Problema 1Los autores Chou y Fasman (1978) consideraron que la estructuraPara la prediccin de estructuras secundarias se utilizan algoritmos que analizan la composicin de la secuencia de aminocidos, entre los que sobresalen: Chou-Fasman, GOR, DSC, PREDATOR, SIMPA96, NNPredict, PHD y PSIPRED. A continuacin se explican brevemente algunos de estos algoritmos.El mtodo Chou-Fasman se basa en una tabla que result de un anlisis estadstico sobre la frecuencia de aparicin de cada uno de los 20 aminocidos en secuencias cuya estructura secundaria era conocida. Con base en este anlisis presentado en Chou & Fasman (1974) se conoce la probabilidad de la ocurrencia de cada aminocido en cada una las tres estructuras hlice, hoja y giro.El mtodo se centra en detectar regiones de una secuencia de aminocidos no caracterizada que tengan mayor probabilidad de pertenecer a una de las tres estructuras secundarias. Las probabilidades se obtienen de la tabla presentada en Chou & Fasman (1974).El mtodo GOR propone usar una ventana de observacin deslizante de tamao fijo de 17 aminocidos. Si se desea predecir la estructura del aminocido central de la ventana (posicin 9), se deben sumar los puntajes asignados de sus 16 vecinos de acuerdo a dos tablas que acompaan el mtodo, una para hlices y otra para hojas. Estas tablas se pueden encontrar en Garnier et al. (1978).Los vecinos tendrn los valores segn e aminocido y la posicin en la que se encuentre. Ya que se tienen dos tablas, la asignacin se hace a aquella estructura secundaria con cuya tabla se obtiene el mayor valor. El proceso contina desplazando la ventana una posicin a la derecha de la secuencia hasta llegar al final de la misma. Al igual que GOR, otros algoritmos que reportan valores altos de exactitud como SIMPA96 de Levin (1997), NNPredict de Kneller et al. (1990) y PSIPRED de Jones (1999) presentan tamaos de ventana que vara entre 15 y 18 aminocidos. Esto muestra que la prediccin de la estructura secundaria se vuelve ms confiable al incorporar en el estudio de un aminocido en particular la estructura de sus residuos vecinos.En el mtodo SIMPA96 se maneja la tcnica del vecino ms cercano utilizando una matriz de similitud. SIMPA96 maneja una ventana de observacin deslizante de 13 a 17 aminocidos y se basa en la matriz de puntuacin Blosum62 para asignar los puntajes a cada aminocido en la ventana.Se considera un valor de corte C, si la puntuacin es menor que el valor C, el pptido es rechazado, de lo contrario su conformacin observada se asigna a la secuencia de prueba. La descripcin completa del mtodo se puede encontrar en Levin (1997) secundaria de una protena puede estar en uno de estos 3 estados: hlice-, hoja- o giro. Analizaron la base de datos de las secuencias de protenas y encontraron la distribucin de residuos en cada una de estas estructuras. De lo cual analizaron la tendencia intrnseca de un aminocido a estar en una determinada estructura secundaria. Esta tendencia es propia de cada residuo, pero el que ese residuo est o no en una determinada estructura no slo depende de l sino tambin de los aminocidos contiguos en la secuencia. Analizando las tendencias de los aminocidos a formar parte de una hlice-, P(), de una hoja-,8 P(), o de un giro, P(turn), se puede predecir si un determinado segmento de una cadena peptdica formar o no determinada estructura secundaria.

Indica que aminocido tiende a estabilizar la -hlice y cuales son las consecuencias del no plegamiento.Los aminocidos son compuestos orgnicos que se unen para formar protenas, Unaminocidoes unamolcula orgnicacon ungrupo amino(-NH2) y ungrupo carboxilo(-COOH).Elplegamiento de protenases el proceso por el que unaprotenaalcanza suestructura tridimensional. La funcin biolgica de una protena depende de su correcto plegamiento. Si una protena no se pliega correctamente ser no funcional y, por lo tanto, no ser capaz de cumplir su funcin biolgica.1. Hacer una lista con aquello que se conoce.

Los aminocidos son compuestos orgnicos que se unen.hlice-.Secuencias de protenas.Grupo amino(-NH2) y ungrupo carboxilo(-COOH).

2. Hacer una lista con aquello que no se conoce.Elplegamiento.La matriz de puntuacin Blosum62Mtodo SIMPA96

Referencias

http://es.wikipedia.org/wiki/Amino%C3%A1cidohttp://www.nlm.nih.gov/medlineplus/spanish/ency/article/002222.htmhttp://es.wikipedia.org/wiki/Plegamiento_de_prote%C3%ADnas