applicaciones de los acgh al diagnóstico prenatal · trastorno del espectro autista ... retraso de...
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Applicaciones de los Applicaciones de los Applicaciones de los aCGH al diagnóstico Applicaciones de los aCGH al diagnóstico aCGH al diagnóstico
prenatalaCGH al diagnóstico
prenatalprenatalprenatalA. PlajaA. Plaja
Programa de Medicina MolecularHospital Vall d’Hebron
Programa de Medicina MolecularHospital Vall d’Hebronpp
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aCGH y DPaCGH y DP
• ¿De donde venimos?
• ¿Dónde estamos?
• ¿A dónde vamos?¿A dónde vamos?
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aCGH y DPaCGH y DP
• ¿De donde venimos?
• ¿Dónde estamos?
• ¿A dónde vamos?¿A dónde vamos?
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Defecto congénitoDefecto congénito
• Anomalías del desarrollo • Anomalías del desarrollo morfológico, estructural, funcional o molecular, funcional o molecular, presentes al nacer (OMS).
• Pueden manifestarse después del nacimiento.
• Afectan a un 2%-3% de los recién nacidoslos recién nacidos.
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Defecto congénitoDefecto congénito
Monogénicos Infecciones 2%T ó 2%
Cromosómicos
Monogénicos7% Teratógenos 2%
Otros 1%Cromosómicos7%
DesconocidosPoligénico-multifactoriales20 25 % 50-60%20-25 %
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¿Qué es una anomalía cromosómica?¿Qué es una anomalía cromosómica?
Anomalía cromosómica: mutación >5 Mb,(visible al M. O.)
Afectan al 0.92% RN(0,4% desequilibrada)( , q )
del(2)(q37.3)J Med Genet 1992 29: 103-108.
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Cariotipo convencionalCariotipo convencional
Colcemid
CultivoMedio de cultivo
Tripsina
15-21
Fijador Choque hipotónico
Estudio al microscopio
15 21dias
ExtensiónBandeo
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aCGH y DPaCGH y DP
• ¿De donde venimos?
• ¿Dónde estamos?
• ¿A dónde vamos?¿A dónde vamos?
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DP cromosómicoDP cromosómico
Economia
SensibilidadSensibilidad
Rapidez
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Citogenética molecularCitogenética molecular
Cariotipo FISHCariotipo FISH
MLPAQF-PCR Array CGH
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Técnicas rápidas (12-24 h.)Técnicas rápidas (12-24 h.)
Detección del 80-90%? de las anomalías en 12-24 horas.Gestantes 35 años a.
estruct= 2x a. numéricas.
F H
Gestantes 37 años a. estruct= a. numéricas.
FISH
QF-PCR
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Estrategias de cribadoEstrategias de cribado
Cribado d d
1er trimestre 90% d ó por edad90% detección
2o trimestre
Cribado
2o trimestre 60% detección
bioquímico¿5% FP?
Cribado ecográfico
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Mutaciones genómicas recurrentesMutaciones genómicas recurrentes
La arquitectura del DNA provoca deleciones o duplicaciones recurrentes de
pequeño tamaño (< 5Mb)
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Mutaciones genómicas clásicasMutaciones genómicas clásicas
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Mutaciones genómicas clásicasMutaciones genómicas clásicas
S WilliamsS. Williams
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Nuevas mutaciones genómicasNuevas mutaciones genómicasSíndrome Características
Deleción 1q21.1 Pacientes normales, con retraso mental, cardiopatía , hipotonía, convulsiones y cataratas.
óDeleción 1q21.1 Trombocitopenia-agenesia/hipoplasia de radio (TAR)
Deleción 8p23.1 Cardiopatía congénita, hernia diafragmática, retraso mental, criptorquidia.
Deleción Pacientes normales, retraso mental, convulsiones, alteraciones de D c ón 15q13.3
ac nt s norma s, r traso m nta , con u s on s, a t rac on s conducta, cardiopatía, esquizofrenia.
Deleción 15q24 Retaso mental moderado,, microcefalia, anomalías digitales, hipospadias, tejido conectivo flácido.
Deleción Trastorno del espectro autista (1% de autistas) Retraso mentalDeleción 16p11.2
Trastorno del espectro autista (1% de autistas), Retraso mental
Deleción 16p13.11
Locus de susceptibilidad a retraso mental /malformaciones.
D l ió P bl d li t ió hi t í ( i áti ) b j l Deleción 17q21.3
Problemas de alimentación, hipotonía (no-miopática), peso bajo al nacer (< 3%), retraso mental, epilepsia, cardiopatía, anomalías renales
Deleción 22q11.2
Prematuridad, retraso de crecimiento pre y posnatal, anomalías esqueléticas, cardiopatía, paladar hendido.
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Mutaciones genómicas recurrentesMutaciones genómicas recurrentes
Las nuevas técnicas permiten evaluar un ú d l gran número de loci:
diagnóstico de síndromes •diagnóstico de síndromes sin fenotipo característico
•diagnóstico cuando no es posible examen detallado posible examen detallado del paciente (DP).
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MLPAMLPA
Desnaturalización
MLPA (MRC Holland) subtelomérico: DesnaturalizaciónDetección de aneuploidias + deleciones/
Hibridización
deleciones/ duplicaciones terminales.
Diana A Diana BLigación
MLPA t. recurrentes18 síndromes
Ligasa termoestable
Ligación
Amplificación
18 síndromes
Diana A Diana B
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Array CGHArray CGH
il pacientecontrol
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Array CGHArray CGH
Las CNV (Copy Number Variations) Las CNV (Copy Number Variations) ( py m )son muy frecuentes
( py m )son muy frecuentes
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Array CGHArray CGH
qChip PreqChip Pre
1. ~2000 BACs (x4plex)
2. Evita los CNVs conocidos
3. Cobertura: • Regiones teloméricasg• Regiones pericentroméricas• Síndromes genómicos (>200)
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Proyecto evaluación tecnologias DPProyecto evaluación tecnologias DPEvaluar las técnicas disponibles de DP citogenético en un
contexto real (900 gestaciones referidas a HUVH & HULP)HULP)
Cariotipo FISHCariotipo FISH
MLPAQF-PCR Array CGH
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Counseling / Informed consentMetodologiaMetodologiaExtracción DNA
(células no cultivadas)
4 L
LA (81%)mínimo 16 mL
>4mL
C l i
VC (18%)
FC (1%) Cultivos12mL
FC (1%)
½ cariotipos
½DNA
~45% poca calidad
>1μg55% aceptable
670ng
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ComparativaComparativa• Muy baja tasa de no resultados• Muy rápido T. respuesta 6-24h
D t ió b j 80 85% i tiQF-PCR
• Detección baja 80-85% cariotipo• Baja tasa de no resultados• Lento T respuesta: 12-21 díasCariotipo
MLPA • Elevado tasa de no resultados falsos +
Lento T. respuesta: 12 21 días• Buena tasa detección
Cariotipo
MLPA kits no DP • T. respuesta rápido/lento: 7/25* días
• Buena tasa detección• Muy baja tasa de no resultados• Muy baja tasa de no resultados• T. respuesta rápido/lento: 3-8/25* días• Detección muy elevada
*: tiempo de respusta si se requiere cultivo celular
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ComparativaComparativa
Coste Cariotipo 142,50 €QF-PCR 40 €MLPA 70,42 * 2= 140,84 €aCGH 242,04 €,
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Array CGH: resolución elevadaArray CGH: resolución elevada
Biopsia corial en gestante de 34 años con 3 Biopsia corial en gestante de 34 años con 3 abortos previos y riesgo cribado de 1/54Cariotipo pareja normal
Dup ~5Mb 8q24-qterD p M q q
Del ~7Mb 13q33-qter
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Array CGH: resolución elevadaArray CGH: resolución elevada
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18
19 20 21 22 X
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Array CGH: resolución elevadaArray CGH: resolución elevada
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Array CGH: significado inciertoArray CGH: significado inciertoDel / Dup pericentromericas / subtelomericas sin genes
relevantes Probablemente CNVs poco frecuentesProbablemente CNVs poco frecuentes
Dup 1,5 Mb feto XX
Dup 1.5Mb 19q11 heredada de la madre (no información)
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Difficult ManagementrearrangementsRESULTS: aCGHArray CGH: resultado inciertoArray CGH: resultado incierto
Penetrancia incompleta
Dup ~2Mb 1q21 1 (incluye TAR)Fallot Eco normal
Dup ~2Mb 1q21.1 (incluye TAR)
Herencia paterna
Padre: normal Feto anterior: no hay muestrayFeto actual: ECO normal
ILE
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aCGH y DPaCGH y DP
• ¿De donde venimos?
• ¿Dónde estamos?
• ¿A dónde vamos?¿A dónde vamos?
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DP molecular v citogenético DP molecular v citogenético
Citogenética molecularC togenét ca molecular
Citogenética lá iclásica
¿Desplazarán las nuevas técnicas a la citogenética clásica?
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Asesoramiento genético + complejoAsesoramiento genético + complejo
La nueva tecnología d ó ll diagnóstica lleva a un asesoramiento genético
complejo p j
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Estrategias de cribadoEstrategias de cribado
1. ¿Funciona el cribado bi í i / áfi l bioquímico/ecográfico con las reorganizaciones submicroscópicas?
2. El cribado de 1er trimestre favorece la obtención de VC y yLA >16s
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AgradecimientosAgradecimientos
Valle Hebrón
Luís Perez JuradoValle Hebrón
(C i tip Valle Hebrón
(asesoramiento)Valle Hebrón
UDP
(Cariotipo,MLPA, QF-PCR, DNA)
Cristina PreciadoClara SerraAna Cueto
Teresa Vendrell
Mª Angeles SánchezJuan Sagalá
Cristina PreciadoCarmen Mediano
Leonor Espí Matilde Jallas
Q-Genomics (arrays)
Miguel del Campo
CRG
Matilde JallasAsunción Fernández Valle Hebrón
UMF
Lluis ArmengolManel Garcia
Olaya VillaBenja Rodríguez
Elena CarrerasElisa Llurba
Teresa Higueras