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8/18/2019 Charla 6 Abril 2016
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MODELADO MOLECULAR YCALCULO DE PROPIEDADES –
HERRAMIENTASCOMPUTACIONALES
Resumen: En esta charla se resentaranherram!entas "#s!cas ara el $!"u%& ' m&$ela$&$e m&l(culas) Tam"!(n se resentara la *&rma
en +ue se calculan r&!e$a$es electr,n!cas '
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Por Modelado Molecular entendemos:
La generación, manipulación y/o representación deestructuras moleculares realistas y de suspropiedades fisicoquímicas.
Una aplicación simplista y poco rigurosa de laQuímica Computacional
n muc!os casos se suele usar como sinónimo deQuímica Computacional si "ien a"arca menos que
esta.
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# uso de la mec$nica cu$ntica, la mec$nicaestadística y de otros aspectos de la físicamolecular, química%física y fisicoquímica paradeterminar propiedades moleculares
Modelado Molecular
&spectos de la in'estigación en química que sonfacilitados o !ec!os posi"les por las computadoras
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H.O
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M&l(cula !m&rtanteara la -!$a es lacl&r&/la0 resente en laslantas ' 1rac!as a la
cual se r&$uce el*en,men& $e la
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ADN
ATP
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()*#+&
un "r&nc&$!lata$&rren(r1!c&
sures!,n $e
sensac!,n $ensanc!&
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-M*#& M-LCUL&*
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**&M#+&0C-MPU&C#-+&L0
+&1&)-* % 2*-30*
PLU%#+ 4&U5#L#&* 1#0U&L#6&*M-LCUL&07
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5#0+ P*-*&M&0 4soft8are7 *&U#-0
9 C-M*C#&L0 QU P*M#+ )#2U&*4M-)L&*7 M-LCUL&0 9 C&LCUL&*P*-P#)&)0 ) L&0 M#0M&0
9P*CM&1-&)*-&2)#
CM2#--((#C
M-L&U00#&+1#3
-*C&-*-0
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HYPERCHEM
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CHEMBIOOFFICE
,
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La creac!,n $elh&m"re
M!1uel 3n1el
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Se $!s&ne $e un cluster $e 4 n&$&sc&n*&rma$& &r el s!1u!ente e+u!am!ent&:Se!s c&muta$&ras $e $&"le r&cesa$&r5e&n 6788 +ua$ c&re $e cuatr& n9cle&s ' susresect!-&s $!sc&s0 c&n mem&r!as +ue -an $e
a ;4 are $e cluster!?ac!,n es ROC@S 4).) En este Cluster se encuentra !nstala$& ela+uete ORCA en su -ers!,n 7)8)7 '
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P*)C#* P*-P#)&)0 M-LCUL&*0
-M*#& 9 P&*&M*-0M-LCUL&*0
)#0&+C#&0 ) +L&C
&+UL-0 ) +L&C+*;&0 ) +L&C
&M&
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HOMO am&n!ac&
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La parte superior del $tomo de o=ígeno aparece decolor ro>o indicando la presencia de dos pares solitariosde electrones.l o=ígeno tam"i?n es m$s electronegati'o que elcar"ono. Las $reas en las que los $tomos de !idrógeno@so"resalen@ aparecen de color aAul ya que !ay poca
densidad de electrones.
MP
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Relación cuantitativaestructura-actividad (en inglés,
Quantitative structure-activityrelationship, QSAR, o bien,quantitative structure-propertyrelationship, QSPR)
Actividad !(propiedades "sicoqu#$icas y%o propiedadesestructurales)
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PROPIEDADES ESPECTROSCOPICAS
ESPECTROS ELECTRONICOSESPECTROS VIBRACIONALES IR Y RAMANESPECTROS RMNPREDICCIÓN DE PROPIEDADES
FARMACOLOGICASMECANISMOS DE REACCIÓN
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Calidad de los c$lculos teóricos utiliAados
l criterio para seleccionarlos 0u aplica"ilidad y el modelo químico utiliAado #nterpretación correcta de los resultados.
Computadoras noresuel'en
los pro"lemasl operador lo !ace
▼ Aumento en la caac!"a" "e c#lculo $ %o!e"a"e& '%#(!ca& "ela& comuta"o%a&
▼ P%o'%ama& m#& )am!'a*le&+ $ econ,m!co&
stas !erramientas est$n al alcance de la mayoría de losla"oratorios, sin em"argo de"emos tener cuidado de ponerlas en
manos e=pertas
Modelos ine=actos !ipótesis erróneas malos resultados
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&est's seguroque con unanari grandepodr's volar
B
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I=RACIONES *+./ARS
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ASI
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TERMO-.IMICA
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COMPLEJO Cu Flavonoide
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COMPLEJO Cu- Flavonoide
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El -u/m!co comutac!onal 0ue'acon o%*!tale& molecula%e&
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con o%*!tale& molecula%e&m!ent%a& $o t%a*a0o "u%o en el
la*o%ato%!o
1Po% 2u3 el -u/m!coe4e%!mental cu!"a &u&e&t%uctu%a& como a unte&o%o5
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B CU+- #MP- -M&* LL&* & &QULL&@#**& P*-M#)&@ D
"Estén preparados paraenfrentar el futuro,
porque el futuro viene ygeneralmente llegamucho antes de que
nosotros estemos listos para abandonar el
presente" 0 2 .si$adia
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M.CHAS GRACIAS