software para la biodiversidad

PRESENTACIÓN LIBRO DE MARCA OET 2009

Software para la BiodiversidadPablo Aviles

Desarrollo de Software y Bases de Datos para la BiodiversidadManejo de Información

¿Qué se quería?

Objetivos

• Fortalecer la investigación en los trópicos, y hacer accesible al público, estudiantes y científicos el producto de ese trabajo, y utilizando las tecnologías actuales

• Permitir la estandarización en los procesos de recolección y almacenamiento de datos, y muestras

• Servir como vitrina de los proyectos realizados en las estaciones biológicas a la comunidad científica y público

• Fortalecer el espacio de diálogo y retroalimentación entre la comunidad científica, estudiantes y público en materia de los proyectos relacionados con el software para la BioDiversidad

Beneficios

• Datos en línea desde que se agregan al sistema

• Mantenimiento de datos por científicos de la OET (‘core’ de datos actualizado)

• Estandarización de procesos de recolección y registro

• Vitrina virtual para los proyectos de las estaciones biológicas involucrados en el sistema

• Se facilita el entorno de interacción con los proyectos

• Validación y actualización de datos por especialistas

• Las aplicaciones, bases de datos y lógica permiten ser actualizadas y mejoradas

Requerimientos

• Diseño de bases de datos usando DwC (Darwin core)

• Un único repositorio de información

• Software web accesible desde cualquier parte

• Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados

• Galería de imágenes de las muestras

• Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitado

Requerimientos

• Diseño de bases de datos usando DwC (Darwin core)

• Un único repositorio de información

• Software web accesible desde cualquier parte

• Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados

• Galería de imágenes de las muestras

• Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitado

Estándar informático de datos para la Biodiversidad, diseñado para facilitar el intercambio de información (definiciones de referencia, ejemplos y comentarios). Se basa, principalmente en taxones, incidencia en la naturaleza documentada por la observación, especímenes y muestras.

Requerimientos (cont.)

• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación

• Geolocalización de las muestras y/o colecciones

• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas

• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)

• Aseguramiento de la calidad de los datos

Requerimientos (cont.)

• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación

• Geolocalización de las muestras y/o colecciones

• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas

• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)

• Aseguramiento de la calidad de los datos

Really Simple Syndication 2.0. Familia de formatos de difusión de datos web codificados en XML. Se utiliza para suministrar información a suscriptores, que se actualiza

frecuentemente. El formato permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software

diseñado para leer estos contenidos RSS (agregador)

Requerimientos (cont.)

• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación

• Geolocalización de las muestras y/o colecciones

• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas

• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)

• Aseguramiento de la calidad de los datos

Resource Description Framework. Framework para metadatos en la web, desarrollado por la W3C. Basado en la idea de convertir declaraciones de

recursos en expresiones con la forma sujeto-predicado-objeto (tripletes). El sujeto es el recurso (lo que se está describiendo). El predicado es la

propiedad o relación a establecer sobre el recurso. El objeto es el valor de la propiedad o el recurso con el que se establece la relación. La combinación de RDF con RDF Schema y OWL permite añadir significado a las páginas.

Requerimientos (cont.)

• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación

• Geolocalización de las muestras y/o colecciones

• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas

• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)

• Aseguramiento de la calidad de los datosOntology Web Language. Lenguaje de representación de

conocimiento para ontologías (términos utilizados para describir y representar un área de conocimiento, para compartir un dominio de información y hacer que el

conocimiento sea reutilizable). OWL está codificado en XML

¿Cómo se Solucionó?

Plataforma

HTML

CSS + jQuery + javaScript

XML

Apache 2.2.13 + PHP 5.2.9

Oracle 10gR2

Sun Solaris 10

• Bases de datos Oracle 10gR2

• Servidores Sun Solaris 10

• Servidor web Apache 2.2.13

• Tecnologías implicadas

• PHP 5.2.9

• AJAX / jQuery / Javascript

• CSS

• XML

• Oracle 10gR2

Manejo de Datos

• Un core de datos compartido y actualizado

• Vistas de datos y reglas de negocios separadas para cada aplicación del sistema

Presentación de datos

Vistas

Vistas materializadas

Reglas de negocio

Procedimientos

Triggers

Core de Datos

Tablas Tablas dimensionadas Indices

Seguridad

• Autenticación base de datos

• Autenticación al sistema para poder hacer cambios

Seguridad (cont.)

• Diferentes perfiles de usuarios (administrador, colector, sistema, consulta)

Seguridad (cont.)

• Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formularios (PHP)

• CAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)

Búsquedas

• Búsqueda de colecciones de datos simple (un término se busca en cualquier campo)

Búsquedas (cont.)

• Búsqueda de colecciones detallada (se busca un término diferente en cada campo que se desee)

Búsquedas (cont.)

• Búsqueda a través de navegación por árbol taxonómico

Interfaz

• Vistas de colecciones en forma de listas de datos (usuario autenticado y usuario invitado)

Interfaz (cont.)

• Vistas de colecciones en forma de galerías de imágenes (usuario autenticado y usuario invitado)

Galería de Imágenes

• Filtros por búsquedas

• Navegación a través de galería

• Soporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)

• Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamaños

• Carga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.

• Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)

Galería de Imágenes

Edición de Datos

• Taxonomía

• Datos de científicos

• Características de los datos en las colecciones

Edición de Colecciones

• Elementos de identificación del registro o colección

• Eventos de la colecta de datos

• Taxonomía

Edición de Colecciones

• Elementos de localización y geoespaciales

Edición de Colecciones

• Elementos biológicos y de entorno

• Carga de imágenes de colecciones

Módulos Actuales

• Herbarium Las Cruces http://www.ots.ac.cr/herbarium

• Jardín Botánico Wilson http://www.ots.ac.cr/jbw

• Florula Palo Verde http://www.ots.ac.cr/florulapv

Sistemas Relacionados

• Meteorología http://www.ots.ac.cr/meteoro

• Gps http://www.ots.ac.cr/gps

Referencias

• Darwin Core http://rs.tdwg.org/dwc/index.htm

• RSS http://www.rssboard.org/rss-specification http://cyber.law.harvard.edu/rss/rss.html

• Web Semántica http://www.w3c.es/Divulgacion/Guiasbreves/WebSemantica

• RDF http://www.w3.org/RDF/

• OWL http://www.w3.org/TR/owl2-overview/

PRESENTACIÓN LIBRO DE MARCA OET 2009

Pablo AvilesDesarrollo de Software y Bases de Datos para la Biodiversidad

Área de Manejo de InformaciónPablo.aviles@ots.ac.cr

www.ots.ac.cr