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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Reacciones enzimáticas
Sergio Huerta OchoaUAM-Iztapalapa
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
�aturaleza Industria química
Síntesis de compuestos orgánicos
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
La naturaleza de las enzimas
1) La reacción química se lleva a cabo
bajo condiciones suaves
2) Acción específica de acuerdo a la 2) Acción específica de acuerdo a la
clase de enzima
3) Tasas de reacción muy rápidas
4) Numerosas enzimas para diferentes
objetivosEnzymes at work (www.novozymes.com)
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Clase Enzimas Industriales
1. Oxidoreductasas Peroxidasas, catalasas, glucosa
oxidasas, lacasas
2. Transferasas Fructosil-transferasas, glucosil-
Enzimas típicas usadas en procesos industriales
2. Transferasas Fructosil-transferasas, glucosil-
transferasas
3. Hidrolasas Amilasas, celulasas, lipasas,
pectinasas, proteasas, pululanasas
4. Liasas Pectato-liasas, αααα-acetolactato
decarboxilasas
5. Isomerasas Glucosa isomerasa
6. Ligasas �o son usadas actualmente
Enzymes at work (www.novozymes.com)
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Algunos ejemplos de enzimas industriales y sus usos
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Algunos ejemplos de enzimas industriales y sus usos
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Mercado mundial de enzimas industriales($1,500,000 USD en el año 2000)
(McCoy, 2000)
10 %
25 %
Enzimas técnicas (Industrias: Detergentes, almidón, textil, curtidos, pulpa y
papel, y cosméticos
Enzimas en la industria alimentaria: láctea, cerveza, vinos y jugos, grasas y
aceites, y panificación.
Enzimas en alimentación animal
65 %
25 %
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Puntos principales de la aplicación comercial de
un catalizador enzimático
• Velocidad de reacción
(actividad catalítica)(actividad catalítica)
• Extensión de la reacción
(constante de equilibrio)
• Duración de la actividad
(estabilidad)
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Energía de activación
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Diseño de biorreactores
reactorroi VvSSF =− )(
Balance de materia
ννννr = velocidad de reacción
F, S0
F, Si
donde:
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Departamento de Biotecnología
Leyes fundamentales de la cinética
• Velocidad de la reacción
v0
[P]
[A]0
• Orden de la reacción
---- = v = k
---- = v = k CA CB
Orden uno
Orden cero
Orden dos
t
d[P]
dt
---- = v = k CAd[P]
dt
d[P]
dt
A P
A P
A + B P
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Consideraciones al definir el orden de una reacción
• No se puede decir que todas las
reacciones poseen un cierto ordenreacciones poseen un cierto orden
(Reacciones complejas)
• No se debe intentar deducir el orden de
una reacción de su ecuación
estequiométrica
(Depende del mecanismo de la reacción)
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Departamento de Biotecnología
Sitio activo y formación del complejo: enzima-sustrato
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Departamento de Biotecnología
Diferentes modelos de enlace enzima-sustrato
Efecto de proximidad y efecto de orientación
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Modelo de ajuste inducido
Hexoquinasa
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Departamento de Biotecnología
S P
Modelo llave-cerradura
ES
k 1
k -1
k cat
E E
E + S
k 1
k -1
ES
k cat
E + P
E
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Departamento de Biotecnología
Los experimentos cinéticos revelan propiedades
enzimáticas
Cinética química
• Los experimentos examinan la cantidad de producto
(P) formado por unidad de tiempo (∆∆∆∆[P] / ∆∆∆∆t)
• Velocidad (v) – la tasa de una reacción
(varía con la concentración de reactante)
• Constante de la tasa (k) – indica la velocidad o
eficiencia de una reacción
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Cinética enzimática
• Complejo enzima-substrato (ES) - complejo formado
cuando el substrato específico se enlaza al sitio activo de la
enzima
• Cuando [S] >> [E], cada enzima enlaza una molécula de
substrato (la enzima esta saturada con el substrato)
• Bajo estas condiciones la tasa depende solamente de [E],
y la reacción es pseudo-primer orden
E + S ES E + P
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Velocidad inicial (vo)
• La velocidad al inicio de una reacción catalizada
enzimáticamente es
vo (velocidad inicial)
• k1 y k-1 representan una rápida asociación
/disociación no covalente de substrato del sitio
activo de la enzima
• kcat = constante de la tasa para formación de
producto de ES
E + S ES E + P k1
kcat
k-1
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Curva de progreso para una reacción catalizada
enzimáticamente
• La velocidad inicial (vo) es la
pendiente de la porción lineal pendiente de la porción lineal
inicial de la curva
• La tasa de la reacción se duplica
cuando se usa el doble de
enzima
![Page 22: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/22.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Leonor Michaelis
1875-1949
Maud Menten
1879-1960
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Consideraciones de equilibrio rápido(Ecuación de Henri-Michaelis-Menten)
E + Sk 1
k -1ES
k cat E + P
[ ] [ ] [ ]ESEE t +=
[ ]ESkv cat=
1. Reacciones involucradas
2. Balance de masa
3. Velocidad limitante
[ ][ ]
[ ] [ ]ESE
ESk
E
v cat
t +=
[ ][ ][ ]
[ ] [ ] [ ]EK
SES
ES
SEK
S
S =∴= ,
[ ]
[ ] [ ]
[ ] [ ] [ ]EK
SE
EK
Sk
E
v
S
S
cat
t +=
[ ][ ]SK
S
V
v
Smax +=
4. Dividir por [E]t
5. Expresión de equilibrio
6. Sustituir en términos de [E]
7. Donde Vmax = kcat
[E]t
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
JBS HaldaneBriggs
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Consideraciones de estado estacionario(Ecuación de Briggs-Haldane)
E + S
k 1
k -1ES
k catE + P
[ ] [ ] [ ] ( ) [ ]ESkkSEkdt
ESdcat ⋅+−⋅= −11
[ ]0=
dt
ESd
1. Reacciones involucradas
2. Balance de masa
3. En estado estacionariodt
[ ] [ ][ ] M
cat Kk
kk
ES
SE=
+=
⋅ −
1
1
[ ]ESkv cat=
[ ][ ]
[ ] [ ]ESE
ESk
E
v cat
t +=
[ ][ ]SK
S
V
v
M +=
max
4. Constante de Michaelis
6. Dividir por [E]t
8. Donde Vmax = kcat [E]t
5. Velocidad limitante
[ ]
[ ] [ ]
[ ] [ ] [ ]EK
SE
EK
S
Ek
v
M
M
tcat +=
7. Sustituyendo [ES]
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
ννννVmax
Cinética de Michaelis-Menten
[S]KM
Vmax
2
νννν = Vmax [S]
KM + [S]
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
La ecuación de Michaelis-Menten
• La Velocidad máxima (Vmax) se alcanza cuando una enzima está
saturada con el substrato (alta [S])
• A altas [S] la tasa de reacción es independiente de [S] (orden • A altas [S] la tasa de reacción es independiente de [S] (orden
cero con respecto a S)
• A bajas [S] la reacción es de primer orden con respecto a S
• La forma de una curva vo versus [S] es una hipérbola
rectangular, indicando saturación del sitio activo de la enzima
conforme [S] se incrementa
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Gráficas de velocidad inicial (vo) versus [S]
(a) Cada punto vo vs [S] se obtiene
de un experimento cinético
(b) La constante de Michaelis (KM)
iguala la concentración de
substrato necesario para
alcanzar ½ de la velocidad
máxima
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Departamento de Biotecnología
El significado de KM
• KM = [S] cuando vo = 1/2 Vmax
• K ≅ k / k = K (es la constante de disociación • KM ≅ k-1 / k1 = Ks (es la constante de disociación enzima-substrato ) cuando kcat << k1 or k-1
• Entre más bajo sea el valor de KM, más ajustado
será el enlace del substrato
• KM puede ser una medida de la afinidad de E for S
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
KM y concentraciones de substrato fisiológicas
• Los valores de KM para las • Los valores de KM para las
enzimas son típicamente
arriba de [S], tal que las
tasas enzimáticas son
sensibles a pequeños
cambios en [S]
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Departamento de Biotecnología
• La constante catalítica (kcat) – constante de la tasa de orden uno
para la conversión de complejo ES a E + P
Las constantes cinéticas indican la actividad
enzimática y la especificidad
para la conversión de complejo ES a E + P
• kcat es más fácilmente medible cuando la enzima esta saturada con
S
• La relación kcat /KM , llamada también coeficiente de
especificidad, es una constante de segundo orden para
E + S E + P
a bajas concentraciones de [S]
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Departamento de Biotecnología
Significados de kcat y kcat/KM
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Ejemplos de constantes catalíticas
Enzyme kcat(s-1)
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Departamento de Biotecnología
Valores of kcat/KM
• kcat/KM puede aproximar la tasa de
encuentro de dos moléculas no cargadas
en solución (108 to 109 M-1s-1)en solución (108 to 109 M-1s-1)
• kcat/KM es también una medida de la
especificidad de la enzima por diferentes
substratos (constante de especificidad)
• Aceleración de la tasa = kcat/KM
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Cálculo de KM y Vmax
La gráfica doble-
recíproca
Lineweaver-Burk es Lineweaver-Burk es
una transformación
lineal de la gráfica de
Michaelis-Menten
(1/vo versus 1/[S])
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
[ ] [ ]PS−
Consideración de estado estacionario
Reacciones reversibles
E + S ES E + P
k1
k -1
k2
k -2
[ ] [ ]
[ ] [ ]ps
p
r
s
mm
m
max
m
dmax
neta
K
P
K
S
K
PV
K
SV
v
++
−
=1
[ ]tmax EkVd 2= [ ]tmax EkV
r 1−=
1
12
k
kkK
sm−+
=2
12
−
−+=
k
kkK
pm
Donde:
![Page 38: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/38.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Inhibición por substrato(Consideración de equilibrio rápido)
E + S ESk cat
E + P
[ ] [ ] [ ]+[ΕS2]ESEEt
+=
[ ]
1. Reacciones involucradas
2. Balance de masa
+S
ES2
KS
KI
[ ]ESkv cat=
[ ][ ]
[ ] [ ]ESE
ESk
E
v cat
t +=
[ ][ ][ ]ES
SEKS= ,
[ ]
[ ][ ]
[ ] [ ]E
EK
Sk
E
v
[ ]EK
S
S
S
cat
t +=
[ ]SK
[ ]SV
v
Smax +=
3. Velocidad limitante
4. Dividir por [E]t
5. Expresiones de equilibrio
6. Sustituir en términos de [E]
7. Donde Vmax = kcat [E]t
+ [ES2]
[ ][ ][ ]ES2
SESKI=
[ ]EK
S
S
+ [ ]2
[ ]2S+KI
KI
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Inhibición por substrato
10.0000
15.0000
20.0000
25.0000
V n
mol/l*m
in
0.05
0.1
0.15
0.2
0.25
1/v
[ ] [ ]SKVVSV
K
v I
M
maxmaxmax
1111++=
[ ]
[ ] [ ]i
MK
SSK
SVv
2
max
++
=
0.0000
5.0000
0.00E+00 2.00E+06 4.00E+06 6.00E+06
[S] nM
V n
mol/l*m
in
0
0.05
0.00E+00 5.00E-06 1.00E-05 1.50E-05
1/[S]
-1/KM
1/Vmax
KM/Vmax
1/V
1/[S]
[ ] iM KKS =max
[ ] maxmax
111
VSV
K
v
M +=
KI se calcula de:
[S]max
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Los inhibidores de enzimas son importantes por varias
razones
Inhibición enzimática
razones
1) Pueden ser usados para obtener información acerca de la forma del sitio
activo de la enzima y los residuos de amino ácidos en el sitio activo
2) Pueden ser usados para obtener información acerca del mecanismo químico
3) Pueden ser usados para obtener información acerca de la regulación o control
de una vía metabólica
4) Pueden ser muy importantes en el diseño de medicamentos
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Sistemas de inhibición simple
• Inhibición competitiva
• inhibición no competitiva
• Inhibición acompetitiva
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
ES
KS k p
E
S
E
PI
Modelo de inhibición competitiva
EE E
EI
KiE + S
KS
ES
k p
E + P
+
I
Ki
EI
[ ][ ] [ ]SK
IK
S
V
v
i
S
max +
+
=
1
Consideración de equilibrio rápido
E
![Page 43: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/43.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
1/v0 Incremento de
[I]
Inhibición competitiva
1/[S]-1/KM
1/Vmax
[I]-KI
Pend.
KM aumenta
Vmax no cambia
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Ki
I
S
E+PES
Ki
KSE
Modelo de inhibición no competitiva
Ki Ki
KSESIEI
E + S ES E+P
KS
EI + S ESI
KS
+
IKi Ki
+
I[ ]
[ ][ ]SK
S
K
I
V
v
S
i
max +=
+1
Consideración de equilibrio rápido
![Page 45: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/45.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
1/v0
Inhibición no competitiva
Incremento de
[I]
1/[S]-1/KM
1/Vmax
[I]-KI
Inter.
KM no cambia
Vmax disminuye
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Modelo de inhibición acompetitiva
K
E + P
E S ES+
I+
KS
kcat
E + S
Ki
ESI
I+
KS
ES E + P
ESI
Ki
kcat
[ ]
[ ]
[ ][ ]S
K
I
K
S
K
I
V
v
i
m
i
max +
+
=
+ 11
Consideración de equilibrio rápido
![Page 47: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/47.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
1/v0
Incremento de
[I]
Inhibición acompetitiva
KM disminuye
V disminuye
1/[S]-1/KM
1/Vmax
[I]-KI
Inter.
Vmax disminuye
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Equilibrio rápido en sistemas bi y tri-reactantes
E + A + B EAB E + P
donde:
1. La aproximación de equilibrio rápido es útil y válida
para los sistemas de enlace aleatorio
2. La mayoría de las enzimas que catalizan secuencias de reacciones
ordenadas se prefiere la aproximación de estado estacionario
B = Sustrato
A = Cosustrato, coenzima o coactivador
�otas:
E = Enzima
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Sistemas bi-reactantes aleatorios
E + B EB
+
A+
A
KB
αααα K
[ ] [ ]
[ ] [ ] [ ] [ ]BABA
BA
max
KK
BA
K
B
K
A
KK
BA
V
v
⋅⋅
+++
⋅⋅
=
α
α
1
EA + B EAB E + P
KA
αααα KB
αααα KA
kp
Consideración de equilibrio rápido
![Page 50: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/50.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Sistemas bi-reactantes ordenados
E + A EA + B EAB E + P
[ ] [ ]
[ ] [ ] [ ]BAA
BA
max
KK
BA
K
A
KK
BA
V
v
⋅++
⋅
=1
Consideración de equilibrio rápido
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Sistemas tri-reactantes aleatorios
EABEABC
EAEAC
E + P + Q + R
+ C
ββββ KC
+ C
αααα ββββ KC
[ ] [ ] [ ]
[ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ]CBACBCABACBA
CBA
max
KKK
CBA
KK
CB
KK
CA
KK
BA
K
C
K
B
K
A
KKK
CBA
V
v
⋅⋅⋅⋅⋅
+⋅⋅
+⋅⋅
+⋅⋅
++++
⋅⋅⋅⋅⋅
=
γβααβγ
γβα
1
Consideración de equilibrio rápido
EB
E EC
+ C
KC
EBC+ C
αααα KC
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Sistemas tri-reactantes ordenados
kp
KA KB KC
E EA EAB
KP KQ KR
EQR ER E
Sistema Ter Ter ordenado
[ ] [ ] [ ]
[ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ]CBABAA
CBA
max
KKK
CBA
KK
BA
K
A
KKK
CBA
V
v
⋅⋅+
⋅++
⋅⋅
=1
(EABC EPQR)kpE EA EAB EQR ER E
Consideración de equilibrio rápido
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Multisitios de enlace de sustrato
Sitios de enlace no cooperativos
[ ] [ ]
[ ] n
n
SS
max S
K
S
K
S
V
v
+
+
=
−
1
1
[ ]S
max
K
SV
+1
[ ][ ]SK
S
V
v
Smax +=
Si todos los sitios de enlace son equivalentes, n moléculas de enzina de un
sitio sencillo de enlace, producen la misma curva de velocidad de una
molécula de n sitios de enlace
![Page 54: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/54.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
0.7
0.8
0.9
1.0
Enzimas alostéricas
(a)
[S]
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
v
0.0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
Comparación de curvas de velocidad.
(a) Respuesta hiperbólica, (b) respuesta sigmoidal
(b)
Enzima alostérica
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Enzimas alostéricas
Sitios de enlace cooperativos(Modelo de interacción simple: Adair Pauling)
E + S ES E + PKS kp
Ejemplo: Enzima con dos sitios de enlace
E + S ES E + P
+
S
+
S
SE + S SES SE + P
ES + P
P + Eαααα KS
KS
kpkp
αααα KS
![Page 56: Síntesis de compuestos orgánicos - Páginas Web ...sgpwe.izt.uam.mx/files/users/uami/sho/Tema_1_Reacciones... · Departamento de Biotecnología Diseño de biorreactores F(S i −S](https://reader030.vdocumento.com/reader030/viewer/2022020114/5ba9b48909d3f236608cef15/html5/thumbnails/56.jpg)
Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Ejemplo: Enzima con cuatro sitios de enlace
Enzimas alostéricas
Sitios de enlace cooperativos(Modelo de interacción simple: Adair Pauling)
[ ] [ ] [ ] [ ]
[ ] [ ] [ ] [ ]423
4
32
3
2
2
423
4
32
3
2
2
4641
33
SSSS
SSSS
max
cKba
S
bKa
S
aK
S
K
S
cKba
S
bKa
S
aK
S
K
S
V
v
++++
+++
=
Consideración de equilibrio rápido
Vmax = 4 kp [E]tdonde:
Ejemplo: Enzima con cuatro sitios de enlace
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Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Enzimas alostéricas
Si la cooperatividad de los sitios en el enlace del sustrato
es muy marcada
Ecuación simplificada para enzimas alostéricas
(Ecuación de Hill)
[ ][ ]nn
max SK
S
V
v
+=
'
es muy marcada
n = número de sitios de enlace de sustrato por molécula de enzima
K’ = Constante que involucra los factores de interacción y a la constante
de disociación intínseca
Donde: