pubmed guiadus avancat

Guia d’ús avançatGuia d’ús avançat

Duració del tutorial: 30’22/11/2010

Què és?PUBMEDPUBMED permet l’accés gratuït a bases de dades bibliogràfiques de ciències de la salut com MEDLINEMEDLINE, de la National Library of Medicine dels Estats Units.MEDLINEMEDLINE está format per uns 17 milions de 17 milions de referènciesreferències d’articles de revistes publicades des de 1948des de 1948 fins a l’actualitat, el 92% en el 92% en anglès.anglès.My NCBIMy NCBI Permet personalitzar l’ús de PUBMED gravant perfils d’interés i agregar al·lertesal·lertes al nostre correu-e per seguir temes actuals.

Cerca simpleCerca simple

Autocompletat

Quan escrivim a la finestra de cerca el sistema ens suggereix múltiples propostes d’autoescriptura. d’autoescriptura. Triem la que més s’ajusta amb el punter.

Cerca simple d’un tema / 1

Introduïm el terme o la frase al quadre de cerca i premem SEARCHSEARCH

Cerca simple d’un tema / 2

PubMed traduirà de forma automàticatraduirà de forma automàtica el nostre plantejament en els descriptors pels quals s’indexaria formalment l’article i en altres etiquetes, en tots els sinònims associats (Entry term mappings), els autors, els títols de les revistes, etc.

Cerca simple d’un tema / 3

El botó URL ens permet generar un localitzadorlocalitzador d’internet per poder guardar-lo i reproduir una cerca idèntica en el futur:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%28%22silicosis%22[MeSH%20Terms]%20OR%20%22silicosis%22[All%20Fields]%29%20AND%20%28%22lung%20neoplasms%22[MeSH%20Terms]%20OR%20%28%22lung%22[All%20Fields]%20AND%20%22neoplasms%22[All%20Fields]%29%20OR%20%22lung%20neoplasms%22[All%20Fields]%20OR%20%28%22lung%22[All%20Fields]%20AND%20%22cancer%22[All%20Fields]%29%20OR%20%22lung%20cancer%22[All%20Fields]%29&cmd=DetailsSearch

Cerca simple d’un tema / 4

Podem fer servir operadors lògics (AND, OR, NOT), operadors lògics (AND, OR, NOT), en majúscules sempre, per orientar la cerca:

percutaneous transluminal angioplasty AND (renal OR kidney)

Cerca amb límits / 1

PubMed preveu la cerca d’articles fent servir uns límitslímits que són molt habituals.habituals.

Cerca amb límits / 2

La cerca d’articles pot limitar-selimitar-se a un gènere, una llengua, una franja d’edat, un sector de publicacions, una espècie, etc.En aquesta cerca amb límits busquem el terme gonarthrosis en les revistes Core Core (són 120 revistes del total, a prop de 5.500)

Cerca avançadaCerca avançada

Camps de Pubmed

Camps característics de PubMed

Els registres de Pubmed estan formats Els registres de Pubmed estan formats per uns per uns camps característics que són que són directament interrogables.directament interrogables.

Cerca avançada

• Cerca per autors, revistes, etc. (camps concretscamps concrets)• Cerca a través dels descriptors MeSH MeSH (MeMedical SSubject HHeadings)

Search Builder / 1

A la finestra Search builderSearch builder podem obtenir amb el desplegable tots els noms dels camps i consultar l’Index ’Index de cadascun dels camps.

Search Builder / 2

L’ IndexIndex s’obre per la paraula o frase més aproximada a la frase que hem escrit al Search Search BuilderBuilder

Search Builder / 3

Tal i com anem trobant etiquetes amb el Search Builder i l’índex les podem anar incorporant amb el botó a la finestra de cerca (Search Box), on es combinen:

Resultats

MeMedical SSubject HHeadings (MeSHMeSH) / 1

Una cerca a través dels descriptors MeSHdescriptors MeSH ens permet capturar informació d’una forma:

a) més consistent,

b) més metòdica; i,

c) més rigorosa.

MeMedical SSubject HHeadings (MeSHMeSH) / 2

1) Introduïm el terme pathologic fracture a la finestra d’interrogació,

2) MeSH tradueix automàticament pathologic fracture al descriptor Fractures, spontaneous,

3) Ens permet limitar la cerca p.e. als articles sobre rehabilitació, i

4) Aquests dos elements es combinen al menú desplegable en l’opció “Search Box with AND”

Resultats

VisualitzacióVisualitzacióde resultatsde resultats

Visualització de resultats / 1

Articles del domini públic (2)

Visualització de resultats / 2

L’Hospital està suscrit

S’obté el text complet clicant el logo de l’Hospital

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?holding=ieshvadhlib

Aquest enllaçAquest enllaç per accedir a Pubmed ens identifica com a usuaris de la usuaris de la BibliotecaBiblioteca. Quan visionem un registre de Pubmed ens diu si hi tenim accés mostrant el logo de logo de l’Hospital.l’Hospital.

Visualització de resultats / 3

Vista “Abstract”

Text complet

Captura de registres

My NCBIMy NCBI

Què és My NCBI?

L’eina L’eina My NCBIMy NCBI en PubMed en PubMed permet registrar-se i així permet registrar-se i així retenirretenir la informació la informació recollida per un usuari i les recollida per un usuari i les seves preferències.seves preferències.

Registre a Registre a My NCBIMy NCBI

Podem obrir gratuïtament un compte a My NCBIMy NCBI o bé fer servir p.e. el de Google o Gmail

Funció Funció Collections Collections / 1/ 1

Quan volem guardar un conjunt de guardar un conjunt de registresregistres bibliogràfics en PubMed podem fer-ho amb la funció Clipboardfunció Clipboard, que només ens deixa retenir fins a 500 registres i només es conserven si no estem inactius 8 hores seguides.

La funció Collectionsfunció Collections és altrament pels usuaris que s’han registrat a My NCBI i permet conservar fins a 5000 registres indefinidament, i a més a més compartir-los.

Funció Funció Collections Collections / 2/ 2

Per compartir una col·lecciócompartir una col·lecció de registres la configurarem com a “pública” i a més a més proporcionarem la URLla URL o enllaç directe a col·laboradors nostres.

Funció Funció Save search / 1Save search / 1

Tenir compte en My NCBIMy NCBI també ens permet gravar una cerca (la seva estratègia) per poder-la executar en el futur.

Funció Funció Save search / 2Save search / 2

La funció Save SearchSave Search genera un formulari on podem inscriure les nostres preferències per rebre continuadament els resultats que es vagin incorporant a PubMed sobre el nostre tema al correu-e personal.correu-e personal.

Funció Funció My My Bibliography /1Bibliography /1

Per últim, una altra funció de My NCBIMy NCBI útil és My BibliographyMy Bibliography, dissenyada específicament per guardar registres d’un autor i editar-los en llistes

Funció Funció My Bibliography /2My Bibliography /2

Botons d’edició de My My BibliographyBibliography

Captura Captura de registresde registres

Podem capturar els resultats de la cerca, sigui a partir de la llista total, sigui fent una selecció de la llista clicant els botons de selecció

Quan enviem registres a una adreça de correu-e no podem enviar més de 200 registres per missatge, però es poden enviar fraccionats.

Importar registresImportar registresaa

Podem importar un arxiu extret de Pubmed

Amb el registre o registres seleccionats cliquem SEND TOSEND TO, triem la opció FILEFILE i el format MEDLINEMEDLINE

Des del submenú IMPORT REFERENCESIMPORT REFERENCES d’ EndNoteWeb podem pujar l’arxiu generat per la recerca anterior (pubmed_result.txt) aplicant el filtre PUBMED (NLM)filtre PUBMED (NLM)

Registre en detall

Registre a la llista

Guia d’ús completa d’ EndnoteWebEndnoteWebCliqueu:

Importar registresImportar registresaa

La icona de document en la barra de les adreces ens indica que ZoteroZotero ha detectat les “metadades” d’un article en PubmedPubmed

1) Obrim Zotero clicant el seu botó a la barra. 2) A la columna esquerra activem la carpeta on volem gravar un registre.3) Cliquem la icona que apareix a la barra d’adreces per incorporar-lo. 1

2

3

Guia d’ús completa de ZoteroZoteroCliqueu:

Altres funcionsAltres funcions

Enllaç permanent d’un articleEnllaç permanent d’un article

Una forma de crear un enllaç permanent a un registre és amb un URL que contingui l’expressió http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ i el número PMID (PubMed Identifier). P.e.:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19010894

El PMIDPMID identifica cada article i serveix per invocar en molts formularis (com el del SOD) tota la referència bibliogràfica sense haver d’escriure-la. Si escrivim només el PMID el formulari busca l’article i inscriu la referència completa.

SODSOD (Servei d’obtenció de documents) de la Biblioteca l’Hospital

Funció Funció ImagesImages

L’octubre de 2010 PubMed ha incorporat imatges en els articles que pertanyen a les publicacions de Pubmed Central, de lliure accés

Agregadors RSSAgregadors RSS

PubMed ofereix diversos canals RSS per obtenir fàcilment informació continuada sobre un tema, etc.

Més informació a la Guia d’ús de RSS. Cliqueu:

Elaborat per: Marta-R. Domínguez Senra (mrdoming@vhebron.net)