highly accessed article.

50. Ibarra JA, Perez-Rueda E, Segovia L, Puente JL. 2008. The DNA-binding domain

as a functional indicator: the case of the AraC/XylS family of transcription factors.

Genetica. 133:65-76. Primer autor con Ibarra JA. Autor para correspondencia.

51. Sanchez-Flores A, Perez-Rueda E, Segovia L. 2008. Protein homology detection

and fold inference through multiple alignment entropy profiles. PROTEINS:

Structure, Function, and Bioinformatics. 70:248-256. 52. Hernandez-Mendoza A, Quinto C, Segovia L, Perez-Rueda E. 2007. Ligand-

binding prediction in the Resistance-Nodulation-cell Division (RND) proteins.

Computational Biology and Chemistry. 31:115-123. Autor para correspondencia. 53. Díaz-Mejía JJ, Perez-Rueda E, Segovia L. 2007. A network perspective on the

evolution of metabolism by gene duplication. Genome Biology. 8:R26. Highly accessed article.

54. Hernandez-Lucas I, Ramirez-Trujillo JA, Gaitan MA, Guo X, Flores M, Martinez-

Romero E, Perez-Rueda E, Mavingui P. 2006. Isolation and characterization of

functional insertion sequences of rhizobia. FEMS Microbiol. Lett. 261:25-31.

55. Moreno-Campuzano S, Chandra S, Perez-Rueda E. 2006. Identification and

analysis of DNA-binding Transcription Factors in Bacillus subtilis and other

Firmicutes-A genomic approach. BMC Genomics 7:147. Autor para correspondencia.

56. Gonzalez AD, Espinosa V, Vasconcelos AT, Perez-Rueda E, Collado-Vides J.

2005. TRACTOR_DB: a database of regulatory networks in gamma-proteobacterial

genomes. Nucleic Acids Research. 33:98-102.

57. Perez-Rueda E, Collado-Vides J, Segovia L. 2004. Phylogenetic Distribution of

DNA-binding Transcription Factors in Bacteria and Archaea. A genomic approach.


12

Computational Biology and Chemistry. 28:341-350. Autor para correspondencia. 58. Perez-Rueda E, Collado-Vides J. 2001. Common history at the origin of the

position-function correlation in transcriptional regulators in Archaea and Bacteria.

Journal of Molecular Evolution. 53:172-179.

59. Moreno-Hagelsieb G, Treviño V, Perez-Rueda E, Smith T, Collado-Vides J. 2001

Transcription unit conservation in the three domains of life: a perspective from

Escherichia coli. Trends in Genetics. 17:175-177.

60. Salgado H, Santos-Zavaleta A, Gama-Castro S, Millán-Zárate D, Díaz-Peredo E,

Sánchez-Solano F, Perez-Rueda E, Bonavides-Martínez C, Collado-Vides J.

2001. RegulonDB (version 3.2): Transcriptional regulation and operon organization

in Escherichia coli K12. Nucleic Acids Research. 29:72-74.

61. Perez-Rueda E, Collado-Vides J. 2000. The repertoire of DNA-binding

transcriptional regulators in Escherichia coli. Nucleic Acids Research. 28:1838-

1847.

62. Thieffry, D. Huerta AM, Perez-Rueda E, Collado-Vides J. 1998. From specific gene

regulation to genomic networks: a global analysis of transcriptional regulation in

Escherichia coli. BioEssays, 20:1-8.

63. Perez-Rueda E, Gralla J, Collado-Vides J. 1998. Genomic Position Analysis and

the Transcription Machinery. Journal of Molecular Biology. 27:165-170.

Artículos arbitrados no indexados

1. Martinez-Nuñez MA, Perez-Rueda E. 2016. Do lifestyles influence the presence of

promiscuous enzymes in bacteria and Archaea metabolism?. Sustainable

Chemical Processes. 4:3.

Capítulos en Libros 1. Apolinar–Hernández MM, Perez-Rueda E. O´Connor-Sánchez A. 2019.

Descubrimiento y caracterización de dos nuevos genes de proteasas S8

encontrados por escrutinio funcional de una biblioteca metagenómica del Acuífero

de Yucatán. SMBB. 279-295.

2. Poot-Hernández AC, Rodríguez-Vázquez K, Hernández-Guerrero R, Perez-Rueda E. 2019. De los genomas al metabolismo celular: el estudio sistemático y

comparativo del metabolismo. SMBB. 335-358.

3. Arena-Ortiz L, Rojas-Herrera R, Apodaca-Hernandez J, Perez-Rueda E. 2013


13

Flora Bacteriana en Camarones. En Recursos Genéticos Microbianos en la zona

Golfo-Sureste de México. Volumen I. Editores M. Gamboa, R. Rojas.

4. Hernández-Montes G, Armenta-Medina D, Perez-Rueda E. 2013. Evolution of metabolism: A network perspective of the amino acid biosynthesis pathways.

Dubitzky,W.e.a. Encyclopedia of Systems Biology. Springer.

https://doi.org/10.1007/978-1-4419-9863-7_1163

5. Perez-Rueda E, Rivera-Gomez N, Martinez-Nuñez MA, Tenorio-Salgado S. 2012.

Evolution of DNA-binding Transcription Factors and Regulatory Networks in

Prokaryotes in: Filloux,A.A.M. Evolution of regulatory networks in bacteria Horizon

Scientific Press. 333-346. Indizado. Autor para correspondencia. Indexado. 6. Collado-Vides J, Moreno-Hagelsieb G, Perez-Rueda E, et al. 2002 Genomics of

Gene Regulation: The view from Escherichia coli in: Gene Regulation and

Metabolism: Post-Genomic Computational Approaches eds. Collado-Vides J. and

Hofestadt R. MIT Press.

Resúmenes en extenso 1. Sánchez-Domínguez I, Mendez PE, Perez-Rueda E. 2019. Prototype of a

Multivariable Measurement System. In: González Díaz C. et al. (eds) VIII Latin

American Conference on Biomedical Engineering. Indexado.

2. Armenta-Medina D, Perez-Rueda E. 2015 Hybrid approaches for the detection of

networks of critical residues involved in functional motions in protein families. BMC

Bioinformatics. 16:A8. Resumen con arbitraje. Indexado. 3. Perez-Rueda, E, Chandra Janga S, Martinez-Antonio A. 2009. Scaling

relationship in the gene content of transcriptional machinery in bacteria.

International Conference & Meetings EMBnet-RIBio. Quintana Roo, México. Resumen con arbitraje

4. Rivera-Gomez N, Segovia, L, Perez-Rueda E. 2009. Transcriptional machinery in

bacteria is modified by the repertoire of ligand-binding domains of regulatory

families. International Conference & Meetings EMBnet-RIBio. Quintana Roo,

México. Resumen con arbitraje. 5. Ortegon-Cano P, Perez-Rueda E, Rodríguez-Vazquez K. 2009. A genetic

algorithm for múltiple alignment of metabolic pathways. International Conference &

Meetings EMBnet-RIBio. Quintana Roo, México. Resumen con arbitraje. 6. Diaz-Mejia JJ, Perez-Rueda E, Segovia L. 2005. The puzzling nature of cell wall


14

anabolism: enzyme recruitment within and across pathways. FEBS JOURNAL 272:

83-84. Resumen con arbitraje. Indexado.

Divulgación

1. Perez-Rueda E. Explorando a un microorganismo amante de las altas

temperaturas 18/02/2019. Detrás del paper. Revista Quiu.

2. Perez-Rueda E. Las proteínas también son promiscuas. 17/10/2017. Detrás del

paper. Detrás del paper. Revista Quiu.

3. Perez-Rueda E. La genómica comparativa y su utilidad para entender las

enfermedades bacterianas. 04/04/2017. Detrás del paper. Revista Quiu.

4. Perez-Rueda E. Todo se puede regular en la naturaleza?. 25/07/2016. Detrás del

paper. Revista Quiu

5. Perez-Rueda E. Esos pequeños microbios llamados Arqueas. 27/06/2016. Detrás

del paper. Detrás del paper. Revista Quiu

6. Perez-Rueda E. Para qué sirven los análisis bioinformáticos?. EL caso de la

bacteria Escherichia coli. 03/03/2016. Detrás del paper. Revista Quiu. 7. Perez-Rueda E Comment on Atlas of Science: Escherichia coli K-12 as a model to

understand gene regulation. 2015.

8. Perez-Rueda E. La ciencia en los medios. La Unión de Morelos. 05/02/2015.

9. Perez-Rueda E. ¿Morir a los 40?. La Unión de Morelos. 03/07/2014.

10. Poot-Hernández C, Armenta-Medina D, Perez-Rueda E. “¿Cómo podemos

estudiar el metabolismo celular utilizando enfoques teóricos?” Enero, 2014. La

Unión de Morelos. Ingreso a la Academia de Ciencias de Morelos. 11. Perez-Rueda E. “Los cambios climáticos y sus efectos en la diversidad biológica".

La Unión de Morelos. 25/10/2013.

12. Perez-Rueda E. Niveles históricos de CO2 atmosférico: Una llamada de atención".

La Unión de Morelos. 12/01/2013.

13. Perez-Rueda E, Santos-Zavaleta A, Patino-Guerrero EA. 2012. Lo que hay detrás

de las biopelículas bacterianas ¿perjudiciales o benéficas?. Hypatia, 43.

14. Perez-Rueda E, 2011. Lo conocido de los desconocidos microbios llamados

“Arqueas”. Hypatia, 40.


15

5. FORMACIÓN DE RECURSOS HUMANOS Estancias Postdoctorales

1. Dr. Edgardo Galán Vásquez. DGAPA-UNAM. 2019-2020. IIMAS-Yucatán.

2. Dra. Aniel Brambila Tapia. CONACYT 2012-2013. IBt-UNAM.

Doctorado 1. Pedro Escobar Turriza. Doctorado en Ciencias Biológicas. CICY. Candidato a

Doctor. En proceso. 2. Augusto Cesar Poot Hernández. Doctorado en Ciencias Bioquímicas. Concluida.

Abril, 2016. Mención Honorífica. IBt-UNAM. 3. Dagoberto Armenta Medina. Doctorado en Ciencias Bioquímicas. Concluida.

Marzo, 2015. IBt-UNAM

4. Nancy Rivera Gómez. Doctorado en Ciencias Biomédicas. Concluida. Abril, 2013. IBt-UNAM

Maestría 1. Patricia Ortegón Cano. 2011. Maestría en Ciencias e Ingeniería de la

Computación. Concluida. IIMAS, UNAM.

2. Alberto Santos Zavaleta. 2004. Maestría en Biotecnología. CIB-UAEM. Concluída. Mención Honorífica.

Licenciatura 1. Luis Martínez Liu. Universidad Autónoma de Yucatán.. En Proceso. IIMAS-

Mérida.

2. Emanuel Flores Bautista. Universidad Autónoma de Yucatán.. Concluida. 10 de Junio de 2019. IIMAS-Mérida.

3. Jhonatan Hernández Valdés. Licenciatura. Facultad de Química. Universidad

Nacional Autónoma de México. Concluida, 2013. 4. Mónica Ivonne Peñaloza. 2007. Lic. en Investigación Biomédica Básica.

Universidad Nacional Autónoma de México. 5. Eduardo Estrada Rivera. 2005. Biológo. Facultad de Ciencias Biológicas.

Universidad Autónoma del Estado de Morelos.. 6. Patricia G. Ortegón Cano. 2005. Lic. Ciencias de la Computación. Universidad

Autónoma de Yucatán. Facultad de Matemáticas. Mención Honorifica.

7. Gerardo A. May Ruiz. 2005. Lic. Ciencias de la Computacion. UADY. Facultad de

Matemáticas.

8. Nancy Rivera Gomez. 2004. Biológo. Facultad de Ciencias Biológicas. Universidad


16

Autónoma del Estado de Morelos.

Servicio Social y Estancias de investigación 1. Alexandre Rafael Lenz. Marzo - Junio 2020. Universidade de Caxias do Sul - UCS

2. Eduardo Martínez. Universidad Mayor. Noviembre – Diciembre, 2019.

3. Luis Martínez Liu. UADY. 2019.

4. Iván González Torres. CICESE. 2018.

5. Rafael de Jesús Hernández Guerrero. Universidad Autónoma de Yucatán. 2017. 6. Juan José Colín Salinas. Universidad Politécnica de Morelos. 2017. 7. Maiana Oliveira. Laboratório Nacional de Computação Científica/LNCC/MCTI.

Brasil. 2015

8. Elsy Carolina León Leyva. Verano de la Investigación Científica. Facultad de

Medicina. Universidad Juárez Autónoma de Tabasco. 2015.

9. María Antonia Denis Morales. Verano de la Investigación Científica. Facultad de

Medicina. Universidad Juárez Autónoma de Tabasco. 2015.

10. Enrique Quintana Kageyama. Lic. en Ciencias Genómicas. Estancia de

Investigación. 2008 - 2009.

11. Samadhi Moreno. Servicio Social. Facultad de Ciencias - UAEM 2005.

12. Gerardo A. May Ruiz. Verano de la Investigación Científica. Facultad de

Matemáticas. Universidad Autónoma de Yucatán. 2004.

13. Patricia Ortegón Cano. Verano de la Investigación Científica. Facultad de

Matemáticas. Universidad Autónoma de Yucatán. 2004.

14. Patricia Pegueros. Prácticas profesionales. Instituto Tecnológico de Zacatepec.

2004.

15. Nancy Rivera Gómez. Servicio Social. Facultad de Ciencias Biológicas- UAEM.

2002-2003.

16. Laura Medina Castro. Verano de la Investigación Científica. Programa DELFIN.

Universidad Autónoma de Nayarit. 2003.


17

6. DOCENCIA 1. Principios de Bioinformática. Posgrado en Ingeniería Química. UADY. Enero-

Mayo 2020.

2. Introducción a la Bioinformática. Ingeniería en Biotecnología. UADY. Enero- Mayo

2020.


2019.

4. Introducción a la Bioinformática. Posgrado en Ciencias e Ingeniería de la

Computación. UNAM. Enero- Mayo 2018.


2018.


2017.

7. Curso Basico de Bioinformática. Doctorado en Ciencias. CICESE. 01/Junio/2012 -

11/Agosto/2012

8. Curso Basico de Biologia Molecular. Doctorado en Ciencias. CICESE.

01/agosto/2011 - 11/noviembre/2011

9. Herramientas bioinformáticas en el estudio de la regulación transcripcional en

procariotes. 5 horas a la semana. Instituto de Biotecnología de 11/03/2011 a

15/06/2011.

10. Alineamientos múltiples. Métodos de Clustalw, Pileup, T-coffee y Muscle.

Bioinformática. Enero 2011 – Junio 2011. Facultad de Ciencias, UAEM.

11. Fundamentos y Metodologías de las Interacciones proteína-proteína. Posgrado en

Maestria y Doctorado C. Bioquímicas 4 horas a la semana. Instituto de

Biotecnologíia de 11/08/2010 a 15/12/2010.

12. Análisis de secuencias en genomas completos: El caso de los reguladores

transcripcionales. Posgrado en Posgrado en Ciencias Genómicas. UACM 4 horas

a la semana. Universidad Autónoma de la Ciudad de México de 19/10/2010 a

19/10/2010.

13. Bioinformática. Posgrado en Doctorado en Genética Humana 20 horas a la

semana. Universidad de Guadalajara de 06/06/2010 a 11/06/2010.

14. Bioinformática. Licenciatura en Biología. 4 horas a la semana (Docente). Facultad

de Ciencias, Ciudad Universitaria de 02/09/2010 a 02/09/2010.

15. Programacion en Perl, Html y Java. Semestre 10-1 del Programa de Maestría y


18

Doctorado en Ciencias Bioquímicas, IBT-UNAM. 2009.

16. Herramientas bioinformáticas para el análisis de proteínas. III Simposio de

Espectrometría de Masas, Proteómica Celular y Molecular. 8 - 12 Noviembre,

2009. Sociedad Mexicana de Proteómica. San Luis Potosí, México.

17. Métodos y estrategias en Bioinformática 09-2 del Programa de Maestría y


18. Herramientas bioinformáticas para el análisis de proteínas. Curso de Proteómica:

teórico-práctico. Sociedad Mexicana de Proteómica. Instituto Nacional de Salud

Pública-Instituto de Biotecnología-UNAM. 20 al 24 de abril, 2009. Cuernavaca-

Morelos.

19. Análisis de secuencias en genomas completos: El caso de los reguladores

transcripcionales. Posgrado en Ciencias Genómicas. Universidad Autónoma de la

Ciudad de México. 14 de Octubre de 2009. México, D.F.

20. Primer curso taller regional de Bioinformática” con la asistencia de 35

investigadores y estudiantes de posgrado. Universidad Anáhuac del Mayab. 22 al

26 de Junio, 2009. http://www.umdi.unam.mx/bioinfo/Blog

21. Aplicaciones de la Bioinformática en la investigación microbiológica. Maestría en

Ciencias en Biotecnología Genómica. Centro de Biotecnología Genómica. 9 de

Septiembre 2008.

22. Métodos y estrategias en Bioinformática. Semestre 08-2 del Programa de Maestría

y Doctorado en Ciencias Bioquímicas, IBT-UNAM.

23. Programacion en Perl, Html y Java. Semestre 08-1 del Programa de Maestría y


24. Módulo de “Identificación de Factores Transcripcionales en Bacterias y Arqueas.

Reconstruyendo redes regulatorias” Curso de Bioinformática. Universidad

Autónoma de la Ciudad de México. 29 de Noviembre, 2006.

25. Métodos y estrategias en Bioinformática. Semestre 07-1 del Programa de Maestría

y Doctorado en Ciencias Bioquímicas, IBT-UNAM.

26. Regulación de la transcripción en bacterias. Curso de Biología Molecular. Maestría

en Ciencias Bioquímicas. 26-29/04/2006. 8 hrs.

27. Redes regulatorias y metabólicas: evolución de su topología y dinámica. Tópico

selecto. Semestre 05-2. Maestría y Doctorado en Ciencias Bioquímicas, IBT-

UNAM. Febrero-Junio, 2005.3 hrs por semana.

28. Regulación de la transcripción en bacterias. 26-29/10/2005.8 hrs.


19

29. Regulación de la transcripción en bacterias. 27-30/04/2004.8 hrs.

30. Bioinformática. Licenciatura en Ciencias. 01/2004 – 06/2004. 5 hrs por semana

31. Biología II. Licenciatura en Ciencias. 08/2003 – 01/2004. 5 hrs por semana


33. Bioinformática. Maestría en Biotecnología. 03/2003. Centro de Biotecnología

Genómica. IPN.

34. Biología II. Licenciatura en Ciencias. 08/2002 – 01/2003. 5 hrs por semana


36. Bioinformática. Doctorado en Biofísica. 08/2001 – 01-2002. 5 hrs por semana.

37. Bioinformática I y II. México. 4 y 11 de Mayo, 2001. Escuela Nacional de Ciencias

Biológicas. I.P.N. Maestría y Doctorado. 04/2001 del 04/2001. 10 hrs.

38. Jurado del 9º Concurso Preparatoriano de Ciencias que organiza la Facultad de

Ciencias-UAEM en conjunto con el CIPROCYT, el 22 de Junio de 2001 en

Cuernavaca, Mor.

39. Regulación Transcripcional en procariotes. Agosto-Diciembre, 1999. IBT-UNAM.


20

7. SEMINARIOS Y PLATICAS POR INVITACION 1. Introducción a la bioinformática. Inferencia funcional por comparación de

biomoléculas. 3ra Escuela de Invierno. Diciembre de 2019. Mérida, Yucatán.

IIMAS-Mérida.

2. Identificando similitudes en el metabolismo celular. No somos tan diferentes (los

humanos) a las bacterias. EOBM /ENBM. 4 – 8 de Noviembre, 2019.

3. La promiscuidad de los factores transcripcionales en procariotes. Frontiers in

Genomics. 8 de Octubre, 2019. Cuernavaca, Morelos. México.

4. Comparación de metabolismo en Bacterias. I Escola Latino Americana de

Bioinformatica para las ciencias Omicas. 03 al 07 de junio, 2019. LNCC / MCTIC,

Petrópolis, RJ Brasil.

5. Explorando la regulación genética en procariotes con genomica comparativa. I

Escola Latino Americana de Bioinformatica para las ciencias Omicas. 03 al 07 de

junio, 2019. LNCC / MCTIC, Petrópolis, RJ Brasil.

6. Introducción a la bioinformática. Inferencia funcional por comparación de

biomoléculas. 2da Escuela de Invierno. Enero de 2019. Mérida, Yucatán.

7. Análisis bioinformáticos a la carta. El caso de la regulación genética y el

metabolismo. 13 de noviembre, 2018. CICY, con motivo de los 39 años de su

fundación.

8. Genómica comparativa en procariontes. Descubrimientos y retos. 9 de Noviembre

2018.Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia. UADY.

9. Análisis bioinformáticos. Simposio de Computación. IIMAS-CU. 21 de Septiembre.

2018.

10. Análisis de los mecanismos de regulación genética por genómica comparativa.

Seminario de Ciencias. ITESM, Monterrey. 3 de Septiembre de 2018.

11. Predicción funcional de proteínas bacterianas utilizando herramientas

bioinformáticas. 24 de Noviembre, 2016. Universidad Marista de Mérida.

12. Introducción a la Bioinformática. 18 de Marzo, 2016. Mérida, Yucatán. ISICS,

2016.

13. Análisis de los mecanismos de regulación genética por genómica comparativa. 14

de Abril, 2016. Simposio internacional de Bioinformática. Morelos 2016.

14. Entendiendo la regulación de la expresión genética usando genómica comparativa.

23, Octubre 2014. VII Congreso de Biotecnología y Bioingeniería del Sureste,

Mérida, Yucatán.


21

15. La bioinformática como un ejemplo de acercamiento de la biología y la

computación. 9 de Septiembre, 2014. Facultad de Matemáticas, UADY, Mérida,

Yucatán.

16. Qué es y para que sirve la Bioinformática. Taller de Aspectos Científicos y

Tecnológicos de la Bionanotecnología", 24 al 28 de Agosto, 2011. Centro de

Nanociencias y Nanotecnología. Ensenada B.C. México.

17. Bioinformática. Primer Coloquio Estatal de la Maestría en Tecnologías de la

Información. UABC. Ensenada, Baja California. Marzo, 2010

18. Nuevas pistas en la maquinaria de regulación transcripcional en las Arqueas.

2009. Instituto de Química, UNAM. 27 de Noviembre de 2009. Dr. León Martínez.

19. Sesión “Herramientas bioinformáticas para el análisis de proteínas” en el “III

Simposio de Espectrometría de Masas, Proteómica Celular y Molecular: 8 - 12

Noviembre, 2009. Sociedad Mexicana de Proteómica. San Luis Potosí, México.

20. Evolución de la Expresión Genética en Bacterias. 2004. Museo del Instituto de

Geología - UNAM. Ciclo La ciencia se difunde. Dra. Sandra Ramírez.

21. Análisis de los reguladores transcripcionales en Bacterias y Arqueas.

Departamental de Ingeniería Celular y Biocatálisis. IBT. UNAM. Marzo, 2004.

22. Astrobiología desde México. Es posible la vida fuera de la tierra? Facultad de

Ciencias-UNAM. Julio, 2003.

23. Primer Ciclo de Seminarios 2002/2003 de los Cuerpos Académicos: Regulación de

la expresión génica y Regulación de la respuesta inmune. La regulación genética

en bacterias desde una perspectiva de E. coli. Marzo, 2003.

24. Centro de Biotecnología Genómica del Instituto Politécnico Nacional. Evolución de

los factores de la transcripción en bacterias y arqueas: Un enfoque genómico.

Marzo, 2003.

25. II Reunión de la Sociedad Mexicana de Astrobiología. Sociedad Mexicana de

Astrobiología Cuernavaca, Morelos. México Agosto 2002.

26. Seminario Institucional. Instituto de Ciencias-Benemérita Universidad Autónoma de

Puebla. Puebla, México. Regulación de la expresión genética en bacterias y

arqueas... un enfoque genómico. 24 de Mayo, 2002.

27. Seminario Institucional. Instituto de Ecología-UNAM. México, D.F. Evolución de los

factores de transcripción en bacterias: Un enfoque genómico. Abril, 2002.

28. The Evolution of Transcriptional Regulation in Prokaryotes. Gordon Research

Conference. Ventura, California. Estados Unidos. Enero, 2002.


22

(http://www.grc.uri.edu/programs/2002/origin.htm).

29. Seminario Facultad de Ciencias-UAEM. Cuernavaca, Morelos. México. La

regulación genética desde una perspectiva genómica. Octubre, 2001.

30. Seminario Facultad de Ciencias-UAEM. Cuernavaca, Morelos. México. Análisis de

Traza Evolutiva en homeoproteínas. Febrero, 2001.


23

8. CONGRESOS 1. Sanchez, I, Méndez PE, Bravo J, Perez-Rueda E. 2019. Evaluación de los

modelos de distribución de las familias proteicas. Reunión Anual. SIAM – Sección

México. Diciembre 9 – 11, 2019. Ensenada, B.C. México.

2. Escobar-Turriza P, Hernández-Guerrero R, Perez-Rueda E. 2019. Identification of

functional signatures in the metabolism of prokaryotes and eukaryotes. 4th

International Symposium in Functional Genomics and Systems Biology. Mérida,

Yucatán. México November 20 – 22, 2019. Yucatán. México.

3. Galan-Vasquez E and Perez-Rueda E. 2019. Co-expressed gene modules share

similar function and regulation. XLI National meeting of the Mexican Association of

Microbiology (AAM); VI meeting of biochemistry and molecular biology of bacteria

(BBMB). October 27 – 31, Oaxaca, México.

4. Sanchez, I, Méndez PE, Perez-Rueda E. 2019. Prototype of a Multivariable

Measurement System. VIII Latin American Conference on Biomedical Engineering.

Cancún, Quintana Roo. October 2 – 5, 2019.

5. Galan-Vasquez E and Perez-Rueda E, Ugalde E. 2019. Reduccion de redes de

regulación en base a criterios dinámicos. 52 Congreso Nacional de la Sociedad

Matemática Mexicana. Octubre 20 – 25, Monterrey, México.

6. Escobar-Turriza P, Hernández-Guerrero R, Perez-Rueda E. 2019. Identification of

functional signatures in the metabolism of prokaryotes and eukaryotes. BioPhys

Mexico City 2019. Frontier Science at the Intersection of Physics, Math and

Biology. September 4 – 6, 2019.

7. Flores-Bautista E, Ludeña C, Rodriguez A, Pérez-Rueda E. Functional prediction

on hypotetical Transcription Factors of Escherichia coli K-12. 6-10 de Noviembre.

2017. 6º Congreso de la Rama de Fisicoquímica Estructura y Diseño de Proteínas.

Durango, México.

8. Pérez-Rueda E. Diversity of protein domains on bacterial and archaeal TFs.

Biological Physics, 17-19 Mayo, 2017. México.

9. Arena-Ortiz L, Chiappa-Carrara X, Apodaca-Hernández J, Pérez-Rueda E. Taxonomical diversity identified by massive sequencing in the wetlands of Sisal,

Yucatán. IV Congreso de Bioquímica y Biología Molecular de Bacterias. 4 -8 de

Octubre de 2015. Puebla.

10. Armenta-Medina D, Pérez-Rueda E. Hybrid approaches for the detection of

networks of critical residues involved in functional motions in protein families.


24

European Student Council Symposium 2014. Strasburgo, Francia.

11. Pérez-Rueda E. Entendiendo la regulación de la expresión genética usando

genomica comparativa. VII Congreso de Biotecnología y Bioingeniería del Sureste.

22 -24 de Octubre, 2014. Yucatán.

12. Pérez-Rueda E, Martínez-Nuñez, M.A, Tenorio-Salgado S, Rivera-Gomez N, Poot-

Hernandez AC, Armenta-Medina D, Segovia L. 2013. Transcription factors in

Archaea: A functional chimera of bacterial and eukaryal regulators Gordon

Research Conference on Archaea: Ecology, Metabolism & Molecular Biology.

07/28 - 08/02 at Renaissance Tuscany Il Ciocco Resort in Lucca (Barga) Italy.

13. Rivera N, Pérez-Rueda E. 2012. II Congreso Mexicano de Ciencias de la

Complejidad. UNAM. CONACyT. 22-24 de octubre. Ciudad de México.

14. Martínez-Nuñez, M.A., Poot Hernández C, Rodríguez Vazquez K, Pérez-Rueda E,

2012. Comparative analysis of bacterial and archaeal genomes using the repertoire

of enzymes and transcription factors. From Functional Genomics to Systems

Biology. EMBO Conference Series. EMBL Heidelberg, Germany. 17-20 November

2012.

15. Poot Hernández C, Rodríguez Vazquez K, Pérez-Rueda E, 2012. Estudio

comparativo del metabolismo de Gamma Proteobacterias mediante alineamientos

de pasos enzimáticos. II Congreso mexicano de Ciencias de la Complejidad.

Ciudad Universitaria, México, D.F.

16. Poot Hernández C, Rodríguez Vazquez K, Pérez-Rueda E, 2012. A comparative

study of Gamma Proteobacteria Metabolism. EMBO conference series: From

Functional Genomics to Systems Biology. Heidelberg, Alemania del 17 al 20 de

Noviembre de 2012.

17. Martínez-Nuñez, M.A., Poot Hernández C, Pérez-Rueda E, Rodríguez Vazquez K.

2012. El repertorio de enzimas y factores de transcripción influyen en la

complejidad de los procariontes. II Congreso Mexicano de Ciencias de la

Complejidad. UNAM. CONACyT. 22-24 de octubre. Ciudad de México.

18. Poot Hernández C, Rodríguez Vazquez K, Pérez-Rueda E. 2011. Una estrategia

general para el estudio comparativo del metabolismo mediante alineamientos de

pasos enzimáticos. IV Simposio de espectometría de masas – Proteómica celular

y molecular. Puebla, Pue. 8 al 11 de Noviembre.

19. Rivera N, Segovia L, Pérez-Rueda E. 2011. The diversity and distribution of TFs

and their partner domains play an important role in the regulatory plasticity in


25

prokaryotes, Meeting Genome Informatics, Cold Spring Harbor, Nueva York, USA.

Nov, 2011.

20. Rivera N, Segovia L, Pérez-Rueda E. La maquinaria de regulación en bacterias es

modificada por el repertorio de dominios de los factores transcripcionales. XXVIII

Congreso Nacional de la Sociedad Mexicana de Bioquímica, Tuxtla Gutierrez,

Chiapas, 06/11/2010-12/11/2010.

21. Aviles-Gomez E, Rojas-Herrera, Pérez-Rueda E, Arena-Ortiz Bacterias ácido

lácticas en el estómago, hepatopáncreas e intestino de Litopenaeus vannamei. II

Congreso internacional de interacciones microbianas 2010, Puebla, Puebla,

11/10/2010-13/10/2010.

22. Aviles-Gomez E, Rojas-Herrera, Maldonado-Manjarrez, Pérez-Rueda E, Arena-

Ortiz. Efecto del ayuno en la microbiota presente en el estómago, hepatopáncreas

e intestino de Litopenaeus vannamei. II Congreso internacional de interacciones

microbianas 2010. Puebla, Puebla, 11/10/2010-13/10/2010.

23. Sesión “Herramientas bioinformáticas para el análisis de proteínas” en el “III

Simposio de Espectrometría de Masas, Proteómica Celular y Molecular: 8 - 12

Noviembre, 2009. Sociedad Mexicana de Proteómica. San Luis Potosí, México.

24. Perez-Rueda, E, Chandra Janga S, Martinez-Antonio A. Scaling relationship in the

gene content of transcriptional machinery in bacteria. International Conference &

Meetings EMBnet-RIBio 2009 Quintana Roo, México. *Resumen con arbitraje

25. Rivera-Gomez N, Segovia, L, Perez-Rueda E. Transcriptional machinery in

bacteria is modified by the repertoire of ligand-binding domains of regulatory

families. International Conference & Meetings EMBnet-RIBio 2009 Quintana Roo,

México. *Resumen con arbitraje. 26. Ortegon-Cano P, Perez-Rueda E, Rodríguez K. A Genetic Algorithm for multiple

alignment of metabolic pathways. International Conference & Meetings EMBnet-

RIBio 2009. Quintana Roo,, México. *Resumen con arbitraje. 27. Sandoval-Hernández M, Pérez-Rueda E, Martínez-Bartneche J, Fierro NA

Rosenstein Y. Regulation of cytokine, chemokine and growth factor genes through

CD43 and TCR signals. The ninth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust

conference on Genome Informatics, New York. October 27-30, 2009.

28. Armenta D, Rivera-Gómez N, Segovia L, Pérez-Rueda E. 2008. Identificación y

análisis de los reguladores transcripcionales en bacteroidetes desde una

perspectiva genómica. XXVII Congreso Nacional de Bioquímica. Mérida, Yuc., del


26

16 al 21 de Nov.

29. Díaz-Mejía JJ, Hernandez-Montes G, Pérez-Rueda E, Segovia L. 2008. The role

of alternative branches (alternologs) in the evolution of metabolism: mixing

genomics and network tools. ISMB. Toronto, Canada. Julio.

30. Sandoval M, Pérez-Rueda E, Martinez-Bartneche J, Rosenstein Y. 2007.

Regulacion de los genes de citocinas a traves de las senales de CD43 y el TCR.

Veracruz, Mexico.

31. Diaz-Mejia JJ, Pérez-Rueda E, Segovia L. 2006. Metabolism evolution by enzyme

recruitment: a network perspective. Gordon Research Conference on the Origin of

Life. Maine, E.U.A.

32. Diaz-Mejia JJ, Pérez-Rueda E, Segovia L. 2006. Metabolism evolution by enzyme

recruitment: a network perspective. NetScience, E.U.A..

33. Chandra Janga S. Pérez-Rueda E. ISMB 2006. Poster. Plasticity of transcriptional

regulatory machinery revealed from whole genome comparison. Agosto 6-10 2006.

Fortaleza, Brasil.

34. Biomedicine in the post-genomic era. 2005. Instituto Nacional de Enfermedades

Respiratorias.

35. Diaz-Mejia JJ, Pérez-Rueda E, Segovia L. 2005. The puzzling nature of cell wall

anabolism: enzyme recruitment within and across pathways. 30th FEBS Congress

- 9th IUBMB Conference. Budapest, Hungria.

36. Estrada, E. Pérez-Rueda, E. Gonzalez, R. 2004. III Congreso Nacional de

Virología. Poster. Análisis y predicción estructural de la proteína E4 ORF3 del

adenovirus humano serotipo 5 Febrero 25-28, 2004. Morelia, Michoacán, México.

37. From RegulonDB to a Multigenomic Microbial database of operon organization and

gene regulation. Salgado, et al. The 10th International conference on intelligent

systems for molecular biology. 3-7 de Agosto, 2003. Edmonton, Canada.

http://www.ismb02.org/

38. Estrada, E. Gonzalez, R. Pérez-Rueda, E. 2003. Primeras jornadas de las

Ciencias Biológicas. XVI Semana de Investigación escolar Dr. J. Félix Frías

Sánchez. Análisis y predicción estructural de la proteína E4 ORF3 del adenovirus

humano serotipo 5. Cuernavaca, Morelos. México.

39. Rivera-Gomez N. Pérez-Rueda E. 2003. Primeras jornadas de las Ciencias

Biológicas. XVI Semana de Investigación escolar Dr. J. Félix Frías Sánchez.

Análisis filogenético y estructural de la familia de resistencia múltiple a antibióticos


27

(MarR) en procariotes in silico. Cuernavaca, Morelos. México.

40. Rivera-Gomez N. Pérez-Rueda E. 2002. Poster Análisis filogenético y estructural

de la familia de resistencia múltiple a antibióticos (MarR) en procariotes.

Noviembre 2002. XXIV Congreso Nacional de Bioquímica. Sociedad Mexicana de

Bioquímica Puerto Vallarta, México. 200211/02.

41. Rivera-Gómez N. Pérez-Rueda E. 2002. Análisis filogenético y estructural de la

familia de resistencia múltiple a antibióticos (MarR) en procariotes. Semana de la

Investigación Escolar. Facultad de Ciencias Biológicas. UAEM. Cuernavaca,

Morelos. México.

42. Pérez-Rueda E. 2002. The Evolution of Transcriptional Regulation in Prokaryotes.

Speaker. Gordon Research Conference. Ventura, California. Estados Unidos. 6-11

de Enero, 2002. Platica por invitación.

(http://www.grc.uri.edu/programs/2002/origin.htm).

43. Gaidos E. Pérez-Rueda E, Newman. 2001. A Full-Genome Survey of

Transcriptional Regulation in Proteobacteria. Poster Presentation. Posters Topic 1:

Strategies for adaptation and survival. 9th International Symposium on Microbial

Ecology. (ISME) August 26 - 31; Amsterdam, the Netherlands.

44. Collado-Vides J. et al. The Complete Repertoire of Regulators and Operons in

Escherichia coli K-12: Comparison Between Literature Knowledge and

Transcriptome Experiments. Genomes 2000: International Conference on Microbial

and Model Genomes. ASM and Pasteur Institute April 11-15, 2000 Paris, France.

45. Pérez-Rueda E. Collado-Vides. Prediction and analysis of transcriptional factors of

E. coli. Theory and Mathematics in Biology and Medicine. Amsterdam, The

Netherlands. June 28-July 3, 1999.

46. Pérez-Rueda E. Collado-Vides. Predicción de proteínas reguladoras con HTH en

arqueobacterias. XXII Congreso Nacional de Bioquímica. Sociedad Mexicana de

Bioquímica. Noviembre 1-6 1998. Mérida, Yucatán.

47. Pérez-Rueda E. Gralla J Collado-Vides J. Regulatory proteins: A new approach in

the transcription machinery. 24th Aharon Katzir-Katchalsky Conference,

Bioinformatics-Structure. 10th anniversary of SwissProt, 25th anniversary of PDB.

Jerusalem, Israel. Noviembre, 21-24, 1996.

48. Thieffry, Pérez-Rueda E. et al. Integration of Gene Regulatory Data: Application to

E. coli and S. cerevisiae. HTML Poster. 2nd Internet World Congress on

Biomedical Science 95, Mie University School of Medicine, Japon. Diciembre,


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1995.

49. Gralla, Pérez-Rueda E., Collado-Vides. Third International E. coli Genome

Meeting, November 4-8, 1994. Marine Biological Laboratory Woods Hole,

Massachussetts. An Overview of the Regulation of Gene Expression: Analysis of

Regulatory Domains and Regulatory Proteins.

50. VIII International Congress of Parasitology. IZMIR. Identification of Antigens of

Trypanosoma cruzi Recognized by Rural Population from Morelos State, Mexico.

Octubre, 1994.

51. The First International Workshop on Integrative Approaches to Molecular Biology.

CIFN, Cuernavaca Morelos, Mexico. Febrero 20-24, 1994.

52. Décimo Congreso Nacional de Inmunología. Utilización de las Técnicas de ELISA

y WESTERNBLOT para el Diagnóstico de la Enfermedad de Chagas.

Octubre,1993.


29

9. DISTINCIONES 1. Research Fellow del Centro de Genómica y Bioinformática de Universidad Mayor,

en Chile, a partir del 2018.

2. Sistema Nacional de Investigadores (SNI) Nivel III. 2017 – 2021. 3. Beca al desempeño académico PRIDE Nivel D. 2016-2020. 4. Miembro de la Academia de Ciencias de Morelos. 2014. 5. Sistema Nacional de Investigadores (SNI) Nivel II. 2013 – 2016.

6. Beca al desempeño académico PRIDE Nivel D. 2011-2016.

7. Premio 2009 Thompson Reuters al artículo Thieffry D, Huerta AM, Perez-Rueda

E & Collado-Vides J. (1998) From specific gene regulation to genomic networks: a

global analysis of transcriptional regulation in Escherichia coli. Bioessays, 20, 433-

440.

8. Beca al desempeño académico PRIDE Nivel C. 2008-2011.

9. Beca EMBO para estancias cortas. 2006. 10. Beca al desempeño académico PRIDE Nivel B. 2005 – 2008.

11. Beca al desempeño académico PAIPA Nivel B. 2004.

12. Beca al para profesores con perfil deseable. PROMEP 2002-2004.

13. Premio al Mejor poster de la ISMB. The 10th International conference on intelligent

systems for molecular biology. 2003.

14. Medalla Alfonso Caso. PDCB-UNAM. 2002

15. Sistema Nacional de Investigadores (SNI) Nivel I. 2001-2012.

16. Beca para asistir a la Gordon Research Conference. California, Estados Unidos.

2001.

17. Catédra de Repatriación de CONACYT. UAEM. Facultad de Ciencias. 2001.

18. Beca CONACYT. Estancia Postdoctoral. UCMB-Université Libre de Bruxelles.

Bélgica. 2000-2001

19. Mención Honorífica. 1999. Examen para obtener el grado de Doctor en Ciencias.

1999.

20. Beca para asistir al congreso Theory and Mathematics in Biology and Medicine.

Amsterdam, Holanda. 1999.

21. Candidato a Investigador Nacional. Sistema Nacional de Investigadores.

22. PAEP-UNAM. Apoyo para realizar estudios doctorales. 1997.

23. Groupe Boursiers PED. Beca para realizar una estancia de Investigación en la

Universidad Libre de Bruselas. 1998.


30

24. Beca Doctorado. CONACYT, Dirección General de Asuntos del Personal

Académico-UNAM. 1998.

25. Beca para asistir al taller: Identifying features in Biological Sequences. Aspen

Center for Physics. Aspen, Colorado. Estados Unidos. 1997.

26. Mención Honorífica Examen para obtener el grado de Maestro en Investigación

Biomédica Básica. 1997.

27. Beca para asistir al 24th Aarón Katzir-Katchalsky Conference, Bioinformatics-

Structure. 10th anniversary of SwissProt, 25th anniversary of PDB. Jerusalem,

Israel. 1996.

28. Beca Maestría Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT). 1995.


31

10. ESTANCIAS DE INVESTIGACION Y CURSOS 1. Estancia Sabática. Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y

Sistemas. México. Enero – Junio, 2016.

2. UMDI-Sisal. Facultad de Ciencias. Yucatán, México. Agosto, 2014 - Julio 2015.

3. Estancia Sabática. Wiilfrid Laurier University. Waterloo. Canada. Octubre, 2011-

Septiembre 2012.

4. UMDI-Sisal. Laboratorio de Biología Molecular. Yucatán, México. Dra. Leticia

Arena y Dr. Alberto Muñoz. Diciembre de 2008.

5. MCR. Laboratorio de Biologia Molecular. Cambridge, Inglaterra. Dra. Sarah

Teichmann. 2006.

6. Centre for Computational Biology. The Hospital for Sick Children. Toronto, Canada.

Dra. Shoshana Wodak. 2004.

7. Facultad de Matemáticas. Universidad Autónoma de Yucatán. Dr. Luis Alberto

Ubando. 2004

8. Service de Conformation de Macromolécules Biologique et Bioinformatique

(SCMBB). Université Libre de Bruxelles. Belgica Dra. Shoshana Wodak. 2003.

9. The Institute for Genomic Research.. Rockville, MD. Estados Unidos. Dr. Jonathan

Eisen. 2002.

10. Workshop on Molecular Evolution. Julio-Agosto, 2000. Woods-Hole , Mass.USA.

11. Laboratorio de la SCMBB. Centre de Biologie Structurale et Bioinformatique

(CBSB). Université Libre de Bruxelles. Belgica. Dra. Shoshana Wodak. 1998.

12. Identifying features in Biological Sequences. Junio, 1997. Aspen Center for

Physics. Aspen, Colorado. USA.

13. Fundamentos del Sistema SAS. Julio, 1994. Statistical Applied Software. SAS

Institute S.A. de C.V. México, D.F.


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11. EVENTOS ORGANIZADOS 1. Organización del 4th International Symposium in Functional Genomics and

Systems Biology. Mérida, Yucatán, del 20-22 de Noviembre de 2019. Instalaciones

del ITM, CINVESTAV, Mérida. IIMAS-Mérida.

2. Organización de las Jornadas en Ciencias Omicas y Bioinformática. Mérida,

Yucatán, del Ciclo Junio – Noviembre de 2019. Instalaciones del CINVESTAV,

Mérida. IIMAS-Mérida.

3. Organización del 3rd International Symposium in Functional Genomics and

Systems Biology. Mérida, Yucatán, Agosto, 2018. Instalaciones del CINVESTAV,

Mérida. IIMAS-Mérida.

4. Organización del “The First International Symposium in Functional Genomics and

Systems Biology”. del 8 al 10 de Agosto de 2018. Instalaciones del CINVESTAV,

Mérida.

5. Organización del Simposio en Bioinformática: Enfoques computacionales para

resolver problemas biológicos. del 19 al 21 de Octubre de 2016. Instalaciones del

Parque Científico y Tecnológico, UNAM.

6. Taller de Biocomputación dentro del congreso de la Escuela Nacional de

Computación, 2014, 2015, en la que participaron 20 personas con sede, Oaxaca y

Baja California.

7. Organización e impartición del “Primer curso taller regional de Bioinformática” de la

Red Nacional de Bioinformática. http://www.umdi.unam.mx/bioinfo/Blog. 35

investigadores y estudiantes de posgrado. Instalaciones de la Universidad

Anáhuac del Mayab del 22 al 26 de Junio, 2009.

8. Comité científico del "International Conference & Meetings" EMBnet-RIBio 2009.

9. ISSOL 2OO2. OAXACA. NASA, UNAM. 07/2002. Organizador de la sesión de

genómica evolutiva. Dr. Peter Gogarten.

10. UAEM. 07/2001. Organización de 10 coloquios en biología, matemáticas y física.


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12. COMITÉS EDITORIALES Y ARBITRAJE 1. PLOS ONE Editorial Board, a partir del 2019.

2. Frontiers in Molecular Biosciences. Editor Asociado (Invitado). 2019. IIMAS,

Mérida.

3. Bioinformatics. Estados Unidos. Referee

4. Nucleic Acids Research. Estados Unidos Referee

5. Genome Research. Estados Unidos Referee

6. Archaea. Canada. Comité editorial. 2002-2008 Referee

7. Research Microbiology Referee

8. BMC Genomics Referee


34

13. FINANCIAMIENTO 1. CYTED (P918PTE0261). Desarrollo de consorcios bacterianos para el tratamiento

de enfermedades neurodegenerativas. 2019-2021.

2. PAPIIT-UNAM. (IN-201117). Comparación y Predicción de rutas metabólicas

utilizando algoritmos genéticos, programación dinámica y Cadenas ocultas de

Markov: Un enfoque. genómico. 2017-2019.

3. PAPIIT-UNAM. (IN-204714). Reconstrucción y caracterización de la red regulatoria

en Arqueas. 2014-2016.

4. CONACYT-Ciencia Básica 2010. No. 155116. Comparación de rutas metabólicas

utilizando algoritmos genéticos: Un enfoque genómico.

5. PAPIIT-UNAM. (IN-209511). Reconstrucción de redes regulatorias en Arqueas.

2011-2013.

6. Apoyo a tutorías para estudiantes de licenciatura (SNI-42605). CONACYT-SNI.

7. PAPIIT-UNAM. (IN-217508). Filogenómica de los reguladores transcripcionales

bacterianos. 2008-2010.

8. PROMEP-SEP. Análisis de la transcripción desde una perspectiva genómica.

Apoyo a Nuevos Profesores con perfil PROMEP

9. PROMEP-SEP. Apoyo a la formación de cuerpos académicos. Regulación de la

Expresión génica. 2003-2004.


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14. SOCIEDADES Y MEMBRESIAS 1. Miembro de la Academia de Ciencias de Morelos. 2014 – 2019.

2. Vocal de la Sociedad Mexicana de Proteómica. 2010-2011.

3. Socio fundador y actualmente tesorero de la Sociedad Mexicana de Ciencias

Genómicas. Cuernavaca, Morelos. México. Fundada el 9 de Febrero, 2001.

dr. ernesto pérez rueda curriculum vitae marzo,...

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