ciencimetría para la historia de la taxonomía: colecciones y tipos de información
DESCRIPTION
La sistemática y/o taxonomía es la subdisciplina de la biología encargada de la descripción, la nomenclatura, la clasificación, la teoría y la historia de la clasificación de los seres vivos, incluyendo sus bases, principios, procedimientos y reglas. Constituye el sistema de referencia de la biología, porque una de sus tareas principales consiste en descubrir, identificar, nombrar y clasificar a los seres vivos, pero aun no se ha cumplido con este objetivo básico e imprescindible, de hecho se encuentra lejos de cumplir su cometido. La variabilidad total de seres vivos de un lugar o un área determinados se denomina diversidad biológica y/o biodiversidad, en nuestro tiempo todavía no existe consenso respecto a la cantidad de especies que habitan el planeta, a tal grado, que no se conoce de manera certera el orden de magnitud del número de especies que habitan el planeta, pues se manejan cifras de estimación desde 5 hasta 50 millones de especies. Algunos cálculos sugieren que solo han sido descritas cerca del 10% de las especies existentes, 17 países (cerca del 10% del total de países en el mundo) son los denominados megadiversos pues albergan la máxima riqueza biológica posible del planeta, seis de ellos son latinoamericanos: Brasil, Colombia, Ecuador, México, Perú o Venezuela individualmente tienen más especies de plantas, vertebrados e invertebrados que la mayoría de las naciones del planeta; contienen nueve de las 10 ecoregiones más ricas en especies de plantas del mundo; y incluyen siete de las 25 regiones más ricas en endemismos del planeta. Sin embargo, muchas de las especies de esta región están siendo afectadas negativamente por actividades humanas, particularmente por la conversión de ecosistemas. De ahí la trascendencia de la investigación histórica sobre taxonomía biológica sobre la región: la producción de inventarios bióticos, fomentar los estudios sobre la descripción y clasificación de nuevas especies y otros taxones, los estudios florísticos o faunísticos y los análisis filogenéticos, todas ellas tareas de la sistemática y la biogeografía. La taxonomía fue seguramente la primera forma de conocimiento Biológico, la historia de la Biología, hasta el siglo XIX se centró en la historia la historia natural, que tenía como uno de sus funciones la de nombrar y clasificar a las especies, para lo cual se organizaban grandes expediciones para describir la flora y la fauna desconocidas, se tomaban muestras, notas, se hacía dibujos y se preservaban especímenes que se catalogaban y se mantenían en las colecciones. Esta tarea básica y cotidiana del naturalista no ha cambiado, en esencia es repetida por los taxónomos del siglo XXI aunque varios de sus principios teóricos, metodológicos y técnicos han evolucionado. En este trabajo resaltaremos la existencia de grandes colecciones de datos taxonómicos en formato digital que han impuesto nuevos retos y oportunidades para la investigación histórica sobre sistemática biológica, en especial el análisis métrico de la información asociada (meta-datos) a esas colecciones. Uno de nuestros intereses es la implementación de bases de datos de información taxonómica para estudiar la historia reciente de la taxonomía en América Latina con énfasis en México. El objetivo de este trabajo es: 1) Identificar los tipos de colecciones de datos taxonómicas susceptibles a realizar estudios ciecimétricos, 2) establecer las características y los tipos de la información digital sistematizada en las colecciones de datos existentes; 3) determinar, clasificar y sistematizar las colecciones de datos electrónicas sobre biodiversidad latinoamericana y mexicana útiles para realizar estudios históricos, 4) definir el tipo de problemas históricos que pueden resolverse usando la bibliométría.TRANSCRIPT
Ciencimetría para la historia de la taxonomía:
colecciones y tipos de información
Layla Michán
13 y 14 de mayo 2010Auditorio Mario de la Cueva,piso 14, Torre II de Humanidades,Ciudad Universitaria
• Taxonomía• La revolución digital• Estudios métricos de la información
Biodiversidad
Genes
Especies
Ecosistemas
• Unidad evolutiva
• Unidad taxonómica
La sistemática y/o taxonomía
• Es la subdisciplina de la biología encargada de la descripción, la nomenclatura, la clasificación, la teoría y la historia de la clasificación de los seres vivos (Wiley, 1981), incluyendo sus bases, principios, procedimientos y reglas (Simpson, 1961).
• • Constituye el sistema de referencia de la biología, porque
una de sus tareas principales consiste en descubrir, identificar, nombrar y clasificar a los seres vivos, pero aun no se ha cumplido con este objetivo básico e imprescindible, de hecho se encuentra lejos de cumplir su cometido.
• Fue seguramente la primera forma de conocimiento Biológico, la historia de la Biología, hasta el siglo XIX se centró en la historia la historia natural.
• Tenía como uno de sus funciones la de nombrar y clasificar a las especies, para lo cual se organizaban grandes expediciones para describir la flora y la fauna desconocidas, se tomaban muestras, notas, se hacía dibujos y se preservaban especímenes que se catalogaban y se mantenían en las colecciones.
• Esta tarea básica y cotidiana del naturalista no ha cambiado, en esencia es repetida por los taxónomos del siglo XXI aunque varios de sus principios teóricos, metodológicos y técnicos han evolucionado.
• La existencia de grandes colecciones de datos taxonómicos en formato digital que han impuesto nuevos retos y oportunidades para la investigación histórica sobre sistemática biológica, en especial el análisis métrico de la información asociada (meta-datos) a esas colecciones.
• Uno de nuestros intereses es la implementación de bases de datos de información taxonómica para estudiar la historia reciente de la taxonomía en América Latina con énfasis en México.
Objetivos1) Identificar los tipos de colecciones de datos
taxonómicas susceptibles a realizar estudios ciecimétricos,
2) establecer las características y los tipos de la información digital sistematizada en las colecciones de datos existentes;
3) determinar, clasificar y sistematizar las colecciones de datos electrónicas sobre biodiversidad latinoamericana y mexicana útiles para realizar estudios históricos,
4) definir el tipo de problemas históricos que pueden resolverse usando la bibliométría.
Resultados
Las colecciones de datos digitales• Colecciones
– Se refiere a los datos almacenados, a la infraestructura, las organizaciones y las personas necesarias para preservar el acceso a los datos.
– Bases de datos, reservorios o repositorios.
• Datos – De distintos tipos: texto, números, imágenes, vídeo o películas,
audio, software, algoritmos, ecuaciones, animaciones, modelos, simulaciones, etc
– Pueden ser generados por diversos medios, entre ellos la observación, el cálculo o experimento.
• Digitales– Disponibles a través de Internet.– Almacenados en formato digital.
Material y métodoElección de fuentes y recursos
Búsqueda
Extracción
carga
Diseño de la base de datos relacional: tablas, relaciones y formularios
Selección
traducción
Normalización y Depuración
Pruebas
Validación
Migración
Tratamiento cuantitativo: Indicadores ciencimétricos y biliométricos, métodos y modelos matemáticos, y técnicas estadísticas (univariante, bivariante y multivariante)
Registros y campos
Bases de datos
Frecuencia de variables y tablas de contingencia
Regularidades
Interpretación: descripción, comparación, contextualización
Análisis
Explicaciones
Consultas
Relaciones lógicas
Recuperación
Interpretación
Determinación, identificación y parámetrosVisualización
Resultados(preliminares)
• 134 de colecciones con información sobre biodiversidad de AL. – Bibliográficas
• Las académicas multidisciplinarias y biológicas• Las 6 más grandes
– Curatoriales y nomenclaturales• Exógenas y endógenas• El flujo de información
– Mundiales, regionales
Clasificación de las CDDB• Tipos de datos
– Texto, números e imágenes– Video , películas y audio– Software, algoritmos y ecuaciones, – Animaciones modelos, simulaciones,
etc
• Tipo de información– Bibliográfica– Curatorial– Nomenclatural– Biológica (morfológica bioquímica,
molecular)– Geográfica– Ecológica– Institucional
• Cobertura temática– Gupos y/o taxones
• Nivel de organización– Genes – Especies– Ecosistemas
• Cobertura geográfica– Mundial– Regional – Local– Institucional– Personal
• Cobertura temporal
• Origen de la información– Éndogena (A.L)– Exógena
• Iniciativa– Académica– Gubernamental– Privada
• Acceso– Libre– Restringido
• Tamaño– Cantidad de registros– Memoria virtual (Teras o Gigas)
Nombre Editor-Productor C. Tipológica C. temporal C. temática
1. AGRICOLA National Agriculture Library
Libros, artículos y monografías, simposios, conferencias, reportes
1970 Agricultura: ciencia animal, acuacultura, biotecnología, botánica, conservación, citología, forestal, horticultura, ecología humana, hidrología, hidroponia, microbiología, pesticidas, fisiología, plantas, animales ciencia de las plantas, contaminación, calidad del agua.
2. AGRIS International Food and Agriculture Organization (FAO)
Libros y monografías, conferencias, simposios, reuniones, artículos publicados, patentes
1975 Producción animal, ciencias acuáticas, forestal, fuentes naturales, contaminación, producción de plantas, protección de plantas, transgénicos
3. Algology mycology and protozoology abstracts Cambridge Scientific Artículos de revistas (T) 1982
Algología: reproducción, crecimiento, ciclos de vida, bioquímica, genética, infección e inmunidad en el hombre, otros animales y plantas.
4. Aqualine Cambridge Scientific Libros y monografías, conferencias, simposios, reuniones, artículos publicados
1960 Calidad del agua, legislación sobre el agua, análisis y los desechos del agua y su uso, afluentes industriales.
5. Bacteriology abstracs Cambridge Scientific Abstracts
Artículos de revistas (T) 1982 Bacteriología, bioquímica, genética, inmunología, vacunas y enfermedades del hombre y los animales, en sus aspectos básicos y clínicos
6. BIOBASE Elsevier Conferencias, simposios, reuniones, artículos de revista
1994 Microbiología aplicada y biotecnología, investigación sobre el cáncer, biología celular, ciencias ambientales y ecológicas, endocrinología y metabolismo, genética y biología molecular, inmunología, neurociencias, ciencias de las plantas, bioquímica de proteínas, toxicología
7. BioBusiness Thomson Reuters Registro bibliográficos y artículos públicos en diferentes medios
1995 Producción animal, biotecnología, medio ambiente forestal toxicología, tratamiento de residuos.
8. BioCommerce data`s BioCommerce Data Ltd.
Directorios y registros bibliográficos 1981 Bioquímica, control biológico, conversión de biomasa, biopesticidas, celular hibridización, genómica, horticultura, inmunología, microbiología, biología molecular, recombinación de RNA, transgénicos, tratamiento de residuos
9. BioEngineering Abstracts Cambridge Scientific Libros y monografías, conferencias, simposios, reuniones, artículos publicados, patentes
1991 Aplicaciones marinas, aplicaciones medioambientales, bioinformática, acuacultura y pescaderías.
10. Biological Abstracts Thomson Reuters (T) 1926 Botánica, microbiología y farmacología
11. Biological Digest Cambridge Scientific Abstracts
Compilacíon de Abstracts y Indices de literatura nacional e internacional
1989 Ciencias biológicas
12. BioOne Cambridge Scientific Abstracts
Colección de resúmenes e índices de literatura de texto completo (T)
1915 Ciencias biológicas y de la salud
13. BIOSIS Previews Thomson Reuters Libros y monografías, conferencias, simposios, reuniones, artículos publicados, Patentes (T)
1926 Biología aeroespacial, agricultura, bacteriología, bioquímica, bioingeniería, biofísica, biotecnología, botánica, biología celular, biología ambiental, genética inmunología, microbiología, parasitología, patología, biología sistemática, toxicología, ciencia veterinaria, virología
Bibliográficas
1960 1966 1967 1969 1970 1973 1974 1975 1976 1978 1980 1981 1982 1983 1984 1985 1987 1989 1990 1991 1994 1996 1997 1998 1999 2002 2004 2005
No. bases X año 1 2 5 7 9 10 11 14 15 16 17 19 23 25 26 27 28 29 30 31 32 35 36 38 39 41 42 43
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Base
s de
dato
s
Año de origen de las bases de datos
Figura
SCI4000
Pubmed9,000, 18 millones*
Latindex2,400, 14,500 *
Urlich´s260,000
Hela3,000,
Zoological Record4500, 1,805,444 *
TaXMeXX60, 9000*
Index Kewensis
Biosis5000, 13 millones
BASE DE DATOS
1926 Biosis
1970 Agrícola
1969 Biosis toxicology
1981 Biocommerce data´s
1991 BioEngineering Abstracts
1995 1998 BioBussiness
1975 AGRIS Internacional
1960 Aqualine
1982 Life Sciences Abstracts
1994 Biobase
1975 2008 Enviroline
1967 Environmental Sciences
1984 General Science Abstracts
1981 Oceanic Abstracts
1900 Science Citation Index
1981 Pollution Abstracts
1990 2008 SciSearch
1967 Water Resources Abstracts
1981 Wilson Biological & Agricultural Index
1864 Zoological Record
1975 Scielo
1978 Periódica
2002 REDALyC
1869 Scopus
1915 BioOne
1910 CAB
1900 Science Citation Index
2002 Directory of Open Access Journals
1800 Chemical Abtracts
1967 BIREME
1982 Algology mycology and protozoology abstracts
1982 Bacteriology abstracs
1926 Biological Abstracts
1989 Biological Digest
1940 Environment complete
1982 Industrial and Applied Microbiology Abstracts
1935 Wildlife & ecology studies worldwide
1950 PubMed
1910 Smithsonian Istitution
2007 Google Scholar (acádemico)
1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010
Scopus 160
ZR
10 736
Periódica411
46
129
125
11
22
109
Biosis 1 387
CAB 2 857
68
67
130
78
SCI 460
149
186
218
204
Taxonomía América Latina
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1906
1912
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1960
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1972
1978
1984
1990
1996
2002lo
g D
ocu
men
tos
SCI Periodica
SCI Biosis
CAB Scopus
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Periódica
CAB
ZRBiosis
Scopus
SCI
2
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Internacionales
Regional285
142
118 108
195
17
Corriente principal
Multidisciplinarias
Thomson Reuters
Taxonomía América Latina
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Biol E
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Zooloogía
Ecol y cienc am
b
Cienc biolog
Anat y m
orf
Botànica
Paleontología
Biol m
ar y acuát
Biodiv y conserv
Genética y herencia
Parasitología
Biol reprod
Fisiología
Enfer infecc
Forestal
Agricultura
Boquím
y biol mol
%Biosis
ZR
CAB
SCI
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Taxonomía América Latina
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Zoological Record BIOSIS PreviewsBiological Abstracts
Genetic databasesGenetic databases
The Tree of Life
Bases de datos biológicas
Bases de datosinstitucionales
CDDB exógenas a A.L
EndógenasExógenas
Por su origen geográfico
• La mayor cantidad de información sobre biodiversidad sobre América Latina se encuentra en Instituciones de EUA y Europa (Inglaterra, Alemania y España)
• Royal Botanic Gardens 7-8 milones de especímenes de plantas.
• Natural History Museum London 28 milliones de insectos y arañas
INFORMACIÓN DOCUMENTAL DIGITALINFORMACIÓN BIOLÓGICA DIGITAL
Investigación: Nomenclatura Descripción Clasificación Relaciones
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INFORMACIÓN INSTITUCIONAL DIGITAL
Biótica© incluye catálogos de:
• Nombres de algunos grupos biológicos hasta género o especie•
Nombres de autores de los taxones•
Colecciones e instituciones•
Estados y municipios para México (INEGI 2005)•
Regiones hidrológicas, marinas, terrestres prioritarias de México, así como las ecorregiones marinas de América del norte.
•Catálogos que podrán asociarse al ejemplar y son personalizables por el usuario como: formas de nutrición, formas de vida, hábitos, etc.
•Catálogo de parámetros poblacionales que es personalizable por el usuario
•Tipos nomenclaturales
Colecciones Biológica Mexicanas
México
Curatoriales y nomenclaturales
• CONABIO
• UNAM
Bibliografía
• IBUNAM• Periódica• Scielo
Iniciativas aisladas dentro una misma institución.
No hay flujo de información entre ellas
Publicaciones
Colecciones
Universidades
Publicaciones
Sociedades
Institutos de
Investigación
Investigadores
Autores• Investigadores• Aficionados
Manejadores
Usuarios•Investigadores•Profesores•Alumnos•Publico en general
Actores sociales involucrados
Entidades • Académicas• Privadas• Gubernamentale
s
Conclusiones• Hay diversas iniciativas institucionales y locales, ninguna regional.• Las colecciones de datos digitales son una herramienta característica de
la Sociedad del Conocimiento, a través de su estudio se puede entender mejor dicho fenómeno.
• Los usuarios tienen acceso a gran cantidad de datos de fuentes diversas de manera simultánea.
• Existen muchas aplicaciones electrónicas que permiten almacenar, procesa, analizar y visualizar la información pero no están incorporadas a los datos sobre biodiversidad como es el caso de las ciencias biológicas experimentales.
• Información heterogénea y dispersa en diferentes colecciones.• Repercute en el intercambio de los datos y • Facilita la colaboración entre usuarios de diferentes disciplinas,
instituciones y ubicaciones geográficas.• Este constituye un caso de estudio interesante dentro de la Biología por
sus singularidades y su importancia estratégica para A.L.
• Las colecciones de datos digitales sobre biodiversidad de América Latina son un ejemplo representativo de la sociedad del conocimiento científico en la región:– Carencia de iniciativas regionales– Poca colaboración– Falta de infraestructura y recursos
• -NUEVAS OPORTUNIDADES!
Perspectivas
• Analizar mayor cantidad de colecciones, en especial las pequeñas, locales y las institucionales.
• Hacer análisis de casos del flujo de información.
• Evaluar el impacto que ha tenido la aparición de estas colecciones en la práctica taxonómica del siglo XXI.
Llorente y Castro, 2002