apuntes: trabajando con nona y winclada
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Apuntes: trabajando con Nona y Winclada
E. García-Barros (vers. 2011)
Depto. Biología, Univ. Autónoma de Madridhttp://www.uam.es/garcia.barros [2006-2011]
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Aviso: Estas diapositivas se usan como demostraciónbásica sin software especializado además de Nona + Winclada, con ayuda de un instructor por lo que no van acompañadas de texto explicativo.O
bten
erlo
spr
ogra
mas
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nona.exe
winclada.exeque estén en la misma carpeta, juntocon tu fichero de datos (matriz paraanalizar)
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Tres referencias útiles:
General, principios metodología análisis filogenético:Lipscomb, D., 1998. Basics of cladistic analysis. D. Lipscomb, Department of Biological Sciences, George Washington University, 75 pp.http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf
Más en detalle sobre Winclada:Lipscomb, D. Winclada. A windows program for creating, editing, and analyzing systematic data sets. Basic Users Guide.http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Winclad.doc
Para manejo y análisis cladístico de secuencias de nucleotidos…Baldauf, S.L., 2003. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial. TRENDS in Genetics, 19(8): 345-351http://cmbc.ucsd.edu/content/1/docs/Baldauf_345.pdf
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Contenido
1- Unos datos para trabajar… diapositiva 6
2- Abrir archivo de datos, preparativos, análisis de parsimonia… diapositiva 12
3- Árbol de consenso… diapositiva 23
4- Información gráfica sobre los cambios en los caracteres… diapositiva 28
5- ¿Como guardar una imagen de este cladograma?... diapositiva 33
6- ¿Puedo modificar el aspecto del cladograma?... diapositiva 36
7- ¿Cómo podría citar estos programas?... diapositiva 37
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Ahora pueden ocurrir dos cosas:
a)Tengo unos datos preparados, sean binarios o de cualquier otro tipo, categóricos (no numéricos), y puedo designar una de mis “especies” como grupo externo ……. Paso siguiente
b) No tengo eso. Entonces visito la página web de Enrique (http://[email protected]), pincho en “docencia”, “laboratorio de taxonomía”, y abajo del todo, puedo descargar un archivo con secuencias de nucleotidos. Me lo guardo en MS-Word, y lo uso para practicar.
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Puedo usar mi procesador de textos habitual (Word, Wordpad).Pero me acordaré de: guardar el fichero usando el menú (no voy a darleal iconito del disquete ¡NO!)
Con Word:• acrhivo• guardar como• TEXTO SIN FORMATO
pon al archivo un nombre sencillo, de siete letras, sin espacios nipuntos ni tildes ni nada más que letras y números (ejemplo: “fichero”, “matriz1”)
Con Word Pad:• archivo• guardar como• Documento de texto – formato MS Dos
EGB-
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xread'a:pongidos‘10 3Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;
xread'a:pongidos‘10 3Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;
Me valen estos dos formatos.
EGB-
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xread'a:pongidos‘10 4Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;
xread'a:pongidos‘10 4Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;
Me valen estos dos formatos.
número de caracteres
número de taxones
ponesto
ponestootro
EGB-
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xread'a:pongidos‘10 3Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;
xread'a:pongidos‘10 3Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;
Me valen estos dos formatos.
Importante: Que tuGRUPO EXTERNO vaya en primer lugar
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xread'a:ponpon‘361 2
Hylobates000000000000000-----?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????cttcaagcagtattggaacagaggagagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtccgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccaccccaaacccccctcctgtgtag
Pongo10101111010110111111atgctcgaaccatccgctacccagatcctctcatcaaggtgaacgatactgtgcagattgatttagggactggcaagataattaactttatcaaatttgatacagcttcaagcagtattggaacagaggcgagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtctgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccac cccaaacccccctcctgcgtag; proc/;
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Si Nona y Winclada están en la misma carpeta(junto con tu fichero con la matriz para analizar), simplemente haz doble clik* en el icono de Winclada.exe
*: ciertos expertos opinan que en castellano no debe emplearse la expresión “doble clik” sino una onomatopeya mucho másdescriptiva de la acción a la que se refiere: “TIKITIKI”(G. San Martín, inéd.) EG
B-20
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Abrir fichero de datos (matriz)
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Ver opcionesde caracteres
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Si tengo caracteres “multiestado” y quiero que sean desordenados:
1- selecciono todos los caracteres
CHARS - SELECT ALL CHARS, y
2- los hago “no aditivos”
CHARS - MAKE SEL CHARS NONADDITIVE (fitch)
1
2 Make sel chars NONADDITIVE (fitch)
EGB-
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Todas lasdemásopcionespor defecto
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Tree 6 of 6
L= 428
Ci= 63
Ri= 60
¿Cuántos árboles obtuve? ¿Uno? ¿Más de uno? ¿Necesitaré un árbol de consenso?
Longitud del árbol (número de pasos, número de cambios a lo largo del árbol)
Índice de consistencia (apomorfías/nº pasos)
Índice de retención
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Árbol de consenso
En la diapositiva anterior: ¿qué número de árboles se obtuvo?
¿Seeeeeis?
Necesitamos un árbol de consenso(Si no es tu caso, puedes pasar a la diapositiva 27)
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Los estadísticos son diferentes para esteárbol, generalmentesu resolución esmenor…
Y hay algunapolitomía…
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Información gráfica sobre los caracteres
¿Dónde hay apomorfías, cuáles son..?
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¿Cambios en los caracteres?
homoplasia
no homoplasia
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¿Número de loscaracteres en losque hubo cambios?
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¿Estado de los caracteres en cada nudo o / internudo (rama)?
Pulsando UNA VEZ
![Page 32: Apuntes: trabajando con Nona y Winclada](https://reader034.vdocumento.com/reader034/viewer/2022042504/58a02ec11a28ab5c788b6aef/html5/thumbnails/32.jpg)
¿Estado anterior y actual de loscaracteres? ¿Es decir, de qué estado a cuál otro pasó el carácter en esta rama?
Pulsar por segunda vez
![Page 33: Apuntes: trabajando con Nona y Winclada](https://reader034.vdocumento.com/reader034/viewer/2022042504/58a02ec11a28ab5c788b6aef/html5/thumbnails/33.jpg)
¿Cómo guardo una imagen
de este cladograma?
Podrías guardarlo como metafichero de Windows. No ocupa espacio y conserva la máxima resolución (puedesinsertarlo directamente en archivos de Office)
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![Page 35: Apuntes: trabajando con Nona y Winclada](https://reader034.vdocumento.com/reader034/viewer/2022042504/58a02ec11a28ab5c788b6aef/html5/thumbnails/35.jpg)
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![Page 36: Apuntes: trabajando con Nona y Winclada](https://reader034.vdocumento.com/reader034/viewer/2022042504/58a02ec11a28ab5c788b6aef/html5/thumbnails/36.jpg)
¿Puedo modificar el aspecto gráficodel cladograma?
Prueba el efecto de todos estosbotones con símbolos de colorgris claro…
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¿Cómo podría citar estos programas? Pues por ejemplo:
Nona:
Goloboff, P., 1999. NONA (NO NAME), vers. 2. Publicado por el autor. Tucumán, Argentina. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en febrero-2011].
Winclada:
Nixon, K.C., 2002. WinClada, vers. 1.00.08. Publicado por el autor. Ithaca, Nueva York. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en octubre-2009].
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