barcoding las abejas del mundo l. packer, j. gibbs, c. sheffield york university
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Barcoding las Abejas del Mundo L. Packer, J. Gibbs, C. Sheffield York University.
Meliponula bocandei en Kenya
Qué es ADN ‘barcoding’ y como se hace? Bee-BOL: la campaña para ‘barcode’ las
abejas del mundo. Ejemplos de investigaciones:
◦ Una entera comunidad de abejas◦ Un taxon entero◦ Datos preliminares para algunos Meliponini
iBOL, BEE-BOL y lo que usted puede hacer para ayudar: requisitos y beneficios.
Resumen
DNA Barcoding – Animal target gene – part of COI
Typical Animal Cell
Mitochondrion
DNA
mtDNA
Cytochrome b
The Mitochondrial Genome
D-Loop
H-strand
COIII
L-strand
ND6
ND2
COII
Small ribosomal RNA
COI
TargetRegion
Specimen Imaging and Databasing
Cuando llegan especímenes, los datos de colección son registrados en una base de datos y el espécimen es fotografiado.
Specimen Tissue Sampling
Una pequeña porción del espécimen se toma para la extracción de ADN.Esto es incubado durante la noche en una mezcla de químicos que rompen la estructura de las células y las proteinas.
Methods York6 boxes – 516 specimens from 28 nations
Ninety-six well DNA isolation protocols
Hierarchy of primer decisions; including degenerate primer
cocktails
% success amplifying barcode
sequence
Anochetus sp.|AmbatoAnochetus sp.|AmbatoAnochetus sp.|AmbatoAnochetus sp.|Ambato
Anochetus sp.|AmbatoAnochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|BinaraAnochetus sp.|BinaraAnochetus sp.|BinaraAnochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|Binara
Anochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|Antsahabe
Anochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|AntsahabeAnochetus sp.|BinaraAnochetus sp.|MarojejyAnochetus sp.|Marojejy
Odontomachus sp.|MarojejyOdontomachus sp.|Marojejy
May 12th – 14th 2008 12 – 14 Mayo, 200812 – 14 Maio, 2008 2008年 5月12-14日
Inaugural Meeting Reunión Inagural Reunião Inaugural 創立総
会
Chilicola| 1406-H06Chilicola| 1399-H06
Chilicola| 1406-H03Chilicola| 1399-H03
Hylaeus sp.| 1408-H09Hylaeus sp.| 1407-H09
Hylaeus calvus| 1407-F07Hylaeus elatus| 1407-E12
Nomiocolletes| 1406-G06Nomiocolletes| 1399-G06
Andrena| 1408-H01Lasioglossum| 1408-G08Lasioglossum| 1408-G06Andrena| 1407-H01Lasioglossum| 1407-G08Lasioglossum| 1407-G06
Andrena clarkella| 1406-A08Andrena clarkella| 1399-A08
Andrena| 1406-E10Andrena| 1399-E10
Andrena ilicis| 1408-F10Andrena ilicis| 1407-F10
Andrena cubiceps| 1406-E08Andrena cubiceps| 1399-E08
Calliopsis fracta| 1408-F09Calliopsis fracta| 1407-F09
Andrenidae| 1408-01Andrenidae| 1407-01
Dufourea tinsleyi| 1408-E05Dufourea tinsleyi| 1407-E05
Sphecodes| 1399-A10Nomia pavonura| 1408-C11Nomia pavonura| 1407-C11
Pseudapis| 1406-A06Pseudapis| 1399-A06Nomiine| 1399-B01
Pseudaugochlora sp.| 1408-H12Pseudaugochlora sp.| 1407-H12Augochloropsis| 1408-07Augochloropsis| 1407-07
Augochlora| 1408-B05Augochlora| 1407-B05
Neucorynura| 1408-08Neucorynura| 1407-08
Caenohalictus| 1406-H10Caenohalictus| 1399-H10
Corynura chloris| 1406-D06Corynura chloris| 1399-D06Corynura prothysteres| 1406-C11Corynura prothysteres| 1399-C11
Corynura chilensis| 1406-D05Corynura chilensis| 1406-C12
Corynura chilensis| 1399-D05Corynura chilensis| 1399-C12
Augochlorella| 1408-B04Augochlorella| 1407-B04
Chlerogelloides femoratus| 1406-H12Chlerogelloides femoratus| 1399-H12
Halictus| 1408-G09Halictus| 1407-G09
Halictus maculatus| 1406-C09Halictus maculatus| 1399-C09Halictus tumulorum| 1406-B10Halictus tumulorum| 1399-B10
Halictus africanus| 1408-G02Halictus africanus| 1407-G02
Halictus seladonia sp.| 1406-F02Seladonia| 1406-A05
Seladonia| 1399-A05Halictus hesperus| 1406-H08Halictus hesperus| 1399-H08
Halictus quadricinctus| 1406-F01Halictus quadricinctus| 1399-F01
Habralictus sp.| 1408-H11Habralictus sp.| 1407-H11
Caenohalictus| 1406-H11Caenohalictus| 1399-H11
Rhinetula denticrus| 1406-H09Rhinetula denticrus| 1399-H09
Agapostemon semimelleus| 1408-H10Agapostemon semimelleus| 1407-H10
Lasioglossum kumejimense| 1407-C12Patellapis zonalioctus sp.| 1408-G01Patellapis zonalioctus sp.| 1407-G01
Lasioglossum sp.| 1408-E01Lasioglossum sp.| 1407-E01
Lasioglossum| 1408-F12Lasioglossum| 1408-04Lasioglossum| 1407-04
Lasioglossum discum| 1408-E09Lasioglossum discum| 1407-E09
Lasioglossum zonulum| 1406-B06Lasioglossum zonulum| 1399-B06
Lasioglossum| 1408-G12Lasioglossum| 1408-G11Lasioglossum| 1407-G12Lasioglossum| 1407-G11Lasioglossum| 1408-G07Lasioglossum| 1407-G07
Lasioglossum evylaeus| 1408-E06Lasioglossum evylaeus| 1407-E06
Lasioglossum| 1408-G10Lasioglossum evylaeus| 1408-E07Lasioglossum| 1407-G10
Lasioglossum| 1407-05Evylaeus dybowski| 1406-C06Evylaeus dybowski| 1399-C06
Lasioglossum morio| 1406-C02Lasioglossum morio| 1399-C02
Lasioglossum nitidulum| 1406-C01Lasioglossum nitidulum| 1399-C01Lasioglossum evylaeus| 1408-E11
Lasioglossum evylaeus| 1407-E11Lasioglossum politum| 1406-C03Lasioglossum politum| 1399-C03
Lasioglossum apristum| 1408-C08Lasioglossum apristum| 1407-C08
Lasioglossum hoffmanni| 1408-C07Lasioglossum hoffmanni| 1407-C07
Lasioglossum sibiracum| 1407-C06Lasioglossum affine| 1408-C05Lasioglossum affine| 1407-C05
Lasioglossum calceatum| 1406-C04Lasioglossum calceatum| 1399-C04
Lasioglossum malachurum| 1406-E12Lasioglossum malachurum| 1399-E12
Lasioglossum sakagami| 1407-D01Lasioglossum sp. 5| 1408-C03Lasioglossum sp. 5| 1407-C03
Lasioglossum sp. 6| 1408-C02Lasioglossum sp. 6| 1407-C02
Dialictus| 1406-B02Dialictus| 1399-B02
Lasioglossum sp. 4| 1408-C01Lasioglossum sp. 4| 1407-C01
Lasioglossum| 1406-G11Lasioglossum| 1399-G11Lasioglossum| 1406-G10Lasioglossum| 1399-G10
Lasioglossum| 1406-G12Lasioglossum| 1399-G12
Lasioglossum jultscinicum| 1408-F04Lasioglossum jultscinicum| 1407-F04
Lasioglossum equestre| 1408-E10Lasioglossum equestre| 1407-E10Lasioglossum xanthopus| 1408-F03Lasioglossum xanthopus| 1407-F03Lasioglossum xanthopus| 1406-B11Lasioglossum xanthopus| 1399-B11
Lasioglossum caspicum| 1408-E08Lasioglossum caspicum| 1407-E08
Lasioglossum titusi| 1407-F05Xeromelissa rozeni| 1408-H08Xeromelissa rozeni| 1407-H08
Xeromelissa laureli| 1408-H06Xeromelissa laureli| 1407-H06
Xeromelissa laureli| 1408-H05Xeromelissa laureli| 1407-H05
Xeromelissa new sp.| 1408-H03Xeromelissa new sp.| 1408-H02Xeromelissa new sp.| 1407-H02
Xeromelissa new sp.| 1407-H03Xeromelissa chusmiza| 1408-H04Xeromelissa chusmiza| 1407-H04
Colletes seminitudus| 1406-D04Colletes seminitudus| 1406-C10Colletes seminitudus| 1399-C10
Colletes seminitudus| 1406-D03Colletes seminitudus| 1399-D04
Colletes seminitudus| 1399-D03Ptiloglossa| 1408-06Ptiloglossa| 1407-06
Camptopoeum| 1406-E09Camptopoeum| 1399-E09
Caupolicana| 1406-G04Caupolicana| 1399-G04Caupolicana chalybaea| 1406-G05Caupolicana chalybaea| 1399-G05
Chilicola| 1406-H07Chilicola| 1399-H07Chilicola| 1399-H05Chilicola| 1406-H05
Chilicola| 1406-H04Chilicola| 1399-H04
Melitta americana| 1408-F06Melitta americana| 1407-F06
Centris brethesi| 1408-D10 MACN09Centris| 1408-B01Centris| 1407-B01
Diadasia pereyrae| 1408-D02 MACN01Diadasia baraderensis| 1407-D03 MACN02
Tetrapedia| 1406-H01Tetrapedia| 1399-H01
Caenonomada| 1406-G01Caenonomada| 1399-G01
Caenonomada| 1406-F12Caenonomada| 1399-F12
Svastrides bauni| 1408-D08 MACN07Svastrides bauni| 1407-D08 MACN07
Melissoptila bonariensis| 1408-D07 MACN06Melissoptila bonariensis| 1407-D07 MACN06
Exomalopsis| 1408-11Exomalopsis| 1407-11
Megachile frigida| 1408-F01Megachile frigida| 1407-F01
Epeolus amabilis| 1406-F05Thyreus| 1406-F07
Thyreus| 1399-F07Epiclopus| 1406-G08Epiclopus| 1399-G08
Ericrocis pintada| 1406-F11Ericrocis pintada| 1399-F11
Ericrocis lata| 1406-F10Ericrocis lata| 1399-F10
Xylocopa| 1408-G03Xylocopa| 1407-G03
Xylocopa caffra| 1406-F04Xylocopa caffra| 1399-F03Xylocopa caffra| 1406-F03
Apidae| 1408-E02Apidae| 1408-D12Apidae| 1407-E02Apidae| 1407-D12
Apidae| 1408-B02Apidae| 1407-B02Apidae| 1406-H02Apidae| 1399-H02
Bombus| 1408-B03Bombus| 1407-B03Bombus brasiliensis| 1406-G03Bombus atratus| 1406-G02Bombus brasiliensis| 1399-G03Bombus atratus| 1399-G02
Bombus atratus| 1399-E07Bombus atratus| 1406-E07
Bombus brasiliensis| 1406-E06Bombus brasiliensis| 1399-E06
Lasioglossum sakagami| 1408-D01Apis florea| 1408-03Apis florea| 1407-03
Apis florea| 1406-D01Apis florea| 1399-D01
Apis sp.| 1406-E05Apis| 1406-B08
Apis dorsata| 1406-E04Apis dorsata| 1399-E04
Apis nigricinctus| 1406-D02Apis nigricinctus| 1399-D02Apis| 1406-B09
Apis dorsata| 1399-E03Apis sp.| 1399-E02
Macrogalea candida| 1408-G04Macrogalea candida| 1407-G04
Ceratina sp. 2| 1408-B09Ceratina sp. 2| 1407-B09
Ceratina sp. 8| 1408-B08Ceratina sp. 8| 1407-B08Ceratina sp. 6| 1408-B07Ceratina sp. 6| 1407-B07Ceratina sp. 3| 1408-B06Ceratina sp. 3| 1407-B06
Ceratina hieroglyphica| 1406-D12Ceratina hieroglyphica| 1399-D12
Ceratina hieroglyphica| 1399-F09Tetrapedia| 1408-10Tetrapedia| 1407-10
Amegilla acraensis| 1406-F08Lithurgus rufiventris| 1408-D05 MACN04Lithurgus rufiventris| 1407-D05 MACN04
Microthurge| 1406-G07Microthurge| 1399-G07
Anthidiellum| 1406-B03Anthidiellum| 1399-B03
Megachilidae| 1408-G05Megachilidae| 1407-G05
Anthodioctes| 1408-09Anthodioctes| 1407-09
Megachilidae| 1408-F11Megachilidae| 1407-F11
Osmia glauca| 1408-E04Osmia glauca| 1407-E04
Megachilidae| 1408-02Megachilidae| 1407-02
Anthidiine| 1406-A11Anthidiine| 1399-A11
Stelis| 1406-A07Stelis costalis| 1399-A07
Megachile integrella| 1408-F08Megachile integrella| 1407-F08
Megachile| 1408-B10Megachile| 1407-B10
Megachile| 1408-B11Megachile| 1407-B11
2 %
BeeBol: 6 submitted plates: 423 sequences
• 423/561 with some sequence (75%)• ~1200 sequencing reactions• 235 with >600 bp• 85 with < 400 bp• Taxonomic patterns
• 6 families, 76 genera• Age patterns• 6 boxes
• 297 P1 (LepF1/LepR1)• 215 P2 (LepF1/C_ANTMR1D)• 130 P3 (RonMWASPDeg_T1/LepR1)• 85 P3 (MLepF1/LepR1)• Folmer primers (not tried on these
specimens)• 10 Wolbachia CO1 sequences that
amplified with P1• All produced insect CO1 with P2 and P3• 3 mouse sequences• Taq contamination
BeeBol – – comparación dentro de taxa
Dentro de una especie (según la definición original)
Entre especies hermanas
BeeBol– Longitud versus edad
BEE STATS – de hace cinco meses
5,643 Barcodes
1,490 Especies Barcoded
375 Andrenidae1,376 Apidae 243 Colletidae
2,137 Halictidae 690 Megachilidae 8 Melittidae
• Ha sido inaugurado.: www.bee-bol.org
• Usted puede encontrar– Todas las presentaciones 'powerpoint' o 'read texts' de
la reunión
– Todas las presentaciones de el ‘Pollinator Summit’ en Durban a principios de julio
– Documentos de la reunión, incluyendo sugerencias de como usted puede ayudar.
– La lista de las especies de abejas del mundo, con cada especie relacionada a su página en el website ‘Discover Life’
– Lista de colaboradores, información de contactos, lista de proyectos etc.
– Esta presentación (a mediados de octubre)
El Bee-BOL Website
The Bee-BOL website
Un estudio de una comunidad entera:las abejas de Nueva Escocia, Canada
Hylaeus affinis / modestus
Hylaeus affinis / modestus
Hylaeus basalis
Hylaeus annulatus
Hylaeus mesillae
Hylaeus verticallis
Colletes compactus
Colletes inaequalis
Colletes simulans
Macropis nuda
Perdita octomaculata
2%
Colletidae
Cory Sheffield
Dialictus: ADN barcoding una pesadilla de taxon Jason Gibbs
Resultados: Tipo 1 ~ 70%
• Un acuerdo evidente entre morfología y datos moleculares
• Poca variación dentro especies a lo largo de grandes areas geográficas
Resultados: Tipo 2 ~ 12% • Grandes divergencias dentro una ‘sola’ especie
– Sinonomias equivocadas– Especies crípticas
Grupo tegulare del este
• L. surianae vuelve L. tegulare parafilético
• Dos especies son resucitadas (L. ellisiae y L. lepidii)
• Dos nuevas especies (L. carlinvillense y L. puteulanum)
• L. tegulare
Resultados: Tipo 3 ~ 15%
• Asociaciones entre los sexos• Nuevas sinonomias
Resultados: Tipo 4 ~ 3%
• Distintas morfologías• Pero la misma secuencia!• L. rohweri y L. callidum
Nido de Dactylurina en Nairobi
Nódulos Centrales > $15M por nódulo
Nódulos Nacionales > $1M por nódulo
Nódulos Regionales > $5M por nódulo
Objetivo de Financacion Total $150M
iBOL Objetivo de Financacion (5 Años )
www.dnabarcoding.org
10 especímenes de cada una de 500,000 especies, dentro de 5 años de activación
Esperamos ‘barcode’ todas las abejas por ~$5M.
Requisitos y Beneficios• Requisitos• Especímenes para ser ‘barcoded’ tienen que:
– Tener datos completos de la colección
– Tener por lo menos una imagen asociada por especie
– Por lo menos un ejemplar de cada especie tiene que estar guardado en una institución que lo puede prestar, si estudios morfológicos adicionales son necesitados
• Todo material puede ser regresado a su país de origen
• Beneficios• Datos
• Identificaciones
• Publicaciones asociadas con series de datos completos
• Entrenamiento, asistencia a talleres/conferencias para estudiantes
FUNDING• The Gordon and Betty Moore Foundation, Natural Sciences and
Engineering Research Council (Canada), Canada Research Chairs program, Ontario Foundation for Innovation and Genome Canada through the Ontario Genomics Institute to PDNH
• Fonds québécois de la recherche sur la nature et les technologies B3 postdoctoral fellowship to MAS.
• CBOL – funded the May workshop• York University • Sujeevan Ratnasingham (BOLD)• Kate Crosby and Anibal Castillo (diligent, careful and enthusiastic lab
work)• Claudia Ratti y su madre para translacion.COLLABORATIONS• John Ascher and John Pickering and others that contributed to the bee
species list on Discover Life• Sam Droege• All workshop attendees who submitted samples• Numerous collaborators throughout the world who have sent in samples
PARTNERS IN FUNDING AND IN-KIND SUPPORT
Muchas Gracias
Un Meliponario en Kenya